Добрый день, так вышло что я ничего не понимаю в квантовом моделировании, почти отчаялась написать диплом. Прошу помочь с этим! У меня есть два интермедиата В и С. Я их построила в Avoradro и от туда получила координаты атомов. У меня есть для расчетов только программа FiCo - Firefly commander.
Как должен выглядеть входной файл для поиска переходного состояния из интермедиата В в С?. Я нашла оптимальную геометрию нескольких изомеров В и С. Преподаватель скинул подхожую работу. Как я поняла, далее мне нужно найти hessian для интермедиата С. А потом в одном файле добавить коортиданы В и гессианы С, верно? В этом файле команда включает runtyp=sadpoint? Почему нельзя использовать только координаты? Это уменьшит время расчетов, мной ноутбук оптимизацию геометрии считает около 8 часов.
Прошу, помогите. Я пыталась посчитать гессиан для не оптимизированной структуры, все закончилось тем, что в выходном файле было указано, что энергия не сходится.
Поиск переходного состояния с помощью FiCo
-
- Сообщения: 1
- Зарегистрирован: Вт май 14, 2024 4:03 pm
Re: Поиск переходного состояния с помощью FiCo
Не так! Общая идеология поиска ПС такова: нужно каким-то образом получить достаточно хорошее приближение переходного состояния и в инпуте дать его координаты. Также в инпут внести предварительно вычисленный гессиан этого приближения (группу $HESS и сказать $statpt hess=read $end). Либо задать, чтобы гессиан сначала вычислялся ($statpt hess=calc $end). Затем runtyp=sadpoint и вперед. Признак того, что начальное приближение достаточно хорошее - если в гессиане первой идет мода с отрицательной частотой, движение по которой имитирует реакцию.Student2024 писал(а): ↑Вт май 14, 2024 4:37 pmКак я поняла, далее мне нужно найти hessian для интермедиата С. А потом в одном файле добавить коортиданы В и гессианы С, верно?
Главная сложность - это получить достаточно хорошее начальное приближение ПС. Чаще всего используют релаксированный скан - выбирают геометрический параметр (длина связи или валентный угол или диэдральный угол), обеспечивающий превращение В в С, и последовательно изменяют его фиксированное значение с оптимизацией остальных геометрических параметров. Структуру с максимальной энергией берут в качестве начального приближения. Релаксированный скан отнюдь не всегда помогает, но в простых случаях работает.
В вашем случае расчет рекомендованным методом занимает очень много времени, поэтому начальное приближение и его гессиан разумно получать каким-нибудь существенно более легким методом, вплоть до полуэмпирики.
Re: Поиск переходного состояния с помощью FiCo
Можете попробовать Nudged Elastic Band (NEB)
https://vk.com/@quant_chem_and_stuff-nu ... ehodnogo-s
Лучшей аппроксимацией ПС, естественно, будет изображение, имеющее максимальную энергию из всех (highest energy image, HEI).
Есть еще The climbing image nudged elastic band method (CI-NEB) опять в ORCA https://sci-hub.ru/10.1021/acs.jctc.1c00462
В аппроксимации ПС у вас будет отрицательная частота в гессиане отсюда уже можно искать ПС любыми более точными методами, однако...
https://vk.com/@quant_chem_and_stuff-nu ... ehodnogo-s
Лучшей аппроксимацией ПС, естественно, будет изображение, имеющее максимальную энергию из всех (highest energy image, HEI).
Есть еще The climbing image nudged elastic band method (CI-NEB) опять в ORCA https://sci-hub.ru/10.1021/acs.jctc.1c00462
В аппроксимации ПС у вас будет отрицательная частота в гессиане отсюда уже можно искать ПС любыми более точными методами, однако...
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость