Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11735
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вс июн 24, 2018 8:42 pm

Yeugen2018 писал(а):
Вс июн 24, 2018 8:28 pm
Гесс писал(а):
Вс июн 24, 2018 7:46 pm
Назовите мультиплетность всех частиц в реакции:
Нейтральный алкен плюс протон - результат присоединения по двойной связи.
Нейтральный алкен М=1,протон М=1, продукт М=2
Тут не работает правило 1+1=2
Тут работает правило 0+0=0
Каким образом из двух частиц без неспаренных электронов вы внезапно получили частицу с мультиплетностью 2?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вс июн 24, 2018 8:47 pm

Гесс писал(а):
Вс июн 24, 2018 8:42 pm
Yeugen2018 писал(а):
Вс июн 24, 2018 8:28 pm
Гесс писал(а):
Вс июн 24, 2018 7:46 pm
Назовите мультиплетность всех частиц в реакции:
Нейтральный алкен плюс протон - результат присоединения по двойной связи.
Нейтральный алкен М=1,протон М=1, продукт М=2
Тут не раюотает правило 1+1=2
Каким образом из двух частиц без неспаренных электронов вы внезапно получили частицу с мультиплетностью 2?
я понял, и отредактировал
Yeugen2018 писал(а):
Вс июн 24, 2018 8:28 pm
Гесс писал(а):
Вс июн 24, 2018 7:46 pm
Отлично, возвращаемся к началу
Гесс писал(а):
Пт июн 22, 2018 6:25 pm
Исходя из этого - какова мультиплетность у алкильных катионов?
Назовите мультиплетность всех частиц в реакции:
Нейтральный алкен плюс протон - результат присоединения по двойной связи.
у алкильных катионов М=1
Нейтральный алкен М=1,протон М=1, если продукт
R-CH2+=CH-R то М=1

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11735
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вс июн 24, 2018 9:08 pm

Славненько, с принципом вроде разобрались. Ну и что у вас с целевой реакцией?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вс июн 24, 2018 9:25 pm

Гесс писал(а):
Вс июн 24, 2018 9:08 pm
Славненько, с принципом вроде разобрались. Ну и что у вас с целевой реакцией?
Пока считается, никак не пойму как найти переходное состояние, пока изучаю литературу, но что-то мало информации как это сделать в Gaussian

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11735
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вс июн 24, 2018 10:52 pm

ну вы покажите как выглядят ваши минимумы а там уже вскрытие покажет.
Переходные состояния в гауссиане ищутся
1) так же как везде Opt=(TS, calcfc) - необходимо хорошее стартовое приближение которое вы "со старта" не создадите
2) Opt=QST2, требует лишь правильно пронумернованных (!!! тут 90% ошибок в использовании этой опции) исходников и продуктов. Иногда работает, иногда удачно.
3) Opt=QST3 - то же самое что и QST2 но надо еще и стартовое приближение для переходного состояния.

Инфы в гугле по Gaussian Transition state search много но всегда проблема привязать общие концепции к конкретным ситуациям.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 8:47 pm

Добрый вечер! А нормально ли, что у меня молекула считается уже 4-е сутки (процессор Intel core i 3)?

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение EvgeniX » Пн июн 25, 2018 9:05 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 8:47 pm
Добрый вечер! А нормально ли, что у меня молекула считается уже 4-е сутки (процессор Intel core i 3)?
Отвечает Шрёдингер: нормально и ненормально одновременно! Пока вы не приложите входной и выходной файл расчёта, ответ будет такой.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 9:19 pm

EvgeniX писал(а):
Пн июн 25, 2018 9:05 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 8:47 pm
Добрый вечер! А нормально ли, что у меня молекула считается уже 4-е сутки (процессор Intel core i 3)?
Отвечает Шрёдингер: нормально и ненормально одновременно! Пока вы не приложите входной и выходной файл расчёта, ответ будет такой.
Тогда ждём выходной файл...

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение EvgeniX » Пн июн 25, 2018 9:24 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 9:19 pm
Тогда ждём выходной файл...
Не обязательно законченный файл прикладывать, для первоначальных оценок можно и то, что уже сейчас есть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11735
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июн 25, 2018 9:28 pm

Это из серии "У меня ничего не работает!"

1) вы можете приложить для начала инпут
2 и главное - вы можете приложить аутпут - скопировать из того места куда он пишется - а это наверняка или папка с инпутом или папка где стоит гауссиан - найти легко по названию файла или по дате изменения.

Доктор, у меня нога болит!
Странно, у меня такая же нога и не болит!

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 9:47 pm

Просто интересно... А так все работает :D , только долго...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 9:53 pm

Выходной файл
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение EvgeniX » Пн июн 25, 2018 9:57 pm

В процессе оптимизации у вас разваливается молекула. Прошло 150 шагов оптимизации, и это явно запредельно много для систем подобного размера. И это связано, скорее всего, с плохим начальным приближением структуры.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 10:02 pm

EvgeniX писал(а):
Пн июн 25, 2018 9:57 pm
В процессе оптимизации у вас разваливается молекула. Прошло 150 шагов оптимизации, и это явно запредельно много для систем подобного размера. И это связано, скорее всего, с плохим начальным приближением структуры.
Не подскажите, как провести начальное приближение? И если можно может кейворд для этого. Спасибо!

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 992
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Пн июн 25, 2018 10:12 pm

А можете написать "на бумажке" структурную формулу этого безобразия и объяснить, почему оно такое?
Под начальным приближением тут имеется в виду геометрия, очевидно, кейвордов под это нет - надо правильную структуру самостоятельно нарисовать
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение EvgeniX » Пн июн 25, 2018 10:14 pm

Вот эта связь в изолированном состоянии (без влияния растворителя) разваливается.
Вы пытаетесь оптимизировать геометрическое строение стабильной частицы?
Откуда вы взяли эту структуру? И какой валентности (хотя её и не существует) атом углерода?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось EvgeniX Пн июн 25, 2018 10:18 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 992
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Пн июн 25, 2018 10:16 pm

Не, в кемкрафте я тоже могу (да и на бумажке могу). Вы структурную формулу нарисуйте, посмотрите, где сколько и каких связей, подумайте, бывет ли так =)
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 10:23 pm

Shorku писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:16 pm
Вы структурную формулу нарисуйте, посмотрите, где сколько и каких связей, подумайте, бывет ли так =)
Изображение
это промежуточный интермедиат реакции гидразда с бензальдегидом

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение EvgeniX » Пн июн 25, 2018 10:26 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:23 pm
Изображение
это промежуточный интермедиат реакции гидразда с бензальдегидом
Уж больше похоже на переходное состояние (хотя и несколько неправильное), а не на интермедиат.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 992
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Пн июн 25, 2018 10:27 pm

Ну вот что-то он такой у Вас не получается, все оптимизируется обратно в бензальдегид с гидразидом. Долгий, но довольно надежный вариант - попробовать поставить скан по длине связи С-N (начиная с какой-нибудь большой дистанции типа 3А - шаг в районе 57-58 в вашей оптимизации вполне сойдет). Так можно найти переходное состояние, из которого потом спуститься в интермедиат.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Sartorius84 и 4 гостя