по поводу Gaussian 09

вопросы строения молекул и квантовой химии
fixatorx
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Сб сен 05, 2009 3:06 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение fixatorx » Сб сен 05, 2009 3:32 pm

o-oxhem писал(а):o-oxhem писал(а):o-oxhem писал(а):Новый gau$$ian у меня не работает (после 303 линка вылетает без сообщения об ошибке) на opensuse 10.3 и opensuse 11.0 (x86-64) на Intel Quad и Intel Duo . Прошу подсказать, как исправить?входной и выходной файлы.беспокоить этим вопросом службу поддержки .... Прошу помощи у Вас. У кого-нибудь на opensuse работает?
Работает.
В .bashrc прописал (рабочая папка /home/fix/gaussian, временная /home/fix/scratch):

export GAUSS_EXEDIR=/home/fix/gaussian/g09
export g09root=/home/fix/gaussian
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/fix/gaussian/g09
export PATH=/home/fix/gaussian/g09:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/fix/scratch

При расчетах, особенно многоядерных лучше указывать размер выделяемой памяти
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Вс сен 06, 2009 10:35 pm

Спасибо! :up:

marsel
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Вс фев 21, 2010 12:47 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение marsel » Сб мар 20, 2010 11:34 pm

У меня никак не получается запустить g09 на OpenSuse 11.2. Напишите пожалуйста поподрбнее где находится этот файл в котором нужно прописать эти строки? в какой части файла это сделать? Если можно то примерчик файла покажите пожалуйста. Очень нужно запустить

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Вс мар 21, 2010 12:45 am

В файле .bashrc (скрытый в директории home/your_user_name)
написать
GAUSS_EXEDIR=/path_to_gaussian/g09
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR PATH LD_LIBRARY_PATH

Важно владелец файлов и право на исполнение root.
Для редактирования .bashrc удобно пользоваться программой mc
Далее в терминале:
su root
и так далее.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

marsel
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Вс фев 21, 2010 12:47 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение marsel » Вс мар 21, 2010 6:07 pm

o-oxhem Спасибо Большое!!!

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Запуск гауссиана без установки переменных окружения

Сообщение EvgeniX » Вт мар 23, 2010 4:31 pm

Есть вариант запуска гауссиана без установки переменных окружения (т.е. они устанавливаются, но на время запуска скрипта), например если надо несколько копий гауссиана использовать:

Наш скрипт запуска g9batch.sh:

Код: Выделить всё

#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/usr/local/qchem64l/g09_a01_64"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/research"
TEMPORARY_PATH="/tmp"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------

clear
echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
echo

GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH

cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
    OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}

    echo
    echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""

    if [ -e $OUTPUT_FILE ];
    then
        echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
    else
        $PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
        bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
        echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
        sleep 1
    fi
done

# ------------------------------------------------
Нужно только установить пути в шапке скрипта

PROGRAM_PATH - путь к программе
PROGRAM_EXEC - исполняемый файл (например, g03 или g09)
CALC_PATH - директория, где будут проводить расчёты
TEMPORARY_PATH - временная директория (scratch)
INPUT_EXTENTION - расширение входных файлов
OUTPUT_EXTENTION - расширения выходных файлов

Сам скрипт можно поместить куда угодно, лишь бы пользователь его видел
(например, в /home/user/bin). Никаких переменных окружения устанавливать не надо.

Входные файлы с расширением gjf нужно класть в директорию /research, запускать скрипт "g9batch.sh",
скрипт по очереди их все запустит, после окончания расчёта входной и выходной файл архивирует в bzip2
(winrar открывает).

И ещё, на всякий случай права на всю директорию гауссиана надо выставить только для доступа пользователя.
Что-то типа
chown -R /usr/local/qchem64l/g09_a01_64
chmod -R go-rwx /usr/local/qchem64l/g09_a01_64
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yurii » Ср мар 24, 2010 8:32 pm

Вообще говоря, для большинства рутинных расчетов лучше использовать gaussian собственной сборки: вот только что нашел на просторах интернета два расчета одной и той же системы. Один - собственной сборки, а другой - с помощью того, что втюхивает Gaussian: разность по скорости более 60%!
P.S.
Вот здесь писали, что gaussian - это типа тайда или домашней хозяйки программа. А какая еще программа может сосчитать на 4-ядерном проце 2.66 GHz за 8 минут C60: #P B3LYP/6-311g** 5d Opt(GDIIS) Pop=(Minimal) Int(UltraFine) Test?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось Yurii Чт мар 25, 2010 5:27 pm, всего редактировалось 2 раза.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2435
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Droog_Andrey » Ср мар 24, 2010 11:29 pm

А не научился ли случаем Гауссиан учитывать симметрию при расчётах периодических систем?

ГауссВью-то уже давно распознаёт...
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yurii » Чт мар 25, 2010 11:45 am

Droog_Andrey писал(а):А не научился ли случаем Гауссиан учитывать симметрию при расчётах периодических систем?

ГауссВью-то уже давно распознаёт...
См. пункт 4:
http://python.rice.edu/~guscus/gaussian ... ml#example
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yurii » Сб мар 27, 2010 5:26 pm

На просторах инета появился GaussView 5
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2435
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Droog_Andrey » Вт апр 06, 2010 10:44 pm

Yurii писал(а):
Droog_Andrey писал(а):А не научился ли случаем Гауссиан учитывать симметрию при расчётах периодических систем?

ГауссВью-то уже давно распознаёт...
См. пункт 4:
http://python.rice.edu/~guscus/gaussian ... ml#example
Впрочем, некоторую простейшую оптимизацию можно сделать вручную :)

Вот, скажем, у нас симметричная структура типа флюорита CaF2, и мы хотим провести её расчёт. Там в элементарной ячейке четыре формульные единицы, т.е. координаты имеют вид вроде

Код: Выделить всё

Ca  0  0.0  0.0  0.0
Ca  0  a/2  a/2  0.0
Ca  0  a/2  0.0  a/2
Ca  0  0.0  a/2  a/2
F   0  a/4  a/4  a/4
F   0  a/4  a/4 3a/4
F   0  a/4 3a/4  a/4
F   0  a/4 3a/4 3a/4
F   0 3a/4  a/4  a/4
F   0 3a/4  a/4 3a/4
F   0 3a/4 3a/4  a/4
F   0 3a/4 3a/4 3a/4
TV  0   a   0.0  0.0
TV  0  0.0   a   0.0
TV  0  0.0  0.0   a
где a - параметр ячейки.

Однако если попробовать обсчитать таким образом, скажем, K2[PtCl6], то редкая машина не загнётся.

Можно поступить немного иначе, указав лишь одну четверть элементарной ячейки, раз уж Гауссиан всё равно всё считает в C1. В случае флюорита это будет выглядеть примерно так:

Код: Выделить всё

Ca  0  0.0  0.0  0.0
F   0  a/4  a/4  a/4
F   0  a/4  a/4 -a/4
TV  0  a/2  a/2  0.0
TV  0 -a/2  a/2  0.0
TV  0  0.0  a/2  a/2
Здесь указана ровным счётом та же самая структура, но базисных функций уже в четыре раза меньше, и время расчёта существенно сокращается. Если Вы экономите оперативную память, уменьшая CellRange до 25 и ниже, результаты расчёта могут немного отличаться из-за разного расположения ghost-атомов; в таком случае прогоните в конце SP с достаточным CellRange.

Главное здесь - проследить за тем, чтобы углы между "сокращёнными" векторами трансляции были как можно ближе к прямым, выбранные атомы - ближе друг к другу, а CellRange был не слишком низким, иначе погрешность увеличивается, а SCF может даже выдать ошибку "PrmSpl: Could not translate".

Рассмотрим для примера моноклинную структуру NO2[AsF6] симметрии C2/m. В ней угол бета чуть больше прямого, параметр a почти вдвое превышает параметры b и c, координаты атомов мышьяка в базисе ячейки (0; 0; 0) и (1/2; 1/2; 0), а координаты атомов азота - (1/2; 0; 1/2) и (0; 1/2; 1/2).

Так вот, "сокращая" эту ячейку вдвое, я указываю мышьяк (0; 0; 0) и азот (0; 1/2; 1/2), а в качестве векторов трансляции выбираю (1/2; 1/2; 0), (-1/2; 1/2; 0) и (0; 0; 1). Если бы я взял азот (1/2; 0; 1/2), то получил бы плохую сходимость и увеличенную погрешность расчёта, т.к. этот азот находится существенно дальше от выбранного мышьяка.

В общем, экспериментируйте, используя ГауссВью в качестве визуализатора и для проверки правильности сокращённо заданной структуры, и всё получится :)
2^74207281-1 is prime!

David Beckham
Сообщения: 22
Зарегистрирован: Пт сен 25, 2009 10:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение David Beckham » Сб июл 10, 2010 3:04 pm

Здравсвуйте уважаемые форумчане. У меня есть вопрос по установке G09 на openSUSE 11.1 (осваиваю Gaussian и linux). Вот что я уже сделал:
1. Распаковал g09-x86.tar.bz2 в home/alexey
2. В консоли прописал в home/alexey/g09: chmod +x *.exe
3. Создал /home/alexey/scratch и /home/alexey/scratch/arch каталоги
4. В home/alexey/.bashrc в конце файла прописал:
export g09root="/home/alexey"
export GAUSS_EXEDIR="${g09root}/g09:${g09root}/g09/bsd"
export GAUSS_SCRDIR="/home/alexey/scratch"
export GAUSS_ARCHDIR="${GAUSS_SCRDIR}/arch"
export LD_LIBRARY_PATH="${GAUSS_EXEDIR}"
export PATH="${PATH}:${GAUSS_EXEDIR}"

Что мне дальше делать чтобы запустить Гауссиан. Пробовал в консоли: g09 test1.com (например). В итоге сообщение: "g09: команда не найдена"

Marxist

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Marxist » Сб июл 10, 2010 3:13 pm

во-первых, надо убрать кавычки и фигурные скобки, во-вторых, перезапустить баш или набрать source ~/.bashrc

David Beckham
Сообщения: 22
Зарегистрирован: Пт сен 25, 2009 10:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение David Beckham » Сб июл 10, 2010 3:49 pm

Marxist писал(а):во-первых, надо убрать кавычки и фигурные скобки, во-вторых, перезапустить баш или набрать source ~/.bashrc
Спасибо! Уже начало запускаться правда появилась ошибка:
Запускаю так: g09 h2.com h2.log
Сразу же ответ: Unable to open input file "h2.com". Ошибка сегментирования
С файлом h2.com все предельно просто:
%chk=h2.chk
%mem=256MB
%nproc=2
#p hf/6-31g opt

H2 optimization

0 1
H
H 1 1.0

Пути в бахе то же вроде правильные.

А после небольших манипуляций с bashrc (в частности прописал:
export GAUSS_EXEDIR=/home/alexey/g09
export g09root=/home/alexey
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/alexey/g09
export PATH=/home/alexey/g09:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/alexey/scratch

ошибка стала яснее:
"Problem with file /home/alexey/g09/l1.exe omode 33257 compare 7.
Ошибка сегментирования"
Подскажите пожалуйста как решить эту проблему?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Сб июл 10, 2010 7:08 pm

в LD_LIBRARY_PATH следует добавить /lib64
файл задачи должен быть исполняемым

David Beckham
Сообщения: 22
Зарегистрирован: Пт сен 25, 2009 10:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение David Beckham » Сб июл 10, 2010 7:39 pm

o-oxhem писал(а):в LD_LIBRARY_PATH следует добавить /lib64
файл задачи должен быть исполняемым
Добавил /lib64:
export GAUSS_EXEDIR=/home/alexey/g09
export g09root=/home/alexey
export LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:/home/alexey/g09
export PATH=/home/alexey/g09:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/alexey/scratch

Далее в консоле chmod +x l1.exe
Запускаю: g09 h2.inp h2.log
Но все равно отклик системы такой же:
Problem with file /home/alexey/g09/l1.exe omode 33737 compare 7.
Ошибка сегментирования
Может ли это быть связано с правами доступа к каталогу g09?

Marxist

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Marxist » Сб июл 10, 2010 7:50 pm

Segfault возникает при проблемах с адресацией памяти, если я ничего не путаю. Например, если программа требует оперативной памяти больше, чем есть в наличии.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Сб июл 10, 2010 8:03 pm

David Beckham писал(а):
o-oxhem писал(а):в LD_LIBRARY_PATH следует добавить /lib64
файл задачи должен быть исполняемым
Далее в консоле chmod +x l1.exe
Запускаю: g09 h2.inp h2.log
Может ли это быть связано с правами доступа к каталогу g09?
Я про другое. Файл gjf или com или что Вы там используете как расширение должен быть исполняемым. Имеет смысл проверить все ли файлы .exe у Вас являются исполняемыми (а не только l1.exe) .
ls -l поможет Вам узнать это.

David Beckham
Сообщения: 22
Зарегистрирован: Пт сен 25, 2009 10:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение David Beckham » Сб июл 10, 2010 8:20 pm

Файл h2.inp исполняемый, вот строка соответствующая этому файлу при вызове ls -l:
-rwx--x--t 1 alexey users 81 Июл 10 15:47 h2.inp
При очередной попытке запуска был создан h2.log файл. Вот его содержимое:
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=h2.inp
Output=h2.log
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
Может все-таки дело в правах доступа?
Кстати строка соответствующая h2.log:
-rw-r--r-- 1 root root 143 Июл 10 19:36 h2.log
К сожалению я пока не очень разбираюсь во всем этом. Но хочу добраться до истины.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Сб июл 10, 2010 8:35 pm

Вообще запуск root'ом был особенностью g03. Для g09 это не так. Сделайте, например, так
drwxr-x--- должно запуститься. Если нет, то пользователь и собственник root. Исполнять только root.
Для этого для для архива с g09 в mc меню file -> chmod -> execute by owner см. также подменю chown.
Но тогда придётся su root.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя