необходимо сделать DFT-расчет хелатного комплекса меди с 2-мя молекулами урацила в гауссиане, никак не могу подобрать нужные кейворды и базис
расчет вылетает после первого шага, кто знает как укратить непослушную медь, помогите;)
расчеты органических комплексов переходных металлов
пишет:
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB+HF-LYP) = -421.976084137 A.U. after 65 cycles
Convg = 0.1340D-04 -V/T = 2.1927
S**2 = 1.6939
KE= 3.538041660310D+02 PE=-1.305794110057D+03 EE= 3.751400756453D+02
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 1.6939, after 0.7746
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in D:\G98W\l502.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 5 minutes 33.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 12 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
я пытаюсь считать для начала простые комплексы с медью но сходится задача очень редко приходится все время ворочить молекулы так и сяк иногда везет и расчет идет дальше вот и вопрошаю поэтому как делу помочь:)
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB+HF-LYP) = -421.976084137 A.U. after 65 cycles
Convg = 0.1340D-04 -V/T = 2.1927
S**2 = 1.6939
KE= 3.538041660310D+02 PE=-1.305794110057D+03 EE= 3.751400756453D+02
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 1.6939, after 0.7746
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in D:\G98W\l502.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 5 minutes 33.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 12 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
я пытаюсь считать для начала простые комплексы с медью но сходится задача очень редко приходится все время ворочить молекулы так и сяк иногда везет и расчет идет дальше вот и вопрошаю поэтому как делу помочь:)
Так, вслепую, сложно сказать (без входного файла и детализации выдачи), но если за 65 итераций не сходится - очевидно, есть проблемы. А SCF просто очень медленно сходится, или осциллирует? Если медленно сходится, то можно банально увеличить число итераций. При этом такая здоровая "spin containation", и это на B3LYP (как я понимаю)… Вообще для DFT наличие спиновых контаминаций не типично, и они появляются как раз при "замешивании" с Хартри-Фоковской обменной частью. Так что можно тупо попробовать функционал без примеси exact exchange - скажем, BLYP или PBE. А м.б. у Вас с мультиплетностью/зарядом проблемы? Там все правильно? 
А насколько разумна исходная геометрия?
А насколько разумна исходная геометрия?А.П.
Re: расчеты органических комплексов переходных металлов
Рекомендую хотя бы начальные расчеты делать Природой - у нее проблем со сходимостью почти никогда не бывает. Я посчитал ею требуемый комплекс (все сошлось без проблем, несмотря на чудовищную начальную геометрию), можете попробовать геометрию, приведенную ниже, в гауссиан задать. Кстати, комплекс получился совершенно плоский, и у меня возникло ощущение, что ему хочется достроиться до октаэдра. Может, подсунуть ему парочку однодентантных лигандов?Ильдар писал(а):необходимо сделать DFT-расчет хелатного комплекса меди с 2-мя молекулами урацила в гауссиане, никак не могу подобрать нужные кейворды и базис
расчет вылетает после первого шага, кто знает как укратить непослушную медь, помогите;)
23
Energy -2468.10761081 Symmetry C2h PBE/L1
C 3.26600000 -3.19500000 0.00000000
N 1.88500000 -3.27600000 0.00000000
C 1.13700000 -2.12500000 0.00000000
N 1.73100000 -0.92200000 0.00000000
C 3.13000000 -0.72800000 0.00000000
C 3.88800000 -1.99600000 0.00000000
O -0.13500000 -2.13300000 0.00000000
Cu 0.00000000 0.00000000 0.00000000
O 0.13500000 2.13300000 0.00000000
C -1.13700000 2.12500000 0.00000000
N -1.88500000 3.27600000 0.00000000
C -3.26600000 3.19500000 0.00000000
C -3.88800000 1.99600000 0.00000000
C -3.13000000 0.72800000 0.00000000
N -1.73100000 0.92200000 0.00000000
O -3.64800000 -0.37400000 0.00000000
O 3.64800000 0.37400000 0.00000000
H -4.97600000 1.93000000 0.00000000
H -3.79500000 4.15000000 0.00000000
H -1.39200000 4.16800000 0.00000000
H 1.39200000 -4.16800000 0.00000000
H 4.97600000 -1.93000000 0.00000000
H 3.79500000 -4.15000000 0.00000000
для lxyppv вот одна из задачalxyppv писал(а):Так, вслепую, сложно сказать (без входного файла и детализации выдачи), но если за 65 итераций не сходится - очевидно, есть проблемы. А SCF просто очень медленно сходится, или осциллирует? Если медленно сходится, то можно банально увеличить число итераций. При этом такая здоровая "spin containation", и это на B3LYP (как я понимаю)… Вообще для DFT наличие спиновых контаминаций не типично, и они появляются как раз при "замешивании" с Хартри-Фоковской обменной частью. Так что можно тупо попробовать функционал без примеси exact exchange - скажем, BLYP или PBE. А м.б. у Вас с мультиплетностью/зарядом проблемы? Там все правильно?
# B3LYP/6-31G(D) OPT
Cu+oxy+water
2 2
29 -1.283582 -0.428108 -0.996298
8 0.041172 0.824271 0.020020
8 0.753469 -0.078416 -0.024241
8 2.916563 0.491017 1.438804
1 2.070198 0.251606 1.004398
1 3.182262 0.365822 2.377631
на счет геометрии не уверен действую почти вслепую не могу даже предварительные расчеты сделать
Последний раз редактировалось Ильдар Ср фев 06, 2008 2:25 pm, всего редактировалось 4 раза.
Re: расчеты органических комплексов переходных металлов
спасибо amge!
во только я забыл упомянуть что у меня урацил замещенный вот примерная структура комплекса
6 2.617088 -0.621400 -0.544188
7 3.782616 -1.161451 -1.134628
8 1.447236 -1.017821 -0.857769
6 2.799092 0.435780 0.459796
6 5.070186 -0.680581 -0.821186
8 1.587361 0.834752 0.977105
8 6.193967 -1.121867 -1.355890
7 5.146747 0.351069 0.151222
6 4.085188 0.937159 0.818380
6 4.350404 2.035823 1.847861
6 -2.559000 0.568017 -0.518432
7 -3.627970 1.182285 -1.106420
8 -1.350730 0.895360 -0.787207
6 -2.853203 -0.488387 0.444682
6 -5.012004 0.830985 -0.867815
8 -1.629486 -0.974105 0.957201
8 -5.940081 1.410715 -1.382632
7 -5.152520 -0.211980 0.108431
6 -4.104729 -0.866949 0.750027
6 -4.458770 -1.961138 1.758314
29 -0.100079 -0.095773 0.032887
1 3.701936 -1.895942 -1.847922
1 1.676856 1.580400 1.614347
1 6.118773 0.681485 0.366707
1 5.414267 2.249696 1.903762
1 4.006024 1.714286 2.830520
1 3.826486 2.947313 1.561561
1 -3.453509 1.935549 -1.781908
1 -1.745291 -1.741331 1.556273
1 -6.115410 -0.481037 0.326856
1 -5.534396 -2.100175 1.794652
1 -4.110393 -1.681461 2.750661
1 -3.996821 -2.902951 1.469433
во только я забыл упомянуть что у меня урацил замещенный вот примерная структура комплекса
6 2.617088 -0.621400 -0.544188
7 3.782616 -1.161451 -1.134628
8 1.447236 -1.017821 -0.857769
6 2.799092 0.435780 0.459796
6 5.070186 -0.680581 -0.821186
8 1.587361 0.834752 0.977105
8 6.193967 -1.121867 -1.355890
7 5.146747 0.351069 0.151222
6 4.085188 0.937159 0.818380
6 4.350404 2.035823 1.847861
6 -2.559000 0.568017 -0.518432
7 -3.627970 1.182285 -1.106420
8 -1.350730 0.895360 -0.787207
6 -2.853203 -0.488387 0.444682
6 -5.012004 0.830985 -0.867815
8 -1.629486 -0.974105 0.957201
8 -5.940081 1.410715 -1.382632
7 -5.152520 -0.211980 0.108431
6 -4.104729 -0.866949 0.750027
6 -4.458770 -1.961138 1.758314
29 -0.100079 -0.095773 0.032887
1 3.701936 -1.895942 -1.847922
1 1.676856 1.580400 1.614347
1 6.118773 0.681485 0.366707
1 5.414267 2.249696 1.903762
1 4.006024 1.714286 2.830520
1 3.826486 2.947313 1.561561
1 -3.453509 1.935549 -1.781908
1 -1.745291 -1.741331 1.556273
1 -6.115410 -0.481037 0.326856
1 -5.534396 -2.100175 1.794652
1 -4.110393 -1.681461 2.750661
1 -3.996821 -2.902951 1.469433
вот одна из задачalxyppv писал(а):Так, вслепую, сложно сказать (без входного файла и детализации выдачи), но если за 65 итераций не сходится - очевидно, есть проблемы. А SCF просто очень медленно сходится, или осциллирует? Если медленно сходится, то можно банально увеличить число итераций. При этом такая здоровая "spin containation", и это на B3LYP (как я понимаю)… Вообще для DFT наличие спиновых контаминаций не типично, и они появляются как раз при "замешивании" с Хартри-Фоковской обменной частью. Так что можно тупо попробовать функционал без примеси exact exchange - скажем, BLYP или PBE. А м.б. у Вас с мультиплетностью/зарядом проблемы? Там все правильно?
# B3LYP/6-31G(D) OPT
Cu+oxy+water
2 2
29 -1.463928 -0.621524 0.046036
8 0.041172 0.824271 0.020020
8 0.753469 -0.078416 -0.024241
8 3.406288 -0.074492 -0.350227
1 2.454118 -0.058458 -0.114694
1 4.187314 -0.069804 0.247805
на счет геометрии не уверен действую почти вслепую не могу даже предварительные расчеты сделать
Re: расчеты органических комплексов переходных металлов
Да, система богатая. Вариантов комплексообразования много. Тем более стоит начать считать Природой. Это будет быстрее (несколько часов на расчет на среднем PC). А потом наиболее интересные (с низкой энергией) комплексы можно тем же гауссианом, если сильно хочется.Ильдар писал(а): забыл упомянуть что у меня урацил замещенный вот примерная структура комплекса
Re: расчеты органических комплексов переходных металлов
А что за Природа? Просветите пожалуйстаДа, система богатая. Вариантов комплексообразования много. Тем более стоит начать считать Природой. Это будет быстрее (несколько часов на расчет на среднем PC). А потом наиболее интересные (с низкой энергией) комплексы можно тем же гауссианом, если сильно хочется
Re: расчеты органических комплексов переходных металлов
Поищите хотя бы на этом форуме по фразе "Priroda"Ильдар писал(а):А что за Природа? Просветите пожалуйста
огромное спасибо!buraten писал(а):http://www.physto.se/~laikov/p/
скачал файлы для винды+базисы и не знаю теперь чего делатьburaten писал(а):http://www.physto.se/~laikov/p/
не мог бы кто-нибудь разъяснить как дружить с природой
Там файл есть, input.txt, там вроде всё описано (что нужно для запуска).Ильдар писал(а):скачал файлы для винды+базисы и не знаю теперь чего делатьburaten писал(а):http://www.physto.se/~laikov/p/
не мог бы кто-нибудь разъяснить как дружить с природой
Версия для Windows или Linux?
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 21 гость