.wfn файлы в Gaussian 09

[Arayi]

Доброго времени суток.
Я молодой физик-студент, занимающийся квантово-химическими расчетами в Gaussian 09.
И мне, с моим научным руководителем необходимо разобраться в использовании .wfn\.wfx файлов. Как их создавать, проблемы нет.
Вопрос, как после создания такого файла его использовать в том же Gaussian 09?
Обращаюсь сюда, т.к. Google ответа не дает. А для оптимизации расчетов было бы очень хорошо включить эти файлы.
Пример:
%chk=tet001754H2O
%Mem=1200MB
%NProcShared=4
#p MP2/cc-pVTZ opt=(Z-matrix,MaxCycle=200) output=wfn

Gaussian Test Job 00
Methanol monomer g(OH)= 36 f(CH3)=116

0 1
6
1 1 R1
1 1 R2 2 A1
8 1 R3 2 A2 3 D1
6 1 R4 3 A3 2 D2
1 4 R5 1 A4 5 Dg
1 5 R6 1 A5 4 Df
1 5 R7 7 A6 1 D5
1 5 R8 7 A7 1 D6
Variables:
R1= 1.0907
R2= 1.0912
R3= 1.425
R4= 1.5092
R5= 0.9572
R6= 1.0867
R7= 1.0882
R8= 1.086
A1= 107.6705
A2= 110.3783
A3= 110.5493
A4= 108.4348
A5= 110.4818
A6= 107.9765
A7= 108.8693
D1= 120.0225
D2= 119.871
D5= 120.6846
D6=-121.2413
Constant:
Dg=216.000
Df=296.000

h2o.wfn

h2o.wfn как его задать в input файл Gaussian.

Надеюсь на ваше понимание.
С уважением, Arayi.

[Гесс]

Зачем? В нем кажется нет ничего стоящего чего нет в чекпоинте, и все считывают guess=read именно из chk.
гауссиановский вейвфанкшн файл генерируют для внешних программ.

[Arayi]

Для пересчета по волновой функции взятой из wfn/wfx. Ведь как я понимаю, из файлов гауссиана, именно волновые функции и выдает программа в файле wfn/wfx
Опять же, надеюсь на понимание, ведь занимаюсь этим совсем недавно. И разобраться в этом надо.

[Гесс]

Для пересчета по волновой функции взятой из wfn/wfx.

Мне попрежнему непонятно, что вы хотите сделать/получить.
Я никогда не встречал чтобы кому то потребовался wfn для гауссиана.
Его собственно и из гауссиана создают очень редко. Помоему преимущественно для бейдеровского анализа AIMAll-ом.
99% потребностей считывания каких то данных из другого гауссианового расчета покрываются чтением chk (или его форматированного аналога fchk). Крайне редко используется rwf, но такую ситуацию еще придумать надо.

На мой взгляд вам нужен Guess=read http://gaussian.com/guess/ если нет - то обьясните задачу.

[Arayi]

Если совсем своими словами, то задача выглядит так.
Запустить гауссиан. Получить по входным данным .wfn файл.
Вытащить из .wfn/.wfx файла все данные и вставить их в входной файл гауссиана (.gjf).
После чего пересчитать все еще раз.
В Gamess-е такие вещи делаются значительно проще. Там можно из .dat файлов вытащить волновые функции и вставить в входной файлик, чтобы пересчитать по заданной волновой функцией.
Главный вопрос, как тоже самое делается в Gaussian-е и делается ли вообще?

[Гесс]

Какие данные вы хотите вытащить из .wfn?
Вы уверены что этих данных нет в .chk? Это будет очень странно.

[Arayi]

По моему понимаю в wfn лежит информация о волновых функциях,т.е. описывается конфигурация молекулы(или состояние квантовой системы). Исправьте меня, если я не прав.
Как тогда эта функция задается в .wfn файле? И как ее можно использовать в gaussian-е, и можно ли? Или как можно использовать эту конфигурацию?
А если обращаться к .chk-файлам, то через какие программы их можно анализировать?
Извините, если замучал Вас своими вопросами. Но надо же как-то разобраться, как это работает.)

[Shorku]

Ок, откуда у Вас взялись wfn-файлы?
1. Если их сегенерил другой расчет в гауссиане, то тот же расчет должен был сгенерить и chk-файл. Ответ на исходный вопрос - возьмите вместо wfn-файла chk-файл. Chk содержит все, чтобы перезапустить расчет (втч волновую функцию)

2. Если wfn пришел откуда-то еще, и ничего больше нет, то я даже не знаю, есть ли у этой задачи простое решение. Либо просто еще раз сделать такие же расчеты, чтобы получить chk-файлы, либо искать/писать программу для конвертации wfn в chk, в зависимости от того, что быстрее.

[Гесс]

Пост был написан изначально на английском, но у меня появилась русская клавиатура и поэтому я его перенаберу на русском. Английская версия останется внизу без цитирований, может к нам кто нерусский заглянет (мне ее тупо жалко стирать).

По моему понимаю в wfn лежит информация о волновых функциях,т.е. описывается конфигурация молекулы(или состояние квантовой системы). Исправьте меня, если я не прав.
Как тогда эта функция задается в .wfn файле? И как ее можно использовать в gaussian-е, и можно ли? Или как можно использовать эту конфигурацию?

Это хождение по кругу начинает надоедать. Я повторю еще раз - checkpoint файл содержит волновую функцию и скорее всего любую другую информацию которая может вам понадобиться для перезапуска расчета. wfn файлы не предназаначены для гауссиана. Они в первую очередь для AIM.

А если обращаться к .chk-файлам, то через какие программы их можно анализировать?

https://www.researchgate.net/post/What_ ... _fchk_file
Вы можете и вам слеудет использовать .chk как есть для перезапуска расчета.
Для анализа .chk следует конвертировать в .fchk как это описано в выщеприведенной ссылке или лучше https://gaussian.com/formchk/
.fchk файлы могут быть визуализированы в Gaussview, Chemcraft, Multiwfn. Также утилита cubegen http://gaussian.com/cubegen/ позволяет генерировать много разных .cube которые можно визуализировать в VMD, Chimera, Chemcraft и куче другого софта.
Следует принимать во внимание КАКИЕ данные сохраняются в checkpoint file, по умолчанию это SCF densities, то есть HF для MP2. http://gaussian.com/density/
Необходимо использовать Density=Current чтобы сохранить плотности MP2. См также example3 на https://webcache.googleusercontent.com/ ... n-09-jobs/ (Люди которые занимаются DFT обычно это забывают поскольку для них разницы между SCF и конечной нет). Ну а исходя из того как выглядит ваш инпут - ваш .wfn также содержит волновую функцию HF.

2. Если wfn пришел откуда-то еще, и ничего больше нет, то я даже не знаю, есть ли у этой задачи простое решение. Либо просто еще раз сделать такие же расчеты, чтобы получить chk-файлы, либо искать/писать программу для конвертации wfn в chk, в зависимости от того, что быстрее.

Я не уверен на 100% что такое обратное преобразование возможно. А так как оба файла бинарники то все еще хуже. Ну а для систем типа MeOH пересчет в MP2/cc-pVTZ займет совсем немного времени.

Sorry, no Russian keyboard.
Its getting boring. I will tell once again - checkpoint files most likely contain all info you may need, including wavefunctions.
https://www.researchgate.net/post/What_ ... _fchk_file
You can and should use binary .chk as is for rerunning calculations.
For analysis you have to convert .chk to .fchk as it is described in the link above or better here https://gaussian.com/formchk/
.fchk files can be analysed with Gaussview, Chemcraft, Multiwfn. Also cubegen utility http://gaussian.com/cubegen/ allows you to get a lot of different cubes that can be visualised in VMD, Chimera, Chemcraft and a lot of other codes.
You should be aware what data are saved in checkpoint file, by default it should be SCF densities, so HF for MP2. http://gaussian.com/density/
You should use Density=Current to save MP2. See in particular example3 on https://webcache.googleusercontent.com/ ... n-09-jobs/ (People who works on DFT quite often forget this thing while it play no difference for them). And according to how your input looks like - you .wfn also contains HF wavefunction.
I am not 100% sure that such backconversion is possible. Both files are binaries that make life even harder. And for systems like MeOH recalculation on MP2/cc-pVTZ will take pretty short time.

[Arayi]

wfn файлы не предназаначены для гауссиана. Они в первую очередь для AIM.

В какой-то мере это, частично, и есть ответ.
Извиняюсь, что не совсем корректно поставил вопрос.
А за разбор chk-файла - спасибо отдельно!