Химический софт для linux, чем пользуетесь?

[RAS]

Спасибо!!!

[user_911]

Господа, возникла проблема. LibreOffice под Виндовс вполне корректно через OLE вставляет в себя любые хим. формулы.
Однако под Убунтой, когда делаешь вставку OLE файла с рисунком хим. формулы вставляется много строк код рисунка, а не он сам (((( Кроме BKChem. в его случае вставляется рисунком, но съезжают символы элементов, если они были. Есть ли решение этой проблемы?

[kbob]

Господа, возникла проблема. LibreOffice под Виндовс вполне корректно через OLE вставляет в себя любые хим. формулы.
Однако под Убунтой, когда делаешь вставку OLE файла с рисунком хим. формулы вставляется много строк код рисунка, а не он сам (((( Кроме BKChem. в его случае вставляется рисунком, но съезжают символы элементов, если они были. Есть ли решение этой проблемы?

В линуксе нет OLE. Тем более OLE файлов. А кстати, что это за файлы?

[user_911]

В Линуксе Object Linking and Embedding технологии нет, а в ЛибреОффисе есть )))
Создается файл в приложении. После чего Вставка - объект OLE - внедряется содержимое файла с возможностью редактирования в исходном приложении. Задумка хорошая. Но вот работает криво. С BKChem глючит, а с ISIS и вовсе что-то наподобие xml-кода вставляет.

[starless]

Рендерите рисунки. Это вообще рекомендуется делать при использовании любых ОС.

[Гесс]

Это конечно жуткий некропостинг, и возможно это стоило бы конечно положить в разряд "Зацените", но я тут читаю один интересный блог и решил им прокоментировать утверждение с которого начата данная тема

про высокопроизводительные вычисления под Windows уже давно все забыли.

Я не говорю что линукс это плохо, я под ним работаю (на кластерах), и не призываю к холиварам Вин/Лин/Мак
Простоhttp://michaelbalandin.wordpress.com/20 ... B0-%D1%81/

[amge]

Высокопроизводительные вычисления - это, прежде всего, на кластере. Я работал на трех кластерах, еще на несколько, если сильно захочу, смогу получить доступ. На всех них линукс. Следовательно, про высокопроизводительные вычисления под Windows я лично и в самом деле могу забыть. Если есть люди, считающие под Windows, отзовитесь. Действительно любопытно, какой расчетный химический софт можно реально поставить на Windows в параллельном режиме.

[uchebnik fiziki]

Вроде бы в Нижнем был виндовый кластер, они там гоняли автодок. NAMD ставится параллельный, но через Cygwin.

Возможно, существует какой-то коммерческий софт.

[Shorku]

Действительно любопытно, какой расчетный химический софт можно реально поставить на Windows в параллельном режиме.

Gamess уже давно, Gaussian09, ORCA в последнем релизе

[Enchanter]

Действительно любопытно, какой расчетный химический софт можно реально поставить на Windows в параллельном режиме.

Accelrys - Material Studio
ADF
Schrodinger
Sybyl
Turbomole
Dalton
Molcas
Molpro
Часть из списка - через Cygwin.

[Cherep]

Какойгг-то художественный рассказ.

На серьёзных задачах линукс аццки свопится и процесс тормозится в разы. Большие размерности под ним считать вообще нереально: под сверхинтенсивным счётом мегасистема обычно не живёт дольше чем сутки-двое и вусмерть виснет

"Аццки свопится" -- это на каких таких серьёзных задачах? Может и впрямь пионер был прав про кривые руки?
Ога, в каментах этому троллю ответили:

http://en.wikipedia.org/wiki/Swappiness

[Гесс]

Высокопроизводительные вычисления - это, прежде всего, на кластере. Я работал на трех кластерах, еще на несколько, если сильно захочу, смогу получить доступ. На всех них линукс. Следовательно, про высокопроизводительные вычисления под Windows я лично и в самом деле могу забыть.

Аналогично. Но это как бы доказывает толко тот факт что КХ кластеры традиционно строятся на Линуксе а не то что это однозначно лучше (это как бы очевидная логичная предпосылка, но не самоочевидный (мне) факт). Опять же чисто мне разницы большой нет. По попыткам поставить Орку на свой виндузячий ноут я догадываюсь что секса там может быть не меньше чем на линуксе и он анальный через командную строку. В результате (опять же чисто для меня) "что там нихрена непонятно что тут нихрена непонятно", и разница Лин-Вин как бы стирается.

Ога, в каментах этому троллю ответили:

http://en.wikipedia.org/wiki/Swappiness

Невижу где это , но Белк не тролль , я вроде закончил чтение его блога, кстати по линуксу-винде там больше ничего но вообще интересного и познавательного - навалом. Далее наброс по линуксу[cut]Кстати если читать комментарии конкретно к той истории именно приверженцы линукса активнее всех брызгали слюной и ехидничали над остальными, воистину есть чтото в

Так вот, НИГДЕ нет такого нетерпимого и агрессивно-пренебрежительного отношения к новичкам, как у линуксоидов. Носиться с татуировкой RTFM на лбу и манией величия - принято. Сколько я знаю "правоверных труЪ-линуксоидов" (причем некоторые как специалисты весьма приличного уровня), пренебрежение к "братьям меньшим" у них огромное.

(это из другого места интернета)[/cut]

[amge]

Действительно любопытно, какой расчетный химический софт можно реально поставить на Windows в параллельном режиме.

Accelrys - Material Studio
ADF
Schrodinger
Sybyl
Turbomole
Dalton
Molcas
Molpro
Часть из списка - через Cygwin.

Из этого списка единственный чем пользовался и единственный бесплатный - Dalton. Вы точно знаете, что он есть под Windows? Спрашиваю, так как в мануале про эту ОС не упомянуто:
DALTON2011 can be run on a variety of systems running the UNIX operating system. The
current release of the program supports IBM-AIX, Linux using gfortran, pgf90/95 or ifort,
and MacOS X (darwin) using xlf/xlc or gfortran/gcc.

[amge]

Высокопроизводительные вычисления - это, прежде всего, на кластере. Я работал на трех кластерах, еще на несколько, если сильно захочу, смогу получить доступ. На всех них линукс. Следовательно, про высокопроизводительные вычисления под Windows я лично и в самом деле могу забыть.

Аналогично...

Тогда непонятно, чем вызван Ваш пост, поднявший эту тему.

[Enchanter]

Из этого списка единственный чем пользовался и единственный бесплатный - Dalton. Вы точно знаете, что он есть под Windows? Спрашиваю, так как в мануале про эту ОС не упомянуто:
DALTON2011 can be run on a variety of systems running the UNIX operating system. The
current release of the program supports IBM-AIX, Linux using gfortran, pgf90/95 or ifort,
and MacOS X (darwin) using xlf/xlc or gfortran/gcc.

Из FAQ:

Q5:Where can I download the Windows version of Dalton?
A5: We're sorry, but there is none.
Q6: So there's no way I can run Dalton under Windows?
A6: Yes, install cygwin on your windows machine, and install dalton in that environment.

[amge]

Понятно. Спасибо!

[Cherep]

Гесс, но позвольте.
Я не знаю этого блоггера, но похоже он просто обижен на что-то, либо троллит.

Что касаемо какого-то аспиранта, который чего-то там показывал и доказывал, что вин-сервер 2003 производительнее. Мы не знаем, какой софт он для этого использовал. Если самописаный, то на каком языке. Даже если на С, то какой компилятор. Какие интструкции для компилятора использовались, какие библиотеки. И тп. С дефолтными настройками могло получиться чёрти-что. Да мало-ли какой тот аспирант крутой математик или там физик. Программирование - это совершенно другая стихия, несмотря на то, что правильные алгаритмы появляются на основе знаний из математики.

Если софт кем-то написан, то тоже не факт, что оптимальным образом.

Теперь... первокурсник интуитивно понимает, что возможно, просто-напросто, эти большие дяди могли чего-то нахимичить с кодом, чтобы выбить себе деньги на лицензию на винсервер. И естественно, у него не хватает навыков, чтобы переписать 10000+ строчек кода и правильно откомпилировать. Он над хитрыми дядями поглумился, что у них "руки кривые", а дяди поглумились над наивным первокурсником.

Теперь по ссылке на педивикию. Там написано (это безотносительно кода программы)

Swappiness can be set to values between 0 and 100 inclusive. A low value means the kernel will try to avoid swapping as much as possible

Что касаемо хамства линуксоидов: в семье не без урода. А то, что RTFM отправляют, так их зело полезно читать

[Гесс]

Оживляя старый топик, просматривая топ 500 суперкомпов в связи с входом в строй китайской Галактики-2, я наконец осмотрелся.
По применению винды

Гала2.jpg

И где ее ваще применяют

Галактеко.jpg

В Топ-500 российских компов 8

ГалаРос.jpg

В регионе "Восточная Европа" - 11 (3 польских).

[Alex Granovsky]

Да, тема вечная... оффтоп конечно.

Исторически, кстати, первая версия PC GAMESS была под 32-bit extended DOS, далее последовала версия для 32-bit OS/2, потом для Win32. И уже значительно позже - версии под линукс.
Надо сказать, считать на машинах под Windows вполне можно (и нужно). Точно так же, как и на любых других. Мое личное мнение, что те поставщики ПО, которые игнорируют часть рынка, поступают просто глупо. Кстати, для Firefly большой разницы нет, под чем считать. Правда, я не очень-то поддерживаю МАС , одна из причин - это то, что фф, запущенный с определенными ключами, убивает OS X.

Правда, меня не перестает посещать ощущение, что самая стабильная версяи Windows из всех, что я знал, была NT 3.51, и что самые удачные варианты линуксов были сделаны много лет назад - сейчас же происходит плавная деградадация и того, и другого. Можно сколько угодно делать ядро все красивее и умнее, но только при условии, что оно остается обозримым. Начиная с некоторого момента, сложность начинает убивать стабильность.

[grinch81]

В Линуксе Object Linking and Embedding технологии нет, а в ЛибреОффисе есть )))
Создается файл в приложении. После чего Вставка - объект OLE - внедряется содержимое файла с возможностью редактирования в исходном приложении. Задумка хорошая. Но вот работает криво. С BKChem глючит, а с ISIS и вовсе что-то наподобие xml-кода вставляет.

Формулы "кошерно" в TEX делать. Некоторые англоязычные издания только с формулами на ТЕХе набранными статьи принимают, прочие издатели это приветствуют.

Правда, меня не перестает посещать ощущение, что самая стабильная версяи Windows из всех, что я знал, была NT 3.51, и что самые удачные варианты линуксов были сделаны много лет назад - сейчас же происходит плавная деградадация и того, и другого. Можно сколько угодно делать ядро все красивее и умнее, но только при условии, что оно остается обозримым. Начиная с некоторого момента, сложность начинает убивать стабильность.

Ядро допиливается с целью улучшения безопасности потому, что львиная доля компов с линуксом, это сервера со всякими "вконтактиками" и "казинами". Если хочется большой скорости - выбирайте ядро 2.6 или 2.4 и если полно свободного времени можно зантся сборкой LFS и если получится - производительность будет страмится к теоретически достижимой)))

ЗЫ Простите, что тут умничаю - пойду уничать во свой двор