MP2, B3LYP, ...

[1177]

Где непрофессионалу можно почитать про методы квантовой химии: MP2, B3LYP, ...? Спб.

[surius]

Где непрофессионалу можно почитать про методы квантовой химии: MP2, B3LYP, ...? Спб.

Конкретизируйте вопрос пожалуйста! Что именно почитать, в общих ли чертах или принципиальную идею (один мой знакомый, мог бы об этом часами рассказыва, наверное), и еще на сколько не профессионалу (с математикой дружите?).
Чуть конкретнее и чего нить придумаем!

[surius]

Жаль конечно, что вы 1177, так и не дали ответа...
Однако возможно другим читателям бедет интересна данная тема, а потому в кратце отвечу

Методы расчета реализованные в программном пакете "GAUSSIAN"

Полуэмпирические - CNDO, MNDO, MINDO, INDO, AMI, PM3
Неэмпирические (SCF) - HF, CASSCF, GVB
Post-SCF (с учетом электронной корреляции)- МР2, МРЗ, MP4(SDQ), MP4(SDTQ), MP5, CI, QCISD, QCISD(TQ), CCD, CCSD, BD, OVGF
Методы функционала плотности (DFT) - S*, XAlpha, B*, *VWN, *VWN5, *LYP, *PL, *P86, *PW91, B3*
Расчет возбужденных состояний - CIS

*- эти локальные или корреляционные функционалы могут комбинироваться (например, ВЗ + LYP = B3LYP, В + PW91 = BPW91)

Теперь первая часть вашего вопроса:

1) Теория возмущений Мёллера-Плессе (MP)
См. файл в exchange (Теория возмущений MP)

Если у вас появятся вопросы, пишите, по мере сил и возможностей постараемся вам ответить...

[КВГ]

Однако возможно другим читателям бедет интересна данная тема, а потому в кратце отвечу

Можно присоединиться? У меня вопрос по конкретным системам: не сумел найти доступных данных по электронной структуре гексахлоридных и гексафторидных комплексов хрома(3+) и хрома(2+) - а нужны почти дозарезу. В основном интересуют данные по энергиям верхних МО. Так вот, где лучше почитать про расчеты подобных систем и в какой программе лучше считать? А может, вы, уважаемый surius, навскидку можете сказать, каким(какими) методом лучше считать? А может, кто-то уже все посчитал и вам об этом что-либо известно? Спасибо!

[Yu/2]

Где непрофессионалу можно почитать про методы квантовой химии: MP2, B3LYP, ...? Спб.

У Цирельсона мне нравятся лекции в электронном виде. Всего понемножку и понятно и целостность какая-то есть. Я бы порекомендовал.

Код: Выделить всё

http://quant.distant.ru/konspekt_atom.htm

[surius]

КВГ, к сожалению я не имею данных интересующих вас, однако дам вам некоторые ссылки на работы где также обсчитывали схожие комплексы- возможно вам это поможет?!

Особенно рекомендую вам посмотреть статьи из списка литературы, под номерами 12 и 13
12. Clack D.W., Monshi M. //Mol. Phys. 1976. V.31. P.1607.
13. Sano M., Adachi H., Yamatera H. //Bull. Chem. Soc. Jpn., 1981. V.54. P.2898.

если у вас нет возможности достать статьи самостоятельно попросите людей в "обмен книгами, статьями...."- они добрые, они помогут

PS- см. в exchange

[КВГ]

У Цирельсона мне нравятся лекции в электронном виде.

Спасибо за ссылку, Yu/2. Я воспользовался.

[Yu/2]

У Цирельсона мне нравятся лекции в электронном виде.

Спасибо за ссылку, Yu/2. Я воспользовался.

Я рад.
Мне когда-то они помогли навести в голове порядок.

[КВГ]

PS- см. в exchange

Surius, спасибо, скачал статью. Да, там полезные вещи!

[1177]

surius, простите, что долго не отвечал.
Конкретнее: моих знаний хватило, чтобы прочитать и понять (на 3) Степанова "КМ и КХ", но как-то практических навыков не прибавилось.

[surius]

...но как-то практических навыков не прибавилось....

1177- я бы на вашем месте не сильно расстраивался, и вот почему! Кванты- наука очень специфичная. В ней наличие каких-то фундаментальных знаний, не гарантирует высокий результат в труде!
Я думаю вы и сами это заметили- например, прочитав про MP вы хоть теперь и можите воспроизвести формулу для поправки 2 порядка (или любого другого порядка), но совершенно не представляете на каких системах MP оправданно использовать, а на каких ничего кроме увеличения времени расчета не получите. Не знаете для каких видов расчета он дает адекватные результаты, а для каких откровенный бред!
И это совершенно нормально, чтобы видеть такие вещи сразу нужен достаточный практический опыт (как у летчиков часы полетов...)- а он ни от одной теории ни от одного user's manual не приходит! Хотите быть асом- считайте много и обязательно "вдумчиво".
Я бы порекомендовал вам такой вариант работы:
Берете заведомо известную систему(для которой все давным давно известно и просчитано) и начинаете обсчитывать ее самостоятельно, подбирая базисы, методу расчета, контролируя машинное время и анализируя выходные данные. И таким вот образом, через некоторое время можно начать понимать, хотябы априорно, что происходит, вы начнете чувствовать квантовую химию...

PS
Выложил для вас в exchange не большую методичку- по первости должно хватить...
PPS
за методичку отдельное спасибо Yu/2

[1177]

спасибо, surius! Обязательно последую Вашему совету.

А можно пока вопрос конкретный? Можно ли для расчета конформаций н-парафинов [энергии и спектры; C4-C17] использовать B3LYP и MP2 с базисом 6-311+G(d)? Какую точность можно ожидать?

[Nord]

спасибо, surius! Обязательно последую Вашему совету.

А можно пока вопрос конкретный? Можно ли для расчета конформаций н-парафинов [энергии и спектры; C4-C17] использовать B3LYP и MP2 с базисом 6-311+G(d)? Какую точность можно ожидать?

Можно! Однако следует помнить, что геометрия буте отвечать изолированным молекулам в газе.
Насчет спектров - какие спектры имеются в виду? Если ИК, то опять "да", причем частоты придется масштабировать на множитель порядка 0.98-0.99. УФ - естественно нет, т.к. остаемся в рамках в основном электронном состоянии..

[surius]

Nord Можно! Однако следует помнить, что геометрия буте отвечать изолированным молекулам в газе.

Совершенно согласен с коллегой, однако кроме выше изложенных замечаний от себя дополню:
Есть такое простое правило, которое по большому счету не объязательно к выполнению, но при его применении может с экономить массу времени.
Перед тем как считать серьезными бызисами, сделайте обсчет на простейших, ну типа STO... Объясню суть. Представте, что вы решили считать не н-Гептан, а кукую нибудь краказябру, атомов так этак на 30, да еще и с гетероатомами и .... (вобщем представте себе что нить красивое ). Записали Z-матрицу... создали входной фаил в общем и поставили считаться. Он (компьютер), как ему и подобает считает, считает далго- неделю! И вдруг, на некой итерации выскакивает Error. Гарантирую, даже если вы слово писька в жизни не разу не произносили, даже про себя, будите материться как проклятый, проверено на опыте (прошу администрацию простить меня за такое сравнение ).
Куда проще провести первичный общет за 2-3 часа, а потом, если все нормально, полученные данные из этого расчета запустить в следующую ступень

[1177]

Можно! Однако следует помнить, что геометрия буте отвечать изолированным молекулам в газе.
Насчет спектров - какие спектры имеются в виду? Если ИК, то опять "да", причем частоты придется масштабировать на множитель порядка 0.98-0.99. УФ - естественно нет, т.к. остаемся в рамках в основном электронном состоянии..

ИК, КР.
Но интересуют не только частоты, но и интенсивности...

surius, спасибо за совет!

[Darth Vasya]

Ну вроде как обычно интенсивности прилагаются бесплатно

[1177]

Ну вроде как обычно интенсивности прилагаются бесплатно

Я в плане их точности...

[Nord]

Я в плане их точности...

Точность весьма так себе.

[Nik®]

Есть такое простое правило, которое по большому счету не объязательно к выполнению, но при его применении может с экономить массу времени.
Перед тем как считать серьезными бызисами, сделайте обсчет на простейших, ну типа STO...

действительно очень полезный совет, но на мой взгляд здесь есть подводные
камни,
как то раз я считал механизм реакции циклоприсоединения в начале как всегда загнал поиск ПС B3LYP/3-21G все нормально, а когда перешел к 6-31G* я немного удивился, получалось что при переходе к более высокому
уровню радикально менялся механизм реакции происходил переход от асинхронного концертного к постадийному механизму реакции, на пути реакции появлялся цвиттерионный интермедиат

[VTur]

МР2 в малых базисах попадает и по частотам и по интенсивностям пальцем в небо. Причем для одного базиса full и fc дают разные результаты.
Прежде, чем считать свою молекулу, возьмите чуть меньших размеров и проделайте это с ней. Если близко попали, найдете маштабирующий коэффициент. Если далеко - увеличивайте базис.