Сборка гауссиана: ай нид хелп!

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Darth Vasya » Пн ноя 10, 2008 11:36 pm

Дорогие коллеги, а не мог бы кто-нибудь поделиться успешным опытом сборки гауссиана 03 на em64t в виде собственно g03.make? Желательно не портлендовским компилятором - интел или хотя бы гцц, там уж дальше сам сориентируюсь. А то никак не могу разобраться со всякими командами препроцессору и прочими исправлениями исходного кода: на ia32, вроде бы, получилось, а тут - ни в какую, собирается и выдаёт сегфолты прямо с самого запуска... Заранее спасибо :very_shuffle:
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Yurii » Пн ноя 10, 2008 11:52 pm

Darth Vasya писал(а):Дорогие коллеги, а не мог бы кто-нибудь поделиться успешным опытом сборки гауссиана 03 на em64t в виде собственно g03.make? Желательно не портлендовским компилятором - интел или хотя бы гцц, там уж дальше сам сориентируюсь. А то никак не могу разобраться со всякими командами препроцессору и прочими исправлениями исходного кода: на ia32, вроде бы, получилось, а тут - ни в какую, собирается и выдаёт сегфолты прямо с самого запуска... Заранее спасибо :very_shuffle:
А какая у Вас версия?
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение EvgeniX » Вт ноя 11, 2008 12:52 am

Yurii писал(а):А какая у Вас версия?
Наверняка Rev. B.05, 32-бит.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Darth Vasya » Вт ноя 11, 2008 1:05 am

RevB.05 :D
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Yurii » Вт ноя 11, 2008 1:21 am

EvgeniX писал(а):
Yurii писал(а):А какая у Вас версия?
Наверняка Rev. B.05, 32-бит.
Что у Вас b05 - это я знал, но не понял про 32-бит
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Darth Vasya » Вт ноя 11, 2008 10:51 am

Тоже про биты не понял. Лично у меня B.05 без всяких битов, на IA32 встало, на EM64T собирается, но не работает (сегфолт в районе обработки Route section, насколько я понял, т.к. команда %mem= выводится на stdout).
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Darth Vasya » Вт ноя 11, 2008 12:29 pm

Update: проблема перешла из категории насущных прикладных в категорию представляющих собой скорее фундаментальный академический интерес :) Т.е. если кто-нибудь поделится опытом, я всё равно буду признателен - а то обидно, получается торжество машины над человеком :)
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Yurii » Вт ноя 11, 2008 1:54 pm

Darth Vasya писал(а):Тоже про биты не понял. Лично у меня B.05 без всяких битов, на IA32 встало, на EM64T собирается, но не работает (сегфолт в районе обработки Route section, насколько я понял, т.к. команда %mem= выводится на stdout).
Вы писали: "Наверняка Rev. B.05, 32-бит." - это то, что касается битов.
По поводу остального: зачем Вам B05, если в инете есть уже собранная D02?
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Darth Vasya » Вт ноя 11, 2008 3:02 pm

Это не я писал. Ну и вопрос теперь не в том, чтобы мне получить доступ к работающему гауссиану, а в том, чтобы заставить его собираться - это как в "Терминаторе": man against the machine. Спортивный, так сказать, интерес.
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение o-oxhem » Вт ноя 11, 2008 9:30 pm

Yurii писал(а):
Darth Vasya писал(а): По поводу остального: зачем Вам B05, если в инете есть уже собранная D02?
Хотелось бы уточнить: работает ли эта (D02) собранная версия ?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Yurii » Ср ноя 12, 2008 1:14 am

Darth Vasya писал(а):Ну и вопрос теперь не в том, чтобы мне получить доступ к работающему гауссиану, а в том, чтобы заставить его собираться - это как в "Терминаторе": man against the machine. Спортивный, так сказать, интерес.
Человеческий век короток - не надо на эту ерунду тратить время. Это имеет смысл делать только для случая модификации исходного кода, поэтому я и привязан к этим старым версиям g03.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Yurii » Ср ноя 12, 2008 1:15 am

o-oxhem писал(а):
Yurii писал(а):
Darth Vasya писал(а): По поводу остального: зачем Вам B05, если в инете есть уже собранная D02?
Хотелось бы уточнить: работает ли эта (D02) собранная версия ?
Работает - и не плохо.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Yu/2 » Ср ноя 12, 2008 6:00 am

Darth Vasya писал(а):Тоже про биты не понял. Лично у меня B.05 без всяких битов, на IA32 встало, на EM64T собирается, но не работает (сегфолт в районе обработки Route section, насколько я понял, т.к. команда %mem= выводится на stdout).
Может библиотеки не те что нужно прилинковались? Можно попробовать запустить его через strace ($ strace g03 inp out > log) и посмотреть, может оно заваливается на вызовах рантайма или ядра.

Upd. А оно точно именно сегфолтится?

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Darth Vasya » Ср ноя 12, 2008 8:52 am

Ну или это какая-то другая рантайм-ошибка, которая только притворяется сегфолтом :) Библиотеки вроде как все те, ушёл читать man strace...
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Yu/2 » Ср ноя 12, 2008 9:11 am

Еще такиа общая рекомендация - собрать без оптимизации и посмотреть как оно будет работать.

Если не будет работать, то тогда собрать с дебаговой информацией и под отладчиком пускать.

Если это сегфолт, то еще полезно собрать его с дебаговой инфой и запустить под valgrind вот так:

Код: Выделить всё

$ valgrind --tool=memcheck --log-file=memcheck.log --leak-resolution=high --leak-check=full --show-reachable=yes ./g03 inp
И посмотреть в лог memcheck.log, если где-то по какой-то причине портится куча - оно должно показать.

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Re: Сборка гауссиана: ай нид хелп!

Сообщение Darth Vasya » Ср ноя 12, 2008 9:21 am

Без оптимизации всё то же самое, насчёт остального попробую посмотреть...
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей