Требуется помощь с молекулярной динамикой

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Nickalaich
Сообщения: 48
Зарегистрирован: Сб фев 25, 2017 2:23 pm

Требуется помощь с молекулярной динамикой

Сообщение Nickalaich » Ср мар 13, 2019 7:03 pm

Появилась задача провести симуляцию каталитической реакции при 493К и 200 атм, чтобы проверить, возможна ли она вообще, при каких конкретно условиях, и если да - то надеюсь получить механизм реакции. Раньше я никогда этого не делал. Понял, что мне потребуется специальное силовое поле, параметризованное именно для подобных задач, и выбор пал на ReaxFF, а оно, собственно, есть в LAMMPS. Достал я LAMMPS, смотрю на немногочисленные туториалы, но в упор не вижу в них того, что нужно именно мне. У меня имеется ячейка 25х25х25 А, в ней сидят реагенты, и всё это сохранено в формате .xyz. Для начала, я совершенно не понимаю, как координаты из такого файла скормить лампсу. Помогите мне пожалуйста, кто-нибудь, написать входной файл для лампса или выбрать другую программу, в которой всё более прозрачно задокументировано. Буду очень благодарен.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь с молекулярной динамикой

Сообщение Гесс » Ср мар 13, 2019 10:23 pm

уууу. Это все очень непросто.
Во первых ReaxFF. У вас есть параметры для всех элементов входящих в вашу реакцию? Причем желательно чтобы эти параметры были взяты из единой параметризации а не собраны с миру по нитке, водород параметризованный для систем из одной органики и водород параметризованный для гидридов/оксидов переходных металлов могут иметь очень непохожие параметры и использование одного вместо другого приведет к ахимическим или афизическим результатам. Если таких (ВСЕХ) параметров нет то я бы не советовал связыаться с РеаксФФ. Параметризовать элементы для своей реакции вы точно не хотите, это ОЧЕНЬ много работы.
Какие альтернативы?
Во первых катализ какой? Гетерогенный и поверхность металла/его оксида? Тогда основная альтернатива - периодическое ДФТ.
В определенных ситуевинах может иметь смысл тренировать нейросеть но оно всеравно сядет на реальные расчеты.

Аватара пользователя
Nickalaich
Сообщения: 48
Зарегистрирован: Сб фев 25, 2017 2:23 pm

Re: Требуется помощь с молекулярной динамикой

Сообщение Nickalaich » Чт мар 14, 2019 11:04 am

Катализ, пока что, гомогенный, и в газовой фазе. Есть молекула комплекса с d-металлом, она - катализатор, а субстратом являются азот и водород в газовой фазе. Такие дела.
Моя задача в том, чтобы определить, что реакция вообще возможна. Я подумал, что молекулярной динамикой это организовать проще всего. Но если всё так, как вы говорите, то наверное нужен другой путь.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь с молекулярной динамикой

Сообщение Гесс » Чт мар 14, 2019 11:39 am

Тогда жизнь может быть менее грустной.
Молдинамика не самый популярный инструмент в катализе.
Если речь идет о "молекула комплекса с переходным металлом + два газа" то это скорее всего можно попробовать решить построением полного механизма и ДФТ-расчета всех его стадий с поиском переходных состояний.
Азот это может быть непросто, если там пойдет разрыв сразу нескольких связей. Но это надо смотреть предметно.
Если вам интересно - я могу взглянуть и сказать что я об этом думаю. Если проблему нельзя обсуждать прилюдно - можете написать мне ЛС и перейдем куда то в более приватное место. С другой стороны пока мы здесь - есть шанс что ктото еще откликнется.

Sartorius84
Сообщения: 1149
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Требуется помощь с молекулярной динамикой

Сообщение Sartorius84 » Чт мар 14, 2019 8:50 pm

Nickalaich писал(а):
Чт мар 14, 2019 11:04 am
Моя задача в том, чтобы определить, что реакция вообще возможна.
Так а по термодинамике она возможна? Если по теории не получается посчитать и справочным данным, можно в МД посчитать свободную энергии попробовать, до того как переходить к QM и механизму реакции.

Свободная энергия в LAMMPS : http://utkstair.org/clausius/docs/mse61 ... ro_v01.pdf

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей