Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Добрый день! Нужна помощь в расчетах, помощь оплачиваемая !!!!Помогите пожалуйста с поисками переходных состояний в некоторых реакциях. Я считаю уже 6 лет,но безрезультатно, перебрала кучу методичек, конформационный анализ промежуточных частиц провела, переходные состояния я нашла методами QST2,QST3 и TS, но расчет IRC в Гауссиане не идет, хотя в Природе и firefly он проходит. Перепробывала все варианты... и уже отчаялась
Последний раз редактировалось Enot2018 Чт июн 28, 2018 5:43 pm, всего редактировалось 3 раза.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Не позорьте наш ВУЗ ))) Практически на одной улице с вами находится УфИХ РАН, где есть прекрасные специалисты.
Лаборатория химической физики.
Лаборатория химической физики.
Последний раз редактировалось EvgeniX Ср июн 27, 2018 11:20 pm, всего редактировалось 1 раз.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Добрый вечер, а в чем именно проблема? В irc? А он принципиально нужен? Можно попробовать уменьшить шаг. Вы не уверены в правильности переходного состояния? Попробуйте немного сместить вдоль мнимой частоты и оптимизнуть и посмотреть приведет ли это к продуктам и реактантам.
Кто смел тот и съел
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Хотя бы просто ответить, почему не прошла процедура TS (процедуры QST2 и QST3 при использовании совместно с квантово-химическим пакетом ПРИРОДА просто лишние, да ещё и очень затратны; конечно, если расчёты проводили в приближении изолированной молекулы). Приложить входной и выходной файлы.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
не хватает своих знаний
Последний раз редактировалось Enot2018 Чт июн 28, 2018 5:22 pm, всего редактировалось 3 раза.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Мне не хватает еще знаний
Последний раз редактировалось Enot2018 Чт июн 28, 2018 5:36 pm, всего редактировалось 2 раза.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Но все же если кто-то сможет мне помочь, то напишите. Вопросов у меня много и реакция не однаEvgeniX писал(а): ↑Ср июн 27, 2018 11:27 pmХотя бы просто ответить, почему не прошла процедура TS (процедуры QST2 и QST3 при использовании совместно с квантово-химическим пакетом ПРИРОДА просто лишние, да ещё и очень затратны; конечно, если расчёты проводили в приближении изолированной молекулы). Приложить входной и выходной файлы.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
YuraM писал(а): ↑Ср июн 27, 2018 11:20 pmДобрый вечер, а в чем именно проблема? В irc? А он принципиально нужен? Можно попробовать уменьшить шаг. Вы не уверены в правильности переходного состояния? Попробуйте немного сместить вдоль мнимой частоты и оптимизнуть и посмотреть приведет ли это к продуктам и реактантам.
Добрый вечер! а в каких случаях можно не проверять правильность геометрии переходного состояния? я думала,что проверку необходимо проводить всегда... Шаг, количество циклов и точек расчета и прочие команды я меняла, все безрезультатно. Сами переходные состояния фиксируются и методом TS и QST2 (геометрии схожи в обоих случаях), но IRC расчет обрывается отрывом группы,хотя в ПРИРОДЕ и Firefly он идет.Отдельный расчет по двум направлениям тоже провела, он так же обрывается.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
1) то что это переходное состояние надо проверять всегда
2) то что он спускается в нужные минимумы нужно проверять когда это неочевдно, впрочем в данном случае это неочевидно.
3) да, можно сделать проверку так как это написал YuraM - оптимизацией из геометрии полученной смещением вдоль мнимой частоты
4) а чем вас не устраивает природа?
2) то что он спускается в нужные минимумы нужно проверять когда это неочевдно, впрочем в данном случае это неочевидно.
3) да, можно сделать проверку так как это написал YuraM - оптимизацией из геометрии полученной смещением вдоль мнимой частоты
4) а чем вас не устраивает природа?
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Добрый вечер! Различные смещения так и ни к чему не привели, но расчет обрывается и я не могу найти почему..Гесс писал(а): ↑Чт июн 28, 2018 11:10 pm1) то что это переходное состояние надо проверять всегда
2) то что он спускается в нужные минимумы нужно проверять когда это неочевдно, впрочем в данном случае это неочевидно.
3) да, можно сделать проверку так как это написал YuraM - оптимизацией из геометрии полученной смещением вдоль мнимой частоты
4) а чем вас не устраивает природа?
Я считаю в Gaussian и переходить сейчас на ПРИРОДУ и Firefly, в которых у коллег это расчет прошел не хочется, но похоже придется, если я не разберусь с этим зверем)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Это IRC. YuraM и я говорим о простой оптимизации из смещенной геометрии.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Простая оптимизация в различных вариантах смещения вдоль исследуемой частоты приводит к структуре, в которой никак не возможен перенос протона, который я исследую. Так же помимо просто оптимизации я пробовала различные смещения с opt=noeigentest, но все равно это приводит к переходному состоянию, полученному ранее.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Еще раз, я вас правильно понимаю? - Вы берете переходное состояние оптимизированное в природе, смещаете его согласно мнимой сачтоте из природы, оптимизируете полученные геометрии в гауссиане и получаете НЕ те исходники или продукты что в природе? Это весьма удивительно!
А функционал и базис в природе и гауссиане какие?
А функционал и базис в природе и гауссиане какие?
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Не совсем так я находила переходное состояние в Gaussianе, расчет IRC провожу там же, расчет обрывается на втором шаге. Коллеги мне cделали интереса ради расчет того же IRC файла, но в ПРИРОДЕ и Firefly и он прошел нормально и привел к исходным реагентам и продуктам (считали аналогичными методами).Гесс писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 9:59 amЕще раз, я вас правильно понимаю? - Вы берете переходное состояние оптимизированное в природе, смещаете его согласно мнимой сачтоте из природы, оптимизируете полученные геометрии в гауссиане и получаете НЕ те исходники или продукты что в природе? Это весьма удивительно!
А функционал и базис в природе и гауссиане какие?
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Получается вся проблема в расчете IRC, а переходное состояние как мне кажется все-таки найдено правильно...Гесс писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 9:59 amЕще раз, я вас правильно понимаю? - Вы берете переходное состояние оптимизированное в природе, смещаете его согласно мнимой сачтоте из природы, оптимизируете полученные геометрии в гауссиане и получаете НЕ те исходники или продукты что в природе? Это весьма удивительно!
А функционал и базис в природе и гауссиане какие?
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
окей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?
Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?
Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Квантовым химикам задают много посторонних вопросов, которые нужно уметь отпинывать. Но когда квантовые химики научиваются отпинывать все подряд вопросы, отпинывая вопросы по самой сути исследования, оставляя лишь второстепенные вопросы, которые их интересуют, работать с такими исследователями становится не интересно ни за деньги, ни бесплатно.
"У меня мало опыта, я уже приписала возникающим проблемам причины, так что не переубеждайте меня. Просто помогите." -
Руки опустились, но рот усилился.
PS: Пока нет прямых ответов на прямые вопросы, помогать бесполезно. Это не нам надо, а вам.
"У меня мало опыта, я уже приписала возникающим проблемам причины, так что не переубеждайте меня. Просто помогите." -
Руки опустились, но рот усилился.
PS: Пока нет прямых ответов на прямые вопросы, помогать бесполезно. Это не нам надо, а вам.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Расчет геометрии,смещенной от переходного состояния приводит не в те источники и продукты. Во вложении файл предыдущего IRC я не понимаю почему он умирает на втором шагеГесс писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 11:44 amокей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?
Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Enot2018 писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 2:32 pmРасчет геометрии,смещенной от переходного состояния приводит не в те источники и продукты.Гесс писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 11:44 amокей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?
Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian
Enot2018 писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 2:36 pmEnot2018 писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 2:32 pmАналогичная проблема с IRC у меня во всех стадиях всех реакций не только в этом случаетГесс писал(а): ↑Сб июн 30, 2018 11:44 amокей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?
Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей