Взаимодействие молекул

[Yeugen2018]

Зря.
Вы ищете точку перегиба. Если она есть она наверняка между 1.7 и 2.2
Скан из 15 точек доходил до 1.5 ангстрема и этого было достаточно. Поиск минимума (если он там есть) не является вашей задачей.
Скан из 25 точек будет доходить до 0.5 ангстремов и результирующая энергия системы в этой точке будет огромной. Там еще пара шагов до ядерного синтеза.

Так что если еще не удалили (не затерли) скан из 15 точек - то покажите.

Скан обрывается на 16-м шаге...

[Yeugen2018]

А это скан на 25 шагов, оборвался тоже на 16м шаге

[Гесс]

Исходя из таймстампов и "безощибочного" резкого обрыва аутпута у меня есть подозрение что где то стоит таймлимит 24 часа.
Файл думаю будет интересен Vit Nhoс, потому как как минимум билд 536а на нем крешится.
С практической точки зрения лечится удалением из инпута всего после последней найденной стационарной точки (я удалил начиная с 314468, наверняка можно несколько раньше или позже.)

Касательно самого скана - ну как бы да, то о чем предупреждали комунисты EvgeniX и что напрашивалось из оптимизации исходного
R1-NH2-C(H)(O)-R2 - оно разваливается без переходных состояний из чего напрашивается что в реакционной смеси этого

Вы структурную формулу нарисуйте, посмотрите, где сколько и каких связей, подумайте, бывет ли так =)

это промежуточный интермедиат реакции гидразда с бензальдегидом

"интермедиата" - нет
Какой есть - надо либо думать либо гуглить. Я солидарен с amge

А литературу смотреть не пробовали? Не может быть, чтобы реакцию альдегидов с аминами не считали. Может, такую реакцию в газовой фазе и пытаться не стоит. В свежих статьях в SI найдете и структуру ПС, тогда останется только подставить свои заместители - и на оптимизацию

[Vit Nhoc]

Скан обрывается на 16-м шаге...

Как я понял, на 16-м шаге у вас начинает глючить оптимизация геометрии в Gaussian.
Это видно если открыть файл в Chemcraft (исходный файл не открывается, там возникает глюк, чтобы он открылся надо удалить последнюю строчку ! Non-Optimized Parameters !), кликнуть на B12=? и выбрать Show optimization convergence..
Тем не менее, если взять минимальную энергию в оптимизации с B12=1.5, наверно она впишется в общий график. Может быть, имеет смысл посчитать таким же способом и пару следующих точек - 1.4, 1.3? Тогда, возможно, на графике сканирования будет видна точка перегиба.
А дальше надо как-то сканировать, чтобы улетела вода.

[Гесс]

Vit Nhoc, https://en.wikipedia.org/wiki/Carbon%E2 ... rogen_bond - прозрачно намекает что одинарных связей C-N с длиной в 1.3 уже не бывает, а вы рассчитываете что в этом районе только переходное состояние наступит.

[Гесс]

Вот например https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.6b02882 помоему все что надо по механизму.

[Yeugen2018]

Вот например https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.6b02882 помоему все что надо по механизму.

Супер!
Судя из статьи, у Автора не совсем, но похожий интермедиат есть (правда реакция идет в обратном направлении), а в моем случае нету.

Поэтому в качестве примера взял этот шаг автора статьи (опять таки в обратном направлении):

И запустил аналогичный скан на сближение, только теперь с водой, из файла int3.out который прикрепил ранее.

[Гесс]

возьмите координаты переходных состояний из SI и дорастите их в визуализаторе до ваших молекул.

[Yeugen2018]

возьмите координаты переходных состояний из SI и дорастите их в визуализаторе до ваших молекул.

Ок. А потом на оптимизацию: #P B3LYP/Def2svp Opt Freq=Noraman scf=xqc?

[Гесс]

Ээээ! Откуда ваш расчет должен догадаться что вы ищете переходное состояние, а не минимум?
Спросите у гугла или у гауссианово мануала, но учтите что там не один кейворд, а минимум 2. (оба относятся к Opt)

Если ориентация заместителей будет сильно неудачной и существенные для переходного состояния атомы будут уходить из нужной геометрии то надо будет пойти чуть более продвинутым способом:
сначала сделать оптимизацию типа "поиск минимума" но с замороженным положением атомов задействованных в переходном состоянии.
заморозка у гауссиана в картезиановых координатах выглядит так

C -1 9.876 5.432 1.012

ну а после этого берете полученную геометрию и оптимизируете уже переходное состояние (разумеется без замороженных атомов).

[Yeugen2018]

Ээээ! Откуда ваш расчет должен догадаться что вы ищете переходное состояние, а не минимум?
Спросите у гугла или у гауссианово мануала, но учтите что там не один кейворд, а минимум 2. (оба относятся к Opt)

Если ориентация заместителей будет сильно неудачной и существенные для переходного состояния атомы будут уходить из нужной геометрии то надо будет пойти чуть более продвинутым способом:
сначала сделать оптимизацию типа "поиск минимума" но с замороженным положением атомов задействованных в переходном состоянии.
заморозка у гауссиана в картезиановых координатах выглядит так

C -1 9.876 5.432 1.012

ну а после этого берете полученную геометрию и оптимизируете уже переходное состояние (разумеется без замороженных атомов).

Спасибо! Рисую переходные состояния со статьи и ищу кейворды.

[amge]

Зачем самому рисовать? Есть же SI с координатами всех ПС. Берёте нужное, оптимизируете его своим методом (чтобы убедиться, что получится то же самое), затем меняете заместители, оптимизируете с фиксацией ключевых черт ПС (как минимум), потом оптимизируете как ПС.

[Yeugen2018]

Доброе утро! Очень интересно получается, первая молекула:

не пошла. Решил попробовать оптимизировать похожую:

, и вуаля, на 12 м шаге - переходит в молекулу int2.out которую я раньше прикреплял.

[Гесс]

Это безусловно хорошо, но без ложки дегтя я не обойдусь.
Вы исходную иолекулу как рисовали? Не, я понимаю что в конкретном случае Гауссиан справился и вывернул окружающие азот водороды в нужную сторону (сбросив за первые 4 шага 130 ккал/моль), но не стоит так сильно надеяться на оптимизатор, Как минимум водород-43 надо было лепить к азоту намного аккуратнее. Кстати кемкрафтовая добавлялка дает намного лучший угол.

[Yeugen2018]

Это безусловно хорошо, но без ложки дегтя я не обойдусь.
Вы исходную иолекулу как рисовали? Не, я понимаю что в конкретном случае Гауссиан справился и вывернул окружающие азот водороды в нужную сторону (сбросив за первые 4 шага 130 ккал/моль), но не стоит так сильно надеяться на оптимизатор, Как минимум водород-43 надо было лепить к азоту намного аккуратнее. Кстати кемкрафтовая добавлялка дает намного лучший угол.

Надо перерисовать? Или, допустим, взять геометрию со 2-го шага?

[Гесс]

перерисовывать ненадо, тут оптимизатор справился.
просто в будущем - чем аккуратнее и логичнее вы "рисуете" тем 1) больше шансов что оно сойдется туда куда вы хотите 2) меньше времени расчета.

[Yeugen2018]

Ээээ! Откуда ваш расчет должен догадаться что вы ищете переходное состояние, а не минимум?
Спросите у гугла или у гауссианово мануала, но учтите что там не один кейворд, а минимум 2. (оба относятся к Opt)

Это TS, QST2 или QST3?

[Гесс]

TS - это один из нужных вам ключей. Но Opt=TS не заработает, потому как ему не будет хватать силовых констант. Вам надо или дать ему эти константы, либо убедить гауссиан их вам посчитать.

[Yeugen2018]

TS - это один из нужных вам ключей. Но Opt=TS не заработает, потому как ему не будет хватать силовых констант. Вам надо или дать ему эти константы, либо убедить гауссиан их вам посчитать.

#P B3LYP/Def2svp Opt=(ts,calcfc) Freq=Noraman scf=xqc
или #P B3LYP/Def2svp Opt=(ts,NoEigenTest,calcall) Freq=Noraman scf=xqc ?

[Гесс]

На самом деле заработают оба но один избыточен безумно дороже, и если вы узнаете что делают ключевые слова - это вам вредно совсем не будет.