Note on PC GAMESS/Firefly related questions

вопросы строения молекул и квантовой химии
Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Пт июл 26, 2013 11:38 pm

Да, и еще - я забыл сказать, но это и так очевидно, тот вариант расчета гессиана, который Вы выбрали - он полностью численный. Получисленым часто называют расчет путем конечно-разностного дифференцирования аналитических градиентов. А аналитический гессиан - это тот, который считается по аналитическим формулам и уравнениям, без всяких конечных разностей.

kbob
Сообщения: 448
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение kbob » Вс сен 22, 2013 5:07 pm

Alex Granovsky писал(а):Когда же градиенты недоступны, все становится довольно плохо. Матрица гессиана содержит порядка 3*N*3*N/2 нетривиальных элементов.
В ORCA довольно странный (судя по лог-файлу) алгоритм расчета аналитического Hessian для NEVPT2 метода. Градиент для NEVPT2 в ORCA расчитыватся численно, однако при вычислении Hessian берется аналитический градиент методом CASSCF, а затем поверх него, численно вычисляется 2-я производная методам NEVPT2.
Получается в GAMESS более правильный численный агоритм.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Сб окт 12, 2013 10:35 pm

Здравствуйте!

Не знаю, почему так сделано в Орке, возможно просто баг, но могу поделиться своими соображениями на эту тему.

Такой алгоритм может быть связан с тем, что энергия mcscf намного больше по своей величине, чем поправка теории возмущений. В этом случае кажется логичным разбить вычисления на две части - сначала как можно точнее вычислить гессиан от энергии mcscf, а потом прибавить гессиан поправки. Поскольку полуаналичитеский гессиан mcscf считается довольно быстро, большая часть времени уйдет на полностью численный расчет гессиана от поправки nevpt2. Считаться будет не сильно дольше, но кажется, что будет точнее. Лично я, правда, в это не верю :) , то есть я не стал бы организовывать расчет таким образом без каких-то более серьезных причин.

ibsh
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Сб окт 31, 2009 6:03 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение ibsh » Пн окт 28, 2013 9:45 am

Здравствуйте

У меня такой вопрос:
Ранее при использовании программы FireFly 7.1.G для
расчета зарядов по ранее оптимизированной конфигурации молекулярной системы я использовал такие команды (привожу файл input):
[cut]$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY EXETYP=RUN
COORD=CART ICHARG=0 UNITS=ANGS $END
$SYSTEM TIMLIM=1440 MEMORY=1000000 $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 $END
$STATPT NSTEP=10000 $END
$DATA
CClF3
C1
C 6.0 -0.490 -0.242 -0.000
Cl 17.0 -0.490 1.518 -0.000
F 9.0 0.792 -0.695 -0.000
F 9.0 -1.131 -0.695 1.110
F 9.0 -1.131 -0.695 -1.110
$END[/cut]
Использую тип симметрии С1, так так проще потом переносить информацию
о зарядах в пакет GROMACS.
После расчета в протоколе выдавался блок с рассчитанными зарядами на атомах, в данном случае было так:
[cut]TOTAL MULLIKEN AND LOWDIN ATOMIC POPULATIONS
ATOM MULL.POP. CHARGE LOW.POP. CHARGE
1 C 5.138880 0.861120 5.521374 0.478626
2 CL 16.822688 0.177312 16.923435 0.076565
3 F 9.346139 -0.346139 9.185062 -0.185062
4 F 9.346146 -0.346146 9.185064 -0.185064
5 F 9.346146 -0.346146 9.185064 -0.185064[/cut]
Сейчас, когда использую версию 8,0 данный блок не создается.
В конце протокола написано, что расчет завершен нормально.

Пробовал проверить синтаксис по команде EXETYP=CHECK,
но внятной помощи либо не понял, либо не получил.
Говорит, что не использую некоторые команды.

Протокол привожу (без шапки) для EXETYP=CHECK
[cut]Intel Core2/ Win32 Firefly version running under Windows NT
Running on Intel CPU: Brand ID 0, Family 6, Model 15, Stepping 11
CPU Brand String : Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q6700 @ 2.66GHz
CPU Features : CMOV, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, MWAIT, EM64T
Data cache size : L1 32 KB, L2 4096 KB, L3 0 KB
max # of cores/package : 4
max # of threads/package : 4
max cache sharing level : 2
Operating System successfully passed SSE support test.


PARALLEL VERSION (UNIFIED) RUNNING IN SERIAL MODE USING SINGLE PROCESS

EXECUTION OF FIREFLY BEGUN 10:30:08 28-OCT-2013

ECHO OF THE FIRST FEW INPUT CARDS -
INPUT CARD> $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY EXETYP=CHECK
INPUT CARD> COORD=CART ICHARG=0 UNITS=ANGS $END
INPUT CARD> $SYSTEM TIMLIM=1440 MEMORY=1000000 $END
INPUT CARD> $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 $END
INPUT CARD> $STATPT NSTEP=10000 $END
INPUT CARD> $DATA
INPUT CARD>CClF3
INPUT CARD>C1
INPUT CARD>C 6.0 -0.490 -0.242 -0.000
INPUT CARD>Cl 17.0 -0.490 1.518 -0.000
INPUT CARD>F 9.0 0.792 -0.695 -0.000
INPUT CARD>F 9.0 -1.131 -0.695 1.110
INPUT CARD>F 9.0 -1.131 -0.695 -1.110
INPUT CARD> $END
CHECK SHOWS $CONTRL GROUP SYNTAX IS OK
CHECK SHOWS $SYSTEM GROUP SYNTAX IS OK
CHECK SHOWS $MPI GROUP INPUT IS NOT PRESENT
1000000 WORDS OF MEMORY AVAILABLE
CHECK SHOWS $SMP GROUP INPUT IS NOT PRESENT

This job is executing on 1 unique host(s)
Minimum number of processes per host is: 1
Maximum number of processes per host is: 1

Creating thread pool to serve up to 128 threads.

Activating Call64 option.

Using 64-bit DGEMM by default.
CHECK SHOWS $LICENSE GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $MOORTH GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $BASIS GROUP SYNTAX IS OK

BASIS OPTIONS
-------------
GBASIS=N31 IGAUSS= 6 POLAR=POPLE
NDFUNC= 1 NFFUNC= 0 DIFFSP= F
NPFUNC= 1 DIFFS= F


RUN TITLE
---------
CClF3

THE POINT GROUP OF THE MOLECULE IS C1
THE ORDER OF THE PRINCIPAL AXIS IS 0

THE MOMENTS OF INERTIA ARE (AMU-ANGSTROM**2)
IXX= 154.554 IYY= 93.652 IZZ= 154.575

ATOM ATOMIC COORDINATES (BOHR)
CHARGE X Y Z
C 6.0 0.0000000000 -0.6493880606 0.0000000000
CL 17.0 0.0000000000 2.6765296778 0.0000000000
F 9.0 2.4226287163 -1.5054339330 0.0000000000
F 9.0 -1.2113143581 -1.5054339330 2.0975958464
F 9.0 -1.2113143581 -1.5054339330 -2.0975958464

INTERNUCLEAR DISTANCES (ANGS.)
------------------------------

C CL F F

1 C 0.0000000 1.7600000 * 1.3596812 * 1.3594815 *
2 CL 1.7600000 * 0.0000000 2.5575170 * 2.5574108 *
3 F 1.3596812 * 2.5575170 * 0.0000000 2.2203669 *
4 F 1.3594815 * 2.5574108 * 2.2203669 * 0.0000000
5 F 1.3594815 * 2.5574108 * 2.2203669 * 2.2200000 *

F

1 C 1.3594815 *
2 CL 2.5574108 *
3 F 2.2203669 *
4 F 2.2200000 *
5 F 0.0000000

* ... LESS THAN 3.000


ATOMIC BASIS SET
----------------
THE CONTRACTED PRIMITIVE FUNCTIONS HAVE BEEN UNNORMALIZED
THE CONTRACTED BASIS FUNCTIONS ARE NOW NORMALIZED TO UNITY

SHELL TYPE PRIM EXPONENT CONTRACTION COEFFICIENTS

C

1 S 1 3047.524880 0.536345 ( 0.001835)
1 S 2 457.369518 0.989452 ( 0.014037)

******************************* вырезал **********************
1 S 3 103.948685 1.597283 ( 0.068843)
1 S 4 29.210155 2.079187 ( 0.232184)
1 S 5 9.286663 1.774174 ( 0.467941)

21 D 61 0.800000 1.113825 ( 1.000000)

TOTAL NUMBER OF SHELLS = 21
TOTAL NUMBER OF BASIS FUNCTIONS = 79
NUMBER OF ELECTRONS = 50
CHARGE OF MOLECULE = 0
STATE MULTIPLICITY = 1
NUMBER OF OCCUPIED ORBITALS (ALPHA) = 25
NUMBER OF OCCUPIED ORBITALS (BETA ) = 25
TOTAL NUMBER OF ATOMS = 5
THE NUCLEAR REPULSION ENERGY IS 246.6151763644
CHECK SHOWS $MASS GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $EFIELD GROUP INPUT IS NOT PRESENT

$CONTRL OPTIONS
---------------
SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY EXETYP=CHECK
MPLEVL= 0 LOCAL =NONE UNITS =ANGS
MULT = 1 ICHARG= 0 MAXIT = 30
NPRINT= 7 IREST = 0 COORD =CART
ECP =NONE NORMF = 0 NORMP = 0
ITOL = 20 ICUT = 9 NZVAR = 0
NOSYM = 0 INTTYP=POPLE GEOM =INPUT
PLTORB= F MOLPLT= F RPAC = F
AIMPAC= 0 FRIEND= CITYP =NONE
DFTTYP=NONE

$SYSTEM OPTIONS
---------------
KDIAG = 0 MEMORY= 1000000 TIMLIM= 86400.0 SEC.
COREFL= F PTIME = F XDR = F
BALTYP=LOOP CBASE = 00401000 FBASE = 6AA51030
CHECK SHOWS $SCRF GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $PCM GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $GRID GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $PDC GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $CUBE GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $ELDENS GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $ELFLDG GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $ELMOM GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $ELPOT GROUP INPUT IS NOT PRESENT

----------------
PROPERTIES INPUT
----------------

MOMENTS FIELD POTENTIAL DENSITY
IEMOM = 1 IEFLD = 0 IEPOT = 0 IEDEN = 0
WHERE =COMASS WHERE =NUCLEI WHERE =NUCLEI WHERE =NUCLEI
OUTPUT=BOTH OUTPUT=BOTH OUTPUT=BOTH OUTPUT=BOTH
IEMINT= 0 IEFINT= 0 IEDINT= 0
MORB = 0

CHECK SHOWS $PPA GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $NUMINT GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $SCF GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $SOSCF GROUP INPUT IS NOT PRESENT
EXTRAPOLATION IN EFFECT
SOSCF IN EFFECT
CHECK SHOWS $SCFMI GROUP INPUT IS NOT PRESENT
CHECK SHOWS $INTGRL GROUP INPUT IS NOT PRESENT

----------------------
INTEGRAL INPUT OPTIONS
----------------------
NOPK = 1 NORDER= 0 SCHWRZ= T

ATTENTION! AO INTEGRALS WILL BE PACKED.
THRESHOLD FOR PACKING PKTHR = 0.10000000D-01
CHECK SHOWS $TRANS GROUP INPUT IS NOT PRESENT

-------------------------------
INTEGRAL TRANSFORMATION OPTIONS
-------------------------------
NWORD = 0 CUTTRF = 1.0E-09
MPTRAN = 0 DIRTRF = F
AOINTS =DUP IREST = 0

------------------------------------------
THE POINT GROUP IS C1 , NAXIS= 0, ORDER= 1
------------------------------------------

DIMENSIONS OF THE SYMMETRY SUBSPACES ARE
A = 79

..... DONE SETTING UP THE RUN .....

CPU TIME: STEP = 0.02 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.01 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 161.43%, TOTAL = 161.43%

********************
1 ELECTRON INTEGRALS
********************
...... END OF ONE-ELECTRON INTEGRALS ......

CPU TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 0.00%, TOTAL = 112.55%
CHECK SHOWS $GUESS GROUP INPUT IS NOT PRESENT

-------------
GUESS OPTIONS
-------------
GUESS =HUCKEL NORB = 0 NORDER= 0
MIX = F PRTMO = F SYMDEN= F
TOLZ = 0.0E+00 TOLE = 0.0E+00

INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY HUCKEL ROUTINE.
HUCKEL GUESS REQUIRES 45953 WORDS.

THIS CHECK RUN SHOWS THERE IS SUFFICIENT MEMORY FOR GUESS=HUCKEL.

SINCE THIS IS A CHECK RUN WITH BOTH GUESS=HUCKEL AND PRTMO=.FALSE.,
THE ORBITALS WILL BE MADE BY GUESS=HCORE, IN THE INTEREST OF SPEED.
IF YOU REALLY NEED TO SEE THE HUCKEL ORBITAL SYMMETRIES,
YOU MUST SET PRTMO=.TRUE. DURING A CHECK RUN.

CONDITION NUMBER OF OVERLAP MATRIX IS: 3.32853173E+00

SYMMETRIES FOR INITIAL GUESS ORBITALS FOLLOW. BOTH SET(S).
25 ORBITALS ARE OCCUPIED ( 9 CORE ORBITALS).
10=A 11=A 12=A 13=A 14=A 15=A 16=A
17=A 18=A 19=A 20=A 21=A 22=A 23=A
24=A 25=A 26=A 27=A 28=A 29=A 30=A
31=A 32=A 33=A 34=A 35=A
...... END OF INITIAL ORBITAL SELECTION ......

CPU TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.01 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 0.00%, TOTAL = 75.73%

--------------------
2 ELECTRON INTEGRALS
--------------------

THE -PK- OPTION IS OFF, THE INTEGRALS ARE NOT IN SUPERMATRIX FORM.
STORING 4998 INTEGRALS/RECORD ON DISK, USING 12 BYTES/INTEGRAL.
TWO ELECTRON INTEGRAL EVALUATION REQUIRES 36216 WORDS OF MEMORY.
...... END OF TWO-ELECTRON INTEGRALS .....

CPU TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 0.00%, TOTAL = 75.07%

-------------------
RHF SCF CALCULATION
-------------------

NUCLEAR ENERGY = 246.6151763644
MAXIT = 30 NPUNCH= 2
EXTRAP=T DAMP=F SHIFT=F RSTRCT=F DIIS=F DEM=F SOSCF=T
DENSITY CONV= 1.00E-05
SOSCF WILL OPTIMIZE 1350 ORBITAL ROTATIONS, SOGTOL= 0.250
MEMORY REQUIRED FOR RHF STEP= 57750 WORDS.
...... END OF RHF CALCULATION ......

CPU TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 0.00%, TOTAL = 74.78%


------------------------------
properties for the RHF density
------------------------------

---------------------------------------
MULLIKEN AND LOWDIN POPULATION ANALYSES
---------------------------------------
...... END OF PROPERTY EVALUATION ......

CPU TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 0.00%, TOTAL = 74.38%
......END OF NBO ANALYSIS......

CPU TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
WALL CLOCK TIME: STEP = 0.00 , TOTAL = 0.0 SECONDS ( 0.0 MIN)
CPU UTILIZATION: STEP = 0.00%, TOTAL = 73.09%

I/O STATISTICS:
DATA READ TOTAL = 0.447 MB, DATA WRITTEN TOTAL = 0.592 MB

396888 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED NORMALLY 10:30:08 28-OCT-2013[/cut]
Вопрос: прошу помочь вывести (получить) информацию о рассчитанных зарядах
на атомах

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение sanya1024 » Пн окт 28, 2013 12:22 pm

А что содержится в блоке MULLIKEN AND LOWDIN POPULATION ANALYSES?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

ibsh
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Сб окт 31, 2009 6:03 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение ibsh » Чт окт 31, 2013 6:12 pm

Заряды на атомах

Проблема решена, благодаря поддержке А.Грановского

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

PC GAMESS/Firefly -- аналитические градиенты в TDDFT

Сообщение sanya1024 » Вс мар 09, 2014 3:55 pm

Для тех кто в танке никогда не заглядывает на форум FireFly: вышла версия 8.1. Наконец-то появились долгожданные аналитические градиенты в TDDFT! Работают для всех имеющихся в FireFly функционалов, примерно раза в 2 быстрее Гамесса и сопоставимо по скорости (на 1 ноде) с Г09. Уникальная фича: градиенты для триплетов в TDDFT. Насколько мне известно, этого нет больше ни в одной программе. Градиенты работают как в обычном TDDFT, так и в TDA варианте.
http://classic.chem.msu.su/cgi-bin/ceil ... 120+00.htm
Enjoy!
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Leoshch
Сообщения: 5
Зарегистрирован: Пт окт 17, 2014 2:31 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Leoshch » Сб окт 18, 2014 11:29 pm

Уважаемый Александр Грановский!
У меня имеется возможность приобрести сопроцессор Xeon Phy для ускорения расчетов. И не знаю на сколько это целесообразно (хотя бы в перстпективе).
Поэтому у меня есть к Вам вопросы:
Могут ли программы PC GAMESS, Firefly и им подобные использовать сопроцессор Xeon Phy?
Если нет, то есть ли у Вас возможность перекомпилировать программу Firefly для того, чтобы она смогла использовать сопроцессор Xeon Phy?
Если нет, то какие перспективы решения этого вопроса?
Может Вы можите подсказать другие программы для молекулярных расчетов умеющие это делать?
Заранее спасибо.

Ferom
Сообщения: 1048
Зарегистрирован: Чт дек 16, 2010 11:43 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Ferom » Пн май 18, 2015 8:04 pm

Кто-нибудь знает, как связаться с разработчиками GAMESS? Кто из них отвечает за баги и ошибки в коде? Читал на их сайте про группу (форум) GAMESS в гугл-сообществе, но ради одного вопроса регистрироваться чёт не охота.

Nord
Сообщения: 2229
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Nord » Вт май 19, 2015 12:37 am

Вы про PC-GAMESS, который ныне Firefly или GAMESS-US, развиваемый группой Марка Гордона?

Firefly развивается Александром Грановским, про ошибки можно написать прямо тут :)
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Ferom
Сообщения: 1048
Зарегистрирован: Чт дек 16, 2010 11:43 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Ferom » Вт май 19, 2015 1:59 pm

Ошибка возникает в GAMESS-US, при расчете энергии молекулы размером более 70 атомов в полуэмпирике АМ1 с учетом внешнего эл. поля.
Ошибку я локализовал:
в процедуре DIPINT в файле int1.src необходимо строку
CALL LINEAR(X(LDIP),X(LG),L2,NUM)
заменить на строку
CALL LINEAR(X(LDIP),X(LG),NUM,NUM)
Хотелось бы как-то сообщить об этом разработчикам GAMESS-US.

Спасибо за Ваш ответ, он натолкнул меня на мысль запустить такой же расчет в FireFly. В FireFly77 данная ошибка не возникает.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9686
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Гесс » Вт май 19, 2015 3:05 pm

Firefly has a rather long history. The project was launched in 1994. Initially, it was named "the PC GAMESS" and was based on the GAMESS (US) source code of ISUQCG (versions of up to October 25, 1999), while extending its functionality in many important areas. However, since 1999, no part of the GAMESS (US) was incorporated into the PC GAMESS, as the development of the PC GAMESS (now Firefly) became completely independent of the GAMESS (US) development.
Я думаю тут надо письмо Гордону или кому то из http://www.msg.ameslab.gov/group/members.html

Ferom
Сообщения: 1048
Зарегистрирован: Чт дек 16, 2010 11:43 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Ferom » Вт май 19, 2015 5:53 pm

Дык в том-то и вопрос. Я думал, что кто-нибудь из сообщества уже общался с группой Гордона. В общем, подожду недельку и напишу кому нить из них.

Аватара пользователя
RAS
Сообщения: 143
Зарегистрирован: Ср янв 13, 2010 12:47 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение RAS » Ср окт 21, 2015 8:18 pm

Есть вопрос по Firefly v. 8.1.1.

У меня Убунта 12-я, каким MPI лучше воспользоваться на четырёхядерном I5 - MPICH2 или OpenMPI?

Надо ведь на сайте брать соответствующую версию Firefly...
Before we are quantum chemists we are scientists, happy eye-witnesses of miracles going on around us.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Alex Granovsky » Чт окт 22, 2015 7:24 pm

Я бы рекомендовал mpich2. OpenMPI слишком глючный.

Аватара пользователя
RAS
Сообщения: 143
Зарегистрирован: Ср янв 13, 2010 12:47 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение RAS » Вс окт 25, 2015 6:11 pm

Спасибо!!!!
Before we are quantum chemists we are scientists, happy eye-witnesses of miracles going on around us.

АлександрI
Сообщения: 376
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение АлександрI » Ср апр 06, 2016 1:39 am

Ну и что: прошло полгода, ответил ли что Гордон на сообщение об обнаруженном баге в Гамессе ?

Аватара пользователя
Vinianel
Сообщения: 34
Зарегистрирован: Пт ноя 25, 2011 12:32 pm

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение Vinianel » Вт мар 21, 2017 1:29 pm

У меня вопрос, скорее, философского характера, поэтому решила задать его тут, а не на официальном форуме.

Дело в том, что мне ужасно неудобно пользоваться форумом Firefly - крайне сложно там что-либо найти, и понять к каким вопросам относятся те или иные обсуждения.
Конечно, при должном усердии, ко всему можно привыкнуть, и, может, это только у меня "лыжи не едут", но хочется спросить: можно ли сделать форум более user-friendly? (как, например, этот, или у Орки?)
Вопрос ни в коем случае не в качетсве упрека: спасибо и за то, что уже есть.

Аватара пользователя
iAlex
Сообщения: 80
Зарегистрирован: Пт окт 29, 2010 10:33 am

Re: Note on PC GAMESS/Firefly related questions

Сообщение iAlex » Пт мар 24, 2017 10:54 pm

Alex Granovsky, если Вас не затруднит, расскажите, пожалуйста, подробнее о параметрах len1 и len2 и саму группы $ecpinp, как правильно подбирать данные параметры, чтобы увеличить сходимость расчета, особенно интересует это для смешанных базисов?
Вступайте в ряды Фурье!
Сходимость! Равенство!
Гильбертово пространство!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость