QM расчет потенциала для МД

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

QM расчет потенциала для МД

Сообщение КВГ » Вт янв 29, 2008 11:02 am

Здравствуйте!
1) Не подскажет ли кто-нибудь как рассчитать квантовохимически (есть PC Gamess) потенциал взаимодействия между ионами (напр., Ta(5+), Cs+ или F-) и поверхностью переходного металла (для конкретности - Ta, Mo, W)? Этот потенциал нужен для последующего использования в какой-либо программе молекулярной динамики (пока не знаю, в какой именно). Поверхность металла моделируем кластером подходящих размеров (2-3 атомарных слоя).
Можно ли как-то учесть кулоновское взаимодействие с зарядом-изображением (который в данном случае допустимо рассматривать как зеркальное изображение заряда "первичного" иона, расположенное в вакууме симметрично относительно плоской поверхности металла)?

2) В методическом отношении имеются ли принципиальные отличия от первого случая при расчете потенциала взаимодействия двух ионов между собой (т.е. никаких поверхностей нет)?

3) Работают ли МД программы с табулированным потенциалом или надо непременно аппроксимировать его аналитич. ф-цией? Какие free программы предпочтительнее использовать, ежели среди оных имеются работающие с табулированными потенциалами?
Спасибо!
Последний раз редактировалось КВГ Вт янв 29, 2008 4:41 pm, всего редактировалось 1 раз.
КВГ

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Вт янв 29, 2008 11:14 am

GROMACS может работать с табулированными потенциалами. CHARMM, Насколько знаю, тоже.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

КВГ
Сообщения: 136
Зарегистрирован: Пт сен 07, 2007 4:24 pm

Сообщение КВГ » Вт янв 29, 2008 4:36 pm

Darth Vasya писал(а):GROMACS может работать с табулированными потенциалами.
Спасибо! Ссылка отличная - этот Gromacs еще и под винду оказывается можно заточить. Осталось разжиться таблицами потенциалов...
КВГ

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 24 гостя