Gaussian. Error after 129 cycles.

[BIG_DATE]

Провожу я свои эксперименты с условно говоря( как тут написали) чешуйкой графена с атомами азота, в которые мне нужно вставить атомы металла. И вот я провёл уже порядка 5 вычислений. Но все вычисления заканчиваются на каком-то 129 цикле. Я уже и не знаю что делать. Похоже, что я задаю какие-то не те параметры рассчёта, поэтому атомы не двигаются в моей структуре...
Я стал вычислять всегда так: # opt=calcall mp4/3-21g geom=connectivity или так: # opt=calcall mp6/sto-3g

Параметр: opt=calcall - ( как я понял) позволяет устанавливать программе связь между несвязанными атомами. Но похоже этого мало. Они почему-то не двигаются после установления связи на встречу друг другу.

[Гесс]

А, вы продолжаете жрать кактус. Ну дело ваше.

По конкретно этому аутпуту (то есть локальные сложности, а не системные проблемы):
Не сошлась даже первая ССП итерация. Нечто похожее описано например в viewtopic.php?t=7171 и более отдаленное в http://www.ccl.net/chemistry/resources/ ... 5.006-dir/
Можно попробовать поиграть с исходным предположением типа Guess=Core или другими ключами из http://gaussian.com/guess/
Возможно чтото из серии scf(conver=4,vshift=400) поможет, причем больше надежда на шифт.

Впрочем я сильно сомневаюсь что систему с Fe Co Ni и четырмя ни на что не заземленными арильными радикалами удастся свести во что либо правдоподобное, тем более на rb3lyp/3-21g

Таки еще раз по глобальным проблемам - у вас нереалистичная система, неадекватно малый базис даже для органики не говоря о переходных металлах и попытки свести наверняка опеншелл систему в рестриктнутом методе. Я затрудняюсь сказать что еще можно было бы сделать хуже.

[BIG_DATE]

Спасибо за ваш комментарий. Буду исправлять.

[BIG_DATE]

А, вы продолжаете жрать кактус. Ну дело ваше.

Как будто у меня есть выбор. Тем более я среди научных работ ( дисеров и дипломов ) нахожу структуры даже меньшие, чем эта. И ничего, прокатывает.
rb3lyp/3-21g - а чем по вашему ещё рассчитывать?
четырмя ни на что не заземленными арильными радикалами - какие ещё четыре радикала?! Не должно быть атм ничего.
у вас нереалистичная система - с двумя металлами в принципе эксперименты у других шли, есть опубликованные работы. Да выдёргивался кусок по меньше, но всё же.
Я затрудняюсь сказать что еще можно было бы сделать хуже. - я учту ваши предложения по параметрам и дальше будет возможно ещё хуже.

[Ahha]

с двумя металлами в принципе эксперименты у других шли, есть опубликованные работы. Да выдёргивался кусок по меньше, но всё же.

Скиньте, пожалуйста, ссылки на эти публикации.

[BIG_DATE]

Молекулы почему-то не двигаются от своих начальных позиций. Как это исправить?

[BIG_DATE]

Сразу хочу отметить, что я делаю это всё в рамках научной работы. И да я очень заинтересован в получении результатов именно таких систем.
Ниже я привёл некоторую литературу, что откопал в сети интернет. И это не то, что говорит мне делать научник т.е. это своершенно незнакомые мне и моему научнику делали люди и у них почему-то всё получалось.

[BIG_DATE]

Я затрудняюсь сказать что еще можно было бы сделать хуже. -
Может это.

[BIG_DATE]

Забыл файл прикрепить(.

[Ahha]

Ниже я привёл некоторую литературу, что откопал в сети интернет. И это не то, что говорит мне делать научник т.е. это своершенно незнакомые мне и моему научнику делали люди и у них почему-то всё получалось.

Мда. ДФТ расчет упоминается только в диссере, но что-то я нигде не нахожу там упоминания базиса, в котором считалось. Сомневаюсь, что это был 3-21g. Это к вашему вопросу:

rb3lyp/3-21g - а чем по вашему ещё рассчитывать?

Может, вам пообщаться с этой тетенькой и спросить ее о подробностях? Или еще с кем-то, кто имеет отношение к этой работе. Это я исхожу из предположения, что все эти публикации - изложение результатов, а не художественное сочинение...
На вопрос: "А почему молекулы не двигаются?" вам уже ответили. У вас не сходится даже первая SCF итерация. Ведь как все происходит: по заданным координатам программа создает "нулевое приближение" для волновой функции (initial guess). Потом его доводит до самосогласования, получается "первое приближение", расчитываются градиенты, и только тогда пересчитываются координаты атомов, и молекулы начинают "двигаться". Дальше процедура повторяется (за исключением initial guess). У вас она не дошла даже до первого приближения, поэтому ничего двигаться и не должно. Как это можно попробовать исправить - вам уже накидали ссылок в самом первом ответе.

[Гесс]

Снимок.PNG

Коричневым помечены атомы-радикалы. Их можно рассматривать как очень жестко оборванный край графена и они будут создавать массу проблем со сходимостью даже без металлов. На то что они скоординируются с металлами надежд никаких - слишком далеко.
Белым отмечены нелогичные на мой взгляд протонирования. Желтым - еще одна весьма нелогичная на мой взгляд крякозябра.
Периодические расчеты спасли бы вас от краевых эффектов, но вы хотите считать гауссианом, молекулярку. ОК.
Для атомов металлов базисы ниже 6-31 с добавлением диффузных и поляризационных функций будут вообще ниочем.

[Гесс]

Я посмотрел выложенную литературу.

Монография. Она явно написана минимум двумя авторами, включая введение. Эксперименталка и частично введение выглядят наукоемко. Введение по части механизмов переноса заряда довольно примитизировано, а вот кванты в монографию были добавлены очень зря, как минимум участок в районе стр 77-78. Там есть еще чтото квантовое после стр 126 которое выглядит не так страшно, но там у меня уже сил не хватило.
ЕHF названный "энергией Хартри–Фока" это очевидно Heat of formation, более того в виду того что я не вижу никаких референсов к таблице 3 - у меня есть подозрение что это просто полные энергии, дай бог чтоб не в хартрях.
Есть неприятное сходство монографии с диссертацией Лу Пина от 2012 года (судя по автореферату удивительно много картинок скопи ено оттуда)

Статья в наноматериалах - там ни расчетов ни утверждений по структуре и таким полостям.

В конечном счете вы воспроизводите кванты из диссертации Попковой. Которая в свою очередь опирается на статьи Запороцковой как https://www.researchgate.net/publicatio ... anopolimer (с металлами) и https://cyberleninka.ru/article/v/kvant ... ilonitrila В них прекрасно все, заканчивая списком литературы. Разумеется ни в диссере ни в статье Заболоцковой не фигурирует даже базис для B3LYP, не говоря о других технических деталях. Можете попробовать с ней связаться узнать детали. Впрочем у нее фигуриует также что расчеты геометрии делались в MNDO и PM3. Это на самом деле является вариантом решения. Эти методы намного быстрее чем ДФТ, там меньше вариантов что делать, у них лучше шансы куда то оптимизироваться и дать какие-то структуры. Вообщем если вы хотите какие то оптимизации и какие то структуры - то очень даже вариант. Результаты будет разумеется мусором но судя по тому что я посмотрел за последний час - это никого не смущает.

UPD. Я сперва аж заинтересовался где ж опубликована столь наукоподобная работа, звучит то неплохо, Journal of nano- and electronic physics, загуглил. Publisher: Sumy State University (Sumy, Ukraine) Я даже не знал что у них есть вестник, а он даже скопусом индексируется и дои имеет!

[Shorku]

Гесс, не учите человека плохому чтоли, а то сейчас еще до GAFF дойдем =)
По сабжу: надо бы спросить научника, какова по его мнению мультиплетность такой системы. Если нучник за такие слова не в курсе, то тему работы и научника стоит поменять.

[BIG_DATE]

Спасибо, что прочитали предложенную литературу! Очень благодарен!
Периодические расчеты спасли бы вас от краевых эффектов - конечно нужны периодические расчёты, но я пока не знаю как их задать.
Водород почему-то отделился...Это же периодическая структура. И там атомы водорода заменяют углерод и азот.

[BIG_DATE]

Считал что по сложнее тем базисом, что вы подсказали мне. В итоге всё равно ошибка(. Пока не разобрался с ней т.к. поздно ночью получил.

[Гесс]

1) Ткните мне пожалуйста пальцем кто вам сказал считать в STO-3G
2) У вас опять новая система. Впрочем она мне нравится несколько больше чем прошлая с дыркой.
Попробуйте для начала одну пластину вместо 2 и один атом металла вместо 3, базис 6-31+G* и использование D3 коррекции (у вас пока не прогло и 1 scf но хочется верить что когда нибудь вы дойдете до оптимизации и там D3 не повредит.

Shorku - не, GAFF не посоветую, там переходных металлов нет. Тогда уже Драйдинг.

[BIG_DATE]

1) Взял STO-3G т.к. базис этот быстрее считает мой калькулятор. 6-31 я наверное дня 3 буду вычислять.
2) У вас опять новая система. Впрочем она мне нравится несколько больше чем прошлая с дыркой. - с дыркой вообще беспонтовая система. Более чем 10 разных экспериментов провёл. Всё одно -ошибка и всё тут. Ну нафиг дырку. Тем более, что она крайне маловероятна.

Попробуйте для начала одну пластину вместо 2 - считал вчера у себя на ноуте ( 2-е пластины считались на ноуте брата), был уставший. Короче я комп выключил случайно. Что теперь заново?

и использование D3 коррекции - а вот тут можно по подробнее. Это как запрогать туда?

В базисе STO-3G это рассчитовалось 1.5 дня. Сколько же он будет в 6-31+G* считать?!

[BIG_DATE]

Погуглил ошибку "Convergence criterion not met." оказывается просто метод рассчитан всего на 129 циклов по умолчанию. Ответ нашёл тут:
http://www.ccl.net/chemistry/resources/ ... index.html короче строку с параметрами сделал как вы сказали, но 3-21. Кол-во циклов 999, NMP SQ и в SCP добавил qc и Direct

[Гесс]

NMP SQ

Я не знаю таких ключей в гауссиане

и в SCP добавил qc и Direct

ну это видимо SCF. Ну тут есть два варианта, или оно опять рухнет невзлетев на первом шаге SCF, либо, если взлетит, то у нас как минимум неделя до вашего следующего появления, с scf=qc то.

но 3-21

Это как пить пиво наперстками. Формально как бы емкость, а по факту бесмысленное махание руками.

[Shorku]

Погуглил ошибку "Convergence criterion not met." оказывается просто метод рассчитан всего на 129 циклов по умолчанию. Ответ нашёл тут:
http://www.ccl.net/chemistry/resources/ ... index.html короче строку с параметрами сделал как вы сказали, но 3-21. Кол-во циклов 999, NMP SQ и в SCP добавил qc и Direct

Шутка юмора в том, что если вы считаете что-то странное, то от того, что вы станете считать это в десять раз дольше, оно не перестанет быть странным. Если SCF не сошелся аж за 129 итераций, с 99% вероятностью он не сойдется и за 999 итераций. Но на вяснение этого у Вас уйдет несколько больше времени.
Кстати, вас S^2 = 7,5, при том, что должен быть 0.75. Вы явно ошибаетесь со спиновым состоянием своей системы. Т.е. если даже за 999 шагов что-то сойдется (в чем я сомневаюсь), вы получите на выходе какое-то странное broken symmetry решение, которое скорее всего будет просто мусором.

И да, если Вы будете эти проблемы игнорировать, они не исчезнут