Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 10:32 pm

EvgeniX писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:26 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:23 pm
Изображение
это промежуточный интермедиат реакции гидразда с бензальдегидом
Уж больше похоже на переходное состояние (хотя и несколько неправильное), а не на интермедиат.
Это спорный вопрос, но для меня не принципиально, если понятие не повлияет на результаты расчёта(чего я не знаю) :
"Иногда интермедиат путают с переходным состоянием, однако это не верно, поскольку интермедиат может быть, в принципе, выделен, тогда как существование переходного состояния может быть зафиксировано только в исключительных случаях."

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 998
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Пн июн 25, 2018 10:36 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:32 pm
если понятие не повлияет на результаты расчёта
Повлияет, конечно: интермедиат Вы ищете как минимум с помощью простой оптимизации геометрии (той процедуры, которую Вы здесь и попробовали), а поиск переходного состояния - это уже немного другая история.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 10:42 pm

Shorku писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:36 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:32 pm
если понятие не повлияет на результаты расчёта
Повлияет, конечно: интермедиат Вы ищете как минимум с помощью простой оптимизации геометрии (той процедуры, которую Вы здесь и попробовали), а поиск переходного состояния - это уже немного другая история.
Вон оно как! Не знал. Спасибо. А как тогда поступить. Я только учусь. Не подскажете алгоритм для этого этапа расчёта?

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение EvgeniX » Пн июн 25, 2018 10:45 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:32 pm
Это спорный вопрос
Факты - вещь упрямая.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 998
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Пн июн 25, 2018 10:47 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:42 pm
Вон оно как! Не знал. Спасибо. А как тогда поступить. Я только учусь. Не подскажете алгоритм для этого этапа расчёта?
Причем то определение, которое Вы привели, что "интермедиат можно выделить" (это, конечно, далеко не всегда так) - оно на интуитивном уровне подсказывает, что интермедиат - это минимум на ППЭ.
Как я уже написал - возмите из своей оптимизации, скажем, геометрию из шага 54, и запустите скан по связи C-N, потом найдите на зависимости энергии от этого расстояния самую большую по энергии точку (если там зависимость с максимумом, конечно), и запустите с этой геометрией оптимизацию переходного состояния - будет Вам энергия аткивации =)
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 10:53 pm

EvgeniX писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:45 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:32 pm
Это спорный вопрос
Факты - вещь упрямая.
Уже понял что ошибался...

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 10:59 pm

Shorku писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:47 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:42 pm
Вон оно как! Не знал. Спасибо. А как тогда поступить. Я только учусь. Не подскажете алгоритм для этого этапа расчёта?
возмите из своей оптимизации, скажем, геометрию из шага 54, и запустите скан по связи C-N, потом найдите на зависимости энергии от этого расстояния самую большую по энергии точку (если там зависимость с максимумом, конечно), и запустите с этой геометрией оптимизацию переходного состояния - будет Вам энергия аткивации =)
Как взять геометрию из шага 54 знаю, подскажите как запустить скан по связи C-N? Может есть кейворд? И как построить зависимость энергии от расстояния? Спасибо!

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение EvgeniX » Пн июн 25, 2018 11:03 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:59 pm
подскажите как запустить скан по связи C-N? Может есть кейворд? И как построить зависимость энергии от расстояния? Спасибо!
[ http://gaussian.com/opt/ ] => "Options"
Далее смотрим описание "ModRedundant", пригодится.
[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] S nsteps stepsize
S Perform a relaxed potential energy surface scan. Increment the coordinate by stepsize a total of nsteps times, performing an optimization from each resulting starting geometry.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июн 25, 2018 11:06 pm

EvgeniX писал(а):
Пн июн 25, 2018 11:03 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пн июн 25, 2018 10:59 pm
подскажите как запустить скан по связи C-N? Может есть кейворд? И как построить зависимость энергии от расстояния? Спасибо!
[ http://gaussian.com/opt/ ] => "Options"
Далее смотрим описание "ModRedundant", пригодится.
[Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] S nsteps stepsize
S Perform a relaxed potential energy surface scan. Increment the coordinate by stepsize a total of nsteps times, performing an optimization from each resulting starting geometry.
B Bond length.
Спасибо!
Пробую делать.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 26, 2018 8:17 am

Гесс писал(а):
Вс июн 24, 2018 10:52 pm
покажите как выглядят ваши минимумы а там уже вскрытие покажет.
Есть минимумы реагентов и продуктов, реагент 1: гидразид HF=-1189.455741, реагент 2 альдегид: HF=-345.3248398; продукт 1 HF=-1458,4165387, продукт 2 (вода) HF=-76,358353.
То-ли интермедиаты, то-ли переходные состояния считаются.
Изображение
Реагенты в начале, то-ли интермедиаты, то-ли переходное состояние 1-4, продукт 1 в конце

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 26, 2018 6:12 pm

Пытаюсь создать инпут файл QST3, но немного не могу понять порядок спецификации реагентов, продуктов и переходного состояния. У меня, допустим, есть переходное состояние 1 из рисунка выше, который развалился на исходные продукты в шаге 54 out файла который я прикрепил ранее. Я думаю сначала идет Z матрица первого реагента, затем Z матрица второго реагента, потом уже Z матрица из шага 54 (конечно проверив порядок атомов). Правильно я понял? А и пойдет следующий кейворд для QST3: #P B3LYP Opt=(QST3, calcfc) Freq?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11980
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июн 26, 2018 6:20 pm

с указанием заряд мультиплетности для каждой из трех систем, с пустой строкой после каждого набора координат.
И вообще я бы предпочел использовать декартовы координаты а не морочить голову с Z-матрицей.
я не вижу смысла расчитывать в данном случае силовые постоянные поэтому просто Opt=QST3
Первый набор координат это все молекулы исходников вместе.
Второй набор - все молекулы продуктов
Третий набор - предполагаемое переходное состояние.
Я так понимаю оптимизированной геометрии продукта у вас нет и вообще не факт что там есть такой минимум.
Ключ Freq запустит расчет частот из того что вам даст оптимизация. Так как расчет частот достаточно долгий а лично у меня есть некоторые сомнения что при там имеется переходное состояние - я бы сначала посмотрел на результат оптимизации и только потом бы делал расчет частот.
Вы сканирование на сближение реагентов сделали?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 26, 2018 6:31 pm

Гесс писал(а):
Вт июн 26, 2018 6:20 pm
Я так понимаю оптимизированной геометрии продукта у вас нет и вообще не факт что там есть такой минимум.
Ключ Freq запустит расчет частот из того что вам даст оптимизация. Так как расчет частот достаточно долгий а лично у меня есть некоторые сомнения что при там имеется переходное состояние - я бы сначала посмотрел на результат оптимизации и только потом бы делал расчет частот.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 26, 2018 6:32 pm

Гесс писал(а):
Вт июн 26, 2018 6:20 pm
Вы сканирование на сближение реагентов сделали?
Нет, еще не умею. Подскажите как сделать?

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 998
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Вт июн 26, 2018 6:57 pm

Yeugen2018 писал(а):
Вт июн 26, 2018 6:32 pm
Нет, еще не умею. Подскажите как сделать?
Так Вы инструкцию почитайте, Вам нужен Relaxed scan.
Как уже отметил Гесс, написать Вам тут инпут - так дело не пойдет. Читайте инструкцию, составляйте сами инпут и спрашивайте, если что-то идет не так, иначе никакого образовательного процесса не получится :D
Последний раз редактировалось Shorku Вт июн 26, 2018 7:00 pm, всего редактировалось 1 раз.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 26, 2018 6:59 pm

Shorku писал(а):
Вт июн 26, 2018 6:57 pm
Yeugen2018 писал(а):
Вт июн 26, 2018 6:32 pm
Нет, еще не умею. Подскажите как сделать?
Так Вы инструкцию почитайте, Вам нужен Relaxed scan.
спасибо!

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 26, 2018 7:07 pm

Гесс писал(а):
Вт июн 26, 2018 6:20 pm
И вообще я бы предпочел использовать декартовы координаты а не морочить голову с Z-матрицей.
А в декартовых координатах порядок атомов менять не надо?
Просто строка кейворда,
пустая строка,
заряд, мультиплетность,
декартовы координаты реагента 1,
пустая строка,
заряд, мультиплетность,
декартовы координаты реагента 2,
пустая строка,
заряд, мультиплетность,
декартовы координаты продукта 1,
пустая строка,
заряд, мультиплетность,
декартовы координаты продукта 2,
пустая строка,
заряд, мультиплетность,
декартовы координаты предполагаемого переходного состояния 1,
пустая строка,
заряд, мультиплетность,
декартовы координаты предполагаемого переходного состояния 2. правильно я понял

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11980
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июн 26, 2018 8:03 pm

Нет.
заряд мультиплетность системы в исходном состоянии
координаты этой геометрии
пустая строка
заряд мультиплетность продукта (результирующей геометрии элементарной стадии)
координаты этой геометрии
пустая строка
и т д

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11980
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июн 26, 2018 8:10 pm

То что вы выложили как product01.out это конечный продукт конденсации. От гидразида с альдегидом до него еще куча интермедиатов и переходных состояний. Вам нужны все интермедиаты и все переходные состояния. Первое и последнее бесполезно и для QST3 бессмысленно.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 26, 2018 8:52 pm

Гесс писал(а):
Вт июн 26, 2018 8:10 pm
То что вы выложили как product01.out это конечный продукт конденсации. От гидразида с альдегидом до него еще куча интермедиатов и переходных состояний. Вам нужны все интермедиаты и все переходные состояния. Первое и последнее бесполезно и для QST3 бессмысленно.
Осталось три интермедиата, надеюсь завтра досчитает, и выложу геометрию всех исходных реагентов, промежуточных и конечных продуктов.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя