как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
olu
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс дек 17, 2006 8:47 pm

как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

Сообщение olu » Пн сен 17, 2007 6:19 pm

Собственно вопрос задан в теме.
Прочел книгу Бэйдера "атомы в молекулах" и захотелось попробовать AIM2000. Относительно AIMPAC в мануале Gamess написано:
AIMPAC = flag to create an input deck for Bader's Atoms
In Molecules properties code. (default=.FALSE.)
For information about this program, see the URL
http://www.chemistry.mcmaster.ca/faculty/bader/aim
и еще
PLTORB, MOLPLT, and AIMPAC decks are written to file
PUNCH at the end of the job.
Можно просто ответить на мой вопрос, но лучше будет прислать работающий тест файл.
Заранее благодарю!

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн сен 17, 2007 7:05 pm

$CONTRL AIMPAC=.T. $END

В конце PUNCH (после строки "TOP OF INPUT FILE FOR BADER'S AIMPAC PROGRAM") будет выдана информация для AIM. Ее можно оттуда выдрать каким-нибудь текстовым редактором и создать файл *.wfn

Upd. Пример залил в exchange.

Аватара пользователя
olu
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Вс дек 17, 2006 8:47 pm

Сообщение olu » Ср сен 19, 2007 8:58 am

Огромное спасибо, разобрался!

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Сообщение Lexx » Чт окт 04, 2007 8:14 pm

Господа, не знает ли кто, есть ли в свободном доступе программы для анализа электронной плотности по виндой?
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Чт окт 04, 2007 11:59 pm

В крайнем случае, под Виндой есть cygwin 8)
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Vasil_
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Пт окт 05, 2007 6:57 pm

Сообщение Vasil_ » Пт окт 05, 2007 10:13 pm

Lexx писал(а):Господа, не знает ли кто, есть ли в свободном доступе программы для анализа электронной плотности по виндой?
В крайнем случае используйте книгу Местечкина "Метод матрицы плотности".

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Сообщение Lexx » Пн окт 08, 2007 8:08 am

А чем мне это книга сможет помочь? С cygwin'ом поробую разобраться :)
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Чт окт 11, 2007 5:48 pm

Lexx писал(а):Господа, не знает ли кто, есть ли в свободном доступе программы для анализа электронной плотности по виндой?
Lexx? Моё письмо получили?

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Сообщение Lexx » Пт окт 12, 2007 12:51 pm

Да, я вам ответил. Извините, что с опозданием.
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

N_A_B
Сообщения: 133
Зарегистрирован: Вс ноя 04, 2007 10:43 am

Re: как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

Сообщение N_A_B » Сб май 03, 2008 3:06 pm

День добрый.
А можно пояснить-как пользоваться aimpac?
Скачал aimpac.zip
с сайта Бейдера.
Распаковал.
Что теперь?
НУ ясно , что man-файлы- это по сути readme.
Ясно,как создавать wfn-файлы с помощью Gamess(спасибо ответу тов Yu/2)
А как собственно использовать?
Что мне нужно- нужно знать координаты критических точек ну и собственно лапласиан электронной плотности в этих точках.
Заранее спасибо.
Если можно- залейте в обменник еще раз пример.
жить будем.

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

Сообщение alxyppv » Вс май 04, 2008 2:20 pm

aimpac растпространяется в виде исходного кода, его надо еще компилировать.
Попробуйте AIMAll - это тот же aimpac (автор AIMAll - Todd Keith - один из авторов aimpac), но сильно оптимизированный и работающий под Windows. Программа бесплатная, надо только зарегистрироваться

http://aim.tkgristmill.com
А.П.

N_A_B
Сообщения: 133
Зарегистрирован: Вс ноя 04, 2007 10:43 am

Re: как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

Сообщение N_A_B » Пн май 05, 2008 10:23 am

Спасибо за ссылочку!
Написал им письмо..вот теперь жду ответа.
жить будем.

N_A_B
Сообщения: 133
Зарегистрирован: Вс ноя 04, 2007 10:43 am

Re: как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

Сообщение N_A_B » Вс май 11, 2008 9:17 pm

Хм..
Граждане-товарищи...
А не знаете, есть ли в PC GAMESS ограничение на количество примитивов?
А то вылезает такое в PUN-файле:
GAUSSIAN 375 MOL ORBITALS *** PRIMITIVES 182 NUCLEI

вместо числа примитивов- ***
:x Заранее спасибо
жить будем.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

Сообщение VTur » Вс май 11, 2008 10:24 pm

В рукосуйстве есть такая фраза.
This program is limited to a total of 2,000 atoms. The
total number of symmetry unique basis set shells cannot
exceed 5,000, containing no more than 20,000 Gaussian
primitives. Each contraction must contain no more than 30
Gaussians. The total number of contracted basis functions,
or AOs, cannot exceed 8192. You may use up to 1050
effective fragments, of at most 5 types, containing no more
than 2000 multipole/polarizability/other expansion points.
После отстоя требуйте долива

N_A_B
Сообщения: 133
Зарегистрирован: Вс ноя 04, 2007 10:43 am

Re: как сгенерировать файл для AIMPAC программ используя Gamess?

Сообщение N_A_B » Пн май 12, 2008 7:31 am

Нашел в чем косяк.
Версия PC GAMESS, которой я пробовал это сделать(зато с поддержкой QM/MM)- 6.4 . А надо пользоваться 7.Х.
жить будем.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 18 гостей