Природа

[EvgeniX]

Совершенно бессмысленное сравнение. Нужно сравнивать модели, которые рассматриваются как кандидаты на приобретение.

Я не думаю, что вопрос был про офисные компьютеры.

[Droog_Andrey]

Где вы тут увидели ярлыки и упоминание офисных компьютеров? Да ещё "дальше". Следите за тем, что говорите, плиз.

[Metalian]

8-ядерные Phenom'ы, 32 гиг рама и SSD в офисные машины, как правило, не ставят. Хотя по сравнению с рабочей машиной на Xeon'е (или двух) с SAS-винтами и т.д. мои расчетные будут офисными. Извините, но на большее денег нет...

Кстати, еще на счет conventional SCF: в Firefly бывает (для моих систем), что conventional SCF вылетает там, где direct работает нормально. В Природе тоже такое бывает?

[uchebnik fiziki]

Если задача "выливается" из памяти на диск, то имхо использование Природы перестает быть оправданным - но это мое имхо. Автор считает, что к производительности диска очень требовательна. Зато к памяти не прожорлива, среднего размера органика в 8 гигов влезает легко, и параллелизация объем требуемой памяти почти не увеличивает

А не судьба в таком случае использовать 32 или 64 гига RAM и создать виртуальный диск в оперативной памяти? Летать же всё будет. Или она требовательна ещё и к месту на диске?

[janai]

добрый день. кто нибудь может помочь как делать расчеты с программой природа. прошу писать в личку.

[Любитель_Манниха]

Приветствую, уважаемые коллеги!
Хотел оптимизировать геометрию порфирина со ртутью - на первом же шаге Природа вылетает, заявляя, что "process 0 recieved signal 11".
Немного погуглил, вроде как это значит, что процесс полез не в свою память Попробовал заменить ртуть на осмий - то же самое, а вот с рутением - работает.
Запускал в винде, базис 3z.bas
Кстати, как запустить с базисом basis4.bas - при попытке сделать это, пишет в OUT следующее:

Basis set input: 'basis4.bas'

1?

[amge]

Кстати, как запустить с базисом basis.bas

Вам нужен базис с релятивистскими поправками, он называется basis4.in (если только не переименовали). При его использовании не забывать four=1 в группе $control. Базис 3z.bas, по идее, тоже должен работать, но в нем нет релятивистских поправок. Покажите инпут, попробую запустить у себя.

[Любитель_Манниха]

не забывать four=1 в группе $control

Проблема была в этом, спасибо!
В названии файла в предыдущем посте опечатался.

[perezzloy]

Скиньте кто-нибудь "Природу", а то с офф. сайта удалена, а автор молчит(((

[Любитель_Манниха]

Природа хочет для расчёта 1.3 Гб памяти.
При разрешении пользоваться таким объмом в инпуте заявляет, что не может его allocate.
Всего памяти 4 гига, из них занято системой и прочим хозяйством 1.5. Винда 7, 64-бит.
1024 Мб, например - сводобно аллокейтит

[alxyppv]

Это проблема не природы самой по себе, а cygwin, через который она под виндой работает. Это он не может больше выделить. Под линуксом таких проблем нет...

[Любитель_Манниха]

Понятно, спасибо!

[sweetheart]

Здравствуйте уважаемые знатоки ПРИРОДы!
Извините за глупый вопрос,у меня следующая проблема: хочу посчитать в Природе переходное состояние комплекса. Смоделировала его в Chemcraft получились координаты вот в таком виде
6 -3.599214066 5.000568089 -2.755778119
6 -4.168131609 3.919707763 -2.081629468
6 -4.164665127 3.926580579 -0.686768292
1 -4.604427642 3.091201735 -0.142093612
6 -3.599773111 5.000862603 0.009153937
6 -3.030524120 6.081537116 -2.081626005
1 -3.600047611 5.000993715 1.099499499
1 -2.599259289 6.899950002 -2.654370101
6 -3.034467459 6.074924358 -0.686758890
1 -2.594373382 6.910127430 -0.142076544
1 -4.598670552 3.100917531 -2.654378862
7 -3.598680807 5.000298391 -4.241700511
8 -4.110363850 4.029536677 -4.812718364
8 -3.086398294 5.970747264 -4.812706443
а в файле инфа о Природе они представлены вот так
1
7 1 1.026
1 2 1.026 1 105.116
8 2 1.464 3 102.846 1 107.322
1 4 0.972 2 101.187 1 -125.643
Так вот вопрос у меня такой: как получить координаты как во втором случае, потому что с такими как в первом программа не считает?

[sanya1024]

Как это не считает? нормальные декартовы координаты в формате Природы. Покажите инпут файл.
Второй вариант -- это z-матрица. Мороки с ними много, а смысла их использовать -- не очень.

Да, просьба к модераторам: лучше перенести эти сообщения в тему про Природу.

[sanya1024]

Ответила тут viewtopic.php?f=71&t=100328&p=741133#p741133 нечаянно

[amge]

Действительно, нормально считает. И даже то, начальное приближение крайне неудачное, не мешает (правильное начальное приближение - нитробензол с нитрогруппой, перпендикулярной бензольному кольцу). Инпут-файл прилагаю. Обратите внимание, сначала нужно посчитать гессиан и вставить его в инпут.

[asp]

Просветите, что означают в выдаче природы следующее
One-Electron Energies (alpha)
occupied:
1 -18.798107 2 -0.912118 3 -0.402635 4 -0.339656
5 -0.262965
virtual:
6 0.065161 7 0.645940 8 0.792183 9 0.818306
10 1.033836 11 1.153356 12 1.202627 13 1.648191

One-Electron Energies (beta)
occupied:
1 -18.775005 2 -0.855401 3 -0.379235 4 -0.239290
virtual:
5 -0.207968 6 0.077357 7 0.652559 8 0.819880
9 0.830750 10 1.055276 11 1.219243 12 1.244771

а именно альфа и бета (про занятые и виртуальные орбитали я уже спрашивал ранее)?
Чем отличаются эти альфа и бета орбитали?
Считал радикал OH
charge=0
mult=2
или где про это почитать?

[VTur]

В этой модели нет спаренных электронов. Все электроны расспарены, делятся на альфа и бета, описываются разными орбиталями и все орбитали имеют разные энергии.

[sanya1024]

Альфа и бета -- орбитали со спином альфа и, соответственно, бета. Это неограниченный метод -- в данном случае -- Кона-Шема, раз речь о Природе. Или метод разных орбиталей для разных спинов. Почитать про разновидности метода Хартри-Фока (в данном контексте метод Кона-Шема отличается от ХФ только видом функционала) можно в любом учебнике начального уровня по квантовой химии.

[asp]

Ясно, спасибо.
Другой вопрос.
Какую энергию необходимо брать при расчете заселенности конформеров E или E0?
В одной докторской видел Е0, а где-то здесь на форуме говорили про "E и не трогайте E0", только это было при расчете термодинамических свойств.