Gaussian под Linux

вопросы строения молекул и квантовой химии
Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Сб июл 28, 2018 5:04 pm

Ahha писал(а):
Сб июл 28, 2018 2:05 pm
Да, и в .bashrc у вас последняя строчка именно такая, как я вам писал?
Один в один как:
Ahha писал(а):
Пт июл 27, 2018 2:58 pm
g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
Ahha писал(а):
Сб июл 28, 2018 2:05 pm
дайте команду ulimit -a и скиньте скриншот того, что получится.
Изображение

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Сб июл 28, 2018 5:17 pm

"Ошибка "Illegal instruction" имеет отношение к микроархитектуре процессора, тому машинному коду, который не распознается процессором." Так что буду пробовать ставить G09 опять...

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Сб июл 28, 2018 10:28 pm

Мысль разумная, но в данном случае, к сожалению, скорее всего не катит. Во-первых, для воды у вас такой же расчет прошел. Сверьте логи, там, где для серняги вылет (l401.exe), для воды все идет на ура. Во-вторых, я сейчас проверил, поскольку у нас есть еще и официальная версия, использующая инструкции avx2, которые мои обе машины не поддерживают, так вот, она вылетает сразу.
Aborted_avx2.jpg
Т.е., если вы правы, то всё получается как-то загадочно: "Тут помню, тут не помню..."©
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Сб июл 28, 2018 11:14 pm

Наверное , установил Gaussian 09 сборка ES64L-G09RevE.01 для воды сразу вылетает Illegal instruction.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Сб июл 28, 2018 11:28 pm

Тады ой!

Хотя, просто из любопытства. Запустите всё-таки Midnight Commander (mc) и посмотрите в директории g16 вот хотя бы то место, что на скриншотах: на что похожи размеры ваших файлов? :mrgreen:
G16_sse.jpg
G16_avx2.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Вс июл 29, 2018 10:30 am

Добрый день!
Изображение
Все тоже что и у Вас...

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Гесс » Вс июл 29, 2018 10:46 am

сделайте еще какой-то инпут, не связанный с серной кислотой и попробуйте его

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Вс июл 29, 2018 12:28 pm

Гесс писал(а):
Вс июл 29, 2018 10:46 am
сделайте еще какой-то инпут, не связанный с серной кислотой и попробуйте его
Уже попробовал те которые у меня прошли на Windows - все тоже Illegal Instruction.
Когда скачивал ORCA, на их форуме случайно увидел такую же проблему "Illegal Instruction, Core dumped", которая решилась так: "Strange, but I just deleted library path from .bashrc and it started working :D" но как пошаманить с библиотеками у меня идей нет так как четыре строки
Ahha писал(а):
Пт июл 27, 2018 2:58 pm
g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
может еще что-то прописать в .bashrc?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Вс июл 29, 2018 1:44 pm

попробовал поудалять с .bashrc, test.gjf работает даже с этими двумя строчками

Код: Выделить всё

g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Вс июл 29, 2018 1:58 pm

Yeugen2018 писал(а): Когда скачивал ORCA, на их форуме случайно увидел такую же проблему "Illegal Instruction, Core dumped", которая решилась так: "Strange, but I just deleted library path from .bashrc and it started working :D"
Это не имеет отношения к вашему случаю, 99.(9)% . Вырванная из контекста, эта фраза и впрямь очень странная: возможно, человек перемудрил с переменными и назадавал их слишком много и неправильно, фиг знает.

Вот этого
g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
для работы гауссиана должно хватать. Во-первых, так пишет "Таймс" инструкция, во-вторых, у меня именно так всё работает, что как бы намекает на то, что инструкция не врёт. Что именно не так у вас - я, не разбираясь в гауссиане, могу только фантазировать:
1) Вы зачем-то что-то попортили в файле g16.profile
2) Вы сорвали джекпот и получили "поломанную" сборку. Два раза, да.
3) Вы сорвали мегаджекпот и пытаетесь запускать гауссиан на процессоре, который не поддерживает какой-то стандартный тип инструкций.
4) ??????
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Вс июл 29, 2018 2:05 pm

Yeugen2018 писал(а): попробовал поудалять с .bashrc
Если не перелогинились/не запустили новую терминальную сессию, будет работать по-старому. Если перелогинились, тоже будет, но временные файлы будут писаться в текущую директорию.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Вс июл 29, 2018 3:37 pm

Вообще снес ОС, переустановил.
обновил и установил это sudo apt-get update && sudo apt-get install bash
и это sudo apt-get install csh
прописал в .bashrc
g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
создал папку /home/yevs/scratch
далее запустил
mkdir -p $HOME/opt/gaussian/scr
export g16root=$HOME/opt/gaussian
tar xvjf G16-A03-SSE42.tbz -C $g16root
export GAUSS_EXEDIR=$g16root/g16
export GAUSS_SCRDIR=$g16root/scr
chmod -R 700 $GAUSS_EXEDIR
cd $GAUSS_EXEDIR
./bsd/install
И ничего нового все по старому.
Буду пробовать на другом ПК (больно уж linux понравился), но попозже...

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Ср авг 01, 2018 6:42 pm

Добрый вечер!
С установкой все получилось на другом ПК.
Всем спасибо за помощь!!!
Вот H2SO4_6-31.gjf
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Гесс и 6 гостей