Цвиттер-ион, как доказать его существование

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 44
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Пн ноя 12, 2018 10:56 pm

Здравствуйте, форумчане :)

Меня тут озадачили.. Имеется соединение, которое по данным ЯМР-спектроскопии является цвиттер-ионным.

Можно ли доказать квантами, что в данном соединение не будет образовываться связь между кислородом и фосфором, а будут стабилизироваться заряды на них? :dontknow:

Будет ли доказательством, если я оптимизирую две молекулы (одна со связью, другая с зарядами) в полярном растворителе и сравню энергии?
И поможет ли теория Бейдера (AIMAll) с этой задачей (путем наличия критической точки связи)?


Если у вас есть хоть какие-то соображения по этому поводу, буду рад услышать :very_shuffle:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Все говорят, что у меня /dev/hands кривой, и все делаю через /dev/ass, а у меня этих файлов вообще нет :dontknow:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13061
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение Гесс » Пн ноя 12, 2018 11:15 pm

Нуу, тут можно застрять на определении связи.
AimAll лишним не будет.
В полярном растворителе - с реальными молекулами растворителя или PCM?
При наличии хороших обьектов сравнения (известной однозначноцвиттерионной системы P------O и другой системы с ковалентной связью) можно посравнивать и всякие разные заряды между известными и моделируемой системами.

Аватара пользователя
chemist
Сообщения: 10369
Зарегистрирован: Пн июл 26, 2004 2:14 am

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение chemist » Вт ноя 13, 2018 12:08 am

Цвиттерионы отличаются тем, что в электрическом поле (например, при электрофорезе) стоят на месте и не движутся ни к катоду, ни к аноду.
А расчётами можно только что-то объяснить/подтвердить, но не доказать...
Последний раз редактировалось chemist Вт ноя 13, 2018 6:02 pm, всего редактировалось 1 раз.
I D E A = A u

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение avor » Вт ноя 13, 2018 5:43 am

Да! Но не заряженные молекулы в электрическом поле тоже не двигаются ни к аноду, ни к катоду.

В данной молекуле, как мне кажется, при наличии в системе доноров протонов типа хлористого водорода, если существует цвиттер ионная система хотя бы часть молекул должна протонироваться по фенольному кислороду и тогда молекула уже приобретет положительный заряд и в электрическом поле начнет двигаться от анода к катоду. Кстати и ПМР в этом случае поменяется.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 44
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт ноя 13, 2018 9:24 am

Гесс писал(а):
Пн ноя 12, 2018 11:15 pm
Нуу, тут можно застрять на определении связи.
AimAll лишним не будет.
В полярном растворителе - с реальными молекулами растворителя или PCM?
При наличии хороших обьектов сравнения (известной однозначноцвиттерионной системы P------O и другой системы с ковалентной связью) можно посравнивать и всякие разные заряды между известными и моделируемой системами.
Спасибо за ответ)
Не совсем понял, что Вы имели в виду "тут можно застрять на определении связи".
А так в PCM уж, в воде. С реальными это уже вроде QM/MM расчет проводить надо, а я еще не до рос до этого уровня
То есть Вы предлагаете сначала исследовать уже известную цвиттер-ионную систему и посмотреть, что кванты покажут? а по этим результатам думать, что дальше делать?
Все говорят, что у меня /dev/hands кривой, и все делаю через /dev/ass, а у меня этих файлов вообще нет :dontknow:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13061
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение Гесс » Вт ноя 13, 2018 9:53 am

)))) Что такое химическая связь?

Я не уверен что покажет PCM расчет. надо смотреть и думать, ну или думать и смотреть.

Да, я предлагаю взять 2 хорошо описанные системы которые близки к вашей насколько возможно но так чтобы одна была цвиттерионом а вторая ковалентной молекулой. И на них посмотреть - как отличаются заряды на атомах, как отличается длина связи, как отличается расчетный ЯМР. Оптимально даже не 2 а больше. А потом с этими цифрами сравнивать вашу молекулу.

Ну и AimAll это думаю здесь будет очень хорошо.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 44
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт ноя 13, 2018 12:01 pm

Спасибо большое, Гесс!))) наверное, так и сделаю)
Все говорят, что у меня /dev/hands кривой, и все делаю через /dev/ass, а у меня этих файлов вообще нет :dontknow:

Аватара пользователя
chaus
Сообщения: 3135
Зарегистрирован: Вт дек 24, 2013 2:37 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение chaus » Вт ноя 13, 2018 1:53 pm

6apu_aJlu6acoB писал(а):
Пн ноя 12, 2018 10:56 pm
Можно ли доказать квантами, что в данном соединение не будет образовываться связь между кислородом и фосфором, а будут стабилизироваться заряды на них? :dontknow:
Речь-то по факту идёт о степени ионности связи. Я бы доказывал не расчётом, а экспериментом -- померил напрямую заряды на атомах фосфора и кислорода (хорошо, что кислород тоже один в этой молекуле). Хотя углерод не будет заметно смещать электронную плотность от фосфора.
When you open your heart to patriotism, there is no room for prejudice.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 44
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт ноя 13, 2018 2:02 pm

chaus писал(а):
Вт ноя 13, 2018 1:53 pm
6apu_aJlu6acoB писал(а):
Пн ноя 12, 2018 10:56 pm
Можно ли доказать квантами, что в данном соединение не будет образовываться связь между кислородом и фосфором, а будут стабилизироваться заряды на них? :dontknow:
Речь-то по факту идёт о степени ионности связи. Я бы доказывал не расчётом, а экспериментом -- померил напрямую заряды на атомах фосфора и кислорода (хорошо, что кислород тоже один в этой молекуле). Хотя углерод не будет заметно смещать электронную плотность от фосфора.
А как называется такой эксперимент, если не секрет?)
Все говорят, что у меня /dev/hands кривой, и все делаю через /dev/ass, а у меня этих файлов вообще нет :dontknow:

Аватара пользователя
chaus
Сообщения: 3135
Зарегистрирован: Вт дек 24, 2013 2:37 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение chaus » Вт ноя 13, 2018 2:05 pm

РФЭС.
When you open your heart to patriotism, there is no room for prejudice.

Аватара пользователя
chaus
Сообщения: 3135
Зарегистрирован: Вт дек 24, 2013 2:37 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение chaus » Вт ноя 13, 2018 2:07 pm

А что говорит РСА, на каком расстоянии Р от О? Может, они в жизни располагаются совсем не так, как на бумаге...
When you open your heart to patriotism, there is no room for prejudice.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение madschumacher » Вт ноя 13, 2018 2:07 pm

chaus писал(а):
Вт ноя 13, 2018 2:05 pm
РФЭС.
В растворе?! :shock:

ТС же писал про ЯМР. Сомневаюсь, что речь идёт о твердотельном ЯМР...
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 44
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт ноя 13, 2018 2:34 pm

chaus писал(а):
Вт ноя 13, 2018 2:07 pm
А что говорит РСА, на каком расстоянии Р от О? Может, они в жизни располагаются совсем не так, как на бумаге...
Я даже не знаю. Принесли моей коллеге и попросили помочь. Она в замешательстве, вот и решил хоть как-то услужить
Все говорят, что у меня /dev/hands кривой, и все делаю через /dev/ass, а у меня этих файлов вообще нет :dontknow:

Аватара пользователя
chaus
Сообщения: 3135
Зарегистрирован: Вт дек 24, 2013 2:37 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение chaus » Вт ноя 13, 2018 2:40 pm

madschumacher писал(а):
Вт ноя 13, 2018 2:07 pm
chaus писал(а):
Вт ноя 13, 2018 2:05 pm
РФЭС.
В растворе?! :shock:

ТС же писал про ЯМР. Сомневаюсь, что речь идёт о твердотельном ЯМР...
А выпарить раствор нельзя? Нанести каплю, растворитель испарится в вакууме, вещество посмотреть.
Или заморозить...
Последний раз редактировалось chaus Вт ноя 13, 2018 2:53 pm, всего редактировалось 1 раз.
When you open your heart to patriotism, there is no room for prejudice.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 44
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт ноя 13, 2018 2:44 pm

А что будет эффективнее? Посчитать оптимизацию в PCM=water или qm/mm?
Прочитал, что в гауссиане есть ONIOM keyword, позволяющее произвести qm/mm расчет, как я правильно понял. Только не совсем понял как правильно построить вокруг заданной системы молекулы воды, чтобы не было стерических перекрываний. :dontknow:
Все говорят, что у меня /dev/hands кривой, и все делаю через /dev/ass, а у меня этих файлов вообще нет :dontknow:

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение amge » Вт ноя 13, 2018 3:07 pm

Разноименные заряды (цвиттер-ион или ион+противоион) в квантах - штука лукавая. По моему печальному опыту, расчеты могут кардинально ошибаться как в ту, так и в другую сторону. Присоединяюсь к рекомендации Гесса найти тестовые системы, в которых заведомо реализуются обе ситуации, и проверять расчетные методы на них!

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение madschumacher » Вт ноя 13, 2018 3:18 pm

chaus писал(а):
Вт ноя 13, 2018 2:40 pm
А выпарить раствор нельзя? Нанести каплю, растворитель испарится в вакууме, вещество посмотреть.
Или заморозить...
Я думал там проблема в том, что дання цвиттер-ионная форма существует заведомо только в полярных растворителях, и получается, что РСА и прочие стандартные твердотельные будут применяться тогда по-сути к другой системе... Извиняюсь, если я что-то упустил. :very_shuffle:
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 44
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт ноя 13, 2018 3:37 pm

amge писал(а):
Вт ноя 13, 2018 3:07 pm
Разноименные заряды (цвиттер-ион или ион+противоион) в квантах - штука лукавая. По моему печальному опыту, расчеты могут кардинально ошибаться как в ту, так и в другую сторону. Присоединяюсь к рекомендации Гесса найти тестовые системы, в которых заведомо реализуются обе ситуации, и проверять расчетные методы на них!
Спасибо Вам большое за ответ! Уже размышляю согласно рекомендации Гесса. Думаю начать с аминокислоты или бетаина какого-нибудь. Понимаю, что это глупо, так как системы разные, но мне на ум ничего не приходит(
Все говорят, что у меня /dev/hands кривой, и все делаю через /dev/ass, а у меня этих файлов вообще нет :dontknow:

Аватара пользователя
chaus
Сообщения: 3135
Зарегистрирован: Вт дек 24, 2013 2:37 pm

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение chaus » Вт ноя 13, 2018 4:51 pm

madschumacher писал(а):
Вт ноя 13, 2018 3:18 pm
Я думал там проблема в том, что дання цвиттер-ионная форма существует заведомо только в полярных растворителях, и получается, что РСА и прочие стандартные твердотельные будут применяться тогда по-сути к другой системе...
Про данную, похоже, никто ничего не знает... )))

Но кто мешает заморозить раствор в полярном растворителе при азоте и смотреть РФЭС? Если морозить быстро (распыляя спрей на охлаждаемую азотом подложку), ничего не должно успеть измениться. Расстояние P-O можно определить и методом EXAFS в любом растворителе (лучше, конечно, не содержащем фосфора и кислорода, в том же хлороформе)... Кстати, EXAFS может прямо показать "химическую связь" (точнее, оценить перекрывание валентных электронных состояний). А РСА -- это, конечно, только для кристалла.
When you open your heart to patriotism, there is no room for prejudice.

Аватара пользователя
ChemNavigator
Сообщения: 2083
Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am

Re: Цвиттер-ион, как доказать его существование

Сообщение ChemNavigator » Чт ноя 15, 2018 7:08 pm

chaus писал(а):
Вт ноя 13, 2018 2:07 pm
А что говорит РСА, на каком расстоянии Р от О? Может, они в жизни располагаются совсем не так, как на бумаге...
+ 1
Кстати да, если P и О расположены рядом друг с другом (как на рисунке), то какая-то связь P-O там всё равно будет.
Но даже если PR3-фрагмент изомеризуется в транс-положение относительно двойной связи, то это всё равно не доказывает наличие цвиттер-иона. Т.к. там возможен ещё один таутомер, при котором фенолятный фрагмент изомеризуется в орто-хинонметид, а двойная связь смещается к фосфору (образуется связь -CH=PR3).

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей