Природа
Re: Природа
Спасибо, посмотрю
Re: Природа
Зачем ставить весь cygwin? На сайте Лайкова есть все нужные dll'ки. Просто положите их туда же, куда и exe'шник Природы. Это даже лучше, т.к. не факт, что ваш cygwin подойдет для exe'шника, не под ним скомпилированного.
Re: Природа
Уважаемый amge, не подскажите какие именно файлы нужны и если можно, откуда запускать и какую команду, примерно, вводить?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Природа
Файлы из примера, всего ли хватает для нормального запуска?
Re: Природа
Попробовал позапускать у себя, но ничего не получилось. Может, потому что винда у меня старая (ХР), да еще виртуальная (под VirtualBox). Попробуйте запустить как Лайков рекомендует
p1.exe C60.qm.in C60.qm.w.1.out (на одном ядре)
mpirun.exe -np 2 p.exe C60.qm.in C60.qm.w.2.out (на нескольких ядрах)
Больше, к сожалению, ничем помочь не могу.
p1.exe C60.qm.in C60.qm.w.1.out (на одном ядре)
mpirun.exe -np 2 p.exe C60.qm.in C60.qm.w.2.out (на нескольких ядрах)
Больше, к сожалению, ничем помочь не могу.
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Re: Природа
Оххх. LVictor, напишите Лайкову, ту ли Природу вы запускаете.
Просто у него на сайте много чего выложено, а потом выясняется, например, что
Просто у него на сайте много чего выложено, а потом выясняется, например, что
w64/*.exe - попытка собрать для 64-разрядного Cygwin/Windows,
вкралась ошибка с DFT/ECP.
Последний раз редактировалось Любитель_Манниха Сб дек 10, 2016 6:07 pm, всего редактировалось 1 раз.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Re: Природа
А базисы где? (инпут в студию)LVictor писал(а):Файлы из примера, всего ли хватает для нормального запуска?
Хотите считать QM - не советую.
Даже автор туманно пишет, что
Порфирины оно из плоскости в клубок сворачиваетСлабости этой модели уже становятся понемногу понятны,
надеюсь в будущем осилить улучшенную и расширенную параметризацию
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
Re: Природа
Эээ... я что-то пропустил. В обсуждении упоминается какой-то сайт Лайкова. можно ссылку?
А.П.
- madschumacher
- Сообщения: 883
- Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm
Re: Природа
Может этот?alxyppv писал(а):В обсуждении упоминается какой-то сайт Лайкова. можно ссылку?
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!
Re: Природа
Удалось обойти эту проблему. На сайте не все необходимые DLL.. Для запуска параллельной 64-разрядной версии нужно скачать 64-разрядную CygWin, установить базовую поставку, плюс библиотеку OpenMPI, оттуда перекачать следующие модули (больше CygWin будет не нужен):
1) cygwin1.dll
2) cyggcc_s-seh-1.dll
3) cygmpi-12.dll
4) cygopen-pal-13.dll
5) cygopen-rte-12.dll
6) orterun.exe
cygwin1.dll нужно брать именно из поставки CygWin, т.к. версии остальных DLL работают только с ней.
Чтобы не запускать из-под терминала CygWin нужно на директорию выше, из которой запускается ПРИРОДА создать директорию dev, а внутри поддиректории shm и mqueue. Когда библиотеки CygWin не находят установленное окружение, они считают, что корень окружения / находится на директорию выше, чем то место, откуда происходит запуск. Если программа лежит в системных директориях, вроде C:\Program Files, то запуск нужно вести от администратора.
Сам запуск ведётся командой:
cd /d "C:\Priroda 16"
set TMPDIR="%TEMP%"
"orterun.exe" -np 2 ./p16_64_parallel.exe "C:\Work\file.in" "C:\Work\file.out"
Если ПРИРОДА установлена в "C:\Priroda 16", то должны быть ещё C:\dev\shm и C:\dev\mqueue. На сайте p16_64_parallel.exe называется exe64/p.exe
Работает и никаких ошибок не выводит. Памяти сколько угодно видит.
Для 64-битной одноядерной версии достаточно файла cygwin1.dll и никаких административных прав не нужно.
Re: Природа
Отвечаю! Пятнадцать тысяч атомов! (на суперкластерах) По утверждениям создателей там линейный скелинг и фишка в использовании не орбитальных или плосковолновых базисов, а Daubechies wavelets.
Картинко взято из Efficient computation of sparse matrix functions for large scale electronic structure calculations: The CheSS library, родственные утверждения идут в свежих статьях посвященных BigDFT коду - например в Accurate and efficient linear scaling DFT calculations with universal applicability.
Кстати вроде как код должен еще и уметь нормально считаться на GPU (вышеуказанные результаты однако насколько я понимаю нечитая статьи получены нормальным образом (CPU))
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
-
- Сообщения: 25
- Зарегистрирован: Ср ноя 19, 2014 12:40 pm
Re: Природа
Скажите пожалуйста, есть ли возможность в природе зафиксировать несколько атомов (24) (аналог frozen в гауссиане)?
Re: Природа
Отвечаю )darkchemist писал(а): ↑Пн май 29, 2017 10:26 pmСкажите пожалуйста, есть ли возможность в природе зафиксировать несколько атомов (24) (аналог frozen в гауссиане)?
Код: Выделить всё
$optimize
steps=%d number of optimization cycles (50 by default)
cartesian=%d 0 - use redundant internal coordinated (defaul)
1 - use cartesian coordinated (last resort)
points=%d optimize N points during an IRC run,
or do N constrained geometry optimization
during a scan run.
fix=%d,%d,... a list of internal coordinated to be kept fixed
during geomety optimization. The format is like above
value=%f,%f,... the values of the fixed internal coordinates
(in angstroms and degrees). By default these are
computed from input geometry. For the scan run type
this is a list of all initial values followed
by the list of final values. Example:
$optimize
fix =1,7,9,0,0, 1,8,10,0,0, 3,8,7,9,0, 3,10,9,7,0
val(1)=1.6, 1.7
val(5)=2.0, 2.1
points=5
$end
In this case 5 geometry optimizations will be done
with values 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2.0 for distance 7-9
values 1.7, 1.8, 1.9, 2.0, 2.1 for distance 8-10
and with angles 8-7-9 and 10-9-7 fixed at their
input values.
Re: Природа
Обнаружили ещё одно свойство распараллеливания ПРИРОДы под Windows:
если вытащить Ethernet кабель, то считает только на 1,3-ядрах. А если обратно вставить, то на всех.
если вытащить Ethernet кабель, то считает только на 1,3-ядрах. А если обратно вставить, то на всех.
Re: Природа
Кто-нибудь может объяснить, почему сумма вкладов не равняется полной энергии?
Код: Выделить всё
E = -232.0211375591
T = 230.89636282 V = -944.03076786 J = 312.67315771
Ex = -33.07586264 Ec = -1.37265420
Re: Природа
Дорогие коллеги! Помогите, пожалуйста, с расчётом интенсивности КР в программе Природа P6!
Прилагаю IN файл для CCl4:
$system memory=160 disk=2 path=./tmp $end
$control
task=hessian
basis=3z.bas
print=-internals
$end
&dft func=PBE $end
$scf conv=1e-8 proc=NR $end
$grid accur=1e-9 $end
$molecule
cartesian
17 -0.45685720 -0.40290523 0.31694323
17 2.46808600 -0.38642225 0.31698823
17 0.99216408 1.99493098 -0.52362520
17 0.99661094 1.19439185 2.28969288
6 0.99999619 0.60000467 0.60000092
$end
В таблице в OUT файле в колонках для Raman A и Raman D стоят нули.
Пробовали разные сочетания задач hessian и dipole.
Подскажите, как исправить IN файл, чтобы получить отличные от нуля интенсивности?
Заранее спасибо!
Прилагаю IN файл для CCl4:
$system memory=160 disk=2 path=./tmp $end
$control
task=hessian
basis=3z.bas
print=-internals
$end
&dft func=PBE $end
$scf conv=1e-8 proc=NR $end
$grid accur=1e-9 $end
$molecule
cartesian
17 -0.45685720 -0.40290523 0.31694323
17 2.46808600 -0.38642225 0.31698823
17 0.99216408 1.99493098 -0.52362520
17 0.99661094 1.19439185 2.28969288
6 0.99999619 0.60000467 0.60000092
$end
В таблице в OUT файле в колонках для Raman A и Raman D стоят нули.
Пробовали разные сочетания задач hessian и dipole.
Подскажите, как исправить IN файл, чтобы получить отличные от нуля интенсивности?
Заранее спасибо!
Re: Природа
Если никто не ответит, попробуйте задать этот вопрос автору программы Дмитрию Лайкову (Dimitri Laikov <dimitri_laikov@mail.ru>). И если он ответит, отпишитесь здесь, пожалуйста.
Re: Природа
I asked the same question a while ago, first you need to calculate polarizability
viewtopic.php?f=71&t=116231&p=891834&hi ... an#p891834
viewtopic.php?f=71&t=116231&p=891834&hi ... an#p891834
Кто смел тот и съел
Re: Природа
Очень интересно увидеть работы по расчёту КР-спектров в ПРИРОДе.
Последний раз редактировалось EvgeniX Пн фев 19, 2018 7:43 pm, всего редактировалось 1 раз.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 39 гостей