Химический софт для linux, чем пользуетесь?

вопросы строения молекул и квантовой химии
kbob
Сообщения: 1596
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение kbob » Вт июн 25, 2013 4:36 am

Alex Granovsky писал(а):Да, тема вечная... оффтоп конечно.
Правда, меня не перестает посещать ощущение, что самая стабильная версяи Windows из всех, что я знал, была NT 3.51, и что самые удачные варианты линуксов были сделаны много лет назад - сейчас же происходит плавная деградадация и того, и другого. Можно сколько угодно делать ядро все красивее и умнее, но только при условии, что оно остается обозримым. Начиная с некоторого момента, сложность начинает убивать стабильность.
Так, а почему не обсуждаются микроядерные операционки, безобразие. Как человек проработавший 8 лет с QNX я возмущен. Любая ОС является специализированной, нет универсального решения. Венда это ОС для игрушечных программ и она далеко операжает Linux и QNX (да и любую ОС вообще) в этом плане. В венде даже игрушечная программа для квантовомеханических расчетов есть - Hyperchem. Уровень вхождения в венду низок.
Дело в том, что пользователь квантовохимического софта тратит свое время на три задачи:
1. Освоение операционной системы (установка, администрирование)
2. Освоение прикладного ПО для квантовохимических расчетов (компиляция, установка, написание input-файлов)
3. Освоение квантовохимических методов расчета (этому нас в ВУЗе учили)
но человек от природы ленив на п.1 и п.2 никто не хочет время тратить, а п.3 и так в Университете изучили. Отсуда- венда, Hyperchem и методы расчетов которым 100 лет в обед.
Не нужно быть ленивым.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
Контактная информация:

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Alex Granovsky » Вс июн 30, 2013 11:25 am

Да, вот всегда так - хотел как лучше, а получилось...

Собственно, в своем предыдущем посте я хотел лишь сказать следующее:

1. Что FF и правда пофиг, под чем считать. Именно потому, что он хорошо написан как с точки зрения Windows, так и с точки зрения Linux, и точки эти несколько разные.
2. Что те тенденции развития как Linux, так и Windows, что я вижу, в плане приспособленности к проведению на них серьезных расчетов, в том числе и с использованием FF, мне не нравятся у обоих.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 540
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Yu/2 » Вс июн 30, 2013 1:23 pm

А как насчет *BSD? Кажется, там ядра существенно попроще.

kbob
Сообщения: 1596
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение kbob » Вс июн 30, 2013 2:01 pm

Alex Granovsky писал(а):Да, вот всегда так - хотел как лучше, а получилось...

Собственно, в своем предыдущем посте я хотел лишь сказать следующее:

1. Что FF и правда пофиг, под чем считать. Именно потому, что он хорошо написан как с точки зрения Windows, так и с точки зрения Linux, и точки эти несколько разные.
2. Что те тенденции развития как Linux, так и Windows, что я вижу, в плане приспособленности к проведению на них серьезных расчетов, в том числе и с использованием FF, мне не нравятся у обоих.
FF пока не пользовался, но из интереса хочу спросить у вас как у автора.
1. Умеет вычислять аналитические градиенты в CCSD(T)? Например PSi4 умеет.
http://sirius.chem.vt.edu/psi4manual/latest/cc.html
2. Умеет вычислять MEP (minimum energy path)? Например nwchem умеет двумя методами Nudged Elastic Band (NEB) и Zero Temperature String.
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Rele ... ng_Methods
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
Контактная информация:

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Alex Granovsky » Пн июл 01, 2013 3:23 pm

Yu/2 писал(а):А как насчет *BSD? Кажется, там ядра существенно попроще.
Про BSD ничего не знаю, последний раз пользовался в 1995 году или около того :) . Вообще, за всю историю PC GAMESS и Firefly я могу вспомнить буквально несколько случаев,
когда меня просили сделать версию для FreeBSD, а о других вариантах BSD речь и вовсе никогда не шла. Если бы запрос был массовым, наверное давно бы уже сделал.
А так - нет у меня достаточного стимула заниматься этим, а значит нет и опыта оптимизации под BSD.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
Контактная информация:

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Alex Granovsky » Пн июл 01, 2013 3:41 pm

kbob писал(а): FF пока не пользовался, но из интереса хочу спросить у вас как у автора.
1. Умеет вычислять аналитические градиенты в CCSD(T)? Например PSi4 умеет.
http://sirius.chem.vt.edu/psi4manual/latest/cc.html
2. Умеет вычислять MEP (minimum energy path)? Например nwchem умеет двумя методами Nudged Elastic Band (NEB) и Zero Temperature String.
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Rele ... ng_Methods
1. Про CCSD(T) могу сразу сказать, что не только градиентов нет, но и их самих нет, и более того, и не предвидится. Причина проста - меня не интересуют системы маленького размера,
кроме того, меня не очень интересует то, что уже было сделано другими. Зачем дублироваться? Если я захочу посчитать что-нибудь ccsd(t), я посчитаю это cfour. Ну а для систем большого
размера я не вижу ни смысла ни возможности с достаточной скоростью считать что-либо этим методом.
У меня в жизни был период увлечения высшими порядками теории возмущений и связными кластерами, но он быстро прошел, оставив после себя в PC GAMESS MP3 и MP4 и четкое ощущение того, что правильная наука - это MP2 :)

2. Про MEP, тут надо уточнить, что имеется в виду. Если обычный IRC, то да, есть, конечно, если что-то другое, то нет, но и не очень понятно зачем.
Кстати, вот, например, интересная статья на близкие темы http://www.math.uni-leipzig.de/~quapp/wqTCA84.pdf

mbdot
Сообщения: 39
Зарегистрирован: Пт фев 13, 2015 12:31 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение mbdot » Пт фев 13, 2015 1:16 pm

annulen писал(а):Linux4Chemistry
This webpage is not available!

please visit: http://www.linux4chemistry.info/

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость