Gaussian: MP4 - ИК/КР частоты

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Сб ноя 17, 2007 1:33 pm

Nord, динамикой-то занимаюсь (уж много там или нет), но немного в другом аспекте. Реализация довольно простая - выписываем каждые n шагов дипольный момент элементарной ячейки (в случае ab initio - надлежащим образом разобравшись с Berry phase с помощью MLWFC), открываем файлик в программе xmgrace и делаем преобразование Фурье :)

Что касается интегралов по траекториям - этим занимается в Бохуме Dominik Marx (CPMD), соответственно, Маркса и нужно читать, начиная примерно отсюда: http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/ ... ex.en.html. Там же, полагаю, и вообще про ИК-спектры должно найтись. Насколько я знаю, пару лет назад они уже получали очень хорошие спектры для протонированного метана :)
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Nord
Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Сб ноя 17, 2007 1:51 pm

Darth Vasya писал(а):Nord, динамикой-то занимаюсь (уж много там или нет), но немного в другом аспекте. Реализация довольно простая - выписываем каждые n шагов дипольный момент элементарной ячейки (в случае ab initio - надлежащим образом разобравшись с Berry phase с помощью MLWFC), открываем файлик в программе xmgrace и делаем преобразование Фурье :)
Это-то я и сам знаю. Более того, занимаюсь этим в квантовом случае. Но хотелось бы видеть последовательный вывод для классической механики, с учетом статистической природы состояния :)[/quote]
Darth Vasya писал(а):Что касается интегралов по траекториям - этим занимается в Бохуме Dominik Marx (CPMD), соответственно, Маркса и нужно читать, начиная примерно отсюда: http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/ ... ex.en.html. Там же, полагаю, и вообще про ИК-спектры должно найтись. Насколько я знаю, пару лет назад они уже получали очень хорошие спектры для протонированного метана :)
Спасибо!
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Сб ноя 17, 2007 2:02 pm

Сравнивать гармонический и экспериментальный спектры можно только в области 800 - 1500 см-1, здесь они близки (если базис с диффузными и поляризационными функциями и не чистый ХФ). С простым ХФ спектр везде плохой (есть случайности, но заранее не угадаешь).
A 0-800 см-1?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Сб ноя 17, 2007 3:14 pm

1177 писал(а):
Сравнивать гармонический и экспериментальный спектры можно только в области 800 - 1500 см-1, здесь они близки (если базис с диффузными и поляризационными функциями и не чистый ХФ). С простым ХФ спектр везде плохой (есть случайности, но заранее не угадаешь).
A 0-800 см-1?
Здесь слишком тесно. Гармонические частоты могут быть близкими к экспериментальным по величине, но иметь разный тип симметрии и отнесение - случайное совпадение по величине разных частот. Вообще желательно заранее прикидывать какие частоты должны получаться. Это легко сделать для характеристических частот - есть таблицы, для остальных нужно смотреть известные частоты гомологов.

Аватара пользователя
SSR
Сообщения: 230
Зарегистрирован: Пн окт 01, 2007 9:06 pm

Сообщение SSR » Сб ноя 17, 2007 11:43 pm

Уважаемый 1177, заранее извиняюсь за чисто ликбезный вопрос. Вы учитываете, что 4,11-диметилтетрадекан в стереохимическом плане близкий родственник винной кислоты и имеет три изомера: мезо-форму и пару энантиомеров. Это может оказаться важно, поскольку экспериментальный спектр, скорее всего, снят (или будет снят) для смеси всех изомеров. Хотя, возможно, почти все различия и потонут в погрешностях расчёта и эксперимента.

Вообще же, IMHO, пример для заявленной цели
1177 писал(а):Собственно, цель в том, чтобы сравнить результаты различных методов с экспериментом
как минимум весьма трудный. Поэтому, если задача носит существенно учебный характер, возможно, стоит подумать о других объектах, которые ранее подвергались детальному исследованию и расчёт которых не будет связан с большими затратами времени.
Если люди не полагают, что математика проста, то только потому, что они не понимают, как на самом деле сложна жизнь (Джон фон Нейман)

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Вс ноя 18, 2007 12:46 pm

А с другой стороны, будет столько обертонов, комбинационных частот и горячих линий, что расчётный спектр с чем-то обязательно совпадёт (по частотам).

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Чт ноя 22, 2007 3:09 pm

Перефразирую вопрос:
Есть ли стандартные программы (пакеты), способные провести расчет частот НЕ в гармоническом приближении? спасибо

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Чт ноя 22, 2007 3:44 pm

1177 писал(а):Перефразирую вопрос:
Есть ли стандартные программы (пакеты), способные провести расчет частот НЕ в гармоническом приближении? спасибо
1. GAMESS, не PC
2. GAUSSIAN
3. DALTON
http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html
4. MULTIMODE
http://www.chemistry.emory.edu/faculty/ ... multimode/
5. NWchem
http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/doc/user/index.html
и др.

Частоты, полученные в разных программах могут значительно отличаться.

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Пт ноя 23, 2007 4:50 pm

Спасибо, VTur! А как это сделать в GAUSSIAN?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Сб ноя 24, 2007 11:00 am

1177 писал(а): А как это сделать в GAUSSIAN?
Opt(tight) SCF(tight) Pop=none Freq(anharm,Noraman).
NoRaman - чтобы не считать КР интенсивности и поляризации. Если требуются, то нужно явно указать Freq(anharm,Raman).
GAUSSIAN какой версии? В ранних (и краденых) NoRaman не срабатывает и расчет удваивается по времени. Чем лучше соптимизируете геометрию, тем достоверней спектр.

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Пн ноя 26, 2007 12:06 am

GAUSSIAN 03

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Пн ноя 26, 2007 12:16 am

Opt(tight) SCF(tight) Pop=none Freq(anharm,Noraman).
1177 писал(а):GAUSSIAN 03
Ссылка как раз для него.

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Пн ноя 26, 2007 8:27 pm

Спасибо :D

Freq(anharm,Raman) не хочет
Cannot do both Raman and Anharmonic.
а так ok

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Ср ноя 28, 2007 10:41 pm

Правильно говорят: "не говори ГОП..." При расчете n-пентана выдал ошибку:
Asymmetric Top with C1 Symmetry
Inertia Moments (amu-Ang**2) Ia: 30.30814 Ib: 251.57727 Ic: 265.45285
Rotational Constants (cm-1) a: 0.55621 b: 0.06701 c: 0.06351
Rotational Constants (GHz) a: 16.67469 b: 2.00884 c: 1.90384
VibMW allocation failure: iend,mxcore= 13533003 6251593
Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l716.exe at Wed Nov 28 22:32:10 2007.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Ср ноя 28, 2007 11:04 pm

1177 писал(а):Правильно говорят: "не говори ГОП..." При расчете n-пентана выдал ошибку:
Asymmetric Top with C1 Symmetry
Inertia Moments (amu-Ang**2) Ia: 30.30814 Ib: 251.57727 Ic: 265.45285
Rotational Constants (cm-1) a: 0.55621 b: 0.06701 c: 0.06351
Rotational Constants (GHz) a: 16.67469 b: 2.00884 c: 1.90384
VibMW allocation failure: iend,mxcore= 13533003 6251593
Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l716.exe at Wed Nov 28 22:32:10 2007.
Геометрию чем оптимизировали?
Если каким-то боком задействую теорию возмущений, то к месту и не к месту ставлю Density=Current. Но здесь, думаю, не поможет.
Скинте *.gjf или лучше *.out файл.

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Чт ноя 29, 2007 5:29 pm

exchange "C5_anahrm.out"

# RHF/6-31G(d) Opt(tight) SCF(tight) Freq(anharm)

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Чт ноя 29, 2007 5:52 pm

1177 писал(а):C5_anahrm.out # RHF/6-31G(d) Opt(tight) SCF(tight) Freq(anharm)
У Вас, видимо, мало оперативки. Какова конфигурация компа? Всегда пишите в явном виде %mem= "max" и в # maxdisk="max".
В RHF/6-31G(d) частоты будут плохие. Можно было изначально задать правильную симметрию, ответ чуть улучшиться, но не намного.
В B3LYP/6-311++G(3df,3pd) ангармонические частоты н-пентана (всё транс) я получил за полгода. Самое интересное, в низкочастотной области (< 1000 см-1), гармонические и ангармонические частоты довольно близки. Разность не превышает стандартных 25 см-1. Так, что если интересует эта область, то можно не мучиться и взять гармонические.

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Чт ноя 29, 2007 6:50 pm

Ok. Понял. А какие частоты получаются в B3LYP/6-311++G(3df,3pd) (если не секрет :) )?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Сообщение VTur » Сб дек 01, 2007 11:37 pm

1177 писал(а):Ok. Понял. А какие частоты получаются в B3LYP/6-311++G(3df,3pd) (если не секрет :) )?
Я не один. Есть предложения - пишите по ё-мейлу.

1177
Сообщения: 148
Зарегистрирован: Пн июн 19, 2006 11:49 am

Сообщение 1177 » Вс дек 02, 2007 12:14 pm

Ok

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя