Gaussian под Linux
Gaussian под Linux
Всем добрый день. Люди подскажите: скачал из ослика (eMule) Gaussian под Linux, а запустить его никак не могу, чего только не делал, его вообще кто-нибудь запускал? И, кстати, может кто знает процессор Intel Pentium Core 2 Quad 64 битный и Linux на него кто-нибудь ставил, какую?
Спасибо.
Спасибо.
-
- Сообщения: 426
- Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm
64. А линукс - он один, дистрибутивы разные
У меня на Core стоит Ubuntu64, но есть мнение, что стоит смотреть в сторону OpenSUSE или RedHat. В любом случае, жизнь под 64-битным линуксом мёдом совершенно не кажется, из-за проблем с драйверами придётся немало повозиться.
В обмен на гауссиан (в чисто ознакомительных целях, само собой ) могу поделиться опытом по его установке на линукс С ослом разбираться лень, в торрентах нету...
У меня на Core стоит Ubuntu64, но есть мнение, что стоит смотреть в сторону OpenSUSE или RedHat. В любом случае, жизнь под 64-битным линуксом мёдом совершенно не кажется, из-за проблем с драйверами придётся немало повозиться.
В обмен на гауссиан (в чисто ознакомительных целях, само собой ) могу поделиться опытом по его установке на линукс С ослом разбираться лень, в торрентах нету...
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.
-
- Сообщения: 426
- Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm
Ну, пересылать можно через всякий там сендспейс, айфолдер. Само собой, исключительно в целях помощи в установке.
Налицо понятийный хаос. Убунту - это один из дистрибутивов Linux.Ubuntu - это клон GNU/Linux.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.
А вот с этого места поподробнее: у меня 64-битный Linux (Fedora Core 3) пашет с начала 2005 года без нареканий. Железо современное на тот день, кроме видео, но оно на расчетной машинке не актуально.Darth Vasya писал(а):В любом случае, жизнь под 64-битным линуксом мёдом совершенно не кажется, из-за проблем с драйверами придётся немало повозиться.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки
-
- Сообщения: 426
- Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm
Nord, ну так это на расчётной машинке. А вот чтоб, например, Flash работал нормально, людям приходится ставить 32-битный Файрфокс. Скайпа 64-битного вообще в природе нет. Плюс всевозможные проблемы с WiFi и прочей периферией, дрова есть далеко не для всего. Лично у меня, к счастью, всё железо более-менее пашет, за исключением видео - тут баальшие проблемы.
Не, жить, конечно, можно, да и производительность расчётов всё-ж таки выше, чем на 32 битах.
Не, жить, конечно, можно, да и производительность расчётов всё-ж таки выше, чем на 32 битах.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.
Re: Gaussian под Linux
1. В ослике нету 64-разрядного гауссиана. Зачем 64-разрядный дистрибутив?Unknown писал(а):Всем добрый день. Люди подскажите: скачал из ослика (eMule) Gaussian под Linux, а запустить его никак не могу, чего только не делал, его вообще кто-нибудь запускал? И, кстати, может кто знает процессор Intel Pentium Core 2 Quad 64 битный и Linux на него кто-нибудь ставил, какую?
Спасибо.
2. Какие проблемы с запуском? В линуксе всё одинаково запускается
Пример ".profile"-файла для пользователя, от имени которого происходит запуск:
----------------------------------
### Diff .profile for Gaussian 03 by EvgeniX
GAUSS_EXEDIR="/usr/local/research/g03_b02_32"
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR/library
export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
----------------------------------
В "/usr/local/research/g03_b02_32/library" должны лежать библиотеки (в данном случае это util.so и libpgc.so, в 64-разрядном библиотек побольше будет). Как вариант библиотеки можно сразу переписать в "/lib" (либо "/lib64", если 64-разрядные)
Права на исполняемые файлы директории "/usr/local/research/g03_b02_32" должны стоят на исполнение только для хозяина (от имени кого будет запускаться).
Ну и после этого можно будет запускать из любой директории командой "g03 ./file.gjf"
Всё остальные проблемы относятся к пониманию работы линукса и отдельных комманд, а не к гауссиану.
Последний раз редактировалось EvgeniX Пт дек 28, 2007 12:28 am, всего редактировалось 1 раз.
-
- Сообщения: 426
- Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm
Всем привет! EvgeniX обращаюсь к вам: огромное спасибо, Gaussian реально запустился, все считается . Но теперь другая возникла ситуация: Gaussian в ослике вроде бы параллельный, а у меня Intel Pentuim Core 2 Quad., хочется распараллелить ситуацию, но если указываю
%NLinda=2 (Ну или как там в инструкции, не помню)
%NProcShared=2
Он пишет, что все равно использует 1 процессор.
Может кто-нибудь разрешил положительно эту ситуацию?
P.S. Люди, а кто знает, как в Linux'е посмотреть загруженность процессора? В Windows Ctrl-Alt-Del, а тут как?
Всем спасибо и с наступающим Новым Годом!
%NLinda=2 (Ну или как там в инструкции, не помню)
%NProcShared=2
Он пишет, что все равно использует 1 процессор.
Может кто-нибудь разрешил положительно эту ситуацию?
P.S. Люди, а кто знает, как в Linux'е посмотреть загруженность процессора? В Windows Ctrl-Alt-Del, а тут как?
Всем спасибо и с наступающим Новым Годом!
Загруженность процессора - topUnknown писал(а):%NLinda=2 (Ну или как там в инструкции, не помню)
%NProcShared=2
Он пишет, что все равно использует 1 процессор.
Может кто-нибудь разрешил положительно эту ситуацию?
P.S. Люди, а кто знает, как в Linux'е посмотреть загруженность процессора? В Windows Ctrl-Alt-Del, а тут как?
Всем спасибо и с наступающим Новым Годом!
(потом нажать "1" для просмотра информации по процессорам)
Линда используется для кластерных расчётов (или если ядер очень много).
А нужно указывать %nproc=2 (чем отличется от %nprocshare не помню, но что-то связано с разделяемой памятью)
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Gaussian под Linux
Добрый день!EvgeniX писал(а): ↑Ср дек 26, 2007 2:14 amПример ".profile"-файла для пользователя, от имени которого происходит запуск:
----------------------------------
### Diff .profile for Gaussian 03 by EvgeniX
GAUSS_EXEDIR="/usr/local/research/g03_b02_32"
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR/library
export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
----------------------------------
В "/usr/local/research/g03_b02_32/library" должны лежать библиотеки (в данном случае это util.so и libpgc.so, в 64-разрядном библиотек побольше будет). Как вариант библиотеки можно сразу переписать в "/lib" (либо "/lib64", если 64-разрядные)
Права на исполняемые файлы директории "/usr/local/research/g03_b02_32" должны стоят на исполнение только для хозяина (от имени кого будет запускаться).
Ну и после этого можно будет запускать из любой директории командой "g03 ./file.gjf"
Всё остальные проблемы относятся к пониманию работы линукса и отдельных комманд, а не к гауссиану.
Решился поставить linux (linux mint 18.3) а на него Gaussian09 (G09-D01-src.tar.gz)
Распаковка и установка прошли успешно (согласно README.binary, прилагается):
Код: Выделить всё
yevs@M2N-MX ~/g09 $ ./bsd/install
install completed successfully
yevs@M2N-MX ~/g09 $
А и еще во всех файлах директории g09 должны быть права -rwxr-x - - -или какие-то другие ?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Gaussian под Linux
В эти файлы прописывать ничего не надо. Вам, как я понимаю, надо выполнить пункт 6 из README.binary. Конкретно, вот это место: найдите в своей домашней директории (/home/yevs, по-видимому) файл .login, или .profile, на худой конец, .bashrc. Эти файлы "скрытые", поэтому, не исключено, что в файловом манагере надо будет включить пункт "show hidden files". В тот файл, который найдете, прописать
g09root="<dir>"
GAUSS_SCRDIR="<scr-dir>"
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
В вашем случае "<dir>" должно быть /home/yevs, "<scr-dir>" - директория, куда предполагается, что гауссиан будет писать свои временные файлы. У меня работает. Все эти манипуляции нужны для того, чтобы при каждом вашем логине автоматически корректно задавались все переменные окружения и какие-то системные параметры, критические для работы гауссиана.
g09root="<dir>"
GAUSS_SCRDIR="<scr-dir>"
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
В вашем случае "<dir>" должно быть /home/yevs, "<scr-dir>" - директория, куда предполагается, что гауссиан будет писать свои временные файлы. У меня работает. Все эти манипуляции нужны для того, чтобы при каждом вашем логине автоматически корректно задавались все переменные окружения и какие-то системные параметры, критические для работы гауссиана.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Gaussian под Linux
касательно скрытых файлов.
Всеравно придется учиться работать через терминал/командную строку.
команда для отображения всего "ls -a". следует применять в домашней папке, то есть в той в которой вы оказываетесь при вызове терминала. Обычно это /home/Имя
Всеравно придется учиться работать через терминал/командную строку.
команда для отображения всего "ls -a". следует применять в домашней папке, то есть в той в которой вы оказываетесь при вызове терминала. Обычно это /home/Имя
Re: Gaussian под Linux
Можно и не так сурово. Есть еще mc. Там как раз в настройках переключается, показывать/не показывать.Гесс писал(а):команда для отображения всего "ls -a".
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Gaussian под Linux
/usr/local/qchem64l/bin/g09.shYeugen2018 писал(а): ↑Чт июл 26, 2018 1:33 pmРешился поставить linux (linux mint 18.3) а на него Gaussian09 (G09-D01-src.tar.gz)
Распаковка и установка прошли успешно (согласно README.binary, прилагается):
/home/<user>/.profile#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/usr/local/qchem64l/g09_d01"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/research"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------
clear
echo "Scheduler for Gaussian by QChem.ru, 2017"
echo
GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
#LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR PATH #LD_LIBRARY_PATH
cd $CALC_PATH
if [ "`ls *${INPUT_EXTENTION} 2> /dev/null | wc -l`" -eq 0 ];
then
echo "#Error: The INPUT files do not exist!"
exit 1
fi
cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}
echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""
if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error: $OUTPUT_FILE exist!"
else
# cd $PROGRAM_PATH
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE $CALC_PATH/$OUTPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done
exit 0
# ------------------------------------------------
# .profile for Linux
### Diff .profile for Qchem64l
QCHEM_EXEDIR="/usr/local/qchem64l/bin"
PATH=$PATH:$QCHEM_EXEDIR
export QCHEM_EXEDIR PATH
# End diff
#
-
- Сообщения: 193
- Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm
Re: Gaussian под Linux
Доброе утро!
у меня нет папки qchem64l, вот что есть в /usr/local/
отличается от Вашего (в вложении мои .profile, .bashrc), или текст файла нужно заменить на Ваш и создать путь /usr/local/qchem64l/bin/g09.sh (и прописать Ваш код)?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя