Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Природа

Сообщение LVictor » Чт дек 08, 2016 1:50 pm

Спасибо, посмотрю

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Пт дек 09, 2016 7:47 am

Зачем ставить весь cygwin? На сайте Лайкова есть все нужные dll'ки. Просто положите их туда же, куда и exe'шник Природы. Это даже лучше, т.к. не факт, что ваш cygwin подойдет для exe'шника, не под ним скомпилированного.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Природа

Сообщение LVictor » Пт дек 09, 2016 12:59 pm

Уважаемый amge, не подскажите какие именно файлы нужны и если можно, откуда запускать и какую команду, примерно, вводить?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Природа

Сообщение LVictor » Пт дек 09, 2016 1:13 pm

Файлы из примера, всего ли хватает для нормального запуска?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Сб дек 10, 2016 7:33 am

Попробовал позапускать у себя, но ничего не получилось. Может, потому что винда у меня старая (ХР), да еще виртуальная (под VirtualBox). Попробуйте запустить как Лайков рекомендует
p1.exe C60.qm.in C60.qm.w.1.out (на одном ядре)
mpirun.exe -np 2 p.exe C60.qm.in C60.qm.w.2.out (на нескольких ядрах)
Больше, к сожалению, ничем помочь не могу.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Природа

Сообщение Любитель_Манниха » Сб дек 10, 2016 6:06 pm

Оххх. LVictor, напишите Лайкову, ту ли Природу вы запускаете.
Просто у него на сайте много чего выложено, а потом выясняется, например, что
w64/*.exe - попытка собрать для 64-разрядного Cygwin/Windows,
вкралась ошибка с DFT/ECP.
Последний раз редактировалось Любитель_Манниха Сб дек 10, 2016 6:07 pm, всего редактировалось 1 раз.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Природа

Сообщение Любитель_Манниха » Сб дек 10, 2016 6:11 pm

LVictor писал(а):Файлы из примера, всего ли хватает для нормального запуска?
А базисы где? (инпут в студию)
Хотите считать QM - не советую.
Даже автор туманно пишет, что
Слабости этой модели уже становятся понемногу понятны,
надеюсь в будущем осилить улучшенную и расширенную параметризацию
Порфирины оно из плоскости в клубок сворачивает :mrgreen:
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Природа

Сообщение alxyppv » Вс дек 11, 2016 12:56 am

Эээ... я что-то пропустил. В обсуждении упоминается какой-то сайт Лайкова. можно ссылку?
А.П.

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 883
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Природа

Сообщение madschumacher » Чт дек 29, 2016 5:19 am

alxyppv писал(а):В обсуждении упоминается какой-то сайт Лайкова. можно ссылку?
Может этот?
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Пн янв 30, 2017 8:10 am

amge писал(а):
Пт дек 09, 2016 7:47 am
Зачем ставить весь cygwin? На сайте Лайкова есть все нужные dll'ки. Просто положите их туда же, куда и exe'шник Природы. Это даже лучше, т.к. не факт, что ваш cygwin подойдет для exe'шника, не под ним скомпилированного.
Удалось обойти эту проблему. На сайте не все необходимые DLL.. Для запуска параллельной 64-разрядной версии нужно скачать 64-разрядную CygWin, установить базовую поставку, плюс библиотеку OpenMPI, оттуда перекачать следующие модули (больше CygWin будет не нужен):
1) cygwin1.dll
2) cyggcc_s-seh-1.dll
3) cygmpi-12.dll
4) cygopen-pal-13.dll
5) cygopen-rte-12.dll
6) orterun.exe
cygwin1.dll нужно брать именно из поставки CygWin, т.к. версии остальных DLL работают только с ней.

Чтобы не запускать из-под терминала CygWin нужно на директорию выше, из которой запускается ПРИРОДА создать директорию dev, а внутри поддиректории shm и mqueue. Когда библиотеки CygWin не находят установленное окружение, они считают, что корень окружения / находится на директорию выше, чем то место, откуда происходит запуск. Если программа лежит в системных директориях, вроде C:\Program Files, то запуск нужно вести от администратора.

Сам запуск ведётся командой:

cd /d "C:\Priroda 16"
set TMPDIR="%TEMP%"
"orterun.exe" -np 2 ./p16_64_parallel.exe "C:\Work\file.in" "C:\Work\file.out"

Если ПРИРОДА установлена в "C:\Priroda 16", то должны быть ещё C:\dev\shm и C:\dev\mqueue. На сайте p16_64_parallel.exe называется exe64/p.exe

Работает и никаких ошибок не выводит. Памяти сколько угодно видит.

Для 64-битной одноядерной версии достаточно файла cygwin1.dll и никаких административных прав не нужно.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13053
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Пн май 29, 2017 9:24 pm

EvgeniX писал(а):
Вс окт 30, 2016 8:23 pm
Интересно, насколько сейчас вообще большие системы квантовой химией считают, особенно в DFT (не периодические структуры)?
Отвечаю! Пятнадцать тысяч атомов! (на суперкластерах)
bigdft.jpg
По утверждениям создателей там линейный скелинг и фишка в использовании не орбитальных или плосковолновых базисов, а Daubechies wavelets.
Картинко взято из Efficient computation of sparse matrix functions for large scale electronic structure calculations: The CheSS library, родственные утверждения идут в свежих статьях посвященных BigDFT коду - например в Accurate and efficient linear scaling DFT calculations with universal applicability.

Кстати вроде как код должен еще и уметь нормально считаться на GPU (вышеуказанные результаты однако насколько я понимаю нечитая статьи получены нормальным образом (CPU))
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

darkchemist
Сообщения: 25
Зарегистрирован: Ср ноя 19, 2014 12:40 pm

Re: Природа

Сообщение darkchemist » Пн май 29, 2017 10:26 pm

Скажите пожалуйста, есть ли возможность в природе зафиксировать несколько атомов (24) (аналог frozen в гауссиане)?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Чт июн 01, 2017 3:03 am

darkchemist писал(а):
Пн май 29, 2017 10:26 pm
Скажите пожалуйста, есть ли возможность в природе зафиксировать несколько атомов (24) (аналог frozen в гауссиане)?
Отвечаю )

Код: Выделить всё

$optimize

 steps=%d                number of optimization cycles (50 by default)

 cartesian=%d            0 - use redundant internal coordinated (defaul)
                         1 - use cartesian coordinated (last resort)

 points=%d               optimize N points during an IRC run,
                         or do N constrained geometry optimization
                         during a scan run.

 fix=%d,%d,...           a list of internal coordinated to be kept fixed
                         during geomety optimization. The format is like above
 value=%f,%f,...         the values of the fixed internal coordinates
                         (in angstroms and degrees). By default these are
                         computed from input geometry. For the scan run type
                         this is a list of all initial values followed
                         by the list of final values. Example:
                         $optimize
                          fix   =1,7,9,0,0, 1,8,10,0,0, 3,8,7,9,0, 3,10,9,7,0
                          val(1)=1.6,       1.7
                          val(5)=2.0,       2.1
                          points=5
                         $end
                         In this case 5 geometry optimizations will be done
                         with values 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2.0 for distance 7-9
                              values 1.7, 1.8, 1.9, 2.0, 2.1 for distance 8-10
                         and with angles 8-7-9 and 10-9-7 fixed at their
                         input values.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вс июн 04, 2017 4:25 pm

Обнаружили ещё одно свойство распараллеливания ПРИРОДы под Windows:
если вытащить Ethernet кабель, то считает только на 1,3-ядрах. А если обратно вставить, то на всех.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Сб дек 30, 2017 8:27 am

Кто-нибудь может объяснить, почему сумма вкладов не равняется полной энергии?

Код: Выделить всё

  E  =    -232.0211375591
  T  =     230.89636282  V  =    -944.03076786  J  =     312.67315771
  Ex =     -33.07586264  Ec =      -1.37265420

Gulnara
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 2:52 pm

Re: Природа

Сообщение Gulnara » Ср фев 14, 2018 6:43 pm

Дорогие коллеги! Помогите, пожалуйста, с расчётом интенсивности КР в программе Природа P6!
Прилагаю IN файл для CCl4:

$system memory=160 disk=2 path=./tmp $end
$control
task=hessian
basis=3z.bas
print=-internals
$end
&dft func=PBE $end
$scf conv=1e-8 proc=NR $end
$grid accur=1e-9 $end
$molecule
cartesian
17 -0.45685720 -0.40290523 0.31694323
17 2.46808600 -0.38642225 0.31698823
17 0.99216408 1.99493098 -0.52362520
17 0.99661094 1.19439185 2.28969288
6 0.99999619 0.60000467 0.60000092
$end


В таблице в OUT файле в колонках для Raman A и Raman D стоят нули.
Пробовали разные сочетания задач hessian и dipole.
Подскажите, как исправить IN файл, чтобы получить отличные от нуля интенсивности?
Заранее спасибо!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2016
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Природа

Сообщение amge » Чт фев 15, 2018 6:12 am

Если никто не ответит, попробуйте задать этот вопрос автору программы Дмитрию Лайкову (Dimitri Laikov <dimitri_laikov@mail.ru>). И если он ответит, отпишитесь здесь, пожалуйста.

YuraM
Сообщения: 459
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Природа

Сообщение YuraM » Чт фев 15, 2018 8:01 am

I asked the same question a while ago, first you need to calculate polarizability

viewtopic.php?f=71&t=116231&p=891834&hi ... an#p891834
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Пн фев 19, 2018 3:25 pm

Очень интересно увидеть работы по расчёту КР-спектров в ПРИРОДе.
Последний раз редактировалось EvgeniX Пн фев 19, 2018 7:43 pm, всего редактировалось 1 раз.

Gulnara
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 2:52 pm

Re: Природа

Сообщение Gulnara » Пн фев 19, 2018 3:29 pm

EvgeniX писал(а):
Пн фев 19, 2018 3:25 pm
.
Спасибо большое! Мы написали Д.Н. Лайкову, и он нам подробно ответил.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя