Проблема конформеров+дфт

[YuraM]

1. Было бы здорово ,если бы кто-то мог что-то посоветовать. Занимаюсь расчетами огромной металлорганики, дфт. Иногда в одном соединении возможно до 20 конформеров.. считаю пути реакции, поэтому не хотелось бы для каждого реагента считать все конформеры дфт, а хотелось бы оценить относительные энергии конформеров используя поиск конформеров (conformational search) при помощи какой нибудь программы по молекулярной механики или полуэмпирики. Кто-нибудь знает бесплатную программу, которая могла бы это делать? Нужно именно free version.
2. Что-то дфт занижает энергию связи нековалентных лигандов (фосфин, пиридин). Кто-нибудь знает новые дфт функционалы, которые работают хорошо в металлоорганики, я имею ввиду хорошо описывают нековалентные вз-ия, желательно чтобы ф-лы были в Гауссиан или гамесс. Идеи? Предложения? Комментарии? Буду рад любой помощи!

Всего доброго!

[Darth Vasya]

Полуэмпирике всё ж таки не доверился бы, она довольно случайные результаты выдаёт. Я б, наверное, попробовал для начала отобрать наиболее перспективные варианты на уровне DFT, но в каком-нибудь простеньком базисе с учётом только валентных электронов а-ля SBK (то, что CEP-4G/CEP-31G в гауссиане). Ну и если в рабочих расчётах используется B3LYP, то для начального отбора можно взять PBE. Если никакие извратские модели растворителя не нужны - тогда в довершение можно Природой посчитать, она в _десятки_ раз быстрее работает, чем Гауссиан.

[Marxist]

считаю пути реакции, поэтому не хотелось бы для каждого реагента считать все конформеры дфт, а хотелось бы оценить относительные энергии конформеров используя поиск конформеров (conformational search) при помощи какой нибудь программы по молекулярной механики или полуэмпирики. Кто-нибудь знает бесплатную программу, которая могла бы это делать? Нужно именно free version.

Молекулярная механика не сильно дружит со сложными металлорганическими комплексами. Поэтому здесь либо полуэмпирика, либо неэмпирика и монте-карло.

[Darth Vasya]

Marxist, чистое Монте-Карло - это убийство. Для (относительно) дешёвого и (абсолютно) сердитого поиска конформаций отлично подходит метадинамика. (В принципе, аналогичные примочки были и для МК, umbrella sampling там и т.д., но тут я не очень ориентируюсь.)

[Marxist]

Ну почему убийство? Задать разумные пределы, разумное число попыток, затем оптимизировать конформацию -- в рамках молмеханики не так уж и долго. Другое дело, что с квантами будет дольше. Очень хорошо ещё гнать молдинамику при высоких температурах или при разных, можно ещё и барьеры перехода оценить.
Но всё это не для металлокомплексов, да.

[Deus]

ха, у нас как раз вчера был Трухляр, и рассказывал про свои новые функционалы.

его M06 и M06-L работают с металлами очень даже зачетно

на нековалентные взаимодействия тоже отличная точность получается.

фактически, прорыв.

правда чтобы функционалы были в Гауссиане это должен быть очень новый гауссиан, не помню уж какая версия там.

[Deus]

чтобы понятно было о чем речь

http://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm

внизу там.

[Darth Vasya]

Marxist, в рамках молмеханики - см. свой же ответ выше А с квантами нужно прибегать к различным методам ускорения, а то состаришься, пока МК/МД всё обсчитает. И да, метадинамика заодно даст приближения к переходным состояниям и барьеры.

Deus, спасибо за информацию, посмотрим...

[YuraM]

Огромное спасибо за ответы!!!

Но есть проблемы.
1) Считать много конформеров дфт не хочется, в крайнем случае - 2-3, я не 20-30.. мы говорим о металлорганики в 100 атомов симметрии c1. Хотелось бы оптимизированый конфорем в дфт запихнуть в молекулярную механику/полуэмпирику и автоматически выполнить поик изомеров..но нужен софт ..
2) Про ф-лы Трухлара я читал.. до этого он хвалил M-05, но потом притих, я не поленился, проверил - ничего особенного. M-06 вроде как выглядит хорошо, но в самом новом гауссиане, его нет, он есть только в спец гауссиане Трухлара, который он не распространяет..Значит нужно ждать новой версии Гауссиана, но боюсь когда он выйдет, появиться M-07 ... есть ли какие то альтернативы Трухлару, возможные в Гауссиане E01?

[velzev]

2. Что-то дфт занижает энергию связи нековалентных лигандов (фосфин, пиридин). Кто-нибудь знает новые дфт функционалы, которые работают хорошо в металлоорганики, я имею ввиду хорошо описывают нековалентные вз-ия

http://www.uni-muenster.de/Chemie.oc/re ... .html#meth [DFT-D]

http://exchange.chemport.ru/index.php?m ... grimme.pdf

[YuraM]

velzev,
огромное спасибо за информацию!
Попробую что-нибудь в этом роде для моих систем..

[velzev]

velzev,
огромное спасибо за информацию!
Попробую что-нибудь в этом роде для моих систем..

Всегда пожалуйста!