Bond order in GAMESS

[Osmiy]

Можно мне узнать как расчитывается параметр Bond order в GAMESSe?

[VTur]

Через матрицу плотности. Это Малликенов формализм. Есть ли у Вас какой-либо учебник по квантовой химии. Тогда укажу страницу, где читать.

[Osmiy]

У меня есть вот такие учебники:

burshtein_k_ja___shorygin_p_p__kvantovohimicheskie_raschety_.doc
flarri_r__kvantovaja_himija.djvu
glimm_dzh___dzhaffe_a__matematicheskie_metody_kvantovoi_fizi.djvu
Gribov V.D. Kvantovaja himija.. Uchebnik dlja studentov himicheskih i biologicheskih special#nost.djv
hedvig.djvu
I.E. Irodov Quantum physics. Organic laws.djvu
IrodovIE_QP.pdf
jensen.djvu
kruglyak-gordadze_ru.djvu
sinanoglu_1.djvu
sinanoglu_2.djvu
Бейдер.pdf
Маррел, Кеттл, Теддер. Химическая связь.djvu
Маррел-Химическая связь.djvu
Минкин,Симкин-Теория строения молекул.djvu
Салем-Электроны в химических реакциях.djvu
Степанов Н.Ф. - Квантовая механика и квантовая химия (2001)(ru).djvu
Степанов. Квантовая механника и квантовая химия.djvu
Татаевский. Классическая теория строения молекул и квантова.djvu
Фейнман-квантовая электродинамика.djv
Фларри. Квантовая химия.djvu
Фок-Начала Квантовой Механики.djv
Фудзинага-ММО.djvu
Шифф-квантовая механика.djvu


Может кто-нибудь знает в каком модуле и какая процедура в исходниках ГАМЕССа расчитывает это? Я пока через поиск ключевых слов не нашел. Расчет наверное не сложный- просто заодно с другими параметрами MULLIKEN AND LOWDIN POPULATION ANALYSES разберусь через код, когда это потребуется.

[Hitman]

viewtopic.php?f=11&t=25348

[alxyppv]

viewtopic.php?f=11&t=25348

Почему-то мне кажется что с такими вопросами как раз лезть на сайт PC GAMESS не стоит - это действително просто посмотреть в любом учебнике по строению молекул, тема "Малликеновские заряды и порядки связи".

[Reizen]

В Минкине-Симкине-Миняеве, например - глава 7, раздел 7.4.

[Osmiy]

В Минкине-Симкине-Миняеве, например - глава 7, раздел 7.4.

Здесь хорошо описаны заселености по Малликену, но мне сейчас нужно именно порядок связи. А там этого нет, и в других книгах в упор не вижу (может он скрывается под другим названием).
Не могли бы Вы меня носом ткнуть в формулу

[VTur]

Во всех учебниках говорится примерно одно и то же. Чуть подробнее в И. Майер "Избранные главы квантовой химии" гл. 7.
Мысли вслух.
В квантовой механике в молекулах нет ни атомов, ни химических связей, ни, тем более, порядков связей. Это термины классической теории строения молекул. Раз нет четкого определения термина, то и невозможно предложить схему его расчёта. Отсюда целая куча процедур по определению порядка связи - Малликен-Лёвдин, Татевский, Бейдер, Чиословский, Майер (правильное написание не знаю), что-то там с методом Морокумы и т.д., а в NBO порядков связей вообще нет - там связей нет. Раз нет чёткого определения связи, то нельзя указать правильную схему. И какой пользоваться непонятно.
Из тех, что знаю. Физически грамотно построены - у Татевского, Бейдера и Чиословского. Но у Татевского схема не реализована (и как её реализовать непонятно), у Бейдера в схеме есть подстраиваемые параметры, что не есть хорошо, а у Чиословского получаются только ковалентные порядки связей, а не сам порядок связи.
Наиболее неудачная схема - по Малликену. Физического смысла в ней нет. А если будете её пользоваться, то каждый раз используйте один и тот же набор метод/базис и одни и те же условия сходимости. Иначе, сравнивать их будет нельзя и это будет, ну совсем уже бесполезный набор цифр.

[VTur]

Что бы показать предсказательную силу метода приведу маленький пример. Нитрометан, PC GAMESS

TOTAL MULLIKEN AND LOWDIN ATOMIC POPULATIONS
ATOM MULL.POP. CHARGE LOW.POP. CHARGE
1 C 6.750003 -0.750003 5.598791 0.401209
2 H 0.653076 0.346924 1.122773 -0.122773
3 H 0.695642 0.304358 1.143107 -0.143107
4 H 0.653082 0.346918 1.122768 -0.122768
5 N 6.288751 0.711249 7.426254 -0.426254
6 O 8.479725 -0.479725 7.793155 0.206845
7 O 8.479721 -0.479721 7.793152 0.206848

Обратите внимание на заряды на атомах. Они, как и порядки связей, получаются из коэффициентов перед орбиталями.
Точность расчета
$CONTRL UNITS=ANGS COORD=ZMT NZVAR=15 RUNTYP=OPTIMIZE SCFTYP=RHF ICUT=11 d5=.t. DFTTYP=B3LYP ICHARG=0 MULT=1 MAXIT=100 INTTYP=HONDO ITOL=30 $END
$SCF NCONV = 6 DIIS=.T. SOSCF=.F. dirscf=.t. $END
$STATPT OPTTOL=1.0d-5 HSSEND=.t. NSTEP=100 PURIFY =.T. $END
Базис ! aug-cc-pVQZ

Очень заинтересовала одна книжка из Вашего списка Бейдер.pdf. Где её можно взять?

[Osmiy]

Вообще мне порядок связи нужен, чтобы в своем визуализаторе структуры молекулы показывать не только ее скелет, но и порядки связей из классического представления. Сначало думал, что придется возиться с базой радиусов (ков., ион.) и дополнительно опираться на валентности атомов, пока случайно не узнал, что в одном интерпретаторе кв.-хим. расчетов это основано на считанных из файла порядков связей. Просмотрев гамессовские выходные файлы, убедился, что Малликеновские порядки вполне согласуются с классическими представлениями строения молекул. Но я хочу пересчитывать порядки связей сам, чтобы не быть зависимым от содержания файлов.

Может в связи с этим Вы предложите мне использовать чей-то другой метод расчета порядка связи. Главное чтобы это делалось быстро, т.е. без численного интегрирования.

AIM (25Мб)
http://www.rapidshare.ru/1040320

[VTur]

А по валентностям?

[Osmiy]

А по валентностям?

Не совсем понял, что Вы хотите: то ли спросить как я собирался по валентностям определять кратность связи, то ли предложить все таки определять кратность связи по валентности элементов.

[VTur]

Вам же нужно только нарисовать? Проще это делать из валентного окружения.

[Osmiy]

Но валентность у некоторых элементов переменная, и как быть с полуторными (сопряженными) связями.

[VTur]

Но валентность у некоторых элементов переменная, и как быть с полуторными (сопряженными) связями.

А как Вы их рисовать собираетесь?

[Osmiy]

Черточка с пунктиром

[VTur]

Если Вам только рисовать из ГАМЕССа, то, конечно, используйте Малликеновские порядки связей. Я, просто, не понял вопрос.

[Osmiy]

Ясно, спасибо всем!

[Marxist]

Но валентность у некоторых элементов переменная, и как быть с полуторными (сопряженными) связями.

Хм. В бутадиене, ЕМНИП, разные длины связей. Ну это так, мысли вслух.

[Reizen]

В Минкине-Симкине-Миняеве, например - глава 7, раздел 7.4.

Здесь хорошо описаны заселености по Малликену, но мне сейчас нужно именно порядок связи. А там этого нет, и в других книгах в упор не вижу (может он скрывается под другим названием).
Не могли бы Вы меня носом ткнуть в формулу

Э-э... ну, насколько я понимаю, это оно и есть. В самом примитивном смысле - "если полная межатомная заселённость равна двум (электронам), то это одинарная связь, если четырём - двойная", и т.д.