по поводу Gaussian 09

вопросы строения молекул и квантовой химии
David Beckham
Сообщения: 22
Зарегистрирован: Пт сен 25, 2009 10:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение David Beckham » Пн июл 12, 2010 3:42 pm

Здорово! Всем огромное спасибо! С помощью советов, и чуть-чуть сам поковырялся и все получилось.
Расскажите пожалуйста есть ли проблемы с Gaussview 3 и G09?
Что нужно прописать в .bashrc при установке gaussview 3?

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2434
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Droog_Andrey » Чт июл 15, 2010 9:36 am

А почему не GaussView 5?
2^74207281-1 is prime!

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение EvgeniX » Чт июл 15, 2010 12:40 pm

Droog_Andrey писал(а):А почему не GaussView 5?
А у кого он под линупс есть?
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2434
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Droog_Andrey » Вс июл 18, 2010 1:37 pm

Понятно.
2^74207281-1 is prime!

Victor2005
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Victor2005 » Ср авг 18, 2010 10:16 pm

Здравствуйте. Нужна помощь
Операционная система Ubuntu 10.03
Дальше запуска g09 никак не могу продвинуться, на любой запрос поступает пустой ответ, т.е. ничего (т.е. приветствие гауссиан пишет)
Прописывал в bashrc вышеупомянутые строчки - что-то вроде

GAUSS_EXEDIR=/andrey/g09
g09root=/andrey/g09
G09BASIS=/andrey/g09/basis
GAUSS_SCRDIR=/andrey/g09/tmp
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64:$GAUSS_EXEDIR:$G09BASIS:$LD_LIBRARY_PATH:$G09BASIS
export GAUSS_EXEDIR G09BASIS PATH LD_LIBRARY_PATH

перезапускал

пробовал через скрипт 1.sh:

Код: Выделить всё

#!/bin/sh
    # ------------------------------------------------
    PROGRAM_PATH="/andrey/g09"
    PROGRAM_EXEC="g09"
    CALC_PATH="/research"
    TEMPORARY_PATH="/tmp"
    INPUT_EXTENTION=".gjf"
    OUTPUT_EXTENTION=".log"
    # ------------------------------------------------

    clear
    echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
    echo

    GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
    GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
    LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
    export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH

    cd $CALC_PATH
    for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
        OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}

        echo
        echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""

        if [ -e $OUTPUT_FILE ];
        then
            echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
        else
            $PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
            bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
            echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
            sleep 1
        fi
    done
но при запуске скрипта он вообще не находит нужные папки, хотя они лежат именно там, где указано.
Что я упускаю, никак не могу понять

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Ср авг 18, 2010 11:47 pm

Victor2005 писал(а):Здравствуйте. Нужна помощь
GAUSS_EXEDIR=/andrey/g09
g09root=/andrey/g09
G09BASIS=/andrey/g09/basis
GAUSS_SCRDIR=/andrey/g09/tmp
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR
LD_LIBRARY_PATH=/lib64:$GAUSS_EXEDIR:$G09BASIS:$LD_LIBRARY_PATH:$G09BASIS
export GAUSS_EXEDIR G09BASIS PATH LD_LIBRARY_PATH

но при запуске скрипта он вообще не находит нужные папки, хотя они лежат именно там, где указано.
Довольно странная у Вас система директорий - без home (на ubuntu никогда не работал), например, должно быть так GAUSS_EXEDIR=/home/andrey/g09 . Точно ли так?

Marxist

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Marxist » Ср авг 18, 2010 11:53 pm

вообще на убунте хоум должен быть, по крайней мере, на доступной мне -- есть.

Victor2005
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Victor2005 » Чт авг 19, 2010 9:00 pm

Да, пробовал и с хоум, результат другой

Прописал в .bashrc:

export GAUSS_EXEDIR=/home/andrey/g09
export g09root=/home/andrey
export LD_LIBRARY_PATH=/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH:/home/andrey/g09
export PATH=/home/andrey/g09:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/andrey/tmp

результат следующий - при запуске процесса g09 выходит приветствие,
Entering Gaussian System, Link 0=g09
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /home/andrey/tmp/Gau-7982.inp
In source file ml0.f, at line number 182

Код: Выделить всё

#!/bin/sh
    # ------------------------------------------------
    PROGRAM_PATH="/home/andrey/g09"
    PROGRAM_EXEC="g09"
    CALC_PATH="/research"
    TEMPORARY_PATH="/tmp"
    INPUT_EXTENTION=".gjf"
    OUTPUT_EXTENTION=".log"
    # ------------------------------------------------

    clear
    echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
    echo

    GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
    GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
    LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
    export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH

    cd $CALC_PATH
    for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
        OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}

        echo
        echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""

        if [ -e $OUTPUT_FILE ];
        then
            echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
        else
            $PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
            bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
            echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
            sleep 1
        fi
    done

    # ------------------------------------------------
На всех строчках он пишет: нет такой директории , нет такого файла.

Victor2005
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Victor2005 » Ср авг 25, 2010 12:01 am

Никому нечего сказать? Может мне попробовать ещё какие варианты? Что ни пробую, результаты приблизительно одни и те же - после приветствия от гауссиана результат на любую команду нулевой

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Ср авг 25, 2010 1:07 am

Какой был инпут-файл? ls -l какие атрибуты на файлах гау$$иан показывает?
кстати, не уверен, что на ubuntu он вообще работает. Вот, например, на opensuse работает.

Victor2005
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Victor2005 » Чт авг 26, 2010 10:52 am

Меня интересуют возникшие строчки об ошибках - что они могут означать? (то, что выше написано). Инпут-файлы я брал разные с оф.сайта гауссиана, везде результат одинаковый.
Про атрибуты не понял, как проверить.
Говорили, что на ubuntu работает.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Чт авг 26, 2010 11:16 am

про атрибуты : команда ls -l слева появится надпись, например, drwxr-x---
Ошибка: эта ошибка ничего хорошего не означает.
Про инпут: приведите хоть один инпут файл. Это ведь не сложно?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1669
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение amge » Чт авг 26, 2010 11:33 am

Проверьте еще раз тщательно все заданные пути.
Например, CALC_PATH="/research"
/research - необычная для linux директория.
ls /research
что говорит?

Victor2005
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Victor2005 » Ср сен 08, 2010 9:52 pm

Благодарю всех за помощь, Проверил ls -l, оказалось права не везде были выставлены которые нужно
Скрипт верный такой:

#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/home/andrey/g09"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/home/andrey/research"
TEMPORARY_PATH="/home/andrey/tmp"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------

clear
echo "Scheduler of qc-calculations by UQCS (http://www.qchem.ru), 2008-2010"
echo

GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH

cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}

echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""

if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
else
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done

# ------------------------------------------------

P.S. Запустить через g09 с использованием переменных, заданных в .bashrc так и не получилось!!!
Но пока программа работает через скрипт, успел провести все необходимые первые расчёты, дальше продолжу разбираться, когда подведу теоретическую базу под следующие расчёты.
Большая благодарность за помощь

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yurii » Ср сен 08, 2010 10:23 pm

Victor2005 писал(а):... оказалось права не везде были выставлены которые нужно...
Видно, в Windows распаковывали.
http://linuxtoolkit.blogspot.com/2010/0 ... n-a02.html
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Victor2005
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Victor2005 » Чт сен 09, 2010 5:54 pm

Нет, распаковывал в линуксе сразу...
А нет ещё вариантов, что я мог перемудрить в bashrc? А то не могу решить вопрос, почему не запускается напрямую, только через скрипт. Как мне задать переменные, если такой скрипт работает?

Рекомендации по ссылке попробую, благодарю

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1669
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение amge » Пт сен 10, 2010 7:46 am

Victor2005 писал(а):А нет ещё вариантов, что я мог перемудрить в bashrc? А то не могу решить вопрос, почему не запускается напрямую, только через скрипт. Как мне задать переменные, если такой скрипт работает?
А .bashrc Вы перезапускали? Изменения в нем вступят в силу только тогда (или во вновь открытых терминалах). Кроме того, если запускаете расчет через PBS, то .bashrc не исполняется. Тогда в начало скрипта-запускалки нужно вставить строку
$HOME/.bashrc

Victor2005
Сообщения: 13
Зарегистрирован: Ср авг 18, 2010 3:48 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Victor2005 » Пт сен 17, 2010 11:12 pm

кстати, команды на права доступа у меня были такие:

chown -hR andrey /media/g09
chmod -R go-rwx /media/g09
chown -hR andrey /home/andrey/g09
chmod -R go-rwx /home/andrey/g09

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 643
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Yurii » Пт окт 29, 2010 2:31 pm

Да, кто считает ROHF, то имейте в виду, что OPT и FREQ, используемые одновременно, будут считать UHF. И еще: одноядерную виндовую версию гауссиана 09 можно модифицировать так, что будут запускаться сразу различные задачи на всех ядрах.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Rupreht » Вт май 03, 2011 11:30 am

Подскажите такой момент, установил на убунту, запускаю скриптом, всё работает, но загружет только один процессор, как подключить остальные ? Думал по умолчанию в линуксоидной версии всё распараллелено.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя