Gaussian под Linux

вопросы строения молекул и квантовой химии
Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 10:38 am

Ах да, еще. В инструкции был код:

Код: Выделить всё

mkdir -p $HOME/opt/gaussian
export g09root=$HOME/opt/gaussian
tar xzf G09-D01-src.tar.gz -C  $g09root
cp ifort.patch $g09root
cd $g09root && patch -p0 < ifort.patch
cd g09 && ./bsd/bldg09 >& bldg09.log&
но он не работает из-за ifort.patch (ссылка на него вот: pastebin.com/2yxKJgAc, запускал не получается )

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 12:07 pm

Удалось установить Gaussian16, но при запуске выдает:ntrex1: Bad file descriptor
Segmentation fault (core dumped), затем поменял инпут файл и пишет только Segmentation fault (core dumped)
Не подскажите в чем ошибка?
И еще открываю заново терминал по тому же пути от куда запускается расчет и пишет bash: /home/yevs/g09//g16: No such file or directory
Затем прописал в конце .bashrc путь

Код: Выделить всё

export GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
export g09root=/home/yevs/opt/gaussian
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/yevs/opt/gaussian/g16
export PATH=/home/yevs/opt/gaussian/g16:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/yevs/scratch 
Выдает следующие

Код: Выделить всё

yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ $GAUSS_EXEDIR/g16 111.gjf
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
 File name = /home/yevs/scratch/Gau-1118.inp
 In source file ml0.f, at line number 197
yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ 
Что я делаю не так?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Гесс » Пт июл 27, 2018 12:13 pm

Все очень запустанно.

Куда у вас установлен гауссиан? /home/yevs/opt/gaussian/g16/ ?
Тогда откуда берется /home/yevs/g09//g16 ? (тогда наверное без второго слеша и вообщем зачем ставить 16ый в папку 9ого)

вот эта строка
~/opt/gaussian/g16 $ $GAUSS_EXEDIR/g16 111.gjf
мне совсем непонятна.
к чему относится первый $ ?
Если вы уже в папке с исполнительным файлом - то зачем полный адрес вызова да еще и через переменную окуржения?
Что отвечает терминал на запросы echo $имена_всех_требуемых_переменных?
А файл там есть то инпутовый?

и вот это viewtopic.php?t=109618 и viewtopic.php?f=71&t=108743 еще почитайте

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Гесс » Пт июл 27, 2018 12:21 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пт июл 27, 2018 12:07 pm
Затем прописал в конце .bashrc путь
Машина после этого перезагружалась?

mizuchi
Сообщения: 95
Зарегистрирован: Ср фев 23, 2011 5:10 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение mizuchi » Пт июл 27, 2018 2:28 pm

Yeugen2018 писал(а):
Пт июл 27, 2018 10:38 am
но он не работает из-за ifort.patch (ссылка на него вот: pastebin.com/2yxKJgAc, запускал не получается )
Этот патч нужен для запуска компиляции G09 с помощью Intel Fortran. Если же использовать PGI Fortran, то и патч не требуется.
Обязательно ли компилировать исходный код? Ускорение расчетов, конечно, будет, но, быть может, если это первый опыт с G09, имеет смысл поставить уже готовую версию?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 2:32 pm

Гесс писал(а):
Пт июл 27, 2018 12:21 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пт июл 27, 2018 12:07 pm
Затем прописал в конце .bashrc путь
Машина после этого перезагружалась?
Нет. Но теперь каждый раз после изменений перезагружаю.
изменил .bashrc на следующий:

Код: Выделить всё

export GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
export g16root=/home/yevs/opt/gaussian
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/yevs/opt/gaussian/g16
export PATH=/home/yevs/opt/gaussian/g16:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/yevs/scratch 
GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
создал папку /home/yevs/scratch
инпут в папке /home/yevs/opt/gaussian/g16
и теперь при запуске с этой же папки g16 test.gjf
пишет только Segmentation fault (core dumped)
Что делать не пойму...
Не подскажите если знаете что это может быть?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 2:33 pm

mizuchi писал(а):
Пт июл 27, 2018 2:28 pm
Yeugen2018 писал(а):
Пт июл 27, 2018 10:38 am
но он не работает из-за ifort.patch (ссылка на него вот: pastebin.com/2yxKJgAc, запускал не получается )
Этот патч нужен для запуска компиляции G09 с помощью Intel Fortran. Если же использовать PGI Fortran, то и патч не требуется.
Обязательно ли компилировать исходный код? Ускорение расчетов, конечно, будет, но, быть может, если это первый опыт с G09, имеет смысл поставить уже готовую версию?
Спасибо! Уже установил Gaussian16, только теперь запустить расчет не получается...

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3766
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Пт июл 27, 2018 2:58 pm

Yeugen2018 писал(а): изменил .bashrc на следующий:

Код: Выделить всё

export GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
export g16root=/home/yevs/opt/gaussian
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/yevs/opt/gaussian/g16
export PATH=/home/yevs/opt/gaussian/g16:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/yevs/scratch 
GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
создал папку /home/yevs/scratch
пишет только Segmentation fault (core dumped)
Что делать не пойму...
Не подскажите если знаете что это может быть?
Действительно, запутано всё. Попробуйте от всего этого великолепия оставить ровно 4 (четыре) строчки:

g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
Yeugen2018 писал(а):Но теперь каждый раз после изменений перезагружаю.
:facepalm: Сейчас не 1998 год, и это не Виндуз-NT 4.0. Достаточно просто перелогиниться или открыть новую терминальную сессию, если удаленно работаете.

Да, и еще. G16, по крайней мере, та версия, которая у нас в институте, официально купленная, требует, чтобы все его файлы/директории не были world accessible. Для этого нужно создать новую группу, например, gaussian, добавить в нее пользователя yevs и в директории /home/yevs/opt/gaussian дать команду chown -R yevs:gaussian g16; chmod -R u=rwx,g=rx,o-rwx g16.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 3:19 pm

Ahha писал(а):
Пт июл 27, 2018 2:58 pm
Попробуйте от всего этого великолепия оставить ровно 4 (четыре) строчки:
g16root="/home/yevs/opt/gaussian"
GAUSS_SCRDIR="/home/yevs/scratch"
export g16root GAUSS_SCRDIR
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
прописал и...
о, теперь что-то новенькое

Код: Выделить всё

yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ g16 test.gjf
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 00002b9bddbec767
   rdx 0000000000005174, rsp 00007fff43568238, rbp 00007fff435687b0
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005174, r8  0000000000000020
   r9  00007fff43567950, r10 000000000000022d, r11 0000000000000202
   r12 00007fff435687f8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
   r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x11390) [0x2b9bdd6a2390]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b9bddbec767]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4927f0]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4a9f81]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4d09a1]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x5299af]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x40bbcf]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x40674b]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4038e0]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x40381d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0) [0x2b9bddbd7830]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x403729]
Aborted (core dumped)
yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ 


Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 3:25 pm

И да, уже есть test.log
c Error termination via Lnk1e in /home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 3:31 pm

Думаю проблема в инпут файле (Z-matrix как-то проходит дольше). Не дадите какой-то инпут для проверки, а то он отличается немного от того что для Gaussian на Windows

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3766
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Пт июл 27, 2018 3:48 pm

Этот файл у того человека, который с гауссианом у нас работает, точно проходил.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Гесс » Пт июл 27, 2018 3:52 pm

тестлог выглядит адекватно, он умер по причинам инпута а не изза невидения гауссиана.
невидя инпута гадать сложно, пока из предположений - отсутствие 2 пустых строк в конце файла

https://docs.computecanada.ca/wiki/Gaus ... r_messages иногда полезен

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 3:53 pm

Ahha писал(а):
Пт июл 27, 2018 3:48 pm
Этот файл у того человека, который с гауссианом у нас работает, точно проходил.
Спасибо!
Поменял 12 ядер на 2, оперативную с 8000 на 2000, пошло немного дольше но в конце лог файла

Petite list used in FoFCou.
Что это может значить
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 4:04 pm

Гесс писал(а):
Пт июл 27, 2018 3:52 pm
невидя инпута гадать сложно, пока из предположений - отсутствие 2 пустых строк в конце файла
да, Вы как всегда правы, добавил две пустых строки в конце и ...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Пт июл 27, 2018 4:07 pm

А с H2SO4_6-31.gjf добавление двух строк не помогло
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Гесс » Пт июл 27, 2018 5:20 pm

Это не похоже на остановку по ошибке, больше на выпадание по внешним причинам, нехватка памяти, таймлимит, еще чтото. Возможно #P вместо # скажет больше. Если нет, то надо попробовать изменить количество памяти (и проверить соответствие рельнодоступному), загрузку ядер в ходе расчета и время падения относительно времени старта.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Сб июл 28, 2018 10:52 am

Добрый день!
Менял количество процессоров, память, через htop смотрел загруженность процессора и памяти (процессор грузится а вот
память больше 5% не берет, не успевает наверное) доходит до 401 линка и обрывается расчет, менял права - ничего, добавил #P.
Каждый раз выдает следующие:

Код: Выделить всё

yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ g16 H2SO4_6-31.gjf
Error: illegal instruction, illegal opcode
   rax 0000000000000008, rbx 00002b2da122a268, rcx 0000000000000014
   rdx 0000000000000005, rsp 00007ffe32363cb0, rbp 00007ffe32363d70
   rsi 00002b2da1231328, rdi 00002b2da1232c88, r8  00002b2da1232c88
   r9  0000000000000000, r10 00002b2da1231328, r11 ffffffffffffffff
   r12 00000000000000e0, r13 00002b2da1231328, r14 00002b2da122e068
   r15 00002b2da1231248
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x11390) [0x2b2da0711390]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0xc3d55e]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0xc3bc3f]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0xc3b495]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x97c562]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x61d2f7]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x4a3755]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x45ba49]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x45c03e]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x41fa88]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x41d1ea]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x41a275]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x407b6f]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x4038e7]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x40381d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0) [0x2b2da0c46830]
  /home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x403729]
Aborted (core dumped)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Yeugen2018 » Сб июл 28, 2018 11:40 am

Игрался еще с памятью (менял кейворды), максимум работы было 46 сек, но больше 200Mb памяти не берет и все.

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3766
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Gaussian под Linux

Сообщение Ahha » Сб июл 28, 2018 2:05 pm

Боюсь, что проблема действительно у вас. :dontknow: У меня с вашими настройками (1 проц./1200Мб) все проходит без малейших проблем. Памяти на пике он отжирает в таком режиме что-то вроде 300+ Мб. Я лично с гауссианом почти не работаю, поэтому посоветовать ничего не могу. :( Ясно, что дело в каких-то причудах вашей системы, но в каких?..

В качестве слабой попытки: дайте команду ulimit -a и скиньте скриншот того, что получится. Да, и в .bashrc у вас последняя строчка именно такая, как я вам писал?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 17 гостей