Core 2 Duo vs Gamess

[ohdesu]

Здравствуйте.

Подскажите пожалуйста как сделать, чтобы Gamess распознал присутствие Core 2 Duo ?
В out файле пишет: PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE
Я подозреваю, что должен писать:
PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING WITH 2 NODES
У меня версия Gamess 7.0
Заранее спасибо

[Darth Vasya]

Полагаю, вам нужно запускать его командой mpirun или как там ваш MPI устроен...

[Nik®]

полагаю сначала RTFM !

[Darth Vasya]

После RTFM (read the following manual) должно стоять двоеточие и указание на собственно мануал

[EvgeniX]

После RTFM (read the following manual) должно стоять двоеточие и указание на собственно мануал

Мануал он на то и мануал, что он в комплекте идёт.

[N_A_B]

Да ну?
В комлекте с PC GAMESS идет старый мануал 99 года - в нем никаких указаний на применение при использовании многоядерных процессоров.
Так что ваш ответ, Евгений, не соответствует действительности.
Если кто-то все же сталкивался с такой задачей- напишите, пожалуйста.
Фразы типа -"читать мануал", "это легко-сами разберетесь" и тому подобное- спасибо, я и сам такое могу сказать. Или, как верно заметил тов. Дарт Вася- ссылку в студию.
У меня схожая ситуация, только процессор- Турион64 Х2.

[Nord]

http://classic.chem.msu.su, раздел Manuals

[N_A_B]

Если вы говорите про раздел:
PC GAMESS Multicore, SMP and HTT related information в Manuals
то ответа на мой вопрос там я не нашел.
Вариации ключей в группе $smp никак не повлияли на результат.
Опишу свою проблему:
при попытке запустить PC GAMESS
выдавало ошибку: невозможно найти файл mpibind.dll .
В папке BINDINGS лежат DLL-файлы вида: mpibind.wmpi-1.3.dll
как я понял -wmpi-1.3- это указание на то, какой MPI должен стоят.
Соответственно установил Win MPI 1.3, переименовал mpibind.wmpi-1.3.dll
в mpibind.dll
Поместил в рабочую папку GAMESS.
Ошибка перестала появляться, но теперь возникла другая ошибка:
[0] aborting program! Could not create p4 procgroup. Possible missing file or program started without mpirun
Естественно- перед запуском расчета, запускал mpi service.

[Nik®]

подождите, я что-то не понимаю у вас кластер из ноутов ?
насколько я понял из ваших слов у вас обыкновенная SMP машина и ничего не надо устанавливать
насколько я помню нужно читать rtfm про smp машины а не про вин-кластеры (давно было дело кажется там говорится что нужно просто скопировать и переименовать соответствующие длл-ки и усе)
во всяком случае я не имел проблем с запуском gamess ни на core2duo ни на core2quad
думаю что с ноутом проблем тоже не должно возникнуть

[Darth Vasya]

[0] aborting program! Could not create p4 procgroup. Possible missing file or program started without mpirun

Тогда читайте мануал не по гамессу, а по своей MPI. Про синтаксис команды запуска.

Что касается SMP, тут налицо полная неразбериха. Для SMP-параллелизации никакой MPI-среды не нужно, т.к. процесс всего один и данные для всех потоков общие. В случае же использования MPI запускается несколько одинаковых процессов, каждый - со своей копией данных. Соответственно, команда запуска (mpirun) запускает нужное число копий программы, раздаёт им порядковые номера и идентификаторы остальных копий.

[ohdesu]

Читаю мануал
PC GAMESS Multicore, SMP and HTT related information:
http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html

If you run PC GAMESS in SMP environment, you can set integer variable mklnp in the $system group to be equal to the number of physical (not logical) CPU cores to be used by the PC GAMESS job via multithreading. Note that by default, PC GAMESS uses only one computational thread (and thus only one processor).

Это я понимаю так, что нужно в группе $SYSTEM просто указать переменную mklnp = 2 (для core 2 duo) и оно само поймет что нужно считать в 2 потока. Т.е. core 2 duo это SMP процессор.

N_A_B пишет:

Вариации ключей в группе $smp никак не повлияли на результат.

В мануале:

If you run PC GAMESS under other OS and want to activate PC GAMESS HTT features, in addition to provide the valid mklnp value, you should manually set the httnp variable in the $smp group to be equal to the number of logical processors per one physical core.

т.е. как я понимаю $smp группа относится к технологии HTT. В нашем же случае мы имеем именно 2 физических, а не логических ядра.

Nik® пишет:

во всяком случае я не имел проблем с запуском gamess ни на core2duo ни на core2quad

с запуском то проблем у меня тоже нет. всё отлично запускается . только вот считает как будто бы у меня 1-ядерный процессор
и пишет в ауте: PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING SEQUENTIALLY ON SINGLE NODE

Nik®, а как вы определили, что у вас запускается на 2-х и 4-х ядерном процессоре ?

Еще настораживает вот эта часть:

Note, there are still multiple parts of old code which are executed using only one CPU regardless on the mklnp value. In these cases, it is recommended do not touch mklnp and simply run PC GAMESS in parallel as if your SMP system were a cluster.

Не хочется связываться с этим mpi

N_A_B, вы еще не разобрались ? Если разберетесь, напишите здесь, либо мне в ЛС. Если я разберусь, то непременно тоже отпишусь

[Nord]

Последние версии PC-GAMESS используют унифицированную схему запуска в что на SMP машине, что на кластере. Прочтите, пожалуйста, инструкции:
Parallel Windows Instructions: read this first!
Parallel Windows Instructions: WMPI v. 1.3
Parallel Windows Instructions: MPICH NT
Parallel Windows Instructions: NT-MPICH
Parallel Windows Instructions: NT-MPICH-SMP

[Nik®]

ну я имел ввиду что запускается так как мне это нужно т.е. на 2-х, 3-х и 4-х ядрах
в зависимости от команды, а как я узнал на скольки ядрах работает, та просто заглянул в диспетчер ну и потом в аут файл.

[ohdesu]

Фух, вроде разобрался, спасибо вам Nord за мануалы
Вот собственно пошагово:
1. Имеем GAmess версии 7.0 или выше
2. Инсталлируем wmpi1_3.exe (я устанавливал в рабочую директорию Gamess)
3. Берем файл mpibind.nt-mpich-smp.dll из папки BINDINGS, переименовываем в mpibind.dll и копируем (с заменой) в рабочую папку Gamess
4. Далее я создал на диске D:\ директоирю work и в ней две директории dir1 и dir2
5. В директорию dir1 ложу файл input, и находясь в рабочей директории Gamess пишу:
pcgamess.exe D:\work\dir1 D\wrk\dir2 -np 2

Запускается расчёт, и пишет в ауте: PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING WITH 2 NODES

Запустил простой расчет RHF на 2-х ядрах и на одном, по времени одинаково, думал на 2-х будет в 2 раза быстрее
Так и должно быть ? Должен же быть рост производительности в смысле уменьшение времени расчета!

[Nik®]

опаздал ну да ладно
(заинтересовался)
рассказываю как делал (все в упрощенном варианте у кого опыт позволит тот может организовать структуру каталогов сложнее
и напишет к этому соответствующие батники)
создал две cледующие директории E:\gamess\1 и E:\gamess\2
в первой размещаем соответственно:
mpibind.dll - переименованная mpibind.nt-mpich-smp.dll
mpich_smp.dll
pcgamess.exe
pcgp2p.dll - переименованная pcgp2psm.dll
1.inp - здесь все как обычно только добавил строку $p2p p2p=.t. dlb=.t. $end
g.bat - здесь прописал самое простое pcgamess.exe -i 1.inp -o 1.out E:\gamess\1 E:\gamess\2 -np 2

запускаем g.bat и на пне d820 усе работает как нада

[Rusia]

Ого, как вы тут размусолили!!! Наконец-то нашёл что-то нормальное на русском... попробую запустить!

[Rusia]

Спасибо!!!! ВОРКАЕТ!!!!

[ohdesu]

Спасибо!!!! ВОРКАЕТ!!!!

Пожалуйста . А как насчет прироста производительности. вы его заметили ?

[Rusia]

Спасибо!!!! ВОРКАЕТ!!!!

Пожалуйста . А как насчет прироста производительности. вы его заметили ?

Ну операция на одном ядре раньше занимала 50-56 минут теперь- чуть больше 20. (сделал на 3 ядра)

Понимаю, что это не очень корректно(лучше на все 4), но мне ещё за эти компьютером работать + не сроков нету.

[Nord]

У Вас такой скверный планировщик?