Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пт фев 14, 2014 12:22 pm

Вроде была опция (сам не пробовал) скрещивания природы с гауссианом, и использование думмиатомов через гауссиан.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Ср фев 26, 2014 7:12 pm

Господа, а как правильно цитировать Priroda ?
Laikov, D. N.; Ustynyuk, Yu. A. PRIRODA-04: a quantum-chemical program suite. New possibilities in the study of molecular systems with the application of parallel computing. Russian Chemical Bulletin, 2005, 54(3), 820-826. For the current version, see http://rad.chem.msu.ru/~laikov/
Или есть более крутые методы?

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Природа

Сообщение alxyppv » Ср фев 26, 2014 11:14 pm

Если речь идет о DFT, я обычно еще вот эту ссылку добавляю:
Laikov, D. N. Fast evaluation of density functional exchange-correlation terms using the expansion of the electron density in auxiliary basis sets. Chem. Phys. Lett. 281, 151-156 (1997).

А если L-базисы использованы, то еще вот эту
Laikov, D. N. A new class of atomic basis functions for accurate electronic structure calculations of molecules. Chem. Phys. Lett. 416, 116-120 (2005).
А.П.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Ср фев 26, 2014 11:34 pm

DFT не использовалось, статья по базисам идет отдельной ссылкой где я впервые упоминаю L1.
Спасибо.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Вт май 27, 2014 11:24 am

Zdravstvyite,
just have a convergence problem:
Grid: 114960 points
0 -2798.6760461674 0.0000000000 0.21371967 289.3
1 0.12422695 32.1
2 0.09700103 64.7
3 hmin = -0.298 0.06527505 96.8
1 -2800.9585017555 -2.2824555881 0.09377744 576.3
1 0.05466149 34.6
2 0.02929557 67.0
3 0.01513771 99.5
4 hmin = -0.112 0.01657128 132.0
2 -2802.1770910374 -1.2185892818 0.05471068 899.9
1 0.03161015 32.1
2 0.20694357 64.8
h = -25.15!


I tried to use different functionals, etc etc - nothing helps. Does anyone know how to fix this issue?
Thanks in advance!
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вт май 27, 2014 12:07 pm

Иногда помогает следующее:
-- Поставить умеренное кол-во циклов SCF, например iterations=10 в группе $scf
-- Включить запись файла векторов (save=filename в группе $control)
-- Если за заданное количество циклов градиент SCF остается слишком большим ( SCF is far from convergence) и Природа вылетает, то перезапустить ее с последними векторами (read=1 в группе $guess).

Думаю, кол-во циклов SCF стоит поставить таким, чтобы hmin не зашкаливало.
При необходимости описанную в начале процедуру повторять.

Если эта процедура будет помогать и ситуация встречаться часто, то на этот случай у меня есть средства автоматизации.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вт сен 30, 2014 9:11 pm

Господа, кто нибудь сталкивался с
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
при замене чистого функционала типа PBE на гибридный типа B3LYP или PBE1?
Задача замирает после двукратного чтения
Basis set input: './basis.in'
, то есть первые "непоявляющиеся строки" должны быть
+---------------------------------------
| Number of atoms
О желательности применения ridft я прочел (viewtopic.php?f=71&t=24024#p185535), оно будет отдельно. У меня тестовые раны, я хочу насравнивать результаты в dft.

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Природа

Сообщение alxyppv » Вт сен 30, 2014 10:52 pm

я не совсем понял, это было с ridft или без? если у Вас просто гибридные функционалы не работают в Природе, то вот в приложении входной файл который точно работал (но это было очень очень давно...). а если дело именно в ridft - то тут запросто может быть что без ridft код просто не работает...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
А.П.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вт сен 30, 2014 11:55 pm

alxyppv писал(а):я не совсем понял, это было с ridft или без? если у Вас просто гибридные функционалы не работают в Природе, то вот в приложении входной файл который точно работал (но это было очень очень давно...). а если дело именно в ridft - то тут запросто может быть что без ridft код просто не работает...
Спасибо за быстрый ответ и образец файла.
Да, ваш файл ранится без данной проблемы, но он именно ridft. При замене на dft происходит тоже самое что и с моими инпутами.

Да, все вышенаписанное касалось плясок вокруг dft c гибридными функционалами. Возможно эта комбинация в природе и врет, но вот совсем несчитаться - это какой то очень грубый метод "нерекомендовать". :mrgreen:

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Ср окт 01, 2014 5:55 am

theory=dft нельзя использовать с гибридными функционалами. На ранних версиях природы такое успешно считалось, но результаты были неправильные (типа длина С-Н 1.2 ангстрем). Это еще хуже, чем зависание.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вс ноя 30, 2014 4:11 am

господа, а от чего зависит число forward/bacward шагов при расчете гессиана?
Хотелось бы прикинуть сколько мне еще ждать.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1075
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Природа

Сообщение Shorku » Вс ноя 30, 2014 12:41 pm

Гесс писал(а):господа, а от чего зависит число forward/bacward шагов при расчете гессиана?
Хотелось бы прикинуть сколько мне еще ждать.
Не знаю, как в природе, но обычно это число атомов*3*2 (три пространственные координаты на сдвиг в плюс и в минус)

[ Post made via Android ] Изображение
Make quantum chemistry, not war

Metalian
Сообщения: 102
Зарегистрирован: Чт июл 05, 2007 4:39 pm

Re: Природа

Сообщение Metalian » Пт фев 13, 2015 7:25 pm

Объясните мне, пожалуйста, как считать IRC, чтобы можно было из седловой точки прийти в минимумы (обычно получаются некоторые точки около минимумов, и приходится дооптимизировать, в результате красивую кривую IRC построить не получается)? points стоит достаточное значение, tolerance можно пожестче сделать (1e-6), но надо бы, наверное, пересчитывать гессиан каждые n шагов или что-то еще сделать, только вот что? В input.txt нужных ключей не вижу...

И еще вопрос: кто-нибудь пробовал считать conical intersection? Если оно все же работает, то какие там особенности инпута, для каких методов работает?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Сб фев 14, 2015 9:27 am

Metalian писал(а):Объясните мне, пожалуйста, как считать IRC, чтобы можно было из седловой точки прийти в минимумы (обычно получаются некоторые точки около минимумов, и приходится дооптимизировать, в результате красивую кривую IRC построить не получается)? points стоит достаточное значение, tolerance можно пожестче сделать (1e-6), но надо бы, наверное, пересчитывать гессиан каждые n шагов или что-то еще сделать, только вот что? В input.txt нужных ключей не вижу...
Как правило, IRC приаодит к точке, близкой к минимуму. Но да, всегда нужно дооптимизировать. Теоретически (а изредка и практически) IRC может заканчиваться не минимумом, а другим переходным состоянием. Тогда - гессиан и новая IRC. Иногда IRC останавливается не на минимуме и не на ПС, а на пологой полочке, на которой градиент достаточно мал. Тогда чтобы получить плавную кривую, можно просто надергать точек из оптимизации, чтобы геометрия и энергия менялись плавно (критерий - визуальное восприятие, т.е. на глазок :) ). Или можно более строго: гессиан новая IRC. При этом бывает, что IRC сдвигается на шаг и опять останавливается. Еще раз то же самое. Бывает, раза три-четыре приходится повторять, прежде чем IRC уйдет с полочки.

Опции "пересчитывать гессиан каждые n шагов" в Природе, насколько я знаю, нет. Есть task=extremal, но это не совсем то.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Природа

Сообщение Любитель_Манниха » Пн апр 27, 2015 5:36 pm

Природа под линуксом (opensuse 13.2).
Написала в аут до момента
[cut]---------------------------------------
| Number of atoms 173
| Charge of molecule 1
| Spin multiplicity 1
| Number of alpha electrons 339
| Number of beta electrons 339
| Number of core electrons 95
| Theoretical Method DFT
| Approximation to E(xc) PBE
| Dimension of wavefunction basis 1733
| Dimension of auxiliary basis 4233
| Hamiltonian: non-relativistic
+---------------------------------------

scf options: conv=1.0e-06, 1.0e-03; iter=50,16
cut-off for S,T,V integrals: 1.0e-10 (1.0e-06)

grid: accuracy=1.0e-08,1.0e-05, cut=1.0e-10,1.0e-07[/cut]

Смотрю в топе: кушает память, кушает процессор, показатели меняются. Процессов-зомби - 0.
Это так у природы под линуксом всегда, или это глюк и оно пишет неизвестно куда?
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн апр 27, 2015 6:16 pm

Оно в районе старта не создало еще один файлтам же где запускалось? Похоже что оно подвисло, такое часто.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Природа

Сообщение Любитель_Манниха » Пн апр 27, 2015 8:26 pm

Видимо подвисло. Убил процессы - ничего не дописалось. :275:
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн апр 27, 2015 9:14 pm

Если в аутпут ничего не прописалось в момент зависания и где то в районе 1) папки инпута 2) папки аутпута 3) папки природы 4) домашней папки не прописалось новых файлов названия которых связаны с а) названием инпута/аутпута б) названием запускающего скрипта - то все очень грустно и надо перебирать все подряд ища изза чего оно умирает.

Aryl
Сообщения: 213
Зарегистрирован: Вт ноя 06, 2007 9:17 am

Re: Природа

Сообщение Aryl » Чт июн 25, 2015 4:59 pm

Здравствуйте.

Считаю в программе природа 6 под windows 7 64 и столкнулся с тем, что расчет обрывается сообщением SCF is far from convergence. Варьирование параметра conv не помогает. Единственно использую базис неприродовский. Помогите пожалуйста c причиной.

Код: Выделить всё

$system
 memory=1024
 disk=5
 path=.
$end
$control
 task=optimize theory=DFT four=0
 basis=D:\NMR\Nature\basis\6-31+G(d)
$end 
$dft
 functional=B3LYP
$end
 $grid 
acc=1e-6 $end
$scf conv=1e-5 $end
$optimize steps=300 tol=1e-5 cartesian=1 $end
$molecule
 charge=1
 mult=0 cartesian
 set=6-31+G(d) 
6	0	0	0
6	1.3932	0	0
6	2.1003	1.2099	0
6	1.3932	2.4163	0.0048
6	-0.002	2.412	0.0101
6	-0.7004	1.2063	0.0068
6	3.6077	1.1573	-0.0101
7	4.2079	2.2033	0.7894
6	5.4235	2.6097	0.4739
7	6.2822	2.024	-0.5019
6	5.6782	1.0482	-1.3997
6	4.1361	1.1147	-1.4662
6	6.2642	1.079	-2.8171
6	5.771	2.2575	-3.6261
6	4.2581	2.2814	-3.6831
6	3.6604	2.297	-2.2894
7	6.0605	3.712	1.1782
7	5.5682	4.1451	2.2574
7	5.2744	4.6564	3.2218
1	-0.5473	-0.9538	-0.0006
1	1.9389	-0.9554	0.0032
1	1.9336	3.3748	0.0078
1	-0.5504	3.3654	0.0195
1	-1.7998	1.2053	0.0116
1	3.9073	0.1683	0.4671
1	6.9032	2.6637	-0.9542
1	5.9477	0.0417	-0.9482
1	3.7701	0.167	-1.9452
1	5.9579	0.1257	-3.3239
1	7.3846	1.0892	-2.7714
1	6.1856	2.1934	-4.6662
1	6.1467	3.2142	-3.1765
1	3.89	       1.3821	-4.2434
1	3.9168	3.1902	-4.2439
1	3.9349	3.2566	-1.7763
1	2.5403	2.2679	-2.3587
$end

Код: Выделить всё

Priroda 6 (2006.08.20)
 copyright © Dimitri Laikov

 date: Thu Jun 25 16:38:23 2015

 node  0: 'Sasha_PC'

 System options:
 Memory: 1024 (1024) MB
 Disk:   5 GB '.'


 molecule input: ''
 36 atoms, 135 electrons

 Atomic Coordinates:
   6     0.00000000   0.00000000   0.00000000
   6     1.39320000   0.00000000   0.00000000
   6     2.10030000   1.20990000   0.00000000
   6     1.39320000   2.41630000   0.00480000
   6    -0.00200000   2.41200000   0.01010000
   6    -0.70040000   1.20630000   0.00680000
   6     3.60770000   1.15730000  -0.01010000
   7     4.20790000   2.20330000   0.78940000
   6     5.42350000   2.60970000   0.47390000
   7     6.28220000   2.02400000  -0.50190000
   6     5.67820000   1.04820000  -1.39970000
   6     4.13610000   1.11470000  -1.46620000
   6     6.26420000   1.07900000  -2.81710000
   6     5.77100000   2.25750000  -3.62610000
   6     4.25810000   2.28140000  -3.68310000
   6     3.66040000   2.29700000  -2.28940000
   7     6.06050000   3.71200000   1.17820000
   7     5.56820000   4.14510000   2.25740000
   7     5.27440000   4.65640000   3.22180000
   1    -0.54730000  -0.95380000  -0.00060000
   1     1.93890000  -0.95540000   0.00320000
   1     1.93360000   3.37480000   0.00780000
   1    -0.55040000   3.36540000   0.01950000
   1    -1.79980000   1.20530000   0.01160000
   1     3.90730000   0.16830000   0.46710000
   1     6.90320000   2.66370000  -0.95420000
   1     5.94770000   0.04170000  -0.94820000
   1     3.77010000   0.16700000  -1.94520000
   1     5.95790000   0.12570000  -3.32390000
   1     7.38460000   1.08920000  -2.77140000
   1     6.18560000   2.19340000  -4.66620000
   1     6.14670000   3.21420000  -3.17650000
   1     3.89000000   1.38210000  -4.24340000
   1     3.91680000   3.19020000  -4.24390000
   1     3.93490000   3.25660000  -1.77630000
   1     2.54030000   2.26790000  -2.35870000
 #
  formula: H17C14N5
  internuclear distances:
  C1    |  C2   : 1.39320  C6   : 1.39491  H1   : 1.09967
  C2    |  C1   : 1.39320  C3   : 1.40137  H2   : 1.10027
  C3    |  C2   : 1.40137  C4   : 1.39836  C7   : 1.50835
  C4    |  C3   : 1.39836  C5   : 1.39522  H3   : 1.10035
  C5    |  C4   : 1.39522  C6   : 1.39337  H4   : 1.09991
  C6    |  C1   : 1.39491  C5   : 1.39337  H5   : 1.09941
  C7    |  C3   : 1.50835  N1   : 1.44691  C10  : 1.54960  H6   : 1.13824
  N1    |  C7   : 1.44691  C8   : 1.31999
  C8    |  N1   : 1.31999  N2   : 1.42569  N3   : 1.45495
  N2    |  C8   : 1.42569  C9   : 1.45707  H7   : 0.99972
  C9    |  N2   : 1.45707  C10  : 1.54497  C11  : 1.53407  H8   : 1.13557
  C10   |  C7   : 1.54960  C9   : 1.54497  C14  : 1.51716  H9   : 1.12318
  C11   |  C9   : 1.53407  C12  : 1.51215  H10  : 1.12225  H11  : 1.12138
  C12   |  C11  : 1.51215  C13  : 1.51416  H12  : 1.12152  H13  : 1.12186
  C13   |  C12  : 1.51416  C14  : 1.51654  H14  : 1.12168  H15  : 1.12112
  C14   |  C10  : 1.51716  C13  : 1.51654  H16  : 1.12225  H17  : 1.12262
  N3    |  C8   : 1.45495  N4   : 1.26278
  N4    |  N3   : 1.26278  N5   : 1.13040
  N5    |  N4   : 1.13040
  H1    |  C1   : 1.09967
  H2    |  C2   : 1.10027
  H3    |  C4   : 1.10035
  H4    |  C5   : 1.09991
  H5    |  C6   : 1.09941
  H6    |  C7   : 1.13824
  H7    |  N2   : 0.99972
  H8    |  C9   : 1.13557
  H9    |  C10  : 1.12318
  H10   |  C11  : 1.12225
  H11   |  C11  : 1.12138
  H12   |  C12  : 1.12152
  H13   |  C12  : 1.12186
  H14   |  C13  : 1.12168
  H15   |  C13  : 1.12112
  H16   |  C14  : 1.12225
  H17   |  C14  : 1.12262
     largest =    9.59749

 atomic masses:
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    7  14.00307000
    6  12.00000000
    7  14.00307000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    6  12.00000000
    7  14.00307000
    7  14.00307000
    7  14.00307000
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500
    1   1.00782500

 Basis set input: 'D:\NMR\Nature\basis\6-31+G(d)'
    1   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    2   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    3   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    4   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    5   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    6   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    7   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    8   7  N :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
    9   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   10   7  N :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   11   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   12   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   13   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   14   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   15   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   16   6  C :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   17   7  N :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   18   7  N :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   19   7  N :  18/31  : {4,3,1}/{11,5,1}
   20   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   21   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   22   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   23   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   24   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   25   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   26   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   27   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   28   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   29   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   30   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   31   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   32   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   33   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   34   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   35   1  H :   2/4   : {2}/{4}
   36   1  H :   2/4   : {2}/{4}

 Basis set input: 'D:\NMR\Nature\basis\6-31+G(d)'
    1   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    2   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    3   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    4   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    5   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    6   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    7   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    8   7  N :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
    9   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   10   7  N :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   11   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   12   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   13   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   14   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   15   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   16   6  C :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   17   7  N :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   18   7  N :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   19   7  N :  37/39  : {6,3,3,1}/{8,3,3,1}
   20   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   21   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   22   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   23   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   24   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   25   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   26   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   27   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   28   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   29   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   30   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   31   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   32   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   33   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   34   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   35   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}
   36   1  H :   5/10  : {2,1}/{4,2}

 +---------------------------------------
 | Number of atoms                     36
 | Charge of molecule                   1
 | Spin multiplicity                    0
 | Number of alpha electrons           67
 | Number of beta  electrons           68
 | Number of core  electrons           19
 | Theoretical Method                 DFT
 | Approximation to E(xc)           B3LYP
 | Dimension of wavefunction basis    376
 | Dimension of   auxiliary  basis    788
 | Hamiltonian: non-relativistic
 +---------------------------------------

 scf options: conv=1.0e-04, 1.0e-01; iter=16,16
 cut-off for S,T,V integrals: 1.0e-10 (1.0e-06)

 grid: accuracy=1.0e-05,1.0e-03, cut=1.0e-07,1.0e-05

 Geometry optimization options:
 Coordinates: cartesian
 Tolerance on gradient       = 0.00010000
 Tolerance on displacement   = 0.01000000
 Trust radius                = 0.20000000 (max), 0.01250000 (min)
 Maximum number of steps     =        100
 Updated hessian used

 Geometry Optimization Step 0:

 Initial Guess
 time: atomic calculations              :     0.0 100.0%     0.0
 time: Orthogonalization                :     0.0 100.0%     0.0
 time: Initial Guess                    :     0.1 100.0%     0.0

 SCF Equations:
 time: One-Electron Integrals           :     0.1 100.0%     0.0
 time: Inversion of V-Matrix            :     0.1 100.0%     0.0
 time: Orthogonalization                :     0.1 100.0%     0.0

 it.       energy       energy change    gradient     time
 Grid:    33092 points
   0   -762.9007029165   0.0000000000   0.70828983      3.2
   1                                  233.69288672      1.1

 lowest eigenvalue = -1814.64!!!
   2                                  233.69035554      2.3
   1   -756.2309660231   6.6697368934   0.71047781      7.1
   1                                  233.35738814      1.2

 lowest eigenvalue = -1812.06!!!
   2                                  233.35868508      2.3
   2   -745.9812953802  10.2496706429   0.83022596     11.0
   1                                  230.30196571      1.1

 lowest eigenvalue = -1789.51!!!
   2                                  230.35069356      2.3
   3   -732.0376852746  13.9436101056   1.07189418     14.9
   1                                  219.36419348      1.1

 lowest eigenvalue = -1704.84!!!
   2                                  219.54726465      2.3
   4   -720.9315778375  11.1061074371   1.28114192     18.8
   1                                  198.90269638      1.2

 lowest eigenvalue = -1545.37!!!
   2                                  199.19758103      2.3
   5   -715.0816806613   5.8498971762   1.46900069     22.7
   1                                  172.83409926      1.1

 lowest eigenvalue = -1354.72!!!
   2                                  173.05353780      2.3
   6   -708.6245803553   6.4571003060   1.65137684     26.6
   1                                  147.48516426      1.1

 lowest eigenvalue = -1205.76!!!
   2                                  147.65298445      2.3
   7   -698.7902813419   9.8342990135   1.82688941     30.5
   1                                  127.11247254      1.1

 lowest eigenvalue = -1118.77!!!
   2                                  127.22017838      2.3
   8   -682.6000328767  16.1902484651   2.04344956     34.4
   1                                   52.05423855      1.1

 lowest eigenvalue = -1055.63!!!
   2                                   51.26287036      2.3
   9   -660.4785477121  22.1214851646   2.20310338     38.4
   1                                  122.44776956      1.1

 lowest eigenvalue = -1063.26!!!
   2                                  122.52735550      2.3
  10   -613.8093380035  46.6692097086   2.51793112     42.3
   1                                  118.47234748      1.1

 lowest eigenvalue =  -984.73!!!
   2                                  118.49611046      2.3
  11   -522.2236143403  91.5857236633   2.96469536     46.1
   1                                  113.18147469      1.1

 lowest eigenvalue =  -966.55!!!
   2                                  113.30742233      2.3
  12   -397.4893180404 124.7342962999   3.39895573     50.0
   1                                  111.60685077      1.1

 lowest eigenvalue =  -969.56!!!
   2                                  111.82386971      2.3
  13   -231.2825838352 166.2067342052   3.82236157     53.9
   1                                  112.53904300      1.1

 lowest eigenvalue = -1006.90!!!
   2                                  112.88339600      2.3
 Grid:   118136 points
  14      1.5262747452 232.8088585804   4.18771550     64.8

 lowest eigenvalue =   -21.61!!!
   1                                  278.52276772      1.1

 lowest eigenvalue = -788121.66!!!
   2                                  113.92142232      2.3

 lowest eigenvalue = -838214.51!!!
   3                                  114.89121266      3.5
  15    333.0810076749 331.5547329297   5.03959633     70.8
 no convergence!
 time: Coulomb-type Integrals           :    45.1 100.0%    44.0
 time: Grid Construction                :     7.3 100.0%     7.0
 time: Numerical Integration            :    14.2  78.7%    18.0
 time: Diagonalization                  :     1.7 100.0%     1.0
 time: Matrix Multiply                  :     3.3 100.0%     2.0
 time: Plane Rotations                  :     0.4 100.0%     0.0
 time: SCF Equations                    :    71.1 100.0%    71.0
  16 F,   31 F1

  E  =     333.08100767
  T  =     763.17039360  V  =   -2515.83963670  J  =     760.20271099
  Ex =     -80.90288596  Ec =      -4.04956452

  dipole = 399.022533 au (1014.221908 D)

 One-Electron Energies (alpha)
 occupied:
  60   -11.347968   61   -11.047217   62   -10.993446   63   -10.943773
  64   -10.878105   65   -10.783421   66   -10.311692   67   -10.007167
 virtual:
  68   -26.932136   69   -26.822778   70   -26.530074   71   -26.448803
  72   -25.860641   73   -25.626971   74   -24.592461   75   -24.478441

 One-Electron Energies (beta)
 occupied:
  61   -11.106082   62   -11.035768   63   -10.993866   64   -10.963505
  65   -10.837943   66   -10.799617   67   -10.530959   68    -9.966228
 virtual:
  69   -27.432981   70   -27.336194   71   -27.077680   72   -26.975198
  73   -26.473457   74   -26.007351   75   -24.901458   76   -24.743458

 SCF is far from convergence

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Природа

Сообщение alxyppv » Чт июн 25, 2015 5:15 pm

Во первых, сделайте
$grid
accuracy=1e-9
$end
1e-8 сойдет для грубых расчетов, совсем точных лучше 1e-10

Затем,
$scf
convergence=1e-7
procedure=bfgs
iterations=250
$end

у вас стояло очень маленкое число итераций (16). очень мало какая задача успеет сойтись за столько шагов. А у Вас диффузные функции. с ними всегда сходимость так себе...
Затем, для сложных случаев (да почти для всех) лучше работает procedure=bfgs
Сходимость convergence=1e-7 - тоже достаточно скромная (у Вас совсем мало стояло), лучше 1e-8 (но тогда и grid надо частым делать - типа 1e-9 или 1e-10)

Пока так. Насколько аккуратно у Вас сработаны "неродные" базис - сложно сказать. Если не очень хорошо - то тоже могут быть проблемы.
А.П.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Гесс и 6 гостей