Природа

[VTur]

6-311++G(d,p) - плохой базис??? Он возможно артефактит на конкретной задаче. А возможно MP2. А возможно не артефактит.

Да, это "плохой" базис. А MP2 -- очень удачное приближение. Это "хороший" метод.

У меня перед носом конкретный случай когда МП2 врет как бешеное (по сравнению с CCSD(T), в геометриях, частотах, энергиях),

С МР2 чем меньше базис, тем значительно хуже, чем с DFT. МР2 любит большие базисы - точнее поправки.

[Tasha]

Еще один интересный вопрос, теперь из области спиновых состояний ионов РЗЭ. Не один раз сталкивалась с такой ситуацией, что комплексы европия по расчетам имеют минимум для высокоспинового состояния что-то вроде мультиплетности 7, а в эксперименте (например в ЯМР) все говорит о низкоспиновом состоянии. Как этот вопрос решают? Или обходят стыдливым молчанием?

[sanya1024]

MP2 действительно, бывает, врет чудовищно. Классический пример: в MP2 плоский нафталин -- это седло. Там мнимая частота соответствует складыванию "книжкой". А в MP4 в том же 6-31G* базисе все становится на места.

[sanya1024]

Еще один интересный вопрос, теперь из области спиновых состояний ионов РЗЭ. Не один раз сталкивалась с такой ситуацией, что комплексы европия по расчетам имеют минимум для высокоспинового состояния что-то вроде мультиплетности 7, а в эксперименте (например в ЯМР) все говорит о низкоспиновом состоянии. Как этот вопрос решают? Или обходят стыдливым молчанием?

А можно пример? Хотелось бы понять, что при этом имеют в виду.
4f электроны настолько глубоко упрятаны от влияния лигандов, что ничего низкоспинового там быть не может, никакой силы лигандов не хватит. Зато может быть LMCT (Ligand to Metal Charge Transfer), т.е. восстановление Eu(III) до Eu(II). Правда, тоже высокоспинового.

Кстати, какое отношение этот вопрос имеет к Природе? может, вынести в отдельную тему?

[Tasha]

Спасибо, что откликнулись. У меня такое получалось в Природе, вот и написала на всякий случай в раздел программы, т.к. м.б. это ее особенность. Для выяснения пыталась найти химиков из Казани, которые для расчета своих систем (весьма близких к моим) также получили высокоспиновые комплексы. Рассуждения о несчастном европии выделила в отдельную тему .

[liliya2014]

Добрый вечер, подскажите,пожалуйста, где можно скачать программу Priroda очень нужно! если есть адрес эл. почты Лайкова поделитесь. Спасибо

[Гесс]

Когда вы вбиваете в гугл "Лайков Природа", то первая ссылка (на нее даже идти ненадо, хотя и полезно) содержит dimitri_laikov(at)mail.ru
Где эт разумеется "собачка".

[liliya2014]

Спасибо, большое!надеюсь ответит)

[Гесс]

В природе был посчитан гессиан на каплкалстере, с cc-pvDz базисом. Задача целиком влезла в данные ей 60 гигов оперативы (дал сколько мог, наерняка можно было гораздо меньше) без всякого привлечения диска.
При попытке пересчитать с cc-pvTz базисом получаю
0: out of disk space (ci.Rnvvo), 553912160
либо
0: out of disk space (VNNNN), 542865328
Не, я понимаю что на диск таки писать придется, но больше 500 гигов??? Это серьезно??? (про слабую осмысленность задач больше 100 гигов я читал).
При запуске задачи в темпорари папке создается очень много файлов, однако все пустые кроме 16 (16 процов), на которые идет запись. Это нормально? Переход к следующему FORWARD уже был.

[EvgeniX]

Файлы заполняются по мере требования, каждый временный файл создаётся на планируемые 1 ГБ и на каждое ядро.

[Гесс]

Объём временной папки остаетс неизменным с начала первого FORWARDа - 18 гигов, хотя счас идет уже 7ой шаг (плановое 24 "вперед" и 24 "назад"). Файлы "пишутся". Ну посмотрим сколько ему понадобится...

[Tasha]

во входном файле в разделе $control надо поставить путь для tmp-файлов. делаете так: disk=1 path=./

[Гесс]

Да оно то поставлено, причем не 1 гиг а 40, это максимум "быстрого диска" который я могу дать игнорируя предупреждение о "For all methods the performance will be degraded terribly if more than one process read and write large files on the same physical drive!". Не найду я природе 16 независимых физических дисков. Поэтому временные файлы будут жить либо на "быстром и маленьком" либо на "медленном и большом". Задача пока ранится и за 18 гигов временных файлов не вылазит. Дай то бог. Ему еще неделю мучаться.

[EvgeniX]

Объём временной папки остаетс неизменным с начала первого FORWARDа - 18 гигов, хотя счас идет уже 7ой шаг (плановое 24 "вперед" и 24 "назад"). Файлы "пишутся". Ну посмотрим сколько ему понадобится...

Когда гессиан численный, затраты на диск и оперативку равняются тем же затратам на оптимизацию (одиночный расчёт энергии).

[Гесс]

Товарищи, возник еще вопрос.
Был сделан поиск переходного состояний.
Для найденной геометрии посчитан гессиан. Одна мнимая частота.
Запущено IRC, которое для первой точки сделало 7 шагов оптимизации и сказало:

Vicinity of a Stationary Point(?) --- STOP.
IRC> point 1: distance = 0.15692098 E =

Далее идет REACTION PATH: состоящий из одной, нулевой точки.
Имею ли я дело с артефактом?
Расчет был до этого сделан на более дешевом методе, при этом IRC из переходного состояния нормально раходились в обе стороны, однако ППЭ получалась очень плоская - барьер в интересовавшую меня сторону около 0,35 ккал

[Droog_Andrey]

Ну раз всё так плоско, то в другом методе найденная точка может оказаться хз где.

[Гесс]

Этото понятно, вопрос в том что обозначает Vicinity of a Stationary Point если IRC начат с точки с посчитанным гессианом и одной воображаемой модой.

[amge]

Насколько я понимаю, Vicinity of a Stationary Point на первом шаге IRC означает, что энергия на этом шаге не понизилась. Такое бывает, если вершина профиля очень плоская, и тогда помогает увеличить шаг, чтобы, проскочив плоский участок, попасть на склон. Тот же симптом бывает и в противоположной ситуации, когда барьер очень узкий (например, перемещение протона). Тогда шаг, подходящий для перемещения тяжелых атомов, загонит протон слишком далеко, и энергия повысится. В этой ситуации нужно, понятно, уменьшать шаг.

[Tasha]

Довольно ламмерский вопрос, но к сожалению найти на него ответ самостоятельно не удалось, требуется помощь коллективного разума.
Как просканировать ППЭ для вращения одного кольца относительно другого для 1,2,3,4,5-пентаметилферроцена?

[amge]

Можно просто сканировать диэдральный угол Me-C---C-H
$optimize fix=3,6,1,11,16 value=0,68 points=18 $end
где 6,1,11,16 - номера атомов Me-C---C-H (C---C - любые два ближайшие атомы углерода из разных колец).
Но такое сканирование не даст симметричный профиль.

Лучше найти TS вращения и спуститься с него по IRC.