Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 18, 2018 9:37 am

Доброе утро! Спасибо!!!
amge писал(а):
Ср июл 18, 2018 5:42 am
но барьер будет сильно высокий - в таких процессах переносить протон нужно через молекулу, а то две воды).
А если меня интересует только сравнение этого барьера по амино и гидразидо группе. Или все-таки нужно брать ПС с молекулой или двумя воды (в статье эти данные присутствуют)?
P.S. Вот что получилось с геометрией ПС, что Вы дали:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 18, 2018 10:02 am

amge писал(а):
Ср июл 18, 2018 5:42 am
Попробовал поискать ПС TS3Step3 Природой. Нашлось без проблем, но оказалось совсем не похоже на то, что в статье. C1-N2 увеличилась от 1.633 до 2.286. Причем я проверил по IRC - это именно ПС нужной реакции.
А правильно ли составлен кейворд что-бы проверить IRC: #P B3LYP irc=(calcfc) scf=xqc?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 18, 2018 10:05 am

Прикольное переходное состояние. Насколько я понимаю соединяемые им минимумы это альдегид+амин и ...С(OH)-NH..., то есть ...С(O-)-NH2+... вообще не фигурирует.
хотя amge говорит что
amge писал(а):
Ср июл 18, 2018 5:42 am
Причем я проверил по IRC - это именно ПС нужной реакции.
а с ним спорить о переходных состояниях вредно, я уже один раз облажался :lol:

Чтоб говорить о реалистичности надо посмотреть барьеры прямой и обратной реакции.
Результаты для непротекающих (в силу своих барьеров) реакций неинтересны.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 18, 2018 10:07 am

Yeugen2018 писал(а):
Ср июл 18, 2018 10:02 am
А правильно ли составлен кейворд что-бы проверить IRC: #P B3LYP irc=(calcfc) scf=xqc?
впринципе для начал вполне ок. не считая конечно потерянного базиса :D
Но вы тут опять считаете силовые константы. На этом можно сэкономить, ибо они у вас уже посчитаны при расчете частот. Поэтому достаточно скопировать чекпоинтфайл расчета частот в чекпоинтфайл с именем расчета irc и вместо irc=(calcfc) указывать irc=(readfc)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1821
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение amge » Ср июл 18, 2018 10:19 am

Явно то же самое, что и у меня. Хотя структура на первый взгляд и не похожа на ПС, но это оно. И мнимая частота присутствует, и спуск по IRC, уверен, приведет, как и у меня к реагентам и продукту.

Но реакция наверняка не идет через это ПС, т.к. барьер слишком высок (у меня получился 48 ккал/моль, это надо греть 400 гр.). А раз так, то и сравнение этого барьера с барьерами похожих реакций, на мой взгляд, бессмысленно. Надо добиваться "человеческого" барьера.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1821
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение amge » Ср июл 18, 2018 10:22 am

Гесс писал(а):
Ср июл 18, 2018 10:05 am
Результаты для непротекающих (в силу своих барьеров) реакций неинтересны.
Именно так!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 18, 2018 11:01 am

amge писал(а):
Ср июл 18, 2018 10:19 am
Явно то же самое, что и у меня. Хотя структура на первый взгляд и не похожа на ПС, но это оно. И мнимая частота присутствует, и спуск по IRC, уверен, приведет, как и у меня к реагентам и продукту.
так а исходник по вашему IRC - ...С(O-)-NH2+... или индивидуальные ...С=O + NH2... ?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 18, 2018 11:09 am

Пересмотрел еще раз переходные состояния, судя по всему, и это тоже не то что надо:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 18, 2018 11:17 am

Если вы будете указывать между чем должны быть ваши переходные состояния - их будет проще идентифицировать. Несколько оптимистично верить что я или amge держим в голове статью которую вы воспроизводите.
Да, это переходное состояние совершенно неинтересное, оно не может находиться между какими либо интересными минимумуами.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 18, 2018 11:35 am

Гесс писал(а):
Ср июл 18, 2018 11:17 am
Если вы будете указывать между чем должны быть ваши переходные состояния - их будет проще идентифицировать. Несколько оптимистично верить что я или amge держим в голове статью которую вы воспроизводите.
Да, это переходное состояние совершенно неинтересное, оно не может находиться между какими либо интересными минимумуами.
Понял. Буду конкретнее...

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 18, 2018 12:46 pm

Гесс писал(а):
Ср июл 18, 2018 10:07 am
вместо irc=(calcfc) указывать irc=(readfc)
попробывал провести #P B3LYP/Def2svp irc=(readfc), и сразу получил: You must use ReadCartesianFC, FCCards, or CalcFC with IRC
судя по всему не скопировал то что Вы писали
Гесс писал(а):
Ср июл 18, 2018 10:07 am
Поэтому достаточно скопировать чекпоинтфайл расчета частот в чекпоинтфайл с именем расчета irc
Я понимаю мне надо что-то взять из out файла?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Ср июл 18, 2018 1:02 pm

Вот это ПС наверное подойдет.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 18, 2018 1:49 pm

Yeugen2018 писал(а):
Ср июл 18, 2018 12:46 pm
Гесс писал(а):
Ср июл 18, 2018 10:07 am
Поэтому достаточно скопировать чекпоинтфайл расчета частот в чекпоинтфайл с именем расчета irc
Я понимаю мне надо что-то взять из out файла?
Нет не нужно. Ваш расчет должен куда то (скорее всего в ту же папку) писать еще один файл с расгирением chk.
В частности в одном из ваших прошлых аутпутов я вижу строку %chk=C:\G09W\tests\int1_scan5.chk
Имя этого файла обычно соответствует имени расчета, его можно менять в инпуте а строке начинающейся с %chk
$RunGauss
%chk=Mono.chk
#p b3lyp/def2svp EmpiricalDispersion=GD3BJ Opt Freq SCF=xqc

Dissoc

0 2
6 1.343993000 -0.148970000 0.439645000
этот файл бинарный, то есть вы его прочитать не сможете. А гауссиан сможет. Файл хранит в себе массу информации о волновой функции, орбиталях и многом другом чего нет в аутпуте и не так часто надо. Вприницпе его можно конвертировать в fchk который уже более читабелен, но сейчас вам это не требуется.
Вам требуется скопировать этот файл в ту папку в которой гауссиан будет его искать. Я не помню как это реализовано в виндоусовском гауссиане, возможно строке имени надо указывать полный путь.
В последней версии гауссиана появилась возможность читать из одного чекпоинта а писать в другой но в вашем случае файл откуда будет проведено чтение будет перезаписан (то есть исходная информация в нем будет потеряна). Поэтому я рекомендую копировать файл а не использовать его напрямую. Разумеется имя файла после копирования должно быть тем же что указано в новом инпуте.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1821
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение amge » Ср июл 18, 2018 7:33 pm

Гесс писал(а):
Ср июл 18, 2018 11:01 am
так а исходник по вашему IRC - ...С(O-)-NH2+... или индивидуальные ...С=O + NH2... ?
Кетон и амин

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Ср июл 18, 2018 9:13 pm

Yeugen2018, а в статье то переходное состояние которое оказалось проблемным - оно между чем?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 19, 2018 7:44 am

Гесс писал(а):
Ср июл 18, 2018 9:13 pm
Yeugen2018, а в статье то переходное состояние которое оказалось проблемным - оно между чем?
Изображение
Между кетоном и гидразоном (TS3)
Последний раз редактировалось Yeugen2018 Чт июл 19, 2018 8:24 am, всего редактировалось 1 раз.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 19, 2018 8:02 am

Доброе утро!
А в процессе поиска переходного состояния строки:

Код: Выделить всё

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.13203566D+02


 **** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.93653430D-01
это очень плохо? Надо останавливать процесс? И еще, может надо "размораживать" только ранее "замороженную" часть ПС, а оптимизированную мою часть надо "заморозить" для поиска ПС?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Чт июл 19, 2018 8:21 am

нет это не слишком плохо, как минимум пока. Пускай ищет.

да, разморозить замороженное надо, нет, замораживать оптимизированное не надо.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 19, 2018 8:46 am

Для меня как-то не понятно. Почему chemcraft и gaussview иногда по разному отображают одну и ту же геометрию (в одной видно связи в другой нет)?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11994
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Чт июл 19, 2018 9:54 am

визуализатор получает из файла исключительно координаты атомов (окей, из аутпутов иногда еще вектора их колебаний, силы и заряды).
Наличие связей между атомами, их размер, цвет и тому подобное это собственное решение визуализатора (которое вы обычно можете модифицировать). В ДФТ вообще нет понятия "связь", и атомы просто плавают в общем океане электронной плотности. Понятие "химическая связь" вообще очень запутанное и на эту тему можно говорить часми. Поэтому палочки между шариками рисуются исключительно из соображений расстояния между этими шариками. Иногда во внимание принимаются углы этих палочек между собой и традиционное количество палочек которое должно отходить от шарика конкретного атома. Безусловно наличие прорисованных связей существенно облегчает восприятие молекулы, но со стороны расчета это абсолютно нулевая информация - она никак не влияет на энергию молекул или другие свойства (несколько обособленно стоит AiM Бейдера но это совсем другая история). В кемкрафте наличие и тип связи вы можете варьировать во вкладке Tools - Chemcraft incorrectly identifies bonds in the molecule?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя