Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт июн 26, 2015 6:54 am

Aryl писал(а):Считаю в программе природа 6 под windows 7 64 и столкнулся с тем, что расчет обрывается сообщением SCF is far from convergence. Варьирование параметра conv не помогает. Единственно использую базис неприродовский. Помогите пожалуйста c причиной.
1. У вас очень плохая начальная геометрия. Настолько, что даже непонятно, что это такое.
A.xyz
Плохая сходимость SCF может быть и из-за этого.
2. Для B3LYP обязательно нужно theory=ridft. Но это гораздо дольше, чем с чистым GGA-функционалом типа BLYP или PBE. Рекомендую сначала оптимизировать геометрию с theory=dft и functional=PBE.
3. Как и сказал alxyppv, сходимость SCF в базисах с диффузными функциями во всех программах хуже, а Природа с такими базисами совсем не дружит. Если край надо, то хотя бы берите в качестве начального приближения "хорошую" геометрию, уже оптимизированную в родном базисе.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт июн 26, 2015 7:11 am

alxyppv писал(а):$scf
convergence=1e-7
procedure=bfgs
iterations=250
$end
Тут в соседней теме неожиданно выяснилось, что совместное использование слов convergence и iterations вредно для самочувствия :)

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Природа

Сообщение alxyppv » Пт июн 26, 2015 7:45 am

amge писал(а):Тут в соседней теме неожиданно выяснилось, что совместное использование слов convergence и iterations вредно для самочувствия :)
Да, смешно. Но у меня это стандартный фрагмент входного файла - и они вроде дружат...
А.П.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт июн 26, 2015 10:32 am

Чудеса да и только. Ваш фрагмент и у меня работает! Но если убрать из него строку procedure=bfgs, то перестает. Т.е. эти слова все же дружат, но не всегда.

А мое самочувствие от таких "чудес" страдает :)

Aryl
Сообщения: 213
Зарегистрирован: Вт ноя 06, 2007 9:17 am

Re: Природа

Сообщение Aryl » Ср июл 01, 2015 11:10 pm

Спасибо за советы. Буду пробовать.

ftorazyne
Сообщения: 14
Зарегистрирован: Ср фев 22, 2012 2:03 am

Re: Природа

Сообщение ftorazyne » Пн июл 27, 2015 8:49 pm

Милостивые государи, нет ли у кого зеркала или сохраненной версии ссылки http://wt.knc.ru/wiki/index.php/Priroda_Documentation. Там лежала документация по ПРИРОДЕ, но домен wt.knc.ru лежит, не отвечает. А руководство надо вотпрямщас.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт июл 28, 2015 6:24 am

ftorazyne писал(а):Милостивые государи, нет ли у кого зеркала или сохраненной версии ссылки http://wt.knc.ru/wiki/index.php/Priroda_Documentation. Там лежала документация по ПРИРОДЕ, но домен wt.knc.ru лежит, не отвечает. А руководство надо вотпрямщас.
Эта документация содержится в файле input.txt

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вт мар 15, 2016 10:53 am

Вик писал(а):Здравствуйте,
Хотелось бы узнать о ограничениях на максимальное количество атомов и базисных функций в программе. Есть ли у кого-нибудь эти данные ?
В прикреплённом файле последние данные.
Работа ещё в процессе, много чего пока не оформлено в виде каких-либо рекомендаций.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Суровый
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср окт 22, 2014 8:02 pm

Re: Природа

Сообщение Суровый » Пн сен 26, 2016 3:53 pm

VTur писал(а):Пробежал глазами диссертацию Лайкова. Он придумал что-то среднее между неэмпирическими расчетами и полуэмпирическим. Часть обменных интегралов не рассчитывается (четырехцентровые), другая часть оценивается рекурентными формулами. Кулоновские и трехцентровые интегралы для удаленных ядер или зануляются или вычисляются с помощью мультипольного разложения. Из-за этого такая быстрота. За это пришлось заплатить перепараметризацией базисов - подгонять гауссовы базисы к своей программе (стандартные не идут). И не всякий функционал подойдет к таким расчетам.
Еще интересно, как будут рассчитываться молекулы с сопряжением - там же долгоиграющие эффекты.
Для работы с этой программой надо набивать руку - смотреть какие функционалы подходят и какие молекулы ей можно считать.
Есть ли диссер в интернете?
Есть ли сайт Природы?

Суровый
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср окт 22, 2014 8:02 pm

Re: Природа

Сообщение Суровый » Пн сен 26, 2016 5:40 pm

Нашел автореферат. Оказалось что прога посвящена DFT. Так что ладно, диссертация больше не нужна, и сайт тоже.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн сен 26, 2016 5:51 pm

Угу. DFT, MP2, CCSD(T), полуэмпирике...
А чего надо-ть?

Суровый
Сообщения: 100
Зарегистрирован: Ср окт 22, 2014 8:02 pm

Re: Природа

Сообщение Суровый » Пн сен 26, 2016 5:59 pm

Гесс писал(а):Угу. DFT, MP2, CCSD(T), полуэмпирике...
А чего надо-ть?
CCSD(T) тоже с ускорением расчётов или там оригинальный метод?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн сен 26, 2016 6:36 pm

Ri насколько я понимаю там не задействован. Ускорение в сравнении с гауссианом может и есть но не в десятки раз. Ri-cc2 есть в турбомоле, ri-ccsd кажется есть в орке, но в общем случае lpno выгдядит более многообещающе.

sinigin
Сообщения: 124
Зарегистрирован: Ср июл 31, 2013 9:15 am

Re: Природа

Сообщение sinigin » Ср сен 28, 2016 5:11 pm

Не подскажете, чем может быть вызвано отсутствие оптимизации?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Ср сен 28, 2016 6:53 pm

Оно сошлось за одну итерацию потому что несмогло посчитать энергию на первом шаге scf (not a number).
Вообще надо тестить но не факт что у меня дойдут руки, первая мысль при взгляде на инпут - а не играют ли роли пустые строки перед и после координат.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт сен 29, 2016 6:32 am

Все просто. У вас там, оказывается, отнюдь не С60, а какая-то соль, содержащая висмут. А в базисе 3z нет висмута. Используйте либо ECP-базис sbk, либо полноэлектронный релятивистский базис basis4.in (в последнем случае не забудьте сказать four=1 в группе $control.

sinigin
Сообщения: 124
Зарегистрирован: Ср июл 31, 2013 9:15 am

Re: Природа

Сообщение sinigin » Чт сен 29, 2016 7:16 pm

Действительно, 3z подходит для элементов до 54-го. Большое спасибо за разъяснения. Раньше считал в GAMESS-е, "ручками" прописывая в инпуте $ECP. Нужно ли в природе указывать C-ECP NONE и т.д.?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт сен 30, 2016 6:12 am

sinigin писал(а):Нужно ли в природе указывать C-ECP NONE и т.д.?
В базисе sbk.bas ECP на всех элементах, и, насколько я знаю, управлять этим нельзя. Но если хотите, чтобы ECP было только на тяжелых элементах, можно взять комбинированные базисы, например, 3z + SBK. Либо использовать полноэлектронные базисы серии L из basis4.in.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вс окт 30, 2016 8:23 pm

Опубликовали работу, где считали фуллерены размером до C420 в ПРИРОДе:
http://www.sciencedirect.com/science/ar ... 7716306865
Заодно и благодарность автору (Д.Н.Лайкову) выразили, за доработку ПРИРОДы (снятие ограничения на выделение памяти для решения SCF задачи - можно больше итераций/микроитераций использовать и снятие ограничений на размер электронной структуры при расчёте гессиана).

Интересно, насколько сейчас вообще большие системы квантовой химией считают, особенно в DFT (не периодические структуры)?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вс окт 30, 2016 10:01 pm

EvgeniX писал(а):Интересно, насколько сейчас вообще большие системы квантовой химией считают, особенно в DFT (не периодические структуры)?
тетрамер фуллерена был в статье пару лет назад (считал не я). без симметрии.
В S12L (и его расширенную версию S30L) входят системы с порядка 3 сотен атомов. Их вытягивают даблгибридами и это чтото типа верхнего края для небенчмарка/рутины на дфт (способном предсказывать вандерваальс).
Большинство следующих данных - синглпоинты.
С введением в полноценный строй DLPNO - кони и люди смешаются еще сильнее. У метода почти линейный скейлинг и Liakos уже показал что DLPNO-CCSD всего в 2.5 раза дороже B3LYP. (Я помню про скейлинг ДФТ, все претензии к Лиакосу). Сам я этого повторить не смог но система из 100+ неводородных атомов с TightPNO критериями (это критически удорожает расчет) - реальна на cc-pVTZ уровне (хотя и дороговата). Бенчмарки нао смотреть в последних статьях Низе.
MP3 (а следовательно автоматически и MP2.5, MP2.C, MP2X) тусуются ниже сотни атомов даже с применением RI. MP2 - заметно дальше. Так как в Турбомоле смогли заимплементить SOS-MP2 со скейлингом 4ой степени то бенчмарки этого метода надо ждать оттуда. Как и для СС2.
Каноническим CCSD счас можно посчитать фуллерен со скромным базисом. Бенчмарки стоит ждать от ACES-IV или NWChem особенно если последние таки выкрутят расчеты на ксеон-фаях. Насколько я понимаю эти коды будут брать параллельностью на супермашинах.
Полуэмпирика - в Empire оптимизация тысяч атомов и синглпоинты десятков тысяч атомов на одной ноде. С учетом параллельности - полмиллиона атомов на AM1, PM3, MNDO и вскорости PM6 - достижимо если очень надо.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей