Требуется помощь с выбором ПО для расчета конформаций

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
omilos
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Чт июл 11, 2019 4:19 pm

Требуется помощь с выбором ПО для расчета конформаций

Сообщение omilos » Чт июл 11, 2019 5:05 pm

Добрый день!

Передо мной стоит задача выбора ПО для работы со молекулярными структурами до 1000 атомов.
В конечном итоге мне нужно рассчитать площадь обкатки макромолекулы некоторым пенетрантом (accessible surface area и некоторые ее модификации). Для того чтобы рассчитать площадь и другие параметры, мне нужно получить различные конформации макромолекулы.

На данный момент я делаю следующим образом.
1) Создал базу с молекулами в instant jchem компании chemaxon. Туда внес нужные мне звенья полимеров, написал скрипт, который соединяет звенья и получается олигомер, далее этот олигомер оптимизирую и получаю структуру с минимальной энергией. Полученные с помощью встроенного калькулятора конформации оказались далеки от идеала ( палки со сгибами в нескольких местах). Поэтому см п2
2) Выгружаю из instant jchem оптимизированный олигомер в формате sdf и в программе chemoffice запускаю симуляцию нагревания данной молекулы. Атомы как то там меняют свои положения. Дальше запускаю снова минимизацию энергии с помощью MMFF94. Получается некоторое подобие конформации.
3) Далее уже все это конформации обсчитываю в Python с помощью переписанного из FreeSASA алгоритма Ли_Ричардса и пакета RDKit. Получаю нужные мне параметры и радуюсь.

Мне очень не нравятся пункты 1 и 2, тк там очень многое нужно делать руками.

Очень прошу помочь с вопросами ниже.
1) Можно ли доверять конформациям полученным в пунтке 2?
2) Есть ли ПО способное заменить chemoffice в данной связке? желательно с Python API. Я достаточно долго искал. Выбор пал на Gromacs + GromacsWrapper. Однако, там я нашел только как растворить свою макромолекулу в каком то растворе. А мне нужно чтобы из 2D структуры получилась 3D структура (в вакууме), а затем можно было при температуре ее погнуть и получить конформации. Или каким то другим способом получить конформации.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь с выбором ПО для расчета конформаций

Сообщение Гесс » Чт июл 11, 2019 9:24 pm

"Погонять при температуре" - это чтото родственное процедуре Simulated annealing.
Альтернативно для больших молекул можно пробовать метадинамику, например в Громаксе.

Не могу вспомнить женское имя которым назван софт который кажется применим для всего этого сразу. Не Сиеста а чтото другое. Возможно завтра спрошу коллегу.


omilos
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Чт июл 11, 2019 4:19 pm

Re: Требуется помощь с выбором ПО для расчета конформаций

Сообщение omilos » Сб июл 13, 2019 12:44 pm

Гесс писал(а):
Пт июл 12, 2019 9:58 pm
Simona
http://int-wenzelweb.int.kit.edu/simona/
Большое спасибо! буду изучать. Может получится в среду RDkit ее встроить, раз она на питоне, тогда вообще отлично будет.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 546
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Требуется помощь с выбором ПО для расчета конформаций

Сообщение alien308 » Вс июл 28, 2019 1:21 pm

Попытался прочитать про симону. Ничего не понял :275: . Она сама по по себе или сверх другого пакета работает? Что на вход надо?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Требуется помощь с выбором ПО для расчета конформаций

Сообщение Гесс » Вс июл 28, 2019 7:11 pm

Понятия не имею, лично я с ней не работаю и то что мне о ней рассказывал коллега мне ненадо.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя