Анализ TDDFT спектра и графики DOS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1142
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Анализ TDDFT спектра и графики DOS

Сообщение Vit Nhoc » Ср дек 26, 2018 7:15 pm

Прошу прощения что создаю отдельную тему для Chemcraft-овых дел, полагаю это оправданно.
Я сейчас делаю в программе утилиту для анализа TDDFT расчётов из файлов Gaussian и Gamess. Есть программы, которые рисуют DOS – диаграммы (density of states). Я не очень понимаю что это такое и прошу объяснить это, а также насколько сложно мне это сделать в своей программе.
Из того что я слышал про расчёты TDDFT, у меня возникла такая идея: анализ переходов возбуждённых состояний, похожий на анализ молекулярных орбиталей (Tools/Orbitals/Analyze molecular orbitals).
Вы открываете расчёт TDDFT, кликаете меню, и выбираете из списка возбуждённых состояний, которые нашёл расчёт, интересующие вас (например все). Далее для каждого из них программа текстом пишет, какие переходы между орбиталями вносят наибольший вклад в возбуждение.
Вот пример участка файла Gaussian:

Excited State 14: ?Spin -EU 1.9368 eV 640.16 nm f=0.0000
84A -> 98A -0.11978
93A -> 95A 0.11461
93A -> 96A 0.63721
94A -> 95A -0.52168
84B -> 98B 0.12184
89B -> 95B -0.10785
89B -> 96B -0.59963
90B -> 95B 0.47886

Excited state symmetry could not be determined.

Программа прочитает его и выдаст примерно такой текст:
“In excited state 14 (E=1.9368 eV), main transitions are: 93A->96A(0.63721), 89B->96B (-0.59963), 94A->95A (-0.52168)”…
Достаточно ли будет такого представления данных, или на самом деле лучше пользоваться DOS-спектрами?
Далее, моя программа сможет для каждого возбуждённого состояния рассчитать полную электронную плотность (которая будет показана графически в виде электронного облака с изоповерхностями), либо, например, заряды по малликену. Насколько это будет полезно?

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1142
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Анализ TDDFT спектра и графики DOS

Сообщение Vit Nhoc » Вс дек 30, 2018 7:06 pm

Ещё вопрос, если можно.
Я делаю такую же утилиту для расчётов TDDFT в Gamess-US. Для restricted-расчёта участок файла выглядит так:

STATE # 7 ENERGY = 6.163140 EV
OSCILLATOR STRENGTH = 0.031652
LAMBDA DIAGNOSTIC = 0.749 (RYDBERG/CHARGE TRANSFER CHARACTER)
SYMMETRY OF STATE = A
EXCITATION DE-EXCITATION
OCC VIR AMPLITUDE AMPLITUDE
I A X(I->A) Y(A->I)
--- --- -------- --------
41 66 -0.053628 -0.006840
54 66 0.038574 0.004189
56 66 0.205901 0.008619
62 67 0.068878 0.016490
63 67 -0.207662 -0.011208
64 68 0.094543 0.006159
65 68 -0.942780 0.023338
64 76 0.038792 0.004928



У меня нет такого же расчёта в UHF, поэтому я не знаю, как будет выглядеть аналогичная секция файла, где подписаны alpha- и beta-орбирали. Т.е. будет ли в таких расчётах печататься, например, 41A 66A, или обозначение alpha/beta будет в каком-то другом участке. Без этой информации я смогу сделать фичу только для расчётов с открытой оболочкой.

Аватара пользователя
RAS
Сообщения: 151
Зарегистрирован: Ср янв 13, 2010 12:47 pm

Re: Анализ TDDFT спектра и графики DOS

Сообщение RAS » Вт янв 22, 2019 12:41 pm

А вот, хоть я считаю и в Орке, но надеюсь, что у Вас и до Орки руки дойдут! Мне кажется очень недурно было бы, если бы из программной выдачи можно было автоматом для каждого перехода рендерить разность электронных плотностей. То есть: конечные орбитали с плюсом, исходные орбитали с минусом, умножить на вклад в переход и всё сложить. А результат рендерить так же, как орбитали. Ну очень было бы наглядно!

Может быть гуру уточнят, но мне кажется ясно, что я хочу
Before we are quantum chemists we are scientists, happy eye-witnesses of miracles going on around us.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Анализ TDDFT спектра и графики DOS

Сообщение Shorku » Вт янв 22, 2019 3:12 pm

RAS писал(а):
Вт янв 22, 2019 12:41 pm
А вот, хоть я считаю и в Орке, но надеюсь, что у Вас и до Орки руки дойдут! Мне кажется очень недурно было бы, если бы из программной выдачи можно было автоматом для каждого перехода рендерить разность электронных плотностей. То есть: конечные орбитали с плюсом, исходные орбитали с минусом, умножить на вклад в переход и всё сложить. А результат рендерить так же, как орбитали. Ну очень было бы наглядно!

Может быть гуру уточнят, но мне кажется ясно, что я хочу
Кстати, эта опция есть у утилиты orca_plot из орочьего дистрибутива
Make quantum chemistry, not war

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 10 гостей