Код: Выделить всё
mkdir -p $HOME/opt/gaussian
export g09root=$HOME/opt/gaussian
tar xzf G09-D01-src.tar.gz -C $g09root
cp ifort.patch $g09root
cd $g09root && patch -p0 < ifort.patch
cd g09 && ./bsd/bldg09 >& bldg09.log&
Код: Выделить всё
mkdir -p $HOME/opt/gaussian
export g09root=$HOME/opt/gaussian
tar xzf G09-D01-src.tar.gz -C $g09root
cp ifort.patch $g09root
cd $g09root && patch -p0 < ifort.patch
cd g09 && ./bsd/bldg09 >& bldg09.log&
Код: Выделить всё
export GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
export g09root=/home/yevs/opt/gaussian
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/yevs/opt/gaussian/g16
export PATH=/home/yevs/opt/gaussian/g16:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/yevs/scratch
Код: Выделить всё
yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ $GAUSS_EXEDIR/g16 111.gjf
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/yevs/scratch/Gau-1118.inp
In source file ml0.f, at line number 197
yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $
Машина после этого перезагружалась?
Этот патч нужен для запуска компиляции G09 с помощью Intel Fortran. Если же использовать PGI Fortran, то и патч не требуется.Yeugen2018 писал(а): ↑Пт июл 27, 2018 10:38 amно он не работает из-за ifort.patch (ссылка на него вот: pastebin.com/2yxKJgAc, запускал не получается )
Нет. Но теперь каждый раз после изменений перезагружаю.
Код: Выделить всё
export GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
export g16root=/home/yevs/opt/gaussian
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/yevs/opt/gaussian/g16
export PATH=/home/yevs/opt/gaussian/g16:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/yevs/scratch
GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
Спасибо! Уже установил Gaussian16, только теперь запустить расчет не получается...mizuchi писал(а): ↑Пт июл 27, 2018 2:28 pmЭтот патч нужен для запуска компиляции G09 с помощью Intel Fortran. Если же использовать PGI Fortran, то и патч не требуется.Yeugen2018 писал(а): ↑Пт июл 27, 2018 10:38 amно он не работает из-за ifort.patch (ссылка на него вот: pastebin.com/2yxKJgAc, запускал не получается )
Обязательно ли компилировать исходный код? Ускорение расчетов, конечно, будет, но, быть может, если это первый опыт с G09, имеет смысл поставить уже готовую версию?
Действительно, запутано всё. Попробуйте от всего этого великолепия оставить ровно 4 (четыре) строчки:Yeugen2018 писал(а): изменил .bashrc на следующий:создал папку /home/yevs/scratchКод: Выделить всё
export GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/ export g16root=/home/yevs/opt/gaussian export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/yevs/opt/gaussian/g16 export PATH=/home/yevs/opt/gaussian/g16:$PATH export GAUSS_SCRDIR=/home/yevs/scratch GAUSS_EXEDIR=/home/yevs/opt/gaussian/g16/ PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH
пишет только Segmentation fault (core dumped)
Что делать не пойму...
Не подскажите если знаете что это может быть?
Сейчас не 1998 год, и это не Виндуз-NT 4.0. Достаточно просто перелогиниться или открыть новую терминальную сессию, если удаленно работаете.Yeugen2018 писал(а):Но теперь каждый раз после изменений перезагружаю.
прописал и...
Код: Выделить всё
yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ g16 test.gjf
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 00002b9bddbec767
rdx 0000000000005174, rsp 00007fff43568238, rbp 00007fff435687b0
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005174, r8 0000000000000020
r9 00007fff43567950, r10 000000000000022d, r11 0000000000000202
r12 00007fff435687f8, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x11390) [0x2b9bdd6a2390]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b9bddbec767]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4927f0]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4a9f81]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4d09a1]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x5299af]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x40bbcf]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x40674b]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x4038e0]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe() [0x40381d]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0) [0x2b9bddbd7830]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l101.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x403729]
Aborted (core dumped)
yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $
Спасибо!
да, Вы как всегда правы, добавил две пустых строки в конце и ...
Код: Выделить всё
yevs@M2N-MX ~/opt/gaussian/g16 $ g16 H2SO4_6-31.gjf
Error: illegal instruction, illegal opcode
rax 0000000000000008, rbx 00002b2da122a268, rcx 0000000000000014
rdx 0000000000000005, rsp 00007ffe32363cb0, rbp 00007ffe32363d70
rsi 00002b2da1231328, rdi 00002b2da1232c88, r8 00002b2da1232c88
r9 0000000000000000, r10 00002b2da1231328, r11 ffffffffffffffff
r12 00000000000000e0, r13 00002b2da1231328, r14 00002b2da122e068
r15 00002b2da1231248
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x11390) [0x2b2da0711390]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0xc3d55e]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0xc3bc3f]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0xc3b495]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x97c562]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x61d2f7]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x4a3755]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x45ba49]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x45c03e]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x41fa88]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x41d1ea]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x41a275]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x407b6f]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x4038e7]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe() [0x40381d]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0) [0x2b2da0c46830]
/home/yevs/opt/gaussian/g16/l401.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x403729]
Aborted (core dumped)
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 17 гостей