ORCA vs Turbomole

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1472
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

ORCA vs Turbomole

Сообщение surius » Пн сен 16, 2019 1:11 pm

Коллеги, озадачился вопросом приобретения турбомоля. И одновременно начала жаба душить, и сразу в голову мысли всякие лезуть - а может и так обойдемся, а может есть и не медленне софт...
Вопрос к пользовалелям орки и ТМ, можете поделиться впечатлениями от скорости работы самых рутинных рачетов. Например оптимизация в DFT/GGA. И там и там есть RI... Знаю по опыту что ТМ очень быстр... (по крайней мере сильно быстрее Г16), а Орка? буду признателен за отзывы любого рода

Заранее спасибо
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Гесс » Пн сен 16, 2019 3:35 pm

У турбомоля очень быстра оптимизация, а вот частоты (и гессиан) меня огорчают, как минимум на Meta-Hybrid.
Eще меня бесит то что турбомоль находит мнимые частоты в оптимизированных гауссианом минимумах а в случае предварительно оптимизированных переходных состояниях даже имея одну правильную мнимую частоту по aoforce всеравно скатываться при переоптимизации в минимум. Вообщем я Турбомолем очень опечален, не говоря уже о define.

сорри что не очень по теме.
По скорости в сравнении с оркой возможно скажу через пару дней я счас плюнул на турбомоль и пробую воспроизвести те же яйца в орке. Это будет M06/def2-TZVP на системе в несколько десятков атомов.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1472
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение surius » Пн сен 16, 2019 6:32 pm

Гесс писал(а):
Пн сен 16, 2019 3:35 pm
По скорости в сравнении с оркой возможно скажу через пару дней я счас плюнул на турбомоль и пробую воспроизвести те же яйца в орке. Это будет M06/def2-TZVP на системе в несколько десятков атомов.
У меня задачи несколько иные. Обычно это несколько сот атомов, обычно до 5 тысяч базисных функций. Обычно нужна оптимизация, и строго говоря не до частот (хоть чуть-чуть похож на минимум и уже хорошо). Так что да оптимизатор это пожалуй ключевой модуль
Буду признателен если отпишитесь за общие впечатления о скорости и прочем. :up:
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 656
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Yurii » Ср сен 18, 2019 7:49 pm

Гесс, какую версию Турбомоля юзаете?
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Гесс » Ср сен 18, 2019 9:00 pm

Yurii писал(а):
Ср сен 18, 2019 7:49 pm
Гесс, какую версию Турбомоля юзаете?
7.2.1_tmolex432, principally we have also 7.3_tmolex44, but its not default.

So last news, sorry I am looking now for hessians and not for optimisations.
System is the same, under RI it is
total number of cartesian basis functions : 734
total number of SCF-basis functions : 640
on main run
total number of cartesian basis functions : 1328
total number of SCF-basis functions : 1065
For M06 (Meta-hybrid GGA) Turbomole has analytical hessian, Orca just numerical, so comparison would be incorrect, but I can compare
M06 analytical hessian in Turbomole (m3 combi-grid) with B3LYP analytical hessian in Orca (Grid6).
Turbomole take 11 hours, for Orca 24 hours timelimit was not enough.
Gaussian16 for B3LYP without RI analytical hessian, default grid - slightly more than an hour on the same cluster (16 cores nodes). M06 was on another cluster so would be unfair to compare.

Actually I guess that my imaginary frequency problem might relate to default m3 grid that might be unsatisfactory small for Truhlars functionals.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1472
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение surius » Ср сен 18, 2019 10:05 pm

У меня сложилось впечатление что ТМ довольно хорошо работает scf, может не так хорошо как у gaussiana, но лучше чем у orca. По крайней мере такое ощущение было в версии 3.х Последняя версия которую я крутил была 4.1.2 и там мне казалось что стало лучше, но осадок остался.

Гесс, а можем мы замутить совместный тест. Я вам пришлю структурку, не супер большую, могли бы вы запустить оптимизацию. Она должна быстро сойтись. А я ее пущу в орке. Сделаем например 8core/5gb. И сравнить бы статистику. Если конечно есть время
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Гесс » Чт сен 19, 2019 1:02 am

У меня тут 16 и 20 процовые ноды, надо будет ограничить турбомоль. Ну времени как бы как всегда нет но так как тут думать ненадо то можно попробовать.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 654
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Vit Nhoc » Сб сен 28, 2019 4:38 pm

Расскажите, почему не Гауссиан? Из материальных соображений (платить не надо)?
Правильно ли я понимаю, что сейчас моя программа Chemcraft на порядок хуже работает с Orca или Turbomole, чем с гауссианом? Я это полагаю потому, что сам пользуюсь только гауссианом, и Chemcraft "оптимизирована" под него.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Гесс » Сб сен 28, 2019 5:23 pm

Турбомоль тоже платный, у него как бы есть свои преимущества по сравнению с гауссианом, но для меня в нем больше недостатков.
Но так как я сейчас в институте где рождался Турбомоль, то Гауссиан в нем совершенно не приветствуется.
Я сейчас пытаюсь в орке или турбомоле воспроизвести переходное состояние найденное гауссианом и :003:

Кемкрафт да, оптимизации и частоты показывает ну и на том спасибо.
Было бы интересно версию для установки на сервер чтоб не таскать туда-сюда файлы и версию для мака (без вайна и виртуалок), но это явно не в эту тему.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 654
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Vit Nhoc » Вс сен 29, 2019 8:50 pm

Кемкрафт да, оптимизации и частоты показывает ну и на том спасибо.
А что сейчас более популярно на Западе - Орка или Турбомол?
Было бы интересно версию для установки на сервер чтоб не таскать туда-сюда файлы и версию для мака (без вайна и виртуалок), но это явно не в эту тему.
Извиняюсь за такой ламерский вопрос, а мак и линукс это совсем разные вещи? Что-то странно, когда говорят про вайн подразумевают то Линукс, то Mac.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 764
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение madschumacher » Вс сен 29, 2019 9:25 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вс сен 29, 2019 8:50 pm
А что сейчас более популярно на Западе - Орка или Турбомол?
А Запад бывает разный. есть женщины, которые любят женщин, есть женщины, которые любят мужчин, а есть бисексуалы: у них для радости в два раза больше причин Где-то популярно одно, где-то второе, а кто-то и тем интересуется. А некоторые вообще любят эКспрессо.
Vit Nhoc писал(а):
Вс сен 29, 2019 8:50 pm
Извиняюсь за такой ламерский вопрос, а мак и линукс это совсем разные вещи? Что-то странно, когда говорят про вайн подразумевают то Линукс, то Mac.
MacOS - - особая система, ядро которой - - это модификация BSD. И да, ещё есть и Unix, ?BSD, Os/2, SunOS и куча других систем.
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 2796
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Ahha » Пн сен 30, 2019 7:17 pm

Vit Nhoc писал(а):
Вс сен 29, 2019 8:50 pm
Извиняюсь за такой ламерский вопрос, а мак и линукс это совсем разные вещи? Что-то странно, когда говорят про вайн подразумевают то Линукс, то Mac.
Тут важно, что и макось, и линукс - POSIX-совместимые. Здесь прямо написано: "Wine (originally an acronym for "Wine Is Not an Emulator") is a compatibility layer capable of running Windows applications on several POSIX-compliant operating systems, such as Linux, macOS, & BSD...". Наверное, можно сказать, что и линукс и макось относятся к семейству Unix. Изначально Unix - название операционной системы, но потом всё начало ветвиться, ветвиться... Долгая история, но вам, как разработчику, возможно, будет интересно её нагуглить и почитать. Хотя бы начиная с той же википедии.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 654
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Vit Nhoc » Пн сен 30, 2019 8:18 pm

Я знаю два вайна:

https://www.davidbaumgold.com/tutorials/wine-mac/

http://wineskin.urgesoftware.com/tiki-index.php

Как думаете, какой из них лучше (мне пользователь написал, что второй). И есть ли ещё вайны?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Гесс » Пн сен 30, 2019 8:30 pm

First link is installlation manual of sofware from link https://www.winehq.org/
Second link: "While there is a lot to Wineskin, at its core it runs Windows™ software by using Wine (www.winehq.org)"

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 2796
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Ahha » Пн сен 30, 2019 8:32 pm

Это один и тот же wine: www.winehq.org.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 764
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение madschumacher » Пн сен 30, 2019 10:04 pm

Ahha писал(а):
Пн сен 30, 2019 7:17 pm
Изначально Unix - название операционной системы, но потом всё начало ветвиться, ветвиться...
Unix - это конкретная ось, а то, что Вы описали чаще всего обозначается как *nix, а называется "Unix-подобные оси".
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 654
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Vit Nhoc » Пн сен 30, 2019 10:18 pm

Ahha писал(а):
Пн сен 30, 2019 8:32 pm
Это один и тот же wine: www.winehq.org.
Вы уверены что Wineskin и winehq это одно и то же, а не два подвида вайна?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11603
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Гесс » Пн сен 30, 2019 11:27 pm

https://en.wikipedia.org/wiki/Wine_(sof ... plications и https://en.wikipedia.org/wiki/Wine_(sof ... ource_code - вот там прописано что такое Wineskin и прочие вайно-относящиеся утилиты. Мне несовсем понятно - а зачем? Насколько я понимаю сейчас кемкрафт можно запускать под вайном либо в виртуалках без дополнительных допиливаний.
И вообще я это все несколько позже перенесу в тему кемкрафта, насколько я понимаю.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 2796
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение Ahha » Пн сен 30, 2019 11:29 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пн сен 30, 2019 10:18 pm
Вы уверены что Wineskin и winehq это одно и то же, а не два подвида вайна?
Вам же написали: :facepalm:
Гесс писал(а):
Пн сен 30, 2019 8:30 pm
Second link: "While there is a lot to Wineskin, at its core it runs Windows™ software by using Wine (www.winehq.org)
P.S. Блин, опять. Гесс это делает нарочно. :mrgreen:
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1769
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: ORCA vs Turbomole

Сообщение amge » Вт окт 01, 2019 7:18 am

Гесс писал(а):
Ср сен 18, 2019 9:00 pm
M06 analytical hessian in Turbomole (m3 combi-grid) with B3LYP analytical hessian in Orca (Grid6).
Turbomole take 11 hours, for Orca 24 hours timelimit was not enough.
Gaussian16 for B3LYP without RI analytical hessian, default grid - slightly more than an hour on the same cluster (16 cores nodes).
B3LYP analytical hessian Orca vs. Gaussian: >24 ч vs. ~1 ч
Какая-то катастрофическая разница. А по скорости оптимизации геометрии?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя