Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

iAlex · Сообщение **iAlex** » Сб окт 27, 2018 7:18 pm

Привет всем.

После FireFly и Gamess-US, решил освоить BDF, т.к. в нем есть нужные мне методы sf-X2C и SOC-TDDFT (open-shell).
Сейчас делаю простые расчеты и разбираюсь. Если с расчетами энергий проблем нет, то вот оптимизация геометрии как-то "криво" работает.
Например расчет оптимизации геометрии в ХФ:
input

Код: Выделить всё

$COMPASS
title
 H2O
basis
 def2-sv(p)
geometry
  O         0.000000000000      0.000000000000     -0.198235994600
  H        -0.518500425500     -0.898069080600     -0.564850156700
  H         1.037000850900     -0.000000000100     -0.564850156700
end geometry
unit
 angstrom
skeleton
$End

$bdfopt
iprt
 1
solver
 1
maxcycle
 50
tolene
1.0E-006
tolgrad
0.0001
$end

$xuanyuan
direct
schwarz
maxmem
 512mw
rs
 0.333
$end

$scf
charge
 0
rhf
nptrad
 63
nptang
 302
grid
 medium
maxiter
 500
guess
 huckel
threshconv
1.d-10 1.d-08
maxdiis
10
thrdiis
0.5
molden
iprtmo
 2
$end

$resp
geom
norder
1
method
1
$end

out

Код: Выделить всё

BDFHOME =  /home/user/BDF/bdf-system
BDF_TMPDIR = /home/user/BDF/bdf-system/tmp
BDF_MPIRUN =  None
BDF_MPIROOT =  None
|---------------------------------------------------------------------|
 Could not find mpirun. Set to serial running ...

 BDFHOME     =  /home/user/BDF/bdf-system
 BDF_WORKDIR =  /home/user/BDF/outputs/H2O_hf
 BDF_TMPDIR  =  /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp
 BDFTASK     =  H2O_hf

  BDF parrallel running information ...
  BDF_MASTER_NODE bdf-server
  BDF_MPIROOT =  None
  Total number of computational nodes   = 1
  Number of processes per node          = 1
  Number of openmp threads per process  = 1


  Singlepoint_task =  True
  Fragmp2_task     =  False


$compass
title
h2o
basis
def2-sv(p)
geometry
o 0.000000000000 0.000000000000 -0.198235994600
h -0.518500425500 -0.898069080600 -0.564850156700
h 1.037000850900 -0.000000000100 -0.564850156700
end geometry
unit
angstrom
skeleton
$end
$bdfopt
iprt
1
solver
1
maxcycle
50
tolene
1.0e-006
tolgrad
0.0001
$end
$xuanyuan
direct
schwarz
maxmem
512mw
rs
0.333
$end
$scf
charge
0
rhf
nptrad
63
nptang
302
grid
medium
maxiter
500
guess
huckel
threshconv
1.d-10 1.d-08
maxdiis
10
thrdiis
0.5
molden
iprtmo
2
$end
$resp
geom
norder
1
method
1
$end
tmpstdin  True

 BDF command:  /home/user/BDF/bdf-system/bin/compass.x /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp/H2O_hfXX0.compass.inp
  Bdf process        0 of        1 on Serial  
 
|******************************************************************************|
 
    Start running module compass
    Current time   2018-10-28  01:28:35
 
|******************************************************************************|

 ++++++++++ Reading compass input ++++++++++++++++++
 TITLE
 BASIS
 Input Basis set is DEF2-SV(P)
 Spherical GTO 5d,7f
 GEOMETRY
 o       0.00000000      0.00000000     -0.19823599
 h      -0.51850043     -0.89806908     -0.56485016
 h       1.03700085      0.00000000     -0.56485016
 UNIT
 SKELETON
 $END
 ++++++++++ End of reading compass input +++++++++++++


|-------------------------------------------------------------------------------------------|

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000    -0.374612     8.00    1     0     0     0   E     15.9949
  H       -0.979824    -1.697105    -1.067412     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
  H        1.959648     0.000000    -1.067412     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
 
|--------------------------------------------------------------------------------------------|

 S                     7                     3
 P                     4                     2
 D                     1                     1
 S                     4                     2
  End of reading atomic basis sets ..
 Printing basis sets for checking ....

 Atomic label:  O   8
 Maxium L  2 7s4p1d ----> 3s2p1d NBF =  14
 #--->s function
   Exp Coef        Norm Coef         Con Coef   
     2266.17678 0.829823E+03   -0.005389    0.000000    0.000000
      340.87010 0.200427E+03   -0.040235    0.000000    0.000000
       77.36314 0.659046E+02   -0.180082    0.000000    0.000000
       21.47964 0.252078E+02   -0.468289    0.000000    0.000000
        6.65894 0.104729E+02   -0.446926    0.000000    0.000000
        0.80976 0.215666E+01    0.000000    1.000000    0.000000
        0.25531 0.907430E+00    0.000000    0.000000    1.000000
 #--->p function
   Exp Coef        Norm Coef         Con Coef   
       17.72150 0.106074E+03    0.062630    0.000000
        3.86355 0.158022E+02    0.333311    0.000000
        1.04809 0.309374E+01    0.741486    0.000000
        0.27642 0.584706E+00    0.000000    1.000000
 #--->d function
   Exp Coef        Norm Coef         Con Coef   
        1.20000 0.359002E+01    1.000000
 

 Atomic label:  H   1
 Maxium L  0 4s ----> 2s NBF =   2
 #--->s function
   Exp Coef        Norm Coef         Con Coef   
       13.01070 0.173077E+02    0.033485    0.000000
        1.96226 0.418873E+01    0.234722    0.000000
        0.44454 0.137546E+01    0.813770    0.000000
        0.12195 0.521375E+00    0.000000    1.000000
 
 
 
 Molecular center of mass
         0.05480194    -0.09491974    -0.45210894

 Molecular center of nuclear charge
         0.09798238    -0.16971046    -0.51317181

 [molesym]
 
 Auto decide molecular point group! Rotate coordinates into standard orientation!
 Threshold= 0.10000E-08 0.10000E-11 0.10000E-03
 
 zgeomsort being called!
gsym: C02V, noper=    4
 Exiting zgeomsort....
  Coord of external charges ...
  Binary group is observed ...
  Point group name C(2V)                        4
 C|2|V|                     2
 C2
 I2
2I2
 I21
 Representation generated
 C|2|V|                     2
 Symmetry check OK
  Number of symmery unique centers:                      2

|-------------------------------------------------------------------------------------------|

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.240002     8.00    1     0     0     0   E     15.9949
  H       -1.697105     0.000000    -0.960009     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
  H        1.697105     0.000000    -0.960009     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
 
|--------------------------------------------------------------------------------------------|

                     4
IRREP:   3   4   1
DIMEN:   1   1   1

 Irreps of multipole moment operators ...
 Operator  Component    Irrep       Row
  Dipole       x           B1          1
  Dipole       y           B2          1
  Dipole       z           A1          1
  Quadpole     xx          A1          1
  Quadpole     xy          A2          1
  Quadpole     yy          A1          1
  Quadpole     xz          B1          1
  Quadpole     yz          B2          1
  Quadpole     zz          A1          1
 
 Generate symmetry adapted orbital ...
 Print Multab
  1  2  3  4
  2  1  4  3
  3  4  1  2
  4  3  2  1

|--------------------------------------------------|
          Symmetry adapted orbital                   

  Total number of basis functions:      18      18

  Number of irreps:   4
  Irrep : A1      A2      B1      B2      
  Norb  :      9       1       5       3
|--------------------------------------------------|

Total number of shells:        5
 R max for this shell   9.94999999999987       9.999569150703294E-011
 R max for this shell   9.46999999999988       9.994167141492996E-011
 R max for this shell   4.79999999999998       9.085992348854229E-011
 R max for this shell   14.0099999999998       3.038905389416744E-010
 /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp/interface.dat
|******************************************************************************|
 
    Total cpu     time:          0.01  S
    Total system  time:          0.03  S
    Total wall    time:          0.04  S
 
    Current time   2018-10-28  01:28:35
    End running module compass
|******************************************************************************|
 
tmpstdin  True

 BDF command:  /home/user/BDF/bdf-system/bin/bdfopt.x /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp/H2O_hfXX1.bdfopt.inp
  Bdf process        0 of        1 on Serial  
 
|******************************************************************************|
 
    Start running module bdfopt
    Current time   2018-10-28  01:28:35
 
|******************************************************************************|

|-------------------------------------------------------------------------------------------|

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.240002     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -1.697105     0.000000    -0.960009     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        1.697105     0.000000    -0.960009     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
 
|--------------------------------------------------------------------------------------------|

 natom=                     3
 
 [bdfopt_input]
 
 
 [bdfopt_input_prt]
 
  optinfo%iprt             =                     1
  optinfo%solver           =                     1
  bdf_dlf_glob%maxcycle    =                    50
  bdf_dlf_glob%tolerance   =  1.000000000000000E-004
  bdf_dlf_glob%tolerance_e =  1.000000000000000E-006
  bdf_dlf_glob%iopt        =                     3
  bdf_dlf_glob%icoord      =                     0
  bdf_dlf_glob%imultistate =                     0
  bdf_dlf_glob%iline       =                     0
 
 
    GEOMETRY OPTIMIZATION IN REDUNDANT INTERNAL COORDINATE
 
  Optimization will search for Local Minima...
  Optimization Method: Rational Function Optimization method combined with Two point Linear Search method.
   Hessian about setting: 
    Initial Hessian:   Diagonal Guess on internal coordinate...
    Update  Hessian:  BFGS Method for minima .
  Convergence Tolerance (force-RMS/MAX, step-RMS/MAX) 0.100E-03 0.150E-03 0.400E-03 0.600E-03
 
   Input Cartesian Coordinates for generating Internal Coordinates:
       Atom           X                Y                Z
       1O       0.106727291E-11 -0.702070507E-16  0.240002251E+00
       2H      -0.169710460E+01  0.935259174E-15 -0.960009006E+00
       3H       0.169710460E+01  0.114309455E-14 -0.960009006E+00
 
   Internal coordinate definition...
   No.    A        B        C        D     Coordinate-Type Value(A.U./Rad.) Constrainted?
     1    1O       2H                       Norm     Bond   0.207850693E+01    NO 
     2    1O       3H                       Norm     Bond   0.207850693E+01    NO 
     3    2H       1O       3H              Norm     Angle  0.191065124E+01    NO 
 
 
   Geometry Optimization step :    1
 
  Single Point SCF for geometry optimization, also get force.
 
 
 ### [bdf_single_point] ### nstate= 1
 
 
  BDF COMMAND: 
 /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdfsinglepoint.py H2O_hf > H2O_hf.out
  istatus                      0
SYS.ARGV= H2O_hf 1

SUMMARY via Extractors:
=======================
job type = ['SCF', 'RESP_GSGRAD']


### JOB TYPE = SCF ###
E_tot= -75.90380354


### JOB TYPE = RESP_GSGRAD ###
Energy= -75.903803535153
     1   0.0000000000   0.0000000000   0.1020240495
     2  -0.0894361271   0.0000000000  -0.0510120247
     3   0.0894361271   0.0000000000  -0.0510120247

Final status: ierror= 0

Sparsing successfully, write files !
 
  BDF COMMAND: /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdf_extractor.py H2O_hf 1
  istatus                      0
 
|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.127004
          -0.898069       0.000000      -0.508015
  H        0.898069       0.000000      -0.508015
 State=  1
 Energy=    -75.90380354
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000      0.10202405
     -0.08943613      0.00000000     -0.05101202
      0.08943613      0.00000000     -0.05101202
 

|******************************************************************************|
   rfostp mmin=  1 lam0=   -0.002648 lam=   -0.055551
   Quadratic Step size exceeded Trust Radius (  0.3000), scaled by   0.786
   Predict energy change: -0.14643E-01
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.22443943E-12, -0.64111523E-17,  0.10532051E+00,
      H      -0.78715684E+00,  0.47190278E-16, -0.49717331E+00,
      H       0.78715684E+00, -0.67179655E-19, -0.49717331E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.991269    0.991269
   Angle   :     105.1387
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.8452E-01   0.1025E+00   0.1732E+00   0.2053E+00
 
 
   Geometry Optimization step :    2
 
  Single Point SCF for geometry optimization, also get force.
 
 
 ### [bdf_single_point] ### nstate= 1
 
 
  BDF COMMAND: 
 /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdfsinglepoint.py H2O_hf > H2O_hf.out
  istatus                      0
SYS.ARGV= H2O_hf 1

SUMMARY via Extractors:
=======================
job type = ['SCF', 'RESP_GSGRAD']


### JOB TYPE = SCF ###
E_tot= -75.93530379


### JOB TYPE = RESP_GSGRAD ###
Energy= -75.935303788364
     1   0.0000000000   0.0000000000   0.0472263760
     2  -0.0306565059   0.0000000000  -0.0236131880
     3   0.0306565059   0.0000000000  -0.0236131880

Final status: ierror= 0

Sparsing successfully, write files !
 
  BDF COMMAND: /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdf_extractor.py H2O_hf 1
  istatus                      0
 
|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.120499
          -0.787157       0.000000      -0.481995
  H        0.787157       0.000000      -0.481995
 State=  1
 Energy=    -75.93530379
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000      0.04722638
     -0.03065651      0.00000000     -0.02361319
      0.03065651      0.00000000     -0.02361319
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.42426E+00
   Hessian updated (BFGS) with points:   1   2
   rfostp mmin=  1 lam0=   -0.000868 lam=   -0.002138
   Predict energy change: -0.49814E-02
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.16104519E-12, -0.25010462E-16,  0.85399231E-01,
      H      -0.74130413E+00,  0.41927359E-17, -0.46444529E+00,
      H       0.74130413E+00,  0.14200216E-19, -0.46444529E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.922963    0.922963
   Angle   :     106.8694
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.3160E-01   0.3870E-01   0.1068E+00   0.1291E+00
 
 
   Geometry Optimization step :    3
 
  Single Point SCF for geometry optimization, also get force.
 
 
 ### [bdf_single_point] ### nstate= 1
 
 
  BDF COMMAND: 
 /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdfsinglepoint.py H2O_hf > H2O_hf.out
  istatus                      0
SYS.ARGV= H2O_hf 1

SUMMARY via Extractors:
=======================
job type = ['SCF', 'RESP_GSGRAD']


### JOB TYPE = SCF ###
E_tot= -75.9367737


### JOB TYPE = RESP_GSGRAD ###
Energy= -75.936773702723
     1   0.0000000000   0.0000000000  -0.0386652097
     2   0.0268688482   0.0000000000   0.0193326049
     3  -0.0268688482   0.0000000000   0.0193326049

Final status: ierror= 0

Sparsing successfully, write files !
 
  BDF COMMAND: /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdf_extractor.py H2O_hf 1
  istatus                      0
 
|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.109969
          -0.741304       0.000000      -0.439876
  H        0.741304       0.000000      -0.439876
 State=  1
 Energy=    -75.93677370
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000     -0.03866521
      0.02686885      0.00000000      0.01933260
     -0.02686885      0.00000000      0.01933260
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.42426E+00
   Hessian updated (BFGS) with points:   2   1   3
   rfostp mmin=  1 lam0=    0.000000 lam=   -0.000087
   Predict energy change: -0.15463E-02
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.19255029E-12,  0.31445969E-17,  0.12593446E+00,
      H      -0.76458728E+00, -0.19256692E-17, -0.44785840E+00,
      H       0.76458728E+00, -0.48437785E-21, -0.44785840E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.955946    0.955946
   Angle   :     106.2264
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.2703E-01   0.3310E-01   0.5130E-01   0.6233E-01
 
 
   Geometry Optimization step :    4
 
  Single Point SCF for geometry optimization, also get force.
 
 
 ### [bdf_single_point] ### nstate= 1
 
 
  BDF COMMAND: 
 /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdfsinglepoint.py H2O_hf > H2O_hf.out
  istatus                      0
SYS.ARGV= H2O_hf 1

SUMMARY via Extractors:
=======================
job type = ['SCF', 'RESP_GSGRAD']


### JOB TYPE = SCF ###
E_tot= -75.93837241


### JOB TYPE = RESP_GSGRAD ###
Energy= -75.938372413625
     1   0.0000000000   0.0000000000   0.0069986739
     2  -0.0047544598   0.0000000000  -0.0034993370
     3   0.0047544598   0.0000000000  -0.0034993370

Final status: ierror= 0

Sparsing successfully, write files !
 
  BDF COMMAND: /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdf_extractor.py H2O_hf 1
  istatus                      0
 
|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.114759
          -0.764587       0.000000      -0.459034
  H        0.764587       0.000000      -0.459034
 State=  1
 Energy=    -75.93837241
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000      0.00699867
     -0.00475446      0.00000000     -0.00349934
      0.00475446      0.00000000     -0.00349934
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.42426E+00
   Hessian updated (BFGS) with points:   3   2   1   4
   rfostp mmin=  1 lam0=    0.000000 lam=   -0.000002
   Predict energy change: -0.25977E-04
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.18792119E-12,  0.20480880E-18,  0.11246752E+00,
      H      -0.76143596E+00, -0.62642230E-18, -0.45788876E+00,
      H       0.76143596E+00, -0.20828269E-23, -0.45788876E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.951363    0.951363
   Angle   :     106.3297
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.4820E-02   0.5903E-02   0.7147E-02   0.8660E-02
 
 
   Geometry Optimization step :    5
 
  Single Point SCF for geometry optimization, also get force.
 
 
 ### [bdf_single_point] ### nstate= 1
 
 
  BDF COMMAND: 
 /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdfsinglepoint.py H2O_hf > H2O_hf.out
  istatus                      0
SYS.ARGV= H2O_hf 1

SUMMARY via Extractors:
=======================
job type = ['SCF', 'RESP_GSGRAD']


### JOB TYPE = SCF ###
E_tot= -75.93843238


### JOB TYPE = RESP_GSGRAD ###
Energy= -75.938432378885
     1   0.0000000000   0.0000000000   0.0011930860
     2  -0.0008113062   0.0000000000  -0.0005965430
     3   0.0008113062   0.0000000000  -0.0005965430

Final status: ierror= 0

Sparsing successfully, write files !
 
  BDF COMMAND: /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdf_extractor.py H2O_hf 1
  istatus                      0
 
|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.114071
          -0.761436       0.000000      -0.456285
  H        0.761436       0.000000      -0.456285
 State=  1
 Energy=    -75.93843238
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000      0.00119309
     -0.00081131      0.00000000     -0.00059654
      0.00081131      0.00000000     -0.00059654
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.42426E+00
   Hessian updated (BFGS) with points:   4   3   2   5
   rfostp mmin=  1 lam0=    0.000000 lam=   -0.000004
   Predict energy change: -0.20197E-05
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.18700073E-12,  0.59064117E-19,  0.11353861E+00,
      H      -0.76070606E+00, -0.20773001E-18, -0.45601870E+00,
      H       0.76070606E+00, -0.36948655E-25, -0.45601870E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.950300    0.950300
   Angle   :     106.3540
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.8222E-03   0.1007E-02   0.1659E-02   0.2009E-02
 
 
   Geometry Optimization step :    6
 
  Single Point SCF for geometry optimization, also get force.
 
 
 ### [bdf_single_point] ### nstate= 1
 
 
  BDF COMMAND: 
 /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdfsinglepoint.py H2O_hf > H2O_hf.out
  istatus                      0
SYS.ARGV= H2O_hf 1

SUMMARY via Extractors:
=======================
job type = ['SCF', 'RESP_GSGRAD']


### JOB TYPE = SCF ###
E_tot= -75.9384341


### JOB TYPE = RESP_GSGRAD ###
Energy= -75.938434098211
     1   0.0000000000   0.0000000000  -0.0001792460
     2   0.0001217200   0.0000000000   0.0000896230
     3  -0.0001217200   0.0000000000   0.0000896230

Final status: ierror= 0

Sparsing successfully, write files !
 
  BDF COMMAND: /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdf_extractor.py H2O_hf 1
  istatus                      0
 
|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.113911
          -0.760706       0.000000      -0.455646
  H        0.760706       0.000000      -0.455646
 State=  1
 Energy=    -75.93843410
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000     -0.00017925
      0.00012172      0.00000000      0.00008962
     -0.00012172      0.00000000      0.00008962
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.42426E+00
   Hessian updated (BFGS) with points:   5   4   3   6
   rfostp mmin=  1 lam0=    0.000000 lam=    0.000000
   Predict energy change: -0.35819E-07
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.18708037E-12, -0.23403786E-19,  0.11397455E+00,
      H      -0.76079210E+00,  0.20839896E-20, -0.45567739E+00,
      H       0.76079210E+00,  0.36908945E-28, -0.45567739E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.950425    0.950425
   Angle   :     106.3511
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.1234E-03   0.1512E-03   0.1960E-03   0.2373E-03
 
 
   Geometry Optimization step :    7
 
  Single Point SCF for geometry optimization, also get force.
 
 
 ### [bdf_single_point] ### nstate= 1
 
 
  BDF COMMAND: 
 /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdfsinglepoint.py H2O_hf > H2O_hf.out
  istatus                      0
SYS.ARGV= H2O_hf 1

SUMMARY via Extractors:
=======================
job type = ['SCF', 'RESP_GSGRAD']


### JOB TYPE = SCF ###
E_tot= -75.93843414


### JOB TYPE = RESP_GSGRAD ###
Energy= -75.938434137324
     1   0.0000000000   0.0000000000  -0.0000165461
     2   0.0000111765   0.0000000000   0.0000082731
     3  -0.0000111765   0.0000000000   0.0000082731

Final status: ierror= 0

Sparsing successfully, write files !
 
  BDF COMMAND: /home/user/BDF/bdf-system/sbin/bdf_extractor.py H2O_hf 1
  istatus                      0
 
|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.113930
          -0.760792       0.000000      -0.455722
  H        0.760792       0.000000      -0.455722
 State=  1
 Energy=    -75.93843414
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000     -0.00001655
      0.00001118      0.00000000      0.00000827
     -0.00001118      0.00000000      0.00000827
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.42426E+00
   Hessian updated (BFGS) with points:   6   5   4   7
   rfostp mmin=  1 lam0=    0.000000 lam=    0.000000
 
    Good Job, Geometry Optimization converged in     7 iterations! 
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.18703959E-12, -0.57526909E-20,  0.11393702E+00,
      H      -0.76080088E+00, -0.13856881E-20, -0.45572487E+00,
      H       0.76080088E+00,  0.57621578E-31, -0.45572487E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.950438    0.950438
   Angle   :     106.3508
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.1135E-04   0.1391E-04   0.2030E-04   0.2454E-04
 
 
|******************************************************************************|
 
    Total cpu     time:          0.01  S
    Total system  time:          0.01  S
    Total wall    time:          3.82  S
 
    Current time   2018-10-28  01:28:39
    End running module bdfopt
|******************************************************************************|
 
tmpstdin  True

 BDF command:  /home/user/BDF/bdf-system/bin/xuanyuan.x /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp/H2O_hfXX2.xuanyuan.inp
  Bdf process        0 of        1 on Serial  
 
|******************************************************************************|
 
    Start running module xuanyuan
    Current time   2018-10-28  01:28:39
 
|******************************************************************************|

|-------------------------------------------------------------------------------------------|

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.215297     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -1.437689     0.000000    -0.861189     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        1.437689     0.000000    -0.861189     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
 
|--------------------------------------------------------------------------------------------|

  Number of basis functions:                    18
 $xuanyuan                                                                      
                                          
 direct                                                                         
                                          
 schwarz                                                                        
                                          
 maxmem                                                                         
                                          
  Length of ERI buffer array:                   512 MW
 rs                                                                             
                                          
 romiga=  0.333000000000000     
 $end                                                                           
                                          
  Mass polarization term:  F
 Total nuclear charge :         10.00
 Nuclear repulsion energy :       9.2562526391
 reduced mass in g/mol  0.901111254975909     

 Total number of primitive  basis sets :           32
 Total number of contracted basis sets :           18

  Estimate memory for calculating 2e integrals...
 Minium memory to calculate ERIs:        0.546 M

[aoint_1e]
  Calculating one electron integrals ...
  S T and V integrals ....
  Dipole and Quadupole integrals ....
  Finish calculating one electron integrals ...
 
 ---------------------------------------------------------------
  Timing to calculate 1-electronic integrals                                      
 
  CPU TIME(S)      SYSTEM TIME(S)     WALL TIME(S)
          0.000            0.000               0.020
 ---------------------------------------------------------------
 
 Finish calcualting 1e integral ...
 Direct SCF required. Skip 2e integral!
 Set significant shell pairs!

 Number of significant pairs:       11
 Timing caluclate K2 integrals.
 CPU:       0.01 SYS:       0.00 WALL:       0.00
|******************************************************************************|
 
    Total cpu     time:          0.02  S
    Total system  time:          0.00  S
    Total wall    time:          0.02  S
 
    Current time   2018-10-28  01:28:39
    End running module xuanyuan
|******************************************************************************|
 
tmpstdin  True

 BDF command:  /home/user/BDF/bdf-system/bin/scf.x /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp/H2O_hfXX3.scf.inp
  Bdf process        0 of        1 on Serial  
 
|******************************************************************************|
 
    Start running module scf
    Current time   2018-10-28  01:28:39
 
|******************************************************************************|

|-------------------------------------------------------------------------------------------|

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.215297     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -1.437689     0.000000    -0.861189     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        1.437689     0.000000    -0.861189     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
 
|--------------------------------------------------------------------------------------------|

  Number of basis functions:                    18
  [ SCF control ] 
 $scf                                                                           
                                          
 $SCF                            
 charge                                                                         
                                          
 CHARGE                          
 rhf                                                                            
                                          
 RHF                             
 nptrad                                                                         
                                          
 NPTRAD                          
 nptang                                                                         
                                          
 NPTANG                          
 grid                                                                           
                                          
 GRID                            
 maxiter                                                                        
                                          
 MAXITER                         
 guess                                                                          
                                          
 GUESS                           
 threshconv                                                                     
                                          
 THRESHCONV                      
 maxdiis                                                                        
                                          
 MAXDIIS                         
 thrdiis                                                                        
                                          
 THRDIIS                         
 molden                                                                         
                                          
 MOLDEN                          
 iprtmo                                                                         
                                          
 IPRTMO                          
 $end                                                                           
                                          
 $END                            
 
  --- PRINT: Information about SCF Calculation --- 
 ICTRL_FRAGSCF=  0
 IPRTMO=  2
 MAXITER=  500
 THRENE= 0.10E-09 THRDEN= 0.10E-07
 DAMP= 0.00 VSHIFT= 0.00
 IFDIIS= T
 THRDIIS= 0.50E+00
 MINDIIS=   2 MAXDIIS=  10
 iCHECK=  0
 iAUFBAU=  1
 INIGUESS=  1
 IfCoulpot= F
 Occupation number:
  Without occupation number in input.

 Wave function information ...
 2*Na,2*Nb =                     10                    10
 Total Nuclear charge    :      10
 Total electrons         :      10
 ECP-core electrons      :       0
 Spin (2S+1)             :       1
 Num. of alpha electrons :       5
 Num. of beta  electrons :       5
 

 Threshold in dft prescreening ...
 Thresh_shellvalue_dft :  0.10000E-09
 ThreshRho     :  0.10000E-11

 /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp/bdf_opencl_dft_prescreen_threshold.h
  --- END:  Information about SCF Calculation  --- 
 
 Finish scf input!

 DirectHF  T
  Number of significient shell pairs :                     11
 Estimate memory for direct ERI calculations:           0.557 M
 Reading enviroment variable error: USE_LIBCINT

 IF USE_LIBCINT :    F

 Nuclear repulsion energy =     9.25625264
 skipaocheck F F
 Check basis set linear dependence! Tolerance =   0.100000E-04

 Check basis set linear dependence! Tolerance =   0.100000E-03
 Threshold of basis set linear depedent tol_linear is :    0.100000E-03
 Threshold of basis set linear depedent tol_linear is :    0.100000E-03
 Threshold of basis set linear depedent tol_linear is :    0.100000E-03
 Threshold of basis set linear depedent tol_linear is :    0.100000E-03
 
 iniguess                     1
 
 Solve HC=EC in pflmo space.  F        5       13
 Initial guess energy =   -109.5477467319
 

 Start SCF iteration......


Iter.   idiis  vshift       SCF Energy            DeltaE          RMSDeltaD          MaxDeltaD      Damping    Times(S) 
   1      0    0.000     -73.3041485711      36.2435981608       0.0299542841       0.3361902596    0.0000      0.01
   2      1    0.000     -75.8582580651      -2.5541094940       0.0137924274       0.1138776361    0.0000      0.00
   3      2    0.000     -75.9213611865      -0.0631031214       0.0049217620       0.0495531152    0.0000      0.00
   4      3    0.000     -75.9370710656      -0.0157098791       0.0017465410       0.0151666524    0.0000      0.00
   5      4    0.000     -75.9383587691      -0.0012877036       0.0004359854       0.0035728975    0.0000      0.01
   6      5    0.000     -75.9384287809      -0.0000700118       0.0001546104       0.0011586826    0.0000      0.00
   7      6    0.000     -75.9384341245      -0.0000053436       0.0000049240       0.0000350973    0.0000      0.01
   8      7    0.000     -75.9384341363      -0.0000000118       0.0000017526       0.0000134685    0.0000      0.00
   9      8    0.000     -75.9384341373      -0.0000000010       0.0000002958       0.0000026307    0.0000      0.00
  10      9    0.000     -75.9384341373       0.0000000000       0.0000000458       0.0000003519    0.0000      0.00
  11     10    0.000     -75.9384341373       0.0000000000       0.0000000057       0.0000000366    0.0000      0.01
 diis/vshift is closed at iter =  11
  12      0    0.000     -75.9384341373       0.0000000000       0.0000000004       0.0000000037    0.0000      0.00

  Label              CPU Time        SYS Time        Wall Time
 SCF iteration time:         0.030 S        0.000 S        0.040 S

 Final DeltaE = -4.263256414560601E-014
 Final DeltaD =  4.220699272143746E-010  1.000000000000000E-007
 
 Final scf result
   E_tot =               -75.93843414
   E_ele =               -85.19468678
   E_nn  =                 9.25625264
   E_1e  =              -123.07901464
   E_ne  =              -198.98962934
   E_kin =                75.91061470
   E_ee  =                37.88432786
   E_xc  =                 0.00000000
  Virial Theorem      2.000366
 

 [Final occupation pattern: ]
 
 Irreps:        A1      A2      B1      B2  
 
 detailed occupation for iden/irep:      1   1
    1.00 1.00 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
 detailed occupation for iden/irep:      1   2
    0.00
 detailed occupation for iden/irep:      1   3
    1.00 0.00 0.00 0.00 0.00
 detailed occupation for iden/irep:      1   4
    1.00 0.00 0.00
 Alpha          3       0       1       1
 

 [Orbital energies:]

 Energy of occ-orbs:    A1            3
             -20.54029331      -1.32670155      -0.56870402
 Energy of vir-orbs:    A1            6
               0.17472815       0.93214474       1.20716891       1.42985398       2.92468037
               3.32264906
 Energy of vir-orbs:    A2            1
               2.93421731

 Energy of occ-orbs:    B1            1
              -0.71745632
 Energy of vir-orbs:    B1            4
               0.25484119       0.82325720       1.38323790       3.48552865

 Energy of occ-orbs:    B2            1
              -0.50202426
 Energy of vir-orbs:    B2            2
               1.19884725       2.96546007
 
 
  Symmetry   1 A1      
 
       Orbital             1              2              3              4              5              6
       Energy        -20.54029       -1.32670       -0.56870        0.17473        0.93214        1.20717
       Occ No.         2.00000        2.00000        2.00000        0.00000        0.00000        0.00000
    1   A1|1C1         0.99049        0.28076       -0.09563        0.08774       -0.13177        0.14545
    2   A1|2C1        -0.03276        0.55640       -0.20205        0.09248       -0.41001        0.73255
    3   A1|3C1         0.01512        0.35969       -0.28083        1.06997       -0.24851       -0.68404
    4   A1|4C1         0.00177       -0.09870       -0.55381       -0.18407        0.31978        0.86403
    5   A1|5C1        -0.00207       -0.03029       -0.39962       -0.34203        0.51605       -0.96182
    6   A1|6C1         0.00000        0.00434        0.02448        0.00759       -0.01346       -0.00456
    7   A1|7C1         0.00017        0.01534        0.00728        0.00471        0.07445       -0.00992
    8   A1|8C1        -0.00037        0.23796        0.25982       -0.08764        1.61244       -0.12507
    9   A1|9C1        -0.00401       -0.01860        0.05429       -1.25598       -0.64520        0.06379
 
       Orbital             7              8              9
       Energy          1.42985        2.92468        3.32265
       Occ No.         0.00000        0.00000        0.00000
    1   A1|1C1        -0.27771        0.00358       -0.02499
    2   A1|2C1        -1.74833        0.03676       -0.29120
    3   A1|3C1         2.86263       -0.10030        0.85507
    4   A1|4C1         0.40472        0.01660        0.04709
    5   A1|5C1        -1.02865        0.06344       -0.48838
    6   A1|6C1         0.00478        0.98951        0.14358
    7   A1|7C1        -0.08504       -0.14167        1.04775
    8   A1|8C1        -0.76739        0.09245       -0.86748
    9   A1|9C1        -0.74259        0.00331        0.01045
 
 
  Symmetry   2 A2      
 
       Orbital            10
       Energy          2.93422
       Occ No.         0.00000
    1   A2|1C1         1.00000
 
 
  Symmetry   3 B1      
 
       Orbital            11             12             13             14             15
       Energy         -0.71746        0.25484        0.82326        1.38324        3.48553
       Occ No.         2.00000        0.00000        0.00000        0.00000        0.00000
    1   B1|1C1         0.50212        0.27908       -0.28127        1.01154       -0.06124
    2   B1|2C1         0.26324        0.63836       -0.80776       -1.52630        0.62045
    3   B1|3C1        -0.04262       -0.01216       -0.07106       -0.04135       -1.10838
    4   B1|4C1        -0.44444        0.02955       -1.52937       -0.16130        0.92678
    5   B1|5C1        -0.07055        1.99867        0.76198       -1.03065       -0.14166
 
 
  Symmetry   4 B2      
 
       Orbital            16             17             18
       Energy         -0.50202        1.19885        2.96546
       Occ No.         2.00000        0.00000        0.00000
    1   B2|1C1         0.63369       -0.96706        0.01943
    2   B2|2C1         0.51793        1.03385        0.00763
    3   B2|3C1        -0.02375        0.00452        0.99971
 
 
 [Mulliken Population Analysis]
  Atomic charges: 
     1O      -0.6860
     2H       0.3430
     3H       0.3430
     Sum:     0.0000
 
 [Lowdin Population Analysis]
  Atomic charges: 
     1O      -0.5940
     2H       0.2970
     3H       0.2970
     Sum:     0.0000
 
 
 [Dipole moment: Debye]
           X          Y          Z     
   Elec:    0.0000     0.0000    -2.2391
   Nucl:    0.0000     0.0000     0.0000
   Totl:    0.0000     0.0000    -2.2391
  Reorder orbital via orbital energy ...                     1
                     4

 Output to Molden format ...

 
 ---------------------------------------------------------------
  Timing of SCF calcualtion                                                       
 
  CPU TIME(S)      SYSTEM TIME(S)     WALL TIME(S)
          0.050            0.010               0.070
 ---------------------------------------------------------------
 
|******************************************************************************|
 
    Total cpu     time:          0.05  S
    Total system  time:          0.01  S
    Total wall    time:          0.07  S
 
    Current time   2018-10-28  01:28:39
    End running module scf
|******************************************************************************|
 
tmpstdin  True

 BDF command:  /home/user/BDF/bdf-system/bin/resp.x /home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp/H2O_hfXX4.resp.inp
  Bdf process        0 of        1 on Serial  
 
|******************************************************************************|
 
    Start running module resp
    Current time   2018-10-28  01:28:39
 
|******************************************************************************|
 
 [resp_init]
 
 
 [postscf_interface]
  Number of basis functions:                    18
  Ground state information: 
  HF Ground State 
  RHF orbitals 
 
 [postscf_trsint1e]
 
 [postscf_gsorb]
  Nc=    5 No=    0 Nv=   13 Ntot=   18
  NA=    5 NB=    5
  Ground-state spin: Si= 0.000
  Number of significient shell pairs :                     11
 Estimate memory for direct ERI calculations:           0.557 M
 Reading enviroment variable error: USE_LIBCINT

 IF USE_LIBCINT :    F

 
  Permute atoms under MolGroup: 
   1  O       1  1  1  1
   2  H       2  2  3  3
   3  H       3  3  2  2
  Mapshell under MolGroup: (it can be gen via patoms) 
  nshell,nop=                     5                     4
   1     1   1   1   1
   2     2   2   2   2
   3     3   3   3   3
   4     4   4   5   5
   5     5   5   4   4
 
 [resp_input]
 
 
 [resp_interface]
 
 
 [resp_reorder_init] 
 
  MXNSOS/nreps                     9                     4
  New orbital mapping (in irreps): 
    1  |   1  12   4   5
    2  |   2   0  13  17
    3  |   3   0  14  18
    4  |   6   0  15   0
    5  |   7   0  16   0
    6  |   8   0   0   0
    7  |   9   0   0   0
    8  |  10   0   0   0
    9  |  11   0   0   0
  Reorder MO coefficient ... DONE 
  Reorder Fock matrix ... DONE 
 
 [resp_main]
 
 -------- Job type -------
  CHCK= F
  GEOM= T
  LINE= F
  QUAD= F
  FNAC= F
  POLA= F
  HYPE= F
  FDIF= F
  IGNORE level =  0
  STEP=  1.000000047497451E-003
 -------------------------
 
  --- Geometric reponse calculations --- 
  Ground state derivatives 
 
 [resp_gradnuc]
 
  Gradient contribution from NUC
     1        0.0000000000        0.0000000000       -2.9728851824
     2        2.1061525710        0.0000000000        1.4864425912
     3       -2.1061525710        0.0000000000        1.4864425912
  Sum of gradient contribution from NUC
              0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
 
 
 [resp_deriv1e] for icase/icntr/ideriv =   1  1  1
 
 
 [resp_deriv1e] for icase/icntr/ideriv =   2  1  1
 
 
 [resp_deriv1e] for icase/icntr/ideriv =   3  1  1
 
 
 
 [resp_deriv2e] for ideriv =   0
 
  E2e =    37.8843278643265     
 
 [resp_deriv2e] for ideriv =   1
 
  Gradient contribution from 2e
     1        0.0000000000        0.0000000000       -2.9678015062
     2        2.0730372415        0.0000000000        1.4839007531
     3       -2.0730372415        0.0000000000        1.4839007531
  Sum of gradient contribution from 2e
              0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
 
  Exc_check=  0.000000000000000E+000
  Gradient contribution from XC
     1        0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
     2        0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
     3        0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
  Sum of gradient contribution from XC
              0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
 
 ------------------------------------------------------------------
 
  GSGRAD_cstate=   0   0   0
  GSGRAD_estate=          -75.9384341373235543
  Gradient contribution from Tot-egrad
     1        0.0000000000        0.0000000000       -0.0000165461
     2        0.0000111765        0.0000000000        0.0000082731
     3       -0.0000111765        0.0000000000        0.0000082731
  Sum of gradient contribution from Tot-egrad
              0.0000000000        0.0000000000        0.0000000000
 
 ------------------------------------------------------------------
 
 [resp_final]
 
 
 ---------------------------------------------------------------
  Timing of RESP_PROPS calcualtion                                                
 
  CPU TIME(S)      SYSTEM TIME(S)     WALL TIME(S)
          0.200            0.010               0.240
 ---------------------------------------------------------------
 
|******************************************************************************|
 
    Total cpu     time:          0.20  S
    Total system  time:          0.01  S
    Total wall    time:          0.24  S
 
    Current time   2018-10-28  01:28:39
    End running module resp
|******************************************************************************|
 
/home/user/BDF/outputs/H2O_hf/tmp /home/user/BDF/outputs/H2O_hf

Все отлично оптимизировалось за 7 итераций:

Good Job, Geometry Optimization converged in 7 iterations!

Код: Выделить всё

 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.113930
          -0.760792       0.000000      -0.455722
  H        0.760792       0.000000      -0.455722
 State=  1
 Energy=    -75.93843414
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000     -0.00001655
      0.00001118      0.00000000      0.00000827
     -0.00001118      0.00000000      0.00000827
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.42426E+00
   Hessian updated (BFGS) with points:   6   5   4   7
   rfostp mmin=  1 lam0=    0.000000 lam=    0.000000
 
    Good Job, Geometry Optimization converged in     7 iterations! 
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.18703959E-12, -0.57526909E-20,  0.11393702E+00,
      H      -0.76080088E+00, -0.13856881E-20, -0.45572487E+00,
      H       0.76080088E+00,  0.57621578E-31, -0.45572487E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.950438    0.950438
   Angle   :     106.3508
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.1135E-04   0.1391E-04   0.2030E-04   0.2454E-04

Теперь по аналогии делаем DFT/B3LYP:
input

Код: Выделить всё

$COMPASS
title
 H2O
basis
 def2-sv(p)
geometry
  O         0.000000000000      0.000000000000     -0.198235994600
  H        -0.518500425500     -0.898069080600     -0.564850156700
  H         1.037000850900     -0.000000000100     -0.564850156700
end geometry
unit
 angstrom
skeleton
$End

$bdfopt
iprt
 1
solver
 1
maxcycle
 50
tolene
1.0E-006
tolgrad
0.0001
$end

$xuanyuan
direct
schwarz
maxmem
 512mw
rs
 0.333
$end

$scf
charge
 0
rks
dft
b3lyp
nptrad
 63
nptang
 302
grid
 medium
maxiter
 500
guess
 huckel
threshconv
1.d-10 1.d-08
maxdiis
10
thrdiis
0.5
molden
iprtmo
 2
$end

$resp
geom
norder
1
method
1
$end

Получаем out:

Код: Выделить всё

|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.130973
          -0.919543       0.000000      -0.523894
  H        0.919543       0.000000      -0.523894
 State=  1
 Energy=    -76.27045420
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000     -0.11413397
      0.08048669      0.00000000      0.05706699
     -0.08048669      0.00000000      0.05706699
 

|******************************************************************************|
   Updated Trust Radius:  0.75000E-01
   Hessian updated (BFGS) with points:   5   6  50   1
   rfostp mmin=  1 lam0=   -0.002247 lam=   -0.070425
   Quadratic Step size exceeded Trust Radius (  0.0750), scaled by   0.172
   Predict energy change: -0.37062E-02
 
   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.32746062E-12,  0.87088616E-17,  0.13097415E+00,
      H      -0.91954197E+00, -0.14087055E-16, -0.52389403E+00,
      H       0.91954197E+00,  0.61421071E-19, -0.52389403E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     1.128898    1.128898
   Angle   :     109.0855
 
                       Force-RMS    Force-Max     Step-RMS     Step-Max
    Conv. tolerance :  0.1000E-03   0.1500E-03   0.4000E-03   0.6000E-03
    Current values  :  0.9409E-01   0.1152E+00   0.4491E-01   0.5480E-01
 
 
    -_-! Geometry Optimization not converged in    50 iterations! 
 
|******************************************************************************|
 
    Total cpu     time:          0.08  S
    Total system  time:          0.05  S
    Total wall    time:         87.95  S
 
    Current time   2018-10-28  01:27:20
    End running module bdfopt
|******************************************************************************|

Полный out во вложении.

И видим:
-_-! Geometry Optimization not converged in 50 iterations!

Увеличение числа итераций не приводит к сходимости да и 50 как бы многовато.
Может какие параметры забыл добавить?

Ссылки на wiki:

Код: Выделить всё

http://182.92.69.169:7226/xuanyuan
http://182.92.69.169:7226/scf
http://182.92.69.169:7226/bdfopt
http://182.92.69.169:7226/resp

Сообщение **Гесс** » Сб окт 27, 2018 7:53 pm

Чето график сходимости как то подозрительно выглядит. То есть оно явно сходилось к какой то энергии но стартовая геометрия и точки 5-6 ниже по энергии.
Умного ниче не скажу, я этот пакет впервые вижу.

iAlex · Сообщение **iAlex** » Сб окт 27, 2018 8:01 pm

То есть оно явно сходилось к какой то энергии но стартовая геометрия и точки 5-6 ниже по энергии.

Да, я тоже это заметил, он перепрыгнул основное состояние, если докручивать итерации, то идет диссоциация.

iAlex · Сообщение **iAlex** » Сб окт 27, 2018 8:07 pm

Оптимизация геометрии методом DL-FIND (во вложении).
input

Код: Выделить всё

solver
 0

out

Код: Выделить всё

|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.306333
          -1.631278       0.000000      -1.225332
  H        1.631278       0.000000      -1.225332
 State=  1
 Energy=    -75.90987066
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000      0.00000000
      0.00000000      0.00000000      0.00000000
      0.00000000      0.00000000      0.00000000
 

|******************************************************************************|
 Energy calculation finished, energy: -7.590987066E+01
 dl-find put coord                     0

|-------------------------------------------------------------------------------------------|

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.578885     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -3.082668     0.000000    -2.315541     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        3.082668     0.000000    -2.315541     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
 
|--------------------------------------------------------------------------------------------|

Testing convergence  in cycle   18
    Energy  1.4727E-07 Target: 1.0000E-06 converged?  yes
  Max step  1.9229E-06 Target: 4.0000E-04 converged?  yes component     4
  RMS step  9.0738E-07 Target: 2.6667E-04 converged?  yes
  Max grad  1.0000E-10 Target: 1.0000E-04 converged?  yes component     3
  RMS grad  7.4536E-11 Target: 6.6667E-05 converged?  yes
Converged!
 converged

DL-FIND Report:
===============
Optimisation algorithm: L-BFGS
Number of steps in L-BFGS memory ...............          9
 
Step length: simple scaled
Maximum step length ............................  5.000E-01
Scaling step by ................................  1.000E+00
 
Coordinate system: Cartesian coordinates
 
Number of atoms ................................          3
Number of input geometries .....................          1
Variables to be optimised ......................          9
No restart information is written
This run has not been restarted.
Number of energy evaluations on this processor .         18
Number of steps ................................         18
Number of accepted steps / line searches .......         18

Сходимость есть, но молекулу порвало.

Сообщение **Гесс** » Сб окт 27, 2018 8:17 pm

Больно много кнопочек накручено
А если попробовать по минималке:

Код: Выделить всё

$COMPASS
title
 H2O
basis
 def2-sv(p)
geometry
  O         0.000000000000      0.000000000000     -0.198235994600
  H        -0.518500425500     -0.898069080600     -0.564850156700
  H         1.037000850900     -0.000000000100     -0.564850156700
end geometry
Check 
skeleton
$End

$bdfopt
$end

$xuanyuan
$end

$scf
rks
dft
b3lyp
$end

$resp
geom
norder
1
method
1
$end

Назначение чека мне непонятно.

iAlex · Сообщение **iAlex** » Сб окт 27, 2018 8:28 pm

Порвало:

Код: Выделить всё

|******************************************************************************|
 Summary printing of molecular goemetry and gradient for this step

 Atom         Coord           
  O        0.000000       0.000000       0.306333
          -1.631269       0.000000      -1.225333
  H        1.631269       0.000000      -1.225333
 State=  1
 Energy=    -75.90987177
 Gradient=
      0.00000000      0.00000000      0.00000000
      0.00000000      0.00000000      0.00000000
      0.00000000      0.00000000      0.00000000
 

|******************************************************************************|
 Energy calculation finished, energy: -7.590987177E+01
 dl-find put coord                     0

|-------------------------------------------------------------------------------------------|

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.578886     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -3.082651     0.000000    -2.315544     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        3.082651     0.000000    -2.315544     1.00    2     0     0     0   E      1.0073
 
|--------------------------------------------------------------------------------------------|

Testing convergence  in cycle   18
    Energy  9.5103E-07 Target: 1.0000E-06 converged?  yes
  Max step  1.2402E-05 Target: 8.0000E-04 converged?  yes component     4
  RMS step  5.8496E-06 Target: 5.3333E-04 converged?  yes
  Max grad  7.0000E-10 Target: 2.0000E-04 converged?  yes component     3
  RMS grad  4.4597E-10 Target: 1.3333E-04 converged?  yes
Converged!
 converged

iAlex · Сообщение **iAlex** » Сб окт 27, 2018 8:41 pm

Сделал оптимизацию с функционалом VBLYP с изменяемым HF обменом (HF-LYP).
Если HF обмен 20% молекулу рвет.

Код: Выделить всё

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.566323     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -2.956774     0.000000    -2.265291     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        2.956774     0.000000    -2.265291     1.00    2     0     0     0   E      1.0073

Если HF = 75%, то оптимизирует вроде нормально.

Код: Выделить всё

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.242948     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -1.560414     0.000000    -0.971792     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        1.560414     0.000000    -0.971792     1.00    2     0     0     0   E      1.0073

И HF = 100% - OK.

Код: Выделить всё

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.216221     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -1.449843     0.000000    -0.864883     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        1.449843     0.000000    -0.864883     1.00    2     0     0     0   E      1.0073

Чистый HF без навесок.

Код: Выделить всё

 Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.215301     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -1.437705     0.000000    -0.861205     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        1.437705     0.000000    -0.861205     1.00    2     0     0     0   E      1.0073

Сообщение **Гесс** » Сб окт 27, 2018 8:44 pm

А чем вы его отсматриваете?

Atom Cartcoord(Bohr)
O 0.000000 0.000000 0.578886
H -3.082651 0.000000 -2.315544
H 3.082651 0.000000 -2.315544

Как то симметрично нездорово порвало...

iAlex · Сообщение **iAlex** » Сб окт 27, 2018 8:52 pm

А чем вы его отсматриваете?

В ChemCraft, там есть автоматический перевод координат из бор в ангстремы.
Орбитали и энергии там же, BDF генерирует отдельный файлик под формат Molden.

Код: Выделить всё

8        0.000000000      0.000000000      0.578886000
1       -3.082651000      0.000000000     -2.315544000
1        3.082651000      0.000000000     -2.315544000

123.png

VBLYP (HF-ex=100%)

Код: Выделить всё

Atom           Cartcoord(Bohr)                 Charge Basis Auxbas Uatom Nstab Alink  Mass
  O        0.000000     0.000000     0.216221     8.00    1     0     1     4   E     15.9949
  H       -1.449843     0.000000    -0.864883     1.00    2     0     1     2   E      1.0073
  H        1.449843     0.000000    -0.864883     1.00    2     0     0     0   E      1.0073

1234.png

HF

Код: Выделить всё

   Molecular Cartesian Coordinates (X,Y,Z) in Angstrom : 
      O       0.18703959E-12, -0.57526909E-20,  0.11393702E+00,
      H      -0.76080088E+00, -0.13856881E-20, -0.45572487E+00,
      H       0.76080088E+00,  0.57621578E-31, -0.45572487E+00,
 
   Internal Coordinate in Angstrom/Degree: 
   Bond    :     0.950438    0.950438
   Angle   :     106.3508

1235.png

Сообщение **Гесс** » Сб окт 27, 2018 9:57 pm

Ну у меня есть тупое предложение сделайте этой воде или какой то двухатомке ряд синглпоинтов - жесткий скан, у меня есть впечатление что это не "порвало" а "нормальная длина связи по мнению метода", то есть причина не в оптимизации, а в том что условно говоря ГГА переоценивает расталкивание по сравнению с прочим софтом, то есть где то лажа в коде и тогда это явно имейл авторам проги.

mizuchi · Сообщение **mizuchi** » Вс окт 28, 2018 3:13 am

А может все дело в китайском говнокоде?

leonidas · Сообщение **leonidas** » Вс окт 28, 2018 2:16 pm

У Вас для исходной геометрии слишком короткие длины связей, как будто перепутаны боры и ангстремы.
Может в этом дело? Хотя по идее нормальный код должен или ругаться или выруливать на более физические длины.

iAlex · Сообщение **iAlex** » Пн окт 29, 2018 6:17 am

У Вас для исходной геометрии слишком короткие длины связей, как будто перепутаны боры и ангстремы.
Может в этом дело? Хотя по идее нормальный код должен или ругаться или выруливать на более физические длины.

В начальной геометрии связи нормальные O-H = 1.099 ангстрем.

111.png

Во входном файле написано, что длины связей заданы в ангстремах, при оптимизации геометрии методом BDF optimizer расстояния выдаются в ангстремах, а методом DL-FIND в борах, но т.к. всё подписано определить в чем выдача проблем нет.
Другое дело, что для таких простых молекул оптимальная геометрия находится за секунды (в том же FireFly).
BDF методом HF находит её также без проблем, но DFT работает "криво", возможно как и писал Гесс "где то лажа в коде". В любом случае напишу наверно китайцам, спрошу об этом.

iAlex · Сообщение **iAlex** » Пн окт 29, 2018 7:12 am

Расчет энергии H2O по точкам, метод DFT/B3LYP, менялись только расстояния O-H, угол H-O-H фиксированный 106.5 градусов.

12333.png

Код: Выделить всё

O-H(Å)	E_tot
0.70	-76.03622666
0.75	-76.1496847
0.80	-76.22285934
0.85	-76.26735785
0.90	-76.29146163
0.95	-76.30110772
1.00	-76.30056424
1.05	-76.29290299
1.10	-76.28033468
1.15	-76.2644528
1.20	-76.24640611
1.25	-76.22702566
1.30	-76.20691216
1.40	-76.16610382
1.50	-76.12618579
1.70	-76.05283582
2.00	-75.96285694
2.50	-75.86232861

Архив с выходными файлами во вложении.

Сообщение **Гесс** » Пн окт 29, 2018 9:54 am

гы, все чудесатее и чудесатее.
То есть поточечно мы находим правильный минимум, а оптимизационно нас выуячивает на расстояния абсолютно неадекватные.
Впрочем энергию на этом расстоянии очевидно считает адекватно:

Energy= -75.90987066

Какая то ересь в градиентах? - они видимо ненулевые вблизи реального минимума и внезапно обнуляются на артефактном.

leonidas · Сообщение **leonidas** » Пн окт 29, 2018 9:58 am

Прошу прощения, не туда смотрел. Начальная геометрия в порядке. А что этот пакет прям такой уникальный и незаменимый?

iAlex · Сообщение **iAlex** » Пн окт 29, 2018 11:50 am

leonidas писал(а): ↑
Пн окт 29, 2018 9:58 am
Прошу прощения, не туда смотрел. Начальная геометрия в порядке. А что этот пакет прям такой уникальный и незаменимый?

Насчет уникальности не знаю, просто в нем есть бесплатная реализация метода sf-X2C-S-TD-DFT-SOC.
Обзор метода авторов BDF: Wenjian Liu, Yunlong Xiao Relativistic time-dependent density functional theories //Chem. Soc. Rev., 2018,47, 4481-4509
Обсуждения на форуме Orca https://orcaforum.cec.mpg.de/viewtopic. ... 65&p=13380

Hello,
Thank you for your interest in our X2C method.
I'm a (to-be-)postdoc in Prof. Wenjian Liu's group. Our group routinely uses an in-house code called BDF, which includes our original implementation of X2C. Within ORCA it is possible to interface user-written programs to ORCA by replacing the original ORCA modules. Thus it is possible for us to interface our BDF code to ORCA, which seems to be a easy thing to do if you are only interested in scalar (spin-free) X2C. Including spin-orbit coupling is probably incompatible with the current ORCA code.
If you are really in need, I can hopefully work out such an interface within a few days (although it's not guaranteed).

leonidas · Сообщение **leonidas** » Пн окт 29, 2018 11:58 am

Скажу честно, не вникал в суть метода, но из общих соображений. DFT и TD-DFT методы достаточно малоточные,
поэтому imho для бол-ва систем ошибка связанная с DFT будет по крайней того же порядка что и рел. поправка.
А значит, особового смысла в этом нет. Хорошо бы для начала сравнить TD-DFT с более точным методом для какой-нибудь маленькой системы.

iAlex · Сообщение **iAlex** » Пн окт 29, 2018 12:23 pm

leonidas писал(а): ↑
Пн окт 29, 2018 11:58 am
Скажу честно, не вникал в суть метода, но из общих соображений. DFT и TD-DFT методы достаточно малоточные,
поэтому imho для бол-ва систем ошибка связанная с DFT будет по крайней того же порядка что и рел. поправка.
А значит, особового смысла в этом нет. Хорошо бы для начала сравнить TD-DFT с более точным методом для какой-нибудь маленькой системы.

Сравнение методов: https://doi.org/10.1080/00268976.2013.785611
До этого для маленьких систем 7 атомов с 370 электронами считал в CASSCF без учета спин-орбиты, расчеты шли очень долго и это были только анионы, теперь надо навесить еще и катионы. Система получается достаточно тяжелой (жуть), поэтому TD-DFT будет само-то, другие более точные методы её могут просто не потянуть, если всё попрет на TD-DFT, тогда можно будет нормально (полноэлектронно) посчитать комплексы лантаноидов с учетом спин-орбиты. В идеале конечно бы квантовый выход люминесценции получить, но пока решили остановиться на ППЭ возбужденных состояний с учетом рел. поправок и спин-орбитального расщепления состояний

, потом время жизни и т.д. и так потихоньку дойдет до числового значения кв. выхода.

Форум химиков

Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Re: Вода нет сходимости в DFT/B3LYP

Кто сейчас на конференции