Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11641
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июн 19, 2018 5:41 pm

Yeugen2018 писал(а):
Вт июн 19, 2018 5:28 pm
Я пока не совсем до конца разобрался как грамотно задавать параметры для расчета, поэтому пробую пока так. И это расчет оптимизации геометрических параметров только одной молекулы. Может подскажите как правильней оформить параметры для DFT-расчета. Ах , и да как проверить что это минимум, расчетом частот. Спасибо!
А давайте сделаем так - вы будете выкладывать свои аутпуты и обьяснять что обозначают использованные вами кейворды, а мы вас за это будем ругать помогать и говорить куда смотреть.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 983
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Вт июн 19, 2018 5:44 pm

1. Сильно не ошибетесь, если начнете с оптимизации rhf b3lyp/6-31G* (придет Гесс и скажет, что теперь модно считать с другим функционалом плотности, но как начальное приближение скорее всего сойдет)
2. у Вас есть ключ freq - это расчет частот, как Вы, наверное, знаете. Надо посмотреть в логе, есть ли среди них отрицательные. Если нет, то это минимум. Если искать лень, то визуализаторы типа Chemcrafta умеют выводить все частоты (возможно, Авогадро тоже умеет)

PS пока писал, Гесс уже пришел :D
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 19, 2018 5:48 pm

Сразу выдало ошибку.
Изображение
Что-то я делаю не так! Не подскажите?

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 983
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Вт июн 19, 2018 5:52 pm

Название базисного набора написано неправильно. Def2svp надо, кажется.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11641
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июн 19, 2018 6:04 pm

да, привычка из других пакетов и публикационное название.
У гауссиана все не как у людей.
Но можно и b3lyp/6-31G*

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 19, 2018 6:11 pm

И пока считается..., можно вопросик. А как, на будущие, можно было-бы аргументировать выбор базиса B3LYP/Def2svp, или где можно поискать такую информацию. Спасибо!

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 983
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Вт июн 19, 2018 6:15 pm

Если все прыгают с крыши, то аргументация, почему и Вы тоже это делаете, не требуется. Это самый общеупотребительный вариант, миллиард жителей Индии одобряет =)
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11641
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июн 19, 2018 6:32 pm

B3LYP это функционал а не базис. Он бешено популярен, очень удачный как минимум для классической органики, но пихают его везде. Там весьма удачная взаимокомпенсация ошибок и несмотря на его возраст перебить его не так просто (в его ценовой категории). Дальше его качество можно еще несколько повысить использованием дисперсионных поправок, но пока вам это еще не актуально. Кроме практической удачности его позитивной стороной является использование всего 3 эмпирических параметров причем весьма "глубоких", то есть не привязанных к конкретным атомам или соединениям. Функционалы с большим количеством эмпирических параметров есть (это например все Минесотовские функционалы (наиболее популярен M06) и BEEF), но у них есть свои особенности (а писать полстраницы про интегральную сетку и численную нестабильнгость мне лень). Есть и функционалы вовсе без эмпирических параметров, например PBE, который тоже очень удачен и даже дешевле чем B3LYP (потому что B3LYP это гибридный функционал а PBE - GGA, а что такое "гибридный функционал" это вы нам расскажите), но PBE довольно специфично вызывается в гауссиане (PBEPBE, впрочем под этим именем его предпочитают физики) поэтому я решил не создавать лишних сложностей.

Def2svp - это весьма дешевый double-zeta базисный набор (что такое double-zeta было бы интересно узнать у вас). По цене и качеству сопоставим с 6-31G* или возможно 6-31+G* (лень искать), он несколько меньше чем cc-pVDZ но тот и задумывался под несколько другие цели (хотя можно и в DFT). Для получения точных энергий его маловато но для оптимизации вполне.

Комбинацию B3LYP/def2-svp Я использовал регулярно (когда работал с молекулярными системами, правда для несколько бОльших систем), а тут я так понимаю гауссиан на винде - расчеты на домашней персоналке - сильно не разгуляешься.

в принципе любые DFT функционалы совместимы с любыми базисами и технически - с любыми задачами (однако скажем IGLO базисы нацелены на весьма узкий круг задач и выносить их из этого круга - моветон).

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 19, 2018 8:50 pm

Изображение

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июн 19, 2018 9:45 pm

Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах: Учебное пособие. - Оренбург: ГОУ ОГУ, 2004.- 150 с.:
Изображение
Yeugen2018 писал(а):
Вт июн 19, 2018 6:11 pm
И пока считается..., можно вопросик. А как, на будущие, можно было-бы аргументировать выбор базиса B3LYP/Def2svp, или где можно поискать такую информацию. Спасибо!
Изображение

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 983
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Вт июн 19, 2018 9:50 pm

Yeugen2018, и таки что Вы хотите этим сказать?
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11641
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июн 19, 2018 11:13 pm

не, он таки успешно нагуглил то что я хотел послушать, это хорошо, одними советами на форуме сыт не будешь рано или поздно (рано-рано) придется переходить на думание своей головой и осознание того что делаешь, так что знакомство с литературой это очень хорошо. Литература правда судя по ЭВМ - из прошлого столетия но это не беда.

P.S. А, не, заметил, 2004ый. Ну ЭВМ так ЭВМ.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июн 20, 2018 8:18 am

Доброе утро!
Вот что получилось (расширение txt надо заменить на out):
2.txt

Код: Выделить всё

Mode	Freq	IR
1	30,30	1,8871
2	41,95	2,4259
3	51,98	3,8009
4	80,12	1,4088
5	120,25	3,2273
6	143,51	0,7577
7	162,76	6,7192
8	184,44	5,9343
9	199,22	4,6104
10	253,84	7,7235
11	284,90	1,0787
12	306,99	17,3847
13	315,83	45,0672
14	329,37	22,0422
15	344,70	19,6067
16	353,30	9,2779
17	419,42	0,0106
18	472,52	1,1373
19	475,74	21,8924
20	522,04	2,3884
21	559,92	23,3642
22	572,09	18,9699
23	609,01	6,7562
24	632,71	0,3275
25	671,87	29,9491
26	676,95	45,8484
27	704,12	7,7959
28	721,71	16,3262
29	723,94	42,9950
ЗО	733,40	26,3533
31	742,51	0,6508
32	804,72	126,3393
33	808,20	23,0632
34	878,96	0,0773
35	955,39	56,6759
36	973,16	2,3070
37	1002,87	120,9335
38	1014,66	0,1065
39	1024,17	0,1369
40	1036,98	0,2396
41	1050,77	3,9048
42	1096,15	14,0729
43	1107,19	15,8180
44	1158,86	126,4014
45	1165,53	10,0273
46	1169,64	0,4240
47	1191,47	13,2945
48	1290,49	7,4610
49	1301,10	2,3297
50	1319,00	12,6332
51	1325,86	173,8344
52	1342,23	15,8121
53	1363,12	6,4695
50	1319,00	12,6332
51	1325,86	173,8344
52	1342,23	15,8121
53	1363,12	6,4695
54	1365,57	2,1614
55	1450,61	4,4299
56	1459,43	9,3461
57	1471,38	24,0953
58	1497,23	49,2114
59	1507,77	40,5643
60	1558,17	1,4007
61	1635,20	0,0535
62	1662,62	7,5083
63	1666,23	21,8654
64	1675,85	6,6496
65	1803,22	255,6821
66	3172,15	0,1982
67	3182,88	16,3885
68	3194,88	22,0405
69	3218,01	2,4745
70	3235,72	6,2882
71	3445,00	61,5720
72	3485,44	9,3714
73	3514,16	30,2886
74	3532,22	24,1774
75	3577,05	12,0854
Эти частоты указывают на рассчитанный минимум HF=-1150.177674?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 983
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Shorku » Ср июн 20, 2018 1:48 pm

Доброе, именно так, мнимых частот нет, все ок, это минимум.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11641
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июн 20, 2018 2:09 pm

Или можно найти в архивной секции NImag=0 что обозначает что Number of Imaginary frequences равно 0

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июн 20, 2018 2:18 pm

Да, нашел.
Прогнал по этим же параметрам, бензальдегид. Получил HF=-345.3248398, NImag=0. Рассчитываю возможные интермедиаты и продукты реакции (учитываю брутто интермедиатов и продуктов реакции).

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июн 20, 2018 2:46 pm

Пока считаются продукты, возникла проблема. Брутто интермедиатов не сходится с продуктом, так как в результате отщепляется молекула воды, и реакция проходит в кислой среде (наличие Н+). Может есть идея как выйти из этой ситуации? Или считать молекулу воды как продукт, а Н+ как реагент и продукт? Или как катализатор? Тогда другой вопрос, как это нарисовать и просчитать? Пошел изучать литературу....

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11641
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июн 20, 2018 3:52 pm

Суммарная энергия образования продуктов и суммарная энергия образования исходников.
Если у вас протон и слева и справа то его суммирование ничего не меняет. Кстати - как вы думаете - чему равна энергия протона в вакууме?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июн 20, 2018 5:10 pm

Спасибо, понял!
Гесс писал(а):
Ср июн 20, 2018 3:52 pm
чему равна энергия протона в вакууме?
Не нашел данной информации, но особо, и не искал. Но поскольку начал заниматься этим не легким делом решил просчитать по аналогии и вот ... HF=-0.5012589, NImag=0 Изображение
Правда не знаю подходит базисный набор Def2svp для такого расчета.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11641
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июн 20, 2018 5:39 pm

Эммм. А как вы это считали? Интересует инпут, ну или хотя бы строка заряд/мультиплетность.

Эту информацию не надо искать, достаточно подумать что такое это HF= и из чего оно состоит.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя