Gaussian под Linux

вопросы строения молекул и квантовой химии
Unknown
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Вс дек 23, 2007 11:11 pm

Gaussian под Linux

Сообщение Unknown » Вс дек 23, 2007 11:21 pm

Всем добрый день. Люди подскажите: скачал из ослика (eMule) Gaussian под Linux, а запустить его никак не могу, чего только не делал, его вообще кто-нибудь запускал? И, кстати, может кто знает процессор Intel Pentium Core 2 Quad 64 битный и Linux на него кто-нибудь ставил, какую?
Спасибо.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Пн дек 24, 2007 12:24 am

64. А линукс - он один, дистрибутивы разные :)

У меня на Core стоит Ubuntu64, но есть мнение, что стоит смотреть в сторону OpenSUSE или RedHat. В любом случае, жизнь под 64-битным линуксом мёдом совершенно не кажется, из-за проблем с драйверами придётся немало повозиться.

В обмен на гауссиан (в чисто ознакомительных целях, само собой :)) могу поделиться опытом по его установке на линукс :) С ослом разбираться лень, в торрентах нету...
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Unknown
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Вс дек 23, 2007 11:11 pm

Сообщение Unknown » Пн дек 24, 2007 11:53 pm

Привет! Не вопрос, мне не жалко, только как мне переслать тебе Gaussian? По почте как-то очень долго получиться! Что такое Ubuntu64?

Cherep
Сообщения: 23301
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Вт дек 25, 2007 12:47 am

Кхе... "нелицензионным" софтом мы не обмениваемся. А тонкости установки софта на различные ОС обсуждать не запрещаеццо.
Unknown писал(а):Что такое Ubuntu64?
Ubuntu - это клон GNU/Linux.
Ubuntu64, очевидно 64-битная версия...

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Вт дек 25, 2007 10:05 am

Ну, пересылать можно через всякий там сендспейс, айфолдер. Само собой, исключительно в целях помощи в установке.
Ubuntu - это клон GNU/Linux.
Налицо понятийный хаос. Убунту - это один из дистрибутивов Linux.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Сообщение Nord » Вт дек 25, 2007 10:10 am

Darth Vasya писал(а):В любом случае, жизнь под 64-битным линуксом мёдом совершенно не кажется, из-за проблем с драйверами придётся немало повозиться.
А вот с этого места поподробнее: у меня 64-битный Linux (Fedora Core 3) пашет с начала 2005 года без нареканий. Железо современное на тот день, кроме видео, но оно на расчетной машинке не актуально.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Вт дек 25, 2007 11:57 am

Nord, ну так это на расчётной машинке. А вот чтоб, например, Flash работал нормально, людям приходится ставить 32-битный Файрфокс. Скайпа 64-битного вообще в природе нет. Плюс всевозможные проблемы с WiFi и прочей периферией, дрова есть далеко не для всего. Лично у меня, к счастью, всё железо более-менее пашет, за исключением видео - тут баальшие проблемы.

Не, жить, конечно, можно, да и производительность расчётов всё-ж таки выше, чем на 32 битах.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Cherep
Сообщения: 23301
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Вт дек 25, 2007 3:58 pm

Отрезал офтоп при Линя
http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?t=17712

Unknown
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Вс дек 23, 2007 11:11 pm

Сообщение Unknown » Ср дек 26, 2007 12:05 am

Dart Vasya! Что такое сендспейс, айфолдер, где мне скачать эти программы (или что это) и как это работает?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Gaussian под Linux

Сообщение EvgeniX » Ср дек 26, 2007 2:14 am

Unknown писал(а):Всем добрый день. Люди подскажите: скачал из ослика (eMule) Gaussian под Linux, а запустить его никак не могу, чего только не делал, его вообще кто-нибудь запускал? И, кстати, может кто знает процессор Intel Pentium Core 2 Quad 64 битный и Linux на него кто-нибудь ставил, какую?
Спасибо.
1. В ослике нету 64-разрядного гауссиана. Зачем 64-разрядный дистрибутив?
2. Какие проблемы с запуском? В линуксе всё одинаково запускается

Пример ".profile"-файла для пользователя, от имени которого происходит запуск:
----------------------------------
### Diff .profile for Gaussian 03 by EvgeniX

GAUSS_EXEDIR="/usr/local/research/g03_b02_32"

PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR/library

export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
----------------------------------

В "/usr/local/research/g03_b02_32/library" должны лежать библиотеки (в данном случае это util.so и libpgc.so, в 64-разрядном библиотек побольше будет). Как вариант библиотеки можно сразу переписать в "/lib" (либо "/lib64", если 64-разрядные)

Права на исполняемые файлы директории "/usr/local/research/g03_b02_32" должны стоят на исполнение только для хозяина (от имени кого будет запускаться).

Ну и после этого можно будет запускать из любой директории командой "g03 ./file.gjf"

Всё остальные проблемы относятся к пониманию работы линукса и отдельных комманд, а не к гауссиану.
Последний раз редактировалось EvgeniX Пт дек 28, 2007 12:28 am, всего редактировалось 1 раз.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Ср дек 26, 2007 11:20 am

Unknown писал(а):Dart Vasya! Что такое сендспейс, айфолдер, где мне скачать эти программы (или что это) и как это работает?
На будущее: sendspace.com, ifolder.ru и т.д. За сим перестаю оффтопить и ухожу ставить осла :)
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Unknown
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Вс дек 23, 2007 11:11 pm

Сообщение Unknown » Пт дек 28, 2007 12:17 am

Всем привет! EvgeniX обращаюсь к вам: огромное спасибо, Gaussian реально запустился, все считается :D . Но теперь другая возникла ситуация: Gaussian в ослике вроде бы параллельный, а у меня Intel Pentuim Core 2 Quad., хочется распараллелить ситуацию, но если указываю
%NLinda=2 (Ну или как там в инструкции, не помню)
%NProcShared=2
Он пишет, что все равно использует 1 процессор.
Может кто-нибудь разрешил положительно эту ситуацию?
P.S. Люди, а кто знает, как в Linux'е посмотреть загруженность процессора? В Windows Ctrl-Alt-Del, а тут как?
Всем спасибо и с наступающим Новым Годом! :D

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Сообщение EvgeniX » Пт дек 28, 2007 12:27 am

Unknown писал(а):%NLinda=2 (Ну или как там в инструкции, не помню)
%NProcShared=2
Он пишет, что все равно использует 1 процессор.
Может кто-нибудь разрешил положительно эту ситуацию?
P.S. Люди, а кто знает, как в Linux'е посмотреть загруженность процессора? В Windows Ctrl-Alt-Del, а тут как?
Всем спасибо и с наступающим Новым Годом! :D
Загруженность процессора - top
(потом нажать "1" для просмотра информации по процессорам)

Линда используется для кластерных расчётов (или если ядер очень много).
А нужно указывать %nproc=2 (чем отличется от %nprocshare не помню, но что-то связано с разделяемой памятью)

Unknown
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Вс дек 23, 2007 11:11 pm

Сообщение Unknown » Чт янв 03, 2008 10:13 pm

Спасибо!

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Чт июл 26, 2018 1:33 pm

EvgeniX писал(а):
Ср дек 26, 2007 2:14 am
Пример ".profile"-файла для пользователя, от имени которого происходит запуск:
----------------------------------
### Diff .profile for Gaussian 03 by EvgeniX

GAUSS_EXEDIR="/usr/local/research/g03_b02_32"

PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR/library

export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
----------------------------------

В "/usr/local/research/g03_b02_32/library" должны лежать библиотеки (в данном случае это util.so и libpgc.so, в 64-разрядном библиотек побольше будет). Как вариант библиотеки можно сразу переписать в "/lib" (либо "/lib64", если 64-разрядные)

Права на исполняемые файлы директории "/usr/local/research/g03_b02_32" должны стоят на исполнение только для хозяина (от имени кого будет запускаться).

Ну и после этого можно будет запускать из любой директории командой "g03 ./file.gjf"

Всё остальные проблемы относятся к пониманию работы линукса и отдельных комманд, а не к гауссиану.
Добрый день!
Решился поставить linux (linux mint 18.3) а на него Gaussian09 (G09-D01-src.tar.gz)
Распаковка и установка прошли успешно (согласно README.binary, прилагается):

Код: Выделить всё

yevs@M2N-MX ~/g09 $ ./bsd/install
install completed successfully
yevs@M2N-MX ~/g09 $ 
А далее не пойму что прописывать в файлах g09.login и g09.profile (тоже прилагаются). Не подскажите как мне донастроить и запустить Gaussian (опыт работы в Linux 2.5 дня)?
А и еще во всех файлах директории g09 должны быть права -rwxr-x - - -или какие-то другие ?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Чт июл 26, 2018 5:14 pm

В эти файлы прописывать ничего не надо. Вам, как я понимаю, надо выполнить пункт 6 из README.binary. Конкретно, вот это место: найдите в своей домашней директории (/home/yevs, по-видимому) файл .login, или .profile, на худой конец, .bashrc. Эти файлы "скрытые", поэтому, не исключено, что в файловом манагере надо будет включить пункт "show hidden files". В тот файл, который найдете, прописать

g09root="<dir>"
GAUSS_SCRDIR="<scr-dir>"
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

В вашем случае "<dir>" должно быть /home/yevs, "<scr-dir>" - директория, куда предполагается, что гауссиан будет писать свои временные файлы. У меня работает. 8) Все эти манипуляции нужны для того, чтобы при каждом вашем логине автоматически корректно задавались все переменные окружения и какие-то системные параметры, критические для работы гауссиана.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Гесс » Чт июл 26, 2018 6:04 pm

касательно скрытых файлов.
Всеравно придется учиться работать через терминал/командную строку.
команда для отображения всего "ls -a". следует применять в домашней папке, то есть в той в которой вы оказываетесь при вызове терминала. Обычно это /home/Имя

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Чт июл 26, 2018 6:45 pm

Гесс писал(а):команда для отображения всего "ls -a".
Можно и не так сурово. Есть еще mc. Там как раз в настройках переключается, показывать/не показывать.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Gaussian под Linux

Сообщение EvgeniX » Пт июл 27, 2018 12:40 am

Yeugen2018 писал(а):
Чт июл 26, 2018 1:33 pm
Решился поставить linux (linux mint 18.3) а на него Gaussian09 (G09-D01-src.tar.gz)
Распаковка и установка прошли успешно (согласно README.binary, прилагается):
/usr/local/qchem64l/bin/g09.sh
#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/usr/local/qchem64l/g09_d01"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/research"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------

clear
echo "Scheduler for Gaussian by QChem.ru, 2017"
echo

GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
#LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR PATH #LD_LIBRARY_PATH

cd $CALC_PATH
if [ "`ls *${INPUT_EXTENTION} 2> /dev/null | wc -l`" -eq 0 ];
then
echo "#Error: The INPUT files do not exist!"
exit 1
fi

cd $CALC_PATH

for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}

echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""

if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error: $OUTPUT_FILE exist!"
else
# cd $PROGRAM_PATH
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE $CALC_PATH/$OUTPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done

exit 0

# ------------------------------------------------
/home/<user>/.profile
# .profile for Linux

### Diff .profile for Qchem64l

QCHEM_EXEDIR="/usr/local/qchem64l/bin"
PATH=$PATH:$QCHEM_EXEDIR
export QCHEM_EXEDIR PATH

# End diff

#

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 8:46 am

Доброе утро!
EvgeniX писал(а):
Пт июл 27, 2018 12:40 am
/usr/local/qchem64l/bin/g09.sh
у меня нет папки qchem64l, вот что есть в /usr/local/
Изображение
EvgeniX писал(а):
Пт июл 27, 2018 12:40 am
/home/<user>/.profile
отличается от Вашего (в вложении мои .profile, .bashrc), или текст файла нужно заменить на Ваш и создать путь /usr/local/qchem64l/bin/g09.sh (и прописать Ваш код)?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя