Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

вопросы строения молекул и квантовой химии
Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Ср июн 27, 2018 10:25 pm

Добрый день! Нужна помощь в расчетах, помощь оплачиваемая !!!!Помогите пожалуйста с поисками переходных состояний в некоторых реакциях. Я считаю уже 6 лет,но безрезультатно, перебрала кучу методичек, конформационный анализ промежуточных частиц провела, переходные состояния я нашла методами QST2,QST3 и TS, но расчет IRC в Гауссиане не идет, хотя в Природе и firefly он проходит. Перепробывала все варианты... и уже отчаялась
Последний раз редактировалось Enot2018 Чт июн 28, 2018 5:43 pm, всего редактировалось 3 раза.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение EvgeniX » Ср июн 27, 2018 11:15 pm

Не позорьте наш ВУЗ ))) Практически на одной улице с вами находится УфИХ РАН, где есть прекрасные специалисты.
Лаборатория химической физики.
Последний раз редактировалось EvgeniX Ср июн 27, 2018 11:20 pm, всего редактировалось 1 раз.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение YuraM » Ср июн 27, 2018 11:20 pm

Добрый вечер, а в чем именно проблема? В irc? А он принципиально нужен? Можно попробовать уменьшить шаг. Вы не уверены в правильности переходного состояния? Попробуйте немного сместить вдоль мнимой частоты и оптимизнуть и посмотреть приведет ли это к продуктам и реактантам.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение EvgeniX » Ср июн 27, 2018 11:27 pm

Хотя бы просто ответить, почему не прошла процедура TS (процедуры QST2 и QST3 при использовании совместно с квантово-химическим пакетом ПРИРОДА просто лишние, да ещё и очень затратны; конечно, если расчёты проводили в приближении изолированной молекулы). Приложить входной и выходной файлы.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Чт июн 28, 2018 4:27 pm

EvgeniX писал(а):
Ср июн 27, 2018 11:15 pm
Не позорьте наш ВУЗ ))) Практически на одной улице с вами находится УфИХ РАН, где есть прекрасные специалисты.
Лаборатория химической физики.
не хватает своих знаний
Последний раз редактировалось Enot2018 Чт июн 28, 2018 5:22 pm, всего редактировалось 3 раза.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Чт июн 28, 2018 4:42 pm

EvgeniX писал(а):
Ср июн 27, 2018 11:15 pm
Не позорьте наш ВУЗ ))) Практически на одной улице с вами находится УфИХ РАН, где есть прекрасные специалисты.
Лаборатория химической физики.
Мне не хватает еще знаний
Последний раз редактировалось Enot2018 Чт июн 28, 2018 5:36 pm, всего редактировалось 2 раза.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Чт июн 28, 2018 5:29 pm

EvgeniX писал(а):
Ср июн 27, 2018 11:27 pm
Хотя бы просто ответить, почему не прошла процедура TS (процедуры QST2 и QST3 при использовании совместно с квантово-химическим пакетом ПРИРОДА просто лишние, да ещё и очень затратны; конечно, если расчёты проводили в приближении изолированной молекулы). Приложить входной и выходной файлы.
Но все же если кто-то сможет мне помочь, то напишите. Вопросов у меня много и реакция не одна

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Чт июн 28, 2018 10:47 pm

YuraM писал(а):
Ср июн 27, 2018 11:20 pm
Добрый вечер, а в чем именно проблема? В irc? А он принципиально нужен? Можно попробовать уменьшить шаг. Вы не уверены в правильности переходного состояния? Попробуйте немного сместить вдоль мнимой частоты и оптимизнуть и посмотреть приведет ли это к продуктам и реактантам.

Добрый вечер! а в каких случаях можно не проверять правильность геометрии переходного состояния? я думала,что проверку необходимо проводить всегда... Шаг, количество циклов и точек расчета и прочие команды я меняла, все безрезультатно. Сами переходные состояния фиксируются и методом TS и QST2 (геометрии схожи в обоих случаях), но IRC расчет обрывается отрывом группы,хотя в ПРИРОДЕ и Firefly он идет.Отдельный расчет по двум направлениям тоже провела, он так же обрывается.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Гесс » Чт июн 28, 2018 11:10 pm

1) то что это переходное состояние надо проверять всегда
2) то что он спускается в нужные минимумы нужно проверять когда это неочевдно, впрочем в данном случае это неочевидно.
3) да, можно сделать проверку так как это написал YuraM - оптимизацией из геометрии полученной смещением вдоль мнимой частоты
4) а чем вас не устраивает природа?

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Пт июн 29, 2018 9:29 pm

Гесс писал(а):
Чт июн 28, 2018 11:10 pm
1) то что это переходное состояние надо проверять всегда
2) то что он спускается в нужные минимумы нужно проверять когда это неочевдно, впрочем в данном случае это неочевидно.
3) да, можно сделать проверку так как это написал YuraM - оптимизацией из геометрии полученной смещением вдоль мнимой частоты
4) а чем вас не устраивает природа?
Добрый вечер! Различные смещения так и ни к чему не привели, но расчет обрывается и я не могу найти почему..
Я считаю в Gaussian и переходить сейчас на ПРИРОДУ и Firefly, в которых у коллег это расчет прошел не хочется, но похоже придется, если я не разберусь с этим зверем)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Гесс » Пт июн 29, 2018 10:23 pm

Это IRC. YuraM и я говорим о простой оптимизации из смещенной геометрии.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 9:36 am

Гесс писал(а):
Пт июн 29, 2018 10:23 pm
Это IRC. YuraM и я говорим о простой оптимизации из смещенной геометрии.
Простая оптимизация в различных вариантах смещения вдоль исследуемой частоты приводит к структуре, в которой никак не возможен перенос протона, который я исследую. Так же помимо просто оптимизации я пробовала различные смещения с opt=noeigentest, но все равно это приводит к переходному состоянию, полученному ранее.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Гесс » Сб июн 30, 2018 9:59 am

Еще раз, я вас правильно понимаю? - Вы берете переходное состояние оптимизированное в природе, смещаете его согласно мнимой сачтоте из природы, оптимизируете полученные геометрии в гауссиане и получаете НЕ те исходники или продукты что в природе? Это весьма удивительно!
А функционал и базис в природе и гауссиане какие?

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 11:04 am

Гесс писал(а):
Сб июн 30, 2018 9:59 am
Еще раз, я вас правильно понимаю? - Вы берете переходное состояние оптимизированное в природе, смещаете его согласно мнимой сачтоте из природы, оптимизируете полученные геометрии в гауссиане и получаете НЕ те исходники или продукты что в природе? Это весьма удивительно!
А функционал и базис в природе и гауссиане какие?
Не совсем так я находила переходное состояние в Gaussianе, расчет IRC провожу там же, расчет обрывается на втором шаге. Коллеги мне cделали интереса ради расчет того же IRC файла, но в ПРИРОДЕ и Firefly и он прошел нормально и привел к исходным реагентам и продуктам (считали аналогичными методами).

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 11:08 am

Гесс писал(а):
Сб июн 30, 2018 9:59 am
Еще раз, я вас правильно понимаю? - Вы берете переходное состояние оптимизированное в природе, смещаете его согласно мнимой сачтоте из природы, оптимизируете полученные геометрии в гауссиане и получаете НЕ те исходники или продукты что в природе? Это весьма удивительно!
А функционал и базис в природе и гауссиане какие?
Получается вся проблема в расчете IRC, а переходное состояние как мне кажется все-таки найдено правильно...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Гесс » Сб июн 30, 2018 11:44 am

окей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?

Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение EvgeniX » Сб июн 30, 2018 2:11 pm

Квантовым химикам задают много посторонних вопросов, которые нужно уметь отпинывать. Но когда квантовые химики научиваются отпинывать все подряд вопросы, отпинывая вопросы по самой сути исследования, оставляя лишь второстепенные вопросы, которые их интересуют, работать с такими исследователями становится не интересно ни за деньги, ни бесплатно.

"У меня мало опыта, я уже приписала возникающим проблемам причины, так что не переубеждайте меня. Просто помогите." -
Руки опустились, но рот усилился.

PS: Пока нет прямых ответов на прямые вопросы, помогать бесполезно. Это не нам надо, а вам.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 2:32 pm

Гесс писал(а):
Сб июн 30, 2018 11:44 am
окей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?

Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Расчет геометрии,смещенной от переходного состояния приводит не в те источники и продукты. Во вложении файл предыдущего IRC я не понимаю почему он умирает на втором шаге
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 2:36 pm

Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 2:32 pm
Гесс писал(а):
Сб июн 30, 2018 11:44 am
окей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?

Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Расчет геометрии,смещенной от переходного состояния приводит не в те источники и продукты.

Enot2018
Сообщения: 15
Зарегистрирован: Ср июн 27, 2018 9:55 pm

Re: Требуется помощь в поиске переходных состояний в Gaussian

Сообщение Enot2018 » Сб июн 30, 2018 2:41 pm

Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 2:36 pm
Enot2018 писал(а):
Сб июн 30, 2018 2:32 pm
Гесс писал(а):
Сб июн 30, 2018 11:44 am
окей, я задам тот же самый вопрос в очередной раз, потому как ясности я так и не получил:
Вы взяли геометрию смещенную от переходного сотосяния вдоль мнимой частоты, оптимизировали и получили что?
Расчет умер?
Расчет вернулся в переходное состояние хотя запращивали минимум?
Расчет приводит не в те исходники и продукты?

Приложите аутпуты поиска переходного состояния и его частот и этих оптимизаций из смещенных геометрий.
Аналогичная проблема с IRC у меня во всех стадиях всех реакций не только в этом случает

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей