Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июл 16, 2018 3:46 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пн июл 16, 2018 2:53 pm
Гесс писал(а):
Пн июл 16, 2018 2:25 pm
Основная причина на мой взгляд - плохая стартовая геометрия. Я не вижу в ней достаточно длинных связей которые были бы готовы рваться. Как она была создана?
из прикрепленного скана 10-шаг
Это безусловно хорошо что вы посмотрели где на графике максимум. Плохо что вы не посмотрели на саму геометрию.
связь HN в этой точке скана 1.9 ангстрема (чрезвычайно далеко для такого контакта), связь HO 0.98 ангстрема (вообще неудлиненная связь), разница без малого в два раза, при том что переходное состояние должно быть умеренно "симметричным". Из соображений симметрии я бы искал точку переноса вблизи 17ого шага, но там против вас во всю силу играет разделение заряда (которое можно было бы пытаться несколько снизить специфичной сольватацией, но это весьма сложная затея без которой я бы предпочел обойтись если это возможно).
Yeugen2018 писал(а):
Пн июл 16, 2018 3:05 pm
Спасибо! Пробую Avogadro, в GaussView тяжело, а в Chemcraft не пойму как "рисовать".
В кемкрафте с помощью Add atom и Add fragment в меню Edit.
Но авогадро тоже вполне себе вариант.
Yeugen2018 писал(а):
Пн июл 16, 2018 3:02 pm
нужно ли "замораживать" ключевые атомы ПС из статьи и как понять какой атом нужно "заморозить" в декартовых координатах?
Нужно. Как понять - замораживайте все что есть в системе из статьи и в вашей системе, удаляйте все чего у вас нет, добавляйте все чего нет у них.
Как заморозить в оптимизации гауссиана - я писал выше - ключ "-1" между символом элемента и первой координатой.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 16, 2018 5:08 pm

amge писал(а):
Пн июл 16, 2018 3:01 pm
Для модификации можно использовать Avogadro. В нем есть замечательная фича: можно зафиксировать положение нужных атомов, включить непрерывную оптимизацию и добиваться подходящей конформации остальных атомов, тягая их мышкой. Заместители сами подстраиваются.
А после Avogadro нужно оптимизировать геометрию или сразу отправлять на поиск переходного состояния?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 16, 2018 5:13 pm

Гесс писал(а):
Пн июл 16, 2018 3:46 pm
Из соображений симметрии я бы искал точку переноса вблизи 17ого шага, но там против вас во всю силу играет разделение заряда (которое можно было бы пытаться несколько снизить специфичной сольватацией, но это весьма сложная затея без которой я бы предпочел обойтись если это возможно).
в начале эта геометрия и была взята, но поиск ПС обрывается...

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Пн июл 16, 2018 8:34 pm

Гесс писал(а):
Пн июл 16, 2018 2:25 pm
Гессиан у вас там и так посчитан.
Не подскажите где находятся значения гессиана в out файле ?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Пн июл 16, 2018 9:12 pm

а их там нет, вообще эта матрица сама по себе в human-readable формате практически никому ненужна.
но если принципиально надо - то этим вопросом гугл уже задавался
http://www.ccl.net/chemistry/resources/ ... 3.007-dir/
https://www.researchgate.net/post/How_d ... m_Gaussian
https://www.researchgate.net/post/What_ ... n_Gaussian
http://gaussian.com/vib/

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 6:21 am

Доброе утро! Взял геометрию из статьи и что-то не пошло. Понимаю что в инпут файле заряд 0 М=2 (так не должно быть), но по другому не запускалось. Посмотрите что не так пожалуйста.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 9:07 am

Yeugen2018 писал(а):
Вт июл 17, 2018 6:21 am
Доброе утро! Взял геометрию из статьи и что-то не пошло. Понимаю что в инпут файле заряд 0 М=2 (так не должно быть), но по другому не запускалось. Посмотрите что не так пожалуйста.
Посмотрел внимательнее, там заряд +1. Пробую повторно.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 9:13 am

Гесс писал(а):
Пн июл 16, 2018 3:46 pm
замораживайте все что есть в системе из статьи и в вашей системе, удаляйте все чего у вас нет, добавляйте все чего нет у них.
при поиске ПС всего замороженного пишет: All variables have been frozen.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июл 17, 2018 9:17 am

Давайте еще раз.
Зачем вам сказали делать оптимизацию ПЕРЕД с заморозкой важного фрагмента поиском переходных состояний? - для того чтобы привести все оставльные ваши дорисованные заместители в удобоваримое положение.
Если вы ничего не дорисовывали а просто взяли структуру из статьи то что вы там дооптимизируете? - Ничего.
Ну и да, логично, если парализовать все атомы молекулы она начинает говорить что двигаться не может.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 9:21 am

Гесс писал(а):
Вт июл 17, 2018 9:17 am
Давайте еще раз.
Зачем вам сказали делать оптимизацию ПЕРЕД с заморозкой важного фрагмента поиском переходных состояний? - для того чтобы привести все оставльные ваши дорисованные заместители в удобоваримое положение.
Если вы ничего не дорисовывали а просто взяли структуру из статьи то что вы там дооптимизируете? - Ничего.
Ну и да, логично, если парализовать все атомы молекулы она начинает говорить что двигаться не может.
Я так понимаю после того как "дорисовал" все свои заместители в "замороженном" состоянии, надо "разморозить" полученную геометрию и на поиск ПС?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июл 17, 2018 9:28 am

если ваши заместители расположены хорошо - то да, размороженную структуру надо посылать на поиск переходного состояния. Добиваетесь ли вы хорошего расположения оптимизацией с замороженной сердцевиной или просто умело дорисовываете - это ваше дело.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 9:50 am

Гесс писал(а):
Вт июл 17, 2018 9:28 am
если ваши заместители расположены хорошо - то да, размороженную структуру надо посылать на поиск переходного состояния. Добиваетесь ли вы хорошего расположения оптимизацией с замороженной сердцевиной или просто умело дорисовываете - это ваше дело.
Спасибо! Уже понятнее лучше. Еще вопрос для закрепления: сначала оптимизирую "нарисованную" геометрию с "замороженным" оптимизированным кусочком из статьи, а потом отправляю полученную геометрию на поиск переходного состояния?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июл 17, 2018 10:07 am

ага.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 5:48 pm

Взял переходное состояние из статьи (точнее три переходных состояния), прогнал через мой кейворд, два нормально, а что с третьим не так не пойму. Не подскажите?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июл 17, 2018 6:23 pm

О, наконец пошло чтото небанальное! Это хорошо, вы на верном пути.
Ошибка 9999 одна из самых зловредных потому как причин для нее множество.
проматывайте аутпут вверх пока не видите чтото что выбивается из традиционного вида аутпута (посмотрев пару сотен аутпутов вы привыкнете как они выглядят).
в вашем случае это
Optimization stopped.
-- Wrong number of Negative eigenvalues: Desired= 1 Actual= 2
-- Flag reset to prevent archiving.
ну то что оптимизация остановлена это понятно, то что результаты не архивированы вас тоже не волнует, то есть остается только вторая строка.
Методом гугла вы быстро найдете из нее совет добавить в скобки оптимизации ключ NoeigenTest.
Что он делает, когда он включен автоматически и почему его обычно не стоит выключать в этом случае можно прочесть в http://gaussian.com/opt/ вкладка options

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 9:09 pm

Добавил NoeigenTest, но не помогло (точнее помогло но не совсем). просмотрел out файл увидел только Error termination request processed by link 9999 погуглил но не могу разобраться.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июл 17, 2018 10:25 pm

Ничоси "не помогло"!
Помогло аж на 92 шага оптимизации.
После чего умерло от
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 92
-- Flag reset to prevent archiving.
Но число шагов увеличивать не стоит. Если вы посмотрите на оптимизацию вы увидите что она пошла от исходной структуры категорически прочь. Это скорее всего значит что в вашем метод/базисе геометрия этого переходного состояния заметно отличается от той что в своем метод/базисе нашли авторы статьи. В самом плохом случае этого переходного состояния в данном метод/базисе вообще нет. Но будем надеяться что все получше.
Поэтому - берем геометрию из статьи,
ключами -1 замораживаем координаты 3 атомов - насколько я понимаю по стркутуре у вас там перенос H8 между O6 и N2 - вот их и замораживаем.
делаем оптимизацию (как минимума а не как переходного состояния)
смотрим на результат
в лучшем случае пройдет небольшое изменение положений остальных групп.
тогда берем новооптмизированную геометрию и запускаем поиск переходного состояния.

если же оптимизация порвет связь C1-N2 или опять получится какая то другая фигня (при минимиазции или при Opt=TS) то жить станет сложнее.

в таком случае
повторяем расчет структуры из статьи в метод/базисе указанном в статье (убеждаемся что их ПС воспроизводится)
делаем этот же расчет используя метод указанный в статье и ваш базис (смотрим виноват ли базис)
наоборот, ваш базис + метод(функционал) из статьи.
грустим и готовимся менять метод/базис (базис менять нехотелось бы ибо наверняка пойдет удорожание расчета, мы сейчас на нижней допустимой границе но и то расчеты идут не слишком быстро, возможное решение - найти доступ на расчетный кластер с гауссианом, но это зависит от универа где вы учитесь).

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Вт июл 17, 2018 10:39 pm

Спасибо в очередной раз!!!!!
Гесс писал(а):
Вт июл 17, 2018 10:25 pm
Поэтому - берем геометрию из статьи,
ключами -1 замораживаем координаты 3 атомов - насколько я понимаю по стркутуре у вас там перенос H8 между O6 и N2 - вот их и замораживаем.
делаем оптимизацию (как минимума а не как переходного состояния)
смотрим на результат
А как узнать в декартовых координатах какой атом есть какой?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11992
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Вт июл 17, 2018 11:14 pm

первая строка координат - первый атом. Восьмая стока - восьмой.
Если атомов несколько сотен то я предпочитаю искать их по координатам (которые видно например в кемкрафте при выделении атома).

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1821
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение amge » Ср июл 18, 2018 5:42 am

Попробовал поискать ПС TS3Step3 Природой. Нашлось без проблем, но оказалось совсем не похоже на то, что в статье. C1-N2 увеличилась от 1.633 до 2.286. Причем я проверил по IRC - это именно ПС нужной реакции. В гауссиане связь C1-N2 тоже "рвалась" (т.е., возможно, оптимизация двигалась в нужном направлении). У исходной структуры высокий дипольный момент и сильное разделение зарядов. Не с растворителем ли она считалась в статье? На всякий случай выкладываю координаты ПС, найденного Природой. Думаю, что если гауссиан будет стартовать из него, то все получится (но барьер будет сильно высокий - в таких процессах переносить протон нужно через молекулу, а то две воды).

Код: Выделить всё

 17
 Energy -305.0351356468  Charge 1  Dipole 3.931634  HoF 152.83 kcal
 C  -1.78755358  -0.07876284   0.30644856
 N   0.28158310  -0.86013620  -0.27223176
 N   1.69169004  -0.92118737   0.12551187
 H   2.20475495  -1.62888527  -0.43764937
 H  -1.37734348  -0.21026416   1.31255568
 O  -2.04329570  -1.12124002  -0.42236817
 H   0.32921960  -0.49941627  -1.24138432
 H  -1.19111677  -1.69833151  -0.28667180
 C  -2.38583284   1.21606187  -0.06277121
 H  -1.76657751   2.05400932   0.29024686
 H  -3.35263214   1.30202521   0.47521706
 H  -2.58430103   1.28472174  -1.14086029
 C   2.44489114   0.38430494   0.07642189
 H   3.46605735   0.23141522   0.45609438
 H   1.89862899   1.10598734   0.69513147
 H   2.47342821   0.71907277  -0.96868549
 H   1.69839967  -1.27937478   1.09499465

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя