Note on PC GAMESS/Firefly related questions

вопросы строения молекул и квантовой химии
Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Сб ноя 08, 2008 2:08 pm

Уважаемые пользователи форума!

У меня к Вам большая просьба - если у Вас есть вопросы по PC GAMESS или PC GAMESS/Firefly,
на которые Вам (или коллективному разуму форума) не удалось найти ответа здесь,
или же Вы полагаете, что Вам не удалось их найти, задавайте их нам на нашем форуме PC GAMESS/Firefly.
Дело в том, что не на все вопросы можно ответить, исходя только из общих принципов квантовой
механики или личного, пусть и богатого, опыта расчетов. :-) Во многих (особенно нетривиальных)
случаях, необходимо знать изнутри, как работает программа. Как пример, приведу лишь недавнее
обсуждение максимального объема памяти, доступного PC GAMESS/Firefly.

Поскольку я бываю у Вас в гостях в среднем раз в год :-), очевидно, я не могу проверить,
что на все вопросы были найдены правильные ответы. Однако, бегло просмотрев ряд тем, я пришел
к выводу, что вероятность такого события - около пятидесяти процентов.

И не бойтесь, пожалуйста не бойтесь писать на наш форум по английски и делать при этом ошибки.
Ошибки делают все, и ошибка в построении фразы на английском - это далеко не самая страшная
вещь на свете. Казалось бы, очевидно, но мы точно знаем, что очень многих останавливает именно это.

И последнее - я получаю огромное число писем в день с вопросами о программе. Если письмо пришло
на английском, я стараюсь ненавязчиво перенаправить вопрос на наш форум. Конечно, это получается
не всегда, но определённый результат дает. Но если письмо пришло на русском... мне обычно приходится
на русском же на него и отвечать, отвечать лично автору, при этом сознавая, что КПД такого процесса
гораздо ниже. А ведь во многих случаях, мне пишут именно тогда, когда здесь ответ найти невозможно...

-Александр Грановский

Аватара пользователя
Rusia
Сообщения: 184
Зарегистрирован: Пн авг 06, 2007 9:35 pm
Контактная информация:

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Rusia » Чт ноя 13, 2008 5:37 pm

понятно теперь куда лезть с вопросами, если что.

lmihael
Сообщения: 214
Зарегистрирован: Вт ноя 21, 2006 3:33 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение lmihael » Пт фев 18, 2011 8:02 pm

Что-то не открывается у меня http://classic.chem.msu.su/ . Что-то случилось с сайтом?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение sanya1024 » Сб фев 19, 2011 1:05 pm

В МГУ перерегистрируют сайты. Когда вопрос с перерегистраций утрясется, сайт откроется (возможно, по новому адресу)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение sanya1024 » Ср фев 23, 2011 5:43 am

Похоже, сайт Грановского заработал.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

alhimik86
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Вт янв 10, 2012 1:38 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение alhimik86 » Вт янв 10, 2012 5:13 pm

А кто-нибудь знает, что случилось с сайтом опять? В последние дни вообще нельзя было зайти в некоторые разделы, теперь вроде можно, но при попытке написать в форуме я получаю сообщение: "You are not permitted to post messages on this forum."

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение sanya1024 » Ср янв 11, 2012 10:12 pm

Форум снова заработал, все в порядке!
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

alhimik86
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Вт янв 10, 2012 1:38 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение alhimik86 » Ср янв 11, 2012 10:26 pm

sanya1024 писал(а):Форум снова заработал, все в порядке!
Да, спасибо, я уже заметил :)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение sanya1024 » Вт янв 01, 2013 4:14 pm

Бета FireFly (начиная с сентябрьских билдов) вылетает после проверки на время использования. Обнаруживает, что outdated -- и привет.
Про новые беты тут: http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceil ... 960-00.htm
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Вт янв 01, 2013 5:00 pm

Да, это так.
Я приношу всем извинения за эти неудобства, но практика показывает, что пользователи очень редко обновляют версию программы, которую они используют. А так как речь все же идет о бета версиях, в них было решено добавить такую проверку.

avelon
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение avelon » Вт янв 01, 2013 10:18 pm

лучше бы появилась совместимость с 64bit MPI)

Аватара пользователя
dr_Strangelove
Сообщения: 1113
Зарегистрирован: Пн окт 18, 2004 9:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение dr_Strangelove » Ср янв 23, 2013 2:08 pm

Никто не знает, случаем, когда сайт снова заработает?
Очень мельком услышал о появившейся поддержке CUDA, и чешутся руки посмотреть - и, как на зло, ни релиз восьмой не скачать, ни конфу с туториалами посмотреть на эту тему.
Коммунистов упрекают, будто они хотят отменить отечество, национальность. Рабочие не имеют отечества. У них нельзя отнять то, чего у них нет.

Metalian
Сообщения: 51
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm
Контактная информация:

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Metalian » Ср янв 23, 2013 6:01 pm

dr_Strangelove писал(а):Никто не знает, случаем, когда сайт снова заработает?
Очень мельком услышал о появившейся поддержке CUDA, и чешутся руки посмотреть - и, как на зло, ни релиз восьмой не скачать, ни конфу с туториалами посмотреть на эту тему.
Насколько помню, поддержка CUDA только для MP2 реализована была. Но могу ошибаться.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение sanya1024 » Чт янв 24, 2013 12:11 am

dr_Strangelove писал(а):Никто не знает, случаем, когда сайт снова заработает?
Очень мельком услышал о появившейся поддержке CUDA, и чешутся руки посмотреть - и, как на зло, ни релиз восьмой не скачать, ни конфу с туториалами посмотреть на эту тему.
Сервер поломался. Причем довольно серьезно. Диски вроде живы, но воткнуть их пока некуда. Так что ждем-с :)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Пт янв 25, 2013 11:30 pm

Здравствуйте всем,

в пятницу днем все починил, пока работает :)

АГ

kbob
Сообщения: 452
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение kbob » Пн июл 01, 2013 5:35 pm

После 2-х вопросов в соседней ветке я понял, что осталось здать еще два вопроса.
Александр, какие сильные стороны программы firefly, которые выделяют ее среди множества других квантово-химических программ вы могли бы назвать?
Какой функциональности в firefly нет и не будет, или какая функциональность реализована на недостаточно высоком уровне.

НЕ сочтите мой вопрос провокационным.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Сб июл 20, 2013 1:09 am

kbob писал(а):После 2-х вопросов в соседней ветке я понял, что осталось здать еще два вопроса.
Александр, какие сильные стороны программы firefly, которые выделяют ее среди множества других квантово-химических программ вы могли бы назвать?
Какой функциональности в firefly нет и не будет, или какая функциональность реализована на недостаточно высоком уровне.

НЕ сочтите мой вопрос провокационным.
Как я писал, я бываю на этом форуме редко, а тут еще и уведомление не пришло про Ваше письмо, не знаю почему, так что отвечаю только сейчас - увидел этот пост случайно.

Вопрос вполне нормальный, и обижаться тут не за что. В принципе, то, что написано на главной странице нашего сайта, отвечает действительности. Я считаю, что у нас самый быстрый и самый масштабируемый код для канонического MP2 и градиентов MP2. Кроме того, у нас безусловно самый быстрый и самый масштабируемый код для CASSCF, SA-CASSCF и градиентов SA-CASSCF. И самый быстрый код для XMCQDPT2 (а заодно и для MCQDPT2). И более того, он намного быстрее, чем известные мне реализации родственных QD-NEVPT2 и MS-CASPT2/XMS-CASPT2. Я также думаю, что у нас оочень неплохой код для MP3 и MP4, но все же этот код староват.

Хартри-Фок и гибридное ДФТ без дополнительных предположений про обмен у нас вполне на уровне, но не являются самоцелью. Ну и вполне разумный код для TD-DFT и CIS. Быстрая полуэмпирика, но у Юрия быстрее :)

В том, что написано выше, слова "быстрый", "эффективный" и "масштабируемый "подразумевают "для больших систем". В каком смысле система большая, зависит от контекста. Но, как правило, это подразумевает, что либо много атомов, либо много базисных функций, либо большое активное пространство, либо произвольные комбинации этих базовых параметров.

У Firefly своего рода двоякое позиционирование - с одной стороны, он предназначен для моделирования возбужденных состояний больших систем, с другой, большинству наших пользователей нужно в первую очередь быстрое ДФТ и быстрое MP2.

Того, что в Firefly в ближайшее время не будет - это методов типа CC и EOM-CC. Наверное, не будет пока и градиентов для TD-DFT, хотя за это нас многие ругают. Не будет методов R12 и F12. Firefly не предназначен для релятивистких расчетов (кроме разве что спин-орбиты). Нет композитных методов. Довольно много чего нет, но за всем и не угонишься.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Yurii » Сб июл 20, 2013 9:01 am

Alex Granovsky писал(а): Быстрая полуэмпирика, но у Юрия быстрее :)
Не менее важным фактором является и значительная экономия оперативной памяти, что позволяет, при прочих равных условиях, производить расчет значительно бОльших молекулярных систем.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

kbob
Сообщения: 452
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение kbob » Пт июл 26, 2013 12:50 pm

У меня вчера просто разорвало мозг.
Решил посчитать аналитический гессиан переходного состояния методом MRMP2(2,2)/cc-pVDZ.
Казалось бы что-тут такого.
В ORCA например аналитический гессиан считается через вычисление энергии в 6*(количество атомов) точках.
Но с ORCA жизнь не задалась http://www.cec.mpg.de/forum/viewtopic.php?f=8&t=353.
Пришлось обратится за расчетом аналитического гессиана в GAMESS. (check input под катом)
[cut]! calculation on cubane.
!
$CONTRL SCFTYP=MCSCF MPLEVL=2 RUNTYP=HESSIAN COORD=CART ISPHER=1.
exetyp=check $END
$SYSTEM TIMLIM=600 MWORDS=300 $END
$BASIS GBASIS=CCD $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$DET NCORE=27 NACT=2 NELS=2 $END
$FORCE METHOD=FULLNUM $END
$DATA
Cubane MRMP2(2,2)/cc-pVDZ geometry optimization
C1
H 1.0 1.415316 -1.415316 1.628852
C 6.0 0.694536 -0.694536 1.301797
H 1.0 1.204835 -1.204835 -2.001012
C 6.0 0.787041 -0.787041 -1.101514
H 1.0 1.384481 1.474109 1.337685
C 6.0 0.782107 0.743535 0.819076
H 1.0 1.474350 1.384696 -1.263788
C 6.0 0.831240 0.695596 -0.737972
H 1.0 -1.320808 1.320808 -1.472706
C 6.0 -0.732585 0.732585 -0.786858
H 1.0 -1.405989 1.405988 1.367577
C 6.0 -0.779388 0.779388 0.753866
H 1.0 -1.474109 -1.384480 1.337685
C 6.0 -0.743535 -0.782107 0.819075
H 1.0 -1.384695 -1.474349 -1.263789
C 6.0 -0.695596 -0.831240 -0.737972
$END[/cut]
Выясняю, что в GAMESS для расчета тогоже гессиана требуется уже 4608 точек :shock:.
Зачем нужны 4608 точек неужеле для вычисления 2-х производных нельзя обойтись 6*N точками.
Есть в GAMESS алгоритм с 6*N точками?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Пт июл 26, 2013 7:15 pm

Я не уверен, что этот раздел - хорошее место, чтобы задавать вопросы по GAMESS. Я отвечу тут, но надеюсь, что администраторы перенесут этот вопрос и ответ в другое место.
Посчитать гессиан за 6*N расчетов просто энергии невозмножно нигде :) , если N не является очень-очень маленьким числом (то есть система не атом и не двухатомная молекула :) )
Число нетривиальных компонент в гессиане пропорционально N в квадрате, так что линейным по N числом расчетов тут не обойдешься. Тот метод, который Вы упоминаете,
основан на вычислении 6*N аналитических градиентов энергии. 6*N - это два набора по 3*N смещений. Это позволяет оценить первую производную от вектора градиента с
использованием центральных разностей второго порядка. Поскольку первая производная от градиента - это и есть гессиан, мы и получаем требуемый результат.

Когда же градиенты недоступны, все становится довольно плохо. Матрица гессиана содержит порядка 3*N*3*N/2 нетривиальных элементов. Плюс к этому, для достаточно точной оценки второй
производной нужно использовать конечные разности довольно высоких порядков на специальных сетках. Отсюда в формуле возникает достаточно большой дополнительный множитель. Использование симметрии (если она есть) позволяет несколько его уменьшить. Но вы считаете в С1. В задаче 16 атомов, то есть 48 степеней свободы. Отсюда получаем, что GAMESS хочет использовать примерно 4 расчета для каждого нетривиального матричного элемента гессиана. Я бы сказал, что это довольно разумно.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя