Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение EvgeniX » Сб июн 30, 2018 2:41 pm

Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 2:32 pm
Расчет геометрии,смещенной от переходного состояния приводит не в те источники и продукты. Во вложении файл предыдущего IRC я не понимаю почему он умирает на втором шаге
Значит шаг сканирования слишком маленький или слишком большой.

Для упрощения анализа чужих данных, нужно прикладывать и входные файлы. Зачем усложнять жизнь тем, кто пытается вам помочь?

Зачем вы в секции Title указываете слова, содержащие русские буквы? Возможно, в данном случае это не вызовет ошибки, но наличие русских букв при использовании в инородных программах часто вызывает проблемы.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 3:02 pm

EvgeniX писал(а):
Сб июн 30, 2018 2:41 pm
Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 2:32 pm
Расчет геометрии,смещенной от переходного состояния приводит не в те источники и продукты. Во вложении файл предыдущего IRC я не понимаю почему он умирает на втором шаге
Значит шаг сканирования слишком маленький или слишком большой.

Для упрощения анализа чужих данных, нужно прикладывать и входные файлы. Зачем усложнять жизнь тем, кто пытается вам помочь?

Зачем вы в секции Title указываете слова, содержащие русские буквы? Возможно, в данном случае это не вызовет ошибки, но наличие русских букв при использовании в инородных программах часто вызывает проблемы.
Шаг меняла от 5 до 20, это не дало результата

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение EvgeniX » Сб июн 30, 2018 3:13 pm

Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 3:02 pm
Шаг меняла от 5 до 20, это не дало результата
Поверим вам на слово, что вы всё делали правильно...
Поверим вам на слово, т.к. есть только слова, что вы выбрали правильные критерии (в ПРИРОДе это просто гигантские шаги, в тех единицах, что используются там, шаги обычно составляют десятые, а то и сотые доли)...
Короче, расчёт не идёт непонятно почему.
Последний раз редактировалось EvgeniX Сб июн 30, 2018 3:17 pm, всего редактировалось 1 раз.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 3:16 pm

#p b3pw91/6-31g(d,p) irc=(calcfc,maxcycle=100,maxpoints=500,stepsize=5) scf=(xqc,maxcycle=200) nosymm и в таком виде пыталась...

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение EvgeniX » Сб июн 30, 2018 3:17 pm

Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 3:16 pm
#p b3pw91/6-31g(d,p) irc=(calcfc,maxcycle=100,maxpoints=500,stepsize=5) scf=(xqc,maxcycle=200) nosymm и в таком виде пыталась...
Когда просят входной файл, надо прикладывать входной файл. Да, у вас всё правильно.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 3:26 pm

EvgeniX писал(а):
Сб июн 30, 2018 3:13 pm
Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 3:02 pm
Шаг меняла от 5 до 20, это не дало результата
Поверим вам на слово, что вы всё делали правильно...
Поверим вам на слово, т.к. есть только слова, что вы выбрали правильные критерии (в ПРИРОДе это просто гигантские шаги, в тех единицах, что используются там, шаги обычно составляют десятые, а то и сотые доли)...
Короче, расчёт не идёт непонятно почему.
Так же посчитала методом РВЕ, аналогичным, используемому в ПРИРОДЕ. Спасибо огромное за потраченное Вами время и извините за мое непонимание каких-то вещей) Я боялась, что в связи со своим малым опытом писала что-то совсем несуразное в строку расчета IRC. Буду разбираться с Firefly. Тему можно закрыть!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение amge » Сб июн 30, 2018 4:04 pm

Шаг irc, пересчитанный из приемлимого для Природы для гауссиана будет stepsize=-40 (именно с минусом)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Гесс » Сб июн 30, 2018 4:37 pm

Я это IRC вижу уже минимум 5ый раз. Я тоже не знаю почему он дальше не идет. Скорее всего слишком плоская ППЭ там куда он попадает.
Но выяснить я у вас уже полстраницы пытаюсь вещь вообще не связанную с IRC.
Гесс писал(а):
Сб июн 30, 2018 11:44 am
Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Касательно отрицательного размера шага в IRC
StepSize=N
Step size along the reaction path, in units of 0.01 Bohr. If N<0, then the step size is taken in units of 0.01 amu1/2-Bohr. The default is 10.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1135
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Vit Nhoc » Вт июл 03, 2018 12:15 pm

У меня опыт поиска ПС не очень большой, но мне кажется лучше начинать со сканирования не по IRC-координатам, а по каким-то геометрическим параметрам в молекуле: расстояние, угол, двугранных угол. В более сложных случаях можно построить Z-матрицу и сканировать какой-то изощрённый параметр. По вашей молекуле я пока не понял, что там надо сканировать. Если вы покажете рисунки начального, конечного и переходного состояния, может быть будет видно что тут лучше сканировать.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Гесс » Вт июл 03, 2018 8:24 pm

У нее уже есть геометрия переходного состояния. Ее теперь интересует показать что эта геометрия спускается в правильные минимумы. Что в конкретном случае ваще не очевидно. Она для этого борется с IRC, мы ее призываем делать оптимизации из смещенных геометрий, она говорит что сводится к неправильным минимумам (ну как я понял ответы) но аутпуты не отдает.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей