G03: Normal coordinates

[1177]

Всем привет!
Я так понимаю, что G03 выводит "normal coordinates" при колебательном анализе в масс-взвешенных координатах.
Можно ли заставить его выводить в начальных декартовых? Если нет, то можно ли заставить его считывать начальную геометрию в масс-взвешенных координатах?

Код: Выделить всё

Frequencies --   371.3341               374.2687               464.6107
 Red. masses --     3.6808                 3.6534                11.8384
 Frc consts  --     0.2990                 0.3015                 1.5056
 IR Inten    --     0.0000                 0.0000                 0.0834
 Raman Activ --     0.0010                 0.0003                 0.0032
 Depolar (P) --     0.5849                 0.5354                 0.7484
 Depolar (U) --     0.7381                 0.6974                 0.8561
 Atom AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z
   1   6     0.00   0.00   0.00     0.00   0.23   0.15     0.00   0.36   0.23
   2   6     0.00   0.21   0.13     0.00  -0.11  -0.07     0.00  -0.35  -0.22
   3   6     0.00  -0.21  -0.13     0.00  -0.13  -0.08     0.00   0.33   0.22
   4   6     0.00   0.00   0.00     0.00   0.25   0.16     0.00  -0.33  -0.20
   5   6     0.00   0.21   0.13     0.00  -0.13  -0.08     0.00   0.34   0.21
   6   6     0.00  -0.21  -0.13     0.00  -0.11  -0.07     0.00  -0.35  -0.22
   7   1     0.00   0.00   0.00     0.00   0.42   0.27     0.00  -0.01   0.00
   8   1     0.00   0.37   0.24     0.00  -0.22  -0.14     0.00  -0.07  -0.04
   9   1     0.00  -0.36  -0.23     0.00  -0.21  -0.14     0.00  -0.01  -0.01
  10   1     0.00   0.00   0.00     0.00   0.42   0.27     0.00  -0.01  -0.01
  11   1     0.00   0.36   0.23     0.00  -0.22  -0.13     0.00  -0.01   0.00
  12   1     0.00  -0.37  -0.24     0.00  -0.21  -0.14     0.00  -0.07  -0.04

[VTur]

При колебательном анализе координатами являются не положения ядер, а смещение ядер от положения равновесия - приращения координат. Получить из них координаты ядер невозможно напрямую и однозначно, как и из декартовых координат нормальные. Нужна матрица силовых постоянных.

[1177]

При колебательном анализе координатами являются не положения ядер, а смещение ядер от положения равновесия - приращения координат.

Это понятно. Но что тогда рисуют программы визуализации?

[VTur]

При колебательном анализе координатами являются не положения ядер, а смещение ядер от положения равновесия - приращения координат.

Это понятно. Но что тогда рисуют программы визуализации?

В смысле, визуализации спектров?
То и рисуют, ядра по оптимизированной геометрии и их смещения (т.е. нормированные собственные вектора), полученные из колебательного анализа.

[1177]

В смысле, визуализации спектров?

Нет. Визуализации колебаний.

Нужна матрица силовых постоянныx

Это понятно. Неужели её нельзя вывести?!

[VTur]

В смысле, визуализации спектров?

Нет. Визуализации колебаний.

Нужна матрица силовых постоянныx

Это понятно. Неужели её нельзя вывести?!

Ни чего не понимаю! Вы же её и считаете при колебательном анализе. А потом диагонализируете две матрицы - силовых постоянных и кинематических коэффициентов. На главной диагонали матрицы кинет. коэфф. будут стоять единицы, а на главной диагонали матрицы сил. пост. квадраты частот (кстати, поэтому и возникают мнимые частоты для отрицательных собственных чисел). Заранее матрицу сил. пост. можно не считать, если Вы уверены в переносимости силовых постоянных. Тогда Вы их подгружаете. Их существуют целые библиотеки.

[Дмитрий Викторович]

И равновесная конфигурация и силовая матрица в декартовых координатах приводятся в самом конце файла отчета. Силовая матрица обычно следует после записи NImag=X|| и имеет размерность хартри/бор^2.

[microb2]

Ниже пример для молекулы воды. (Из книжки Банкер Ф. Симметрия молекул и молекулярная спектроскопия.)

Смысл: это не матрица кин. коэффициентов и не force matrix, а матрица преобразования конкретного вида, преобразования натуральных движений (так назовем) атомов в колебательные моды нормальных осцилляторов. Я так понял, такую матрицу можно построить и для других соединений.
Это насущный вопрос, не связанный с теоретическим мудрствованием, как это сделать?




Числа справа -0.8092, 0.0491 и 0.0678 из предыдущей задачи, они определены без использования понятия о нормальных координатах.

[VTur]

Ниже пример для молекулы воды. (Из книжки Банкер Ф. Симметрия молекул и молекулярная спектроскопия.)

Смысл: это не матрица кин. коэффициентов и не force matrix, а матрица преобразования конкретного вида, преобразования натуральных движений (так назовем) атомов в колебательные моды нормальных осцилляторов. Я так понял, такую матрицу можно построить и для других соединений.
Это насущный вопрос, не связанный с теоретическим мудрствованием, как это сделать?

См. в следующей литературе.
Г.С. Коптев, Ю.А. Пентин, Расчет колебаний молекул. М.: МГУ, 1977, 212 с.
Е. Вильсон, Дж. Дешиус, П. Кросс, Теория колебательных спектров молекул. М.: ИЛ. 1960. 357 с.
М.В. Волькенштейн , Л.А. Грибов, М.А. Ельяшевич, Б.И. Степанов, Колебания молекул. М.: Наука. 1972. 699 с.
Я свою программу писал по первой книге. Наиболее тонкая (по объёму) и доступно написанная. Есть ещё книги Грибова, но коды из них не работают.