по поводу Gaussian 09

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение EvgeniX » Пт сен 04, 2009 5:26 am

EM64T там есть (не ожидали?)
Симметрии нет, но для металлорганики она и не нужна (это не Microsoft Office, чтобы добавлять ненужные функции).
Отдулся?

Избыточное цитирование удалено
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1669
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение amge » Пт сен 04, 2009 6:23 am

Yurii писал(а):Кстати, как там насчет, например, симметрии
Среди соединений, с которыми приходится работать химикам, доля симметричных невелика, настолько, что поддержкой симметрии в том виде, в котором она присутствует в большинстве квантово-химических программ (через задание точечной группы), спокойно можно пренебречь. IMHO, гораздо полезнее была бы поддержка задания симметрии в стиле MOPAC (перечисление совпадающих геометрических параметров), но, опять же, не для задания симметрии, а для облегчения поиска переходных состояний, чтобы, например, зафиксировать равенство двух длин связей.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 536
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yu/2 » Пт сен 04, 2009 7:46 am

EvgeniX писал(а):(это не Microsoft Office, чтобы добавлять ненужные функции).
Поддержка симметрии -- ненужная функция??? Это что-то новое. ;)

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 536
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yu/2 » Пт сен 04, 2009 7:51 am

amge писал(а):Среди соединений, с которыми приходится работать химикам, доля симметричных невелика, настолько, что поддержкой симметрии в том виде, в котором она присутствует в большинстве квантово-химических программ (через задание точечной группы), спокойно можно пренебречь.
Вы, наверное, хотели сказать что именно органикам-синтетикам не очень нужна поддержка симметрии, а не химикам? Это я еще могу как-то понять. Но если нет, то могу напомнить что на органическом синтезе химия не заканчивается. ;)

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение EvgeniX » Пт сен 04, 2009 8:13 am

Органики-синтетики вообще расчётами не занимаются %)
Смысл использовать симметрию есть для каких-нибудь относительно небольших соединений при использовании сверх-затратных расчётов (учёт каких-нибудь возбуждений, многоконфигурационные системы).

Опять же, пригоден ли Gaussian для многоконфигурационных систем (не просто заявленные в мануале функции, а наличие всего необходимого реально действующего инструментария)?

Вообще, большой процент симметричных соединений из металлорганических (не в асболютных цифрах, а именно в отношении)?
Многие соединения сохраняют свою симметрию в ходе реакций?
К примеру, реакция из 20 стадий, но только в первых двух есть симметричные соединения, и то, с достаточно низкой группой симметрии. Большой процент экономии будет?
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yurii » Пт сен 04, 2009 8:46 am

amge писал(а):
Yurii писал(а):Кстати, как там насчет, например, симметрии
Среди соединений, с которыми приходится работать химикам, доля симметричных невелика, настолько, что поддержкой симметрии в том виде, в котором она присутствует в большинстве квантово-химических программ (через задание точечной группы), спокойно можно пренебречь. IMHO, гораздо полезнее была бы поддержка задания симметрии в стиле MOPAC (перечисление совпадающих геометрических параметров), но, опять же, не для задания симметрии, а для облегчения поиска переходных состояний, чтобы, например, зафиксировать равенство двух длин связей.
Товрисчу из позапрошлого века EvgeniX доказывать что-либо бесполезно (думаю, "немытые" и "нечесанные" западники, читая его перлы, начинают верить всяким опусам о России). Судя по вашим постам, вы человек более вменяемый: более половины моих статей связано с органической химией и заодно с симметрией в той или иной форме (вроде некоторые из них опубликованы на моей странице). Программы, на что то претендующие и неподдерживающие симметрию, в наше время - это нонсенс. Кстати, после моего сообщения, число скачиваний gaussian 09 резко увеличилось.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 536
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yu/2 » Пт сен 04, 2009 9:23 am

EvgeniX писал(а): Органики-синтетики вообще расчётами не занимаются %)
Это говорит о низком уровне конкретных синтетиков. Gaussian как раз хорош тем, что дает возможность считать не думая. А у всех специалистов как правило свои собственные программы. Остальным -- Gaussian (в основном). Поэтому он и успешен коммерчески.
EvgeniX писал(а): Смысл использовать симметрию есть для каких-нибудь относительно небольших соединений при использовании сверх-затратных расчётов (учёт каких-нибудь возбуждений, многоконфигурационные системы).
Это верно.
EvgeniX писал(а): Опять же, пригоден ли Gaussian для многоконфигурационных систем (не просто заявленные в мануале функции, а наличие всего необходимого реально действующего инструментария)?
Слабо пригоден. Но ему и не нужно. Он для домохозяек.
EvgeniX писал(а): Вообще, большой процент симметричных соединений из металлорганических (не в асболютных цифрах, а именно в отношении)?
Многие соединения сохраняют свою симметрию в ходе реакций?
К примеру, реакция из 20 стадий, но только в первых двух есть симметричные соединения, и то, с достаточно низкой группой симметрии. Большой процент экономии будет?
Все верно -- симметричных мало. Вообще, насколько я представляю, среди _органических_ соединений только малая доля симметричных. Но фокус в том, что часто интересны именно симметричные соединения. В том числе по причине удешевления расчета. Все подряд считать не нужно. Нужно считать _модельные_ ситуации. А бывает что именно сама симметрия является причиной интересных явлений -- такие объекты тоже изучают.

Ну можно же немножко дальше металлоорганики посмотреть и шире рассматривать применение КХ программ? ;)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1669
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение amge » Пт сен 04, 2009 9:33 am

Yu/2 писал(а):Вы, наверное, хотели сказать что именно органикам-синтетикам не очень нужна поддержка симметрии, а не химикам? Это я еще могу как-то понять. Но если нет, то могу напомнить что на органическом синтезе химия не заканчивается. ;)
Да, про всю химию я, пожалуй, загнул. Стоит ограничиться органической химией и родственными областями, имеющими дело с органическими соединениями. Но, например, и в неорганической химии изрядная (бОльшая?) доля веществ несимметричны.

Есть серьезные квантовые химики, решающие свои сложные задачи. Они под свою задачу могут подобрать модельное соединение и по возможности выберут симметричное. Им, безусловно, поддержка симметрии необходима.

Но есть огромное количество химиков-исследователей (не только органиков-синтетиков), которые с помощью квантовой химии хотят объяснить/предсказать результаты эксперимента и которым выбор расчетной модели диктует их экспериментальная работа. Вот таким поддержка симметрии в традиционном виде очень часто не нужна.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1669
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение amge » Пт сен 04, 2009 9:44 am

Yu/2 писал(а):Остальным -- Gaussian (в основном). Поэтому он и успешен коммерчески.
Позволю себе немного не согласиться. Где-то читал, что в коммерческом успехе "усредненного" софтверного продукта доля качества самого кода занимает лишь около 15%. Остальное -- маркетинг и т.п. (Хотя, возможно, Gaussian -- исключение).

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 536
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yu/2 » Пт сен 04, 2009 9:57 am

amge писал(а):Где-то читал, что в коммерческом успехе "усредненного" софтверного продукта доля качества самого кода занимает лишь около 15%. Остальное -- маркетинг и т.п. (Хотя, возможно, Gaussian -- исключение).
100% согласен. ;))
Последний раз редактировалось Yu/2 Пт сен 04, 2009 12:38 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3458
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Himera » Пт сен 04, 2009 12:10 pm

amge писал(а):Но, например, и в неорганической химии изрядная (бОльшая?) доля веществ несимметричны.
Если пытаться считать твёрдые неорганические соединения без учёта симметрии, то во многих случаях расчёт просто не сойдётся...

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Пт сен 04, 2009 1:59 pm

Новый gau$$ian у меня не работает (после 303 линка вылетает без сообщения об ошибке) на opensuse 10.3 и opensuse 11.0 (x86-64) на Intel Quad и Intel Duo . Прошу подсказать, как исправить?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yurii » Пт сен 04, 2009 3:23 pm

o-oxhem писал(а):Новый gau$$ian у меня не работает (после 303 линка вылетает без сообщения об ошибке) на opensuse 10.3 и opensuse 11.0 (x86-64) на Intel Quad и Intel Duo . Прошу подсказать, как исправить?
входной и выходной файлы.

P.S.
а теперь g09 появился и под Linux x86.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Пт сен 04, 2009 3:41 pm

Yurii писал(а):
o-oxhem писал(а):Новый gau$$ian у меня не работает (после 303 линка вылетает без сообщения об ошибке) на opensuse 10.3 и opensuse 11.0 (x86-64) на Intel Quad и Intel Duo . Прошу подсказать, как исправить?
входной и выходной файлы.

P.S.
а теперь g09 появился и под Linux x86.
Вот. Ранее (с другими версиями) ничего такого не было. Содержимое файла g09.profile я добавлял, но без успеха.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Cherep
Сообщения: 22386
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Cherep » Пт сен 04, 2009 3:51 pm

o-oxhem писал(а): Содержимое файла g09.profile я добавлял, но без успеха.
Заархивировали бы, просто движок такое расширение файла не переваривает.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Пт сен 04, 2009 4:18 pm

Cherep писал(а):
o-oxhem писал(а): Содержимое файла g09.profile я добавлял, но без успеха.
Заархивировали бы, просто движок такое расширение файла не переваривает.
:D Добавлял в .bashrc :) , а не форум.

Cherep
Сообщения: 22386
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Cherep » Пт сен 04, 2009 4:24 pm

не так понял, мне показалось, что не смогли зааплоадить :oops:

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение EvgeniX » Пт сен 04, 2009 5:06 pm

Yurii писал(а):Товрисчу из позапрошлого века EvgeniX доказывать что-либо бесполезно (думаю, "немытые" и "нечесанные" западники, читая его перлы, начинают верить всяким опусам о России).
Я от вас пока даже попыток что-то доказать не видел. А вот попытку оскорбить увидел.

Утверждал же лишь то, что Gaussian - продукт для домохозяек (соглашаюсь с Yu/2 и использую его определение) и вполне его можно заменить более сильными и в то же время бесплатными квантовохимическими пакетами.

От вас же видно лишь подталкивание других людей к нарушению законов РФ. Похвально!
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

Cherep
Сообщения: 22386
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Cherep » Пт сен 04, 2009 5:13 pm

В общем вы это, разборки выносите в приват.
А вот пользователь Yurii под прицелом.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Пт сен 04, 2009 8:41 pm

o-oxhem писал(а):
o-oxhem писал(а):Новый gau$$ian у меня не работает (после 303 линка вылетает без сообщения об ошибке) на opensuse 10.3 и opensuse 11.0 (x86-64) на Intel Quad и Intel Duo . Прошу подсказать, как исправить?
входной и выходной файлы.
беспокоить этим вопросом службу поддержки .... :wink:
Прошу помощи у Вас. У кого-нибудь на opensuse работает?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость