PCM Gaussian 03, temperature dependence

[YuraM]

Доброй ночи, третий вопрос от которого бессоница.
Хочется посчитать энергию Гиббса сольватации для температры отличной от 298.15 К. если тупо добавить temp = 350 К после опции pcm=read, то такая температура будет использоваться только для рассчета cavitation energy. Температурная зависимость permitivity (e) не учитывается.. можно конечно взять ее из справочника и рассчитать ее при 350 К и запихнуть в Гауссиан, но есть еще например refraction coefficient который используется для рассчета repulsion энергии.. как с ним быть ? даже елси такая температурная зависимость табулирована, как новое значение refraction coefficient запихнуть в Гауссиан? Кто-нибудь сталкивался с такими вопросами?


Спасибо заранее!

[EvgeniX]

Мне тоже интересен этот вопрос.

Для моей реакции получается, что из-за большого роста энергии кавитации, действие растворителя на реакцию при повышении температуры меняет знак.

И ещё, параметра Temp=... в гауссиане не нашёл. В 2009 в описании вообще никакой температуры для SCRF нет, а в 2003 есть параметр TABS=<temp>

[EvgeniX]

Ещё вопрос по поводу сольватации, никто не знает как бороться?

Cycle 1 Pass 1 IDiag 1:
Warning! D( 29, 30)= Infinity is big!
D( 29, 29)=0.19173148D+02 D( 30, 30)=0.19173148D+02
Warning! D( 30, 29)= Infinity is big!
D( 30, 30)=0.19173148D+02 D( 29, 29)=0.19173148D+02
Warning! D( 110,7612)=0.13568851D+02 is big!
D( 110, 110)=0.18693953D+02 D(7612,7612)=0.61156348D+01
Warning! D(7612, 110)=0.13568851D+02 is big!
D(7612,7612)=0.61156348D+01 D( 110, 110)=0.18693953D+02
With in-vacuo wavefunction:
Error on total polarization charges = NaN
E= NaN
DIIS: error= 5.27D-05 at cycle 1 NSaved= 1.
NSaved= 1 IEnMin= 1 EnMin= NaN IErMin= 1 ErrMin= 5.27D-05
ErrMax= 5.27D-05 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 3.92D-06 BMatP= 3.92D-06
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: 0.100D+01
Coeff: 0.100D+01
Gap= 0.178 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=1.82D-05 MaxDP=2.08D-03 OVMax= 1.29D-03

Warning! D( 29, 30)= Infinity is big!
D( 29, 29)=0.19173148D+02 D( 30, 30)=0.19173148D+02
Warning! D( 30, 29)= Infinity is big!
D( 30, 30)=0.19173148D+02 D( 29, 29)=0.19173148D+02
Warning! D( 110,7612)=0.13568851D+02 is big!
D( 110, 110)=0.18693953D+02 D(7612,7612)=0.61156348D+01
Warning! D(7612, 110)=0.13568851D+02 is big!
D(7612,7612)=0.61156348D+01 D( 110, 110)=0.18693953D+02
Error on total polarization charges = NaN
SCF Done: E(RPBE-PBE) = NaN A.U. after 1 cycles
Convg = 0.1816D-04 -V/T = NaN
S**2 = 0.0000
KE= 1.668960556610D+03 PE=-1.028307621009D+04 EE= NaN
--------------------------------------------------------------------
Variational C-PCM results
=========================
<psi(0)| H |psi(0)> (a.u.) = -1674.735715
<psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)> (a.u.) = NaN
<psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)> (a.u.) = NaN
<psi(f)| H |psi(f)> (a.u.) = NaN
<psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = NaN
Total free energy in solution:
with all non electrostatic terms (a.u.) = NaN
--------------------------------------------------------------------
(Unpolarized solute)-Solvent (kcal/mol) = NaN
(Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = NaN
Solute polarization (kcal/mol) = NaN
Total electrostatic (kcal/mol) = NaN
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy (kcal/mol) = 83.46
Dispersion energy (kcal/mol) = -37.22
Repulsion energy (kcal/mol) = 3.33
Total non electrostatic (kcal/mol) = 49.57
DeltaG (solv) (kcal/mol) = NaN
--------------------------------------------------------------------

Проблема возникала при смене RADII с UA0 на UFF.
В первом случае постоянно были проблемы с металл-гидридными мостиками, приходилось использовать
SphereOnH. Во втором случае проблем с водородами не было, но после большого количества проведённых расчётов возникла проблема со сходимостью волновой функции (см. выше).

Кто что посоветует?

[YuraM]

попробуй уменьшить tessera

[YuraM]

да там не temp, а имеено tabs. В новом гауссиане эту опцию вообще убрали, но эта температура только для энергии Гиббса кавитации, зависимость диэлетрической постоянной и коэффициента рефракции от температуры не учитывается.. так тчо понятно почему ее удалили из нового Гауссиана

[EvgeniX]

попробуй уменьшить tessera

Посмотрел доки гауссиана, есть TsAre и TsNum. Только вот какие значение ставить?

Tesserae with average area of 0.200 Ang**2.
Solvent : Toluene, Eps = 2.379000
Eps(inf)= 2.232000
RSolv = 2.820000 Ang.
------------------------------------------------------------------------------
GePol: Number of tesserae being generated = 7616
GePol: Average area of tesserae = 0.07 Ang**2
GePol: Minimum area of tessera = 0.10D-02 Ang**2
GePol: Maximum area of tessera = 1.59772 Ang**2
GePol: Number of small tesserae = 0

[YuraM]

мне видеться TSARE=area , default is 0.2, можно поробовать - 0.1 или немного меньше

[helicase]

Идеология расчета сольватации в гауссиане предполагает, что дисперсионный и отталкивательный вклады чисто энтальпийные, то есть их температурная зависимость никак сама по себе не учитывается. Какой keyword отвечает за коэффициент преломления в гаyссиане (что-то я такого не припомню)? Показатель рефракции есть в PCM gamess'a и от него зависит дисперсионный вклад (в дополнение к схеме с использованием эмпирических атом-атом потенциальных функций, в PCM gamess'a реализована другая идеология расчета disp-rep, кв.-механическая). В этой схеме отталкивательный вклад будет зависеть от плотности растворителя. Этот параметр можно задавать и в gamess, и в gaussian, но в последнем случае это влияет только на cavitation energy.