Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вс окт 30, 2016 11:32 pm

Гесс, спасибо огромное за информацию! Но, как говорится, нужно поддерживать отечественного производителя, импортозамещение и т.п. =)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вс окт 30, 2016 11:53 pm

EvgeniX писал(а):Гесс, спасибо огромное за информацию! Но, как говорится, нужно поддерживать отечественного производителя, импортозамещение и т.п. =)
Эт другой вопрос. :)
Еще из оффтопа - у моего руководства когда то возникал вопрос о выборе (тестах и демонстрации) программы которой мы бы загрузили высокопараллельный кластер. Есть такие места с нодами по 40 ядер и жесткой НЕрекомендацией использовать малонод на задачу. Я включил тогда природу в список но выяснилось что больше чем на 500 (емнип) ядер она вообще параллелиться не хочет да и до этого выиграш от параллелизма был какой-то мутный.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Пн окт 31, 2016 8:32 pm

DFT - больше 8 ядер смысла нет =) Даже (C60)9 на 8 ядрах эффективнее. =) Это какой-то предел для текущей реализации. Там хоть 32 ядра используй, а выигрыш не больше 10% от 6-8.
С RI-MP2 ещё по-настоящему не игрался... оно параллелится лучше, по крайней мере, по памяти точно (в отличие от ПРИРОДной DFT) ;-))

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2015
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Вт ноя 01, 2016 6:10 am

Про DFT в Природе уточню: больше одной ноды смысла нет. На "моем" кластере есть 8-, 12- и 24-ядерные ноды. На них тестовая задачка (38 шагов оптимизации С6Н13О4) прошла за 101, 63 и 37 с соответственно. А больше одной ноды - тоже отмечал отсутствие ускорения.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Вт ноя 01, 2016 9:03 am

Ну С6H13O4 довольно небольшая система, это не слишком странно что параллельность вырождается.
Мы тестили на фенилпорфиринах.

*php*
Сообщения: 344
Зарегистрирован: Сб окт 21, 2006 1:34 am

Re: Природа

Сообщение *php* » Ср ноя 23, 2016 9:58 am

Всем привет. Вопрос чайника-синтетика, ничего не понимающего в расчетах как таковых, и использующего PRIRODA для визуализации некоторых соображений касательно механизмов реакции.
Получил тут от своего коллеги из Штатов вопрос: I was wondering if PRIRODA has the VdW correction implemented? As in DFT (PBA) the correct long-range interaction tail is absent, it appears that it would be useful to see if a VdW correction (now implemented in most DFT packages) will change the relative energies of you key transition states…. Please let me know if this is easy to do with PRIPODA.
Как бы ему ответить, внятно?

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Природа

Сообщение Любитель_Манниха » Ср ноя 23, 2016 11:00 am

Аффтар природы не собирается вводить эту поправку (выяснено из переписки).
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2015
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Ср ноя 23, 2016 11:37 am

Обычно те, кто считает Природой, используют функционал PBE, который, в отличие от B3LYP например, провирается на дисперсионных поправках не очень сильно. Кроме того, эти поправки можно учесть для конечной геометрии с помощью программы Grimme: они действительно невелики (обычно меньше килокалории). Мне еще не встречалась задача, для которой D3-коррекция качественно поменяла бы результат.

Вот чего мне реально не хватает в Природе - это учета растворителя. В итоге на задачах, где без растворителя не обойтись (ионные пары, например) приходится считать Гамессом, а это во много раз дольше даже в совсем слабом базисе.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Ср ноя 23, 2016 1:12 pm

amge писал(а):используют функционал PBE, который, в отличие от B3LYP например, провирается на дисперсионных поправках не очень сильно.
А мона на это ссылку? мне бы пригодилось. :shuffle:
amge писал(а):Кроме того, эти поправки можно учесть для конечной геометрии с помощью программы Grimme: они действительно невелики (обычно меньше килокалории).
Но это DFT, а не DFT-D геометрия, из чего может вылазить разница (см ниже)
amge писал(а):Мне еще не встречалась задача, для которой D3-коррекция качественно поменяла бы результат.
Ну вы же сами строили кривые для димера аргона :)
Для незаряженного димера фуллерена в геометрии близкой к реальному минимуму, величина дисеперсионной поправки более 13 ккал/моль на B3LYP/cc-pVTZ (для тестов можно брать cc-pVDZ, размер базиса не играет критической роли в данном случае) и не менее 7 ккал/моль в ряде других потестенных функционалов (имеется в виду разница между D3BJ корректированным и некорректированным значениями). Кроме того для большинства функционалов при неучете дисперсии кривая вообще не имеет минимума - отталкивание плавно нарастает по мере сближения частиц. (Исключения есть но они связаны либо с функционалами в которые вандерваальс впараметризовывался либо с просто старинными корявыми функционалами которые случайно дают правильное поведение).

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2015
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Ср ноя 23, 2016 2:29 pm

Гесс писал(а):А мона на это ссылку? мне бы пригодилось.
Не нашел у себя, к сожалению. Но точно, где-то я про это читал. Буду иметь в виду, если снова увижу.
Гесс писал(а):Но это DFT, а не DFT-D геометрия, из чего может вылазить разница (см ниже)
Это да. Но скорее всего, разница будет вылазить только на очень особых объектах.
Гесс писал(а):Ну вы же сами строили кривые для димера аргона :)
На димере аргона то как раз качественного отличия у PBE и PBE-D3 не было (и там, и там минимум, но с D3 более глубокий и тесный). Но согласен, тому, кто занимается DFT-расчетами всяких VDW-комплексов, без дисперсионной коррекции нельзя и Природа сгодится разве что как пре-оптимизатор. Утешает только, что объекты, подобные димеру фуллерена, не каждый день попадаются :).

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Природа

Сообщение Любитель_Манниха » Ср ноя 23, 2016 5:25 pm

amge писал(а):Вот чего мне реально не хватает в Природе - это учета растворителя. В итоге на задачах, где без растворителя не обойтись (ионные пары, например) приходится считать Гамессом, а это во много раз дольше даже в совсем слабом базисе.
На это тоже есть ответ
:arrow:

Код: Выделить всё

континуальные модели сольватации считаю мракобесием.

Сольватацию правильно учитывать явным введением молекул растворителя,
как правило, первая сольватная оболочка всё уже решает.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2015
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт ноя 24, 2016 6:32 am

Сольватная оболочка, быть может, и решает, но ее где-то нужно взять. Это не так просто. Кроме того, сольватных оболочек, отличающихся расположением молекул растворителя, может быть мильён. Скажем, исследуем PES, и одна полочка получилась выше другой. Но где гарантия, что она выше не потому, что ее сольватная оболочка не оптимальна? Обсчитывать каждый раз мильён вариантов? Так их еще нужно как-то сгенерировать. Далее, поиск TS. Кто сталкивался с этим для нежестких систем (а любая сольватная оболочка нежеска), знает, какое это мучение. Наконец, утяжеление расчета. И прежде всего не потому, что электронов больше, а из-за проблем со сведением геометрии (алгоритмы типа DLC будут работать плохо, если вообще будут, оптимизировать придется в xyz-координатах, вдобавок, минимумы широкие и мелкие).

В общем, сольватная оболочка, возможно, хороша в теории и для некоторых избранных задач, но для повседневных расчетов Природой, как мне представляется, абсолютно не годится.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Чт ноя 24, 2016 8:37 am

Гесс писал(а):
amge писал(а):используют функционал PBE, который, в отличие от B3LYP например, провирается на дисперсионных поправках не очень сильно.
А мона на это ссылку? мне бы пригодилось.
Вроде тут было показано, что PBE дает геометрии ближе к дисперсионно-корректированным функционалам, по сравнению с B3LYP. PBE рекоммендуется когда DFT-D функционалов нет. Google "The accuracy of DFT-optimized geometries of functional transition metal compounds: a validation study of catalysts for olefin metathesis and other reactions in the homogeneous phase."
Кроме того, эти поправки можно учесть для конечной геометрии с помощью программы Grimme: они действительно невелики (обычно меньше килокалории). Мне еще не встречалась задача, для которой D3-коррекция качественно поменяла бы результат.
В моих пример - реакции ассоциации и диссоциацияя молекул под 100-150 атом - поправки чудовищны, и бывают 20-30 ккал/моль. Более того, многие системы без этой поправки бы просто продиссоциировали в р-ре, например теже к-ры Граббса (Org. Lett., 2007, 9 (10), pp 1967–1970; J. Phys. Chem. A, 2009, 113 (43), pp 11833; Org. Lett., 2007, 9 (10), pp 1967–1970)
Кто смел тот и съел

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Чт ноя 24, 2016 8:43 am

По поводу сольватации - а что если сначала - оптимизировать продукты, реагенты и найти переходное состояние именно в газовой фазе, а потом, по циклу Гесса для аждого из компонентов (те фиксированных геометриф) посчитать энергию Гиббса сольватации с учетом молекул растворителя? ТЕ не искать переходной состояние с молекулами растоврителя - это конечно приближение, но модет будет работать. Как-то считают сольватацию в мол динамике - но пока что-то руки не дошли разобраться, но в целом - да, наверное использование PCM etc становится меньше.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Чт ноя 24, 2016 2:43 pm

YuraM писал(а):По поводу сольватации - а что если сначала - оптимизировать продукты, реагенты и найти переходное состояние именно в газовой фазе, а потом, по циклу Гесса для аждого из компонентов (те фиксированных геометриф) посчитать энергию Гиббса сольватации с учетом молекул растворителя?
Вообще-то так и делают, потому что это самый разумный вариант.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2015
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт ноя 24, 2016 2:49 pm

Но такой вариант, к сожалению, совершенно не годится много для чего. Например, для ионных пар, которые в вакууме неизбежно схлопнутся до ковалентных соединений.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Чт ноя 24, 2016 5:11 pm

Для цвиттер-ионов тоже не годится...

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Природа

Сообщение LVictor » Чт дек 08, 2016 12:18 pm

Добрый день. Знакомлюсь с этим комплексом. Возникли проблемы при запуске на Win10. Cygwin устанавливал, но пока происходит ошибка при его запуске. Вопрос: сталкивался ли кто-нибудь с подобной ошибкой (на фото) при запуске ПРИРОДы из командной строки (скрин долго делать), и есть ли решение этой проблемы?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Природа

Сообщение LVictor » Чт дек 08, 2016 12:20 pm

P.S. Буду также благодарен за инструкции по Cygwin
Заранее спасибо

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Природа

Сообщение Ahha » Чт дек 08, 2016 12:46 pm

LVictor писал(а):Возникли проблемы при запуске на Win10 (....) и есть ли решение этой проблемы?
Возможно, это решит проблему: https://cygwin.com/ml/cygwin/2013-12/msg00296.html

Особое внимание обратите на
"the program runs in SH.exe (and mintty.exe) but gives this message
> when run from a DOS box:
>
> Warning: '/dev/shm' does not exists or is not a directory."
Т.е., попробуйте запустить из sh.exe или mintty.exe (или что там еще есть, не помню/не знаю, сто лет цигвина не видел). Объяснение этому дано там же:
that's what I meant by writing "if you set up a matching environment." Looks like you don't just run tools from CMD, you're trying to run the tools outside of the Cygwin distro with its own Cygwin DLL. If you do that, you have to set up the environment around that DLL.
Это следует понимать так, что при запуске из cmd.exe не устанавливаются нужные переменные окружения. Если не поможет, значит, видимо, у вас что-то не так сконфигурировано в цигвине. Гуглите, это в таких случаях порой быстрее, чем ждать подмоги на форуме.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя