Прога для иллюстрации реакций

[ЕЖ]

Коллеги, посоветуйте плиз. Хочется красиво показать реакцию: чтоб трехмерные молекулы шевелились (типа тепловое движение было), подходили друг к другу и реагировали (из одних групп появлялись другие). Какую прогу можно для этого использовать? желательно, конечно, чтоб несложная и небольшая была..

Спасибки

[Marxist]

3DMax вроде позволяет это делать

[ЕЖ]

Marxist, спасибо! Но вроде это прога для работы с графикой?т.е., там есть какие-то примочки для химиков (ну чтобы хим.формулу нарисовать и шевелить ее по правилам) или все от руки придется..? я ее найду и поработаю, спасибо еще раз

[Marxist]

Marxist, спасибо! Но вроде это прога для работы с графикой?т.е., там есть какие-то примочки для химиков (ну чтобы хим.формулу нарисовать и шевелить ее по правилам) или все от руки придется..? я ее найду и поработаю, спасибо еще раз

Дык для того, чтобы шевелилось всё по правилам, нужно сделать квантовую симуляцию реакции и ещё как-то траекторию записать. Это много приключений и времени. Специального софта просто для визуализации без химического смысла, скорее всего, нет. Поэтому остаётся тупо использовать стандартные пакеты для трёхмерной графики.

[ЕЖ]

Грустно.. вроде такое шевеление можно осуществить в прогах для обработки ИК, но, по-моему, там реакцию нельзя показать

Ладно, будем пыхтеть дальше. Спасибо снова

[EvgeniX]

В инете есть самопальные конвертеры для преобразования координат, взятых из кв.-химии в какой-то другой формат и конвертер для последующего преобразования в анимацию.

[Rusia]

А вручную нарисовать отдельные части? (и оптимизировать их при помощи РМ3)

[ИСН]

Оптимизировать вообще ничего не надо. Для того, чтобы реакция выглядела как следует на глаз - достаточно нарисовать её от руки. Сложность именно в том, чем всё-таки рендерить видео.

[Darth Vasya]

Ну, это как раз не проблема: сшиваете xyz-файлы в траекторию - и в VMD (Molekel, XCrysDen, ...)

[ЕЖ]

В инете есть самопальные конвертеры для преобразования координат, взятых из кв.-химии в какой-то другой формат и конвертер для последующего преобразования в анимацию.

EvgeniX, а где именно они есть и как называются?

Всем-всем-всем.. я сильно чувствую свою лопуховатость в данном вопросе; не могут ли коллеги чуть подробнее описать процесс создания подобного мультика?

[Darth Vasya]

EvgeniX, а где именно они есть и как называются?

Называется конвертер cat и есть в /bin/

Иными словами, последовательно слепляете .xyz (или .pdb, или...) файлы в один, получаете траекторию. А дальше - см. выше.

[ЕЖ]

Darth Vasya, я правильно понимаю, что мне надо будет для мультика создать пару тысяч картинок с формулами, а потом их слепить?

[Сержл]

ПрЮвет всем ИоЖикам, если на презентацию, то ChemDraw (несколько картинок) + PowerPoint (анимация), ну там мышкой конечно тыкать придеЦЦа, что б картинки менялись.

[ЕЖ]

Привет и СержЛам вот хочется, чтоб молекулы трепыхались плавно..да и реакция в несколько стадий, так что процесс долгий..боюсь "несколькими картинками" не обойдуся, а много делать - лениво и потом, как я тепловое движение отображу наобум? Вот может в ChemDraw есть какая хитрая опция, о которой я не знаю?

[Сержл]

Трепыхались в Chem 3D Ultra, было в приложении к ChemDraW, но я там только пару раз играл, надо мануал чеЙтать.

[ЕЖ]

У меня в вышеупомянутом Chem 3D Ultra молекулы только вокруг себя крутились, а валентные углы и связи - как эпоксидкой залитые и реакцию я не соображу там изобразить в динамике

[Marxist]

У меня в вышеупомянутом Chem 3D Ultra молекулы только вокруг себя крутились, а валентные углы и связи - как эпоксидкой залитые и реакцию я не соображу там изобразить в динамике

Никак, если только не рисовать каждый кадр вручную

[Darth Vasya]

Darth Vasya, я правильно понимаю, что мне надо будет для мультика создать пару тысяч картинок с формулами, а потом их слепить?

Нет, всего лишь сохранить из редактора или расчётной программы структуры нужного количества промежуточных состояний.

[Леонид]

Помню мы что то вроде такого мультика делали на Гауссиане.
Если молекула не крупная и то что не требуется особой точности, то это не должно взять много времени.
Другой вопрос я не помню можно ли сохранять его в видео файл для просмотра без програмы Гауссиан.

[amge]

У меня есть опыт изготовления анимаций реакций из последовательности расчетных геометрий (для web, http://limor1.nioch.nsc.ru/quant.html). Если интересно, могу рассказать, как эти анимации сделаны.