по поводу Gaussian 09

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение sanya1024 » Вт май 03, 2011 12:52 pm

А %NProcShared=<число процессоров> в начале инпута стоит?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Rupreht » Ср май 04, 2011 11:48 am

Так может можно указать в настройках проги, чтобы она всегда автоматом использовала все процессоры ? Это как то удобнее будет. На работе именно так и есть, в инпутах количество процессоров не указываю и расчет всегда ведётся всеми процессорами.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение EvgeniX » Ср май 04, 2011 3:11 pm

На работе используется система очередей?
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Rupreht » Ср май 04, 2011 4:46 pm

на работе имеется один сервер и на него через ssh поступают задачи для расчёта с клиентов. Любителей посчитать несколько человек и обычно они запускают свои расчёты несогласованно. Смысла каждый раз при запуске расчета указывать количество загружаемых процессоров нет (ну или по крайней мере я не вижу). Судя по последним неудачным запускам расчётов, у нас всё накрылось. Раньше всю эту систему нам настраивал знакомый, которого теперь довольно трудно достать. В общем решили освоить своими силами. Судя по описанию методов установки в данной ветке, обычно параметры прописываются либо в баше либо запуск идёт скриптом. Посмотрел на сервере баш, там никаких упоминаний о gaussian нет. раньше запускали через терминал с клиента, однако это неудобно т.к. при отключении клиента расчёт прекращался. Теперь наверное есть смысл запускать с клиента скрипт, в таком случае и геморроя меньше и расчёт не зависит от клиента. Скриптом всё запускается, но как говорил выше, загрузка одной задачи только на один процессор (две задачи - два процессора), что неудобно. Проще весь объем расчетов распределять по всем процессорам.

Кстати сторонний вопрос, у нас имеется лицензия gaussian 2003, но для винды. Так уж сложилось, что на винде никто и не считает, считаем в линуксовой версии. Какие проблемы возникнут в дальнейшем при опубликовании результатов ? Не пересчитывать же под виндовой версией нужные данные ? Как там проходит проверка лицензии ? Или достаточно, что на организации висит лицензия ?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение sanya1024 » Чт май 05, 2011 1:47 am

Насколько я понимаю, у Вас та же гуляющая по торрентам версия Г, что и у всех, т.е., распараллеленная только по ядрам одного узла, а не кластерная, способная задействовать несколько узлов. Тогда имеет смысл сделать стандартную шапку для всех инпутов, включающую в себя указанную выше строчку. Разве это трудно?
Лицензию проверять никто, скорее всего, не будет. Правда, если лицензия на Г03, а расчеты выполнялись какие-то специфические для Г09 или использовались дефолтные опции Г09, не совпадающие с дефолтами Г03, то теоретически могут и поинтересоваться фактом наличия лицензии на Г09. Но если не будете писать в статье, что считали линуксовой версией Г03, а не виндовской, то никто и не спросит.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Rupreht
Сообщения: 267
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Rupreht » Чт май 05, 2011 8:44 am

А что вы подразумеваете под узлами ? У нас имеется сервер с несколькими процессорами (не ядрами на одном проце). Это имеет значение ? Конечно добавлю в инпут строку, но помню, что где то упоминалось, что достаточно подредактировать немного файлик самой программы, чтобы эту проблему снять, хотя возможно я и ошибаюсь.
А вообще, спасибо за совет.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1659
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение sanya1024 » Чт май 05, 2011 2:16 pm

Ну это то же самое для считающей программы. Один узел, несколько процессоров/ядер.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение EvgeniX » Чт май 05, 2011 10:00 pm

В Winodws версии в директории Gaussian-а есть файлы:
Default.r1
Default.r2
Default.r3

Есть ещё какой-то Default.Rou из Scratch.

Как они влияют на параметры по-умолчанию я не знаю, но вроде данные из них как-то используются.
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

SergeyICP
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Пн авг 08, 2011 11:29 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение SergeyICP » Чт авг 11, 2011 12:14 pm

Может кто-нибудь скинуть пример входного файла для Gaussian 03 с задачей оптимизации геометрии молекулы? если можно то пояснить как запустить расчет.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Чт авг 11, 2011 12:48 pm

например, вот так (но сразу - нужно прочитать web-site gaussian).
По запуску - есть варианты. Наример, на win можно с помощью интерфейса.
Можно создать .bat файл в нем с:\G03W\g03.exe имяфайла.gjf (путь, конечно, должен соответствовать актуальному)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2434
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Droog_Andrey » Чт авг 11, 2011 2:17 pm

Вот мой пример:

Код: Выделить всё

%Chk=C6F6.chk

#p VSXC/6-31G* Opt(VeryTight,GDIIS) Integral(UltraFine) Freq

C6F6

   0  1
C  0  1.14 -0.57 -0.57
C  0 -0.57  1.14 -0.57
C  0 -0.57 -0.57  1.14
C  0 -1.14  0.57  0.57
C  0  0.57 -1.14  0.57
C  0  0.57  0.57 -1.14
F  0  2.24 -1.12 -1.12
F  0 -1.12  2.24 -1.12
F  0 -1.12 -1.12  2.24
F  0 -2.24  1.12  1.12
F  0  1.12 -2.24  1.12
F  0  1.12  1.12 -2.24
2^74207281-1 is prime!

Neitrino
Сообщения: 118
Зарегистрирован: Пт май 08, 2009 10:40 am
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Neitrino » Пт сен 09, 2011 2:41 pm

У кого-нибудь были проблемы с нахождением ПС QST3 на версии В.01 Gaussian09?
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Пт сен 09, 2011 6:07 pm

Слишком общо сформулировано.

Neitrino
Сообщения: 118
Зарегистрирован: Пт май 08, 2009 10:40 am
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Neitrino » Сб сен 10, 2011 12:41 pm

Ищу ПС для ацетилена в триплетном состоянии, хочу повторить результаты на G03 он выдает Linear angle in Bend, считаю другие структуры выдает ошибка во внутренних координатах.
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Сб сен 10, 2011 3:24 pm

Значит, какой-то валентный угол 180 оказывается задан явно и далее он изменяется. Нужно z-mat задавать или зафиксировать этот угол.

Neitrino
Сообщения: 118
Зарегистрирован: Пт май 08, 2009 10:40 am
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Neitrino » Чт ноя 24, 2011 10:44 am

Может мои вопросы могут показаться глупыми, но я рискну остаться глупым на 5 минут)). Мы планируем взять G09 под Linux, а GVW5 под Windows.
Можно ли запускать расчеты с GVW5 на G09?
Можно ли просматривать результаты с G09 на визуалайзере под Винду?
И как можно сделать удаленный доступ с визуалайзера к серверу?
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение o-oxhem » Чт ноя 24, 2011 8:16 pm

Расчеты запускаются не с помощью визуализатора, а с помощью команды g09 (можно простейшего скрипта, пути должны быть записаны в .bashrc или в тот же скрипт для запуска).
GVW на Win одинаково отлично просматривает как файлы, созданные на linux (для просмотра chk файлов нужно будет конвертировать на linux в fchk), так и на win.
Значит, если gvw на linux, то работая на клиентской машине linux или win, можно запускать на сервере графическое приложение и работать. Это называется ssh forwarding. Дальше детали, которые зависят от ОС, для клиентской win машины нужен x-server (x-ming например). можно вообще эмулировать графическую среду linux, того который на сервере. Это freenx. :235: :deal:

Neitrino
Сообщения: 118
Зарегистрирован: Пт май 08, 2009 10:40 am
Контактная информация:

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение Neitrino » Пт ноя 25, 2011 10:56 am

у нас gvw на винду будет, а G09 под линукс. Поэтому мы интересуемся если результаты на линуксе были, а визаулайзер на винде можно ли эти результаты (построить графики, спектры) смотреть на винде.
Химия, как женщина, требует стопроцентного внимания.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2371
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение EvgeniX » Пт ноя 25, 2011 11:28 am

Всё можно, формат log-файлов для linux и windows одинаковый.
Человеку свойственно ошибаться, но по-настоящему запутывает всё только компьютер. [c] Мёрфи

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1669
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: по поводу Gaussian 09

Сообщение amge » Пт ноя 25, 2011 11:33 am

Если линуксовый комп в вашем располяжении, то сделайте на нем smb-шару и смонтируйте ее в винде на отдельный диск. Тогда с удаленными файлами можно будет делать все что угодно (в том числе и открывать вьювером).
Если на линуксовый комп доступ только по ssh, то самый простой вариант - копировать файлы себе (программа Winscp). Также можно посмотреть плагины к Total Commander'у и far'у, наверняка там есть что-то для ssh или sftp, чтобы можно было открывать удаленный файл без копирования в явном виде.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость