Gromacs в параллельном режиме

[ibsh]

Прошу помочь
В состав дистрибутива Debian 4 (5) входит пакет Gromacs в версиях скомпилированных с поддержкой многопроцессорных систем (OPENMPI, MPI).
Я установил версию c поддержкой OPENMPI (gromacs-openmpi).

Запускаю lamboot

После этого создаю tpr файл для 4-х ядерного процессора:
Grompp –np 4 набор команд для grompp

Потом запускаю молекулярную динамику:
Mpirun –np 4 mdrun_mpi –np 4 набор команд для mdrun

Используя команду top смотрю сколько процессов породилось (4) и сколько ядер процессора занято в расчете (4).

Но получается, что время счета варианта запуска в одноядерном варианте и 4-ядерном варианте практически одно (разница 1-2 секунды).

Что я делаю неверно ?
Ожидалось, что время расчета хотя бы сократиться в двое.
Заходил на сайт www.gromacs.org там предлагается такой же алгоритм подготовки и запуска задачи в параллельном режиме (он же описан и в мануале).

Советовали увеличить объем системы
сейчас число атомов в системе около 100 000
но все равно, что одно ядро, что 4 ядра - время счета одно.

[Marxist]

Дык а какое время расчёта? разница начинает возникать, если общее время в одном потоке больше нескольких минут

[ibsh]

Дык а какое время расчёта? разница начинает возникать, если общее время в одном потоке больше нескольких минут

Время расчета на одном ядре примерно 24 минуты

[Darth Vasya]

Не знаю насчёт дебиана, всегда всё собирал сам, и вам того же желаю Без выходных файлов можно только констатировать, что у вас что-то не так работает...

[fullerene]

Потом запускаю молекулярную динамику:
Mpirun –np 4 mdrun_mpi –np 4 набор команд для mdrun

Есть громакс 4, то для него –np писать не надо...

А так вообще, бывает, MPI виноват.

[Rusia]

Не знаю насчёт дебиана, всегда всё собирал сам, и вам того же желаю Без выходных файлов можно только констатировать, что у вас что-то не так работает...

Под какой системой будет лучше собирать? А то на 1 ядро есть уже собранный много где, а вот собрать на 4 ядра это надо уметь...