Расчет Ик спектров в Gaussian

[marusa66]

Здравствуйте, помогите решить следующую проблему:
При расчете Opt+Freq ( ИК спектра кристалла Si методом HF 3-21) программа не может завершить расчеты, требуя для расчетов 236 MW после 5-ти минут работы. Если выделить памяти 236 MW програма сразу же после нескольких секунд снова выдает ошибку 2070.
Подскажите, пожалуйста, что можно с этим сделать.
Заранее спасибо)

[VTur]

Выложите инпут и оутпут. Народ посмотрит.

[o-oxhem]

Выложите инпут и оутпут. Народ посмотрит.

Почему-то публика не желает выкладывать даже последние 200 строк .out -файла
А просто говорят "ошибка № ...". Всё можно для этого человека. При этом я, например, рад бы и готов помочь.

[marusa66]

Выкладываю output1 ( где просит 236 MW) и output2 ( где заданы требуемые 236 MW),
входной файл, где меняется размер памяти :
%chk=si.chk
%mem=200MW
%nproc=1
# opt freq hf/3-21g
Title Card Required
0 1
Si 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Si 1.30750000 1.30750000 1.30750000
Si 0.00000000 2.61500000 2.61500000
Si 3.92250000 1.30750000 3.92250000
Si 2.61500000 0.00000000 2.61500000
Si 1.30750000 3.92250000 3.92250000
Si 2.61500000 2.61500000 0.00000000
Si 3.92250000 3.92250000 1.30750000
Tv 5.23000000 0.00000000 0.00000000
Tv 0.00000000 5.23000000 0.00000000
Tv 0.00000000 0.00000000 5.23000000

[VTur]

Попробуйте ввести строку
%rwf=L1,1800MB,L2,1800MB,L3,1800MB,L4,1800MB,L5,1800MB,L6,1800MB
и сначала провести расчет без dummy атомов.

[o-oxhem]

В итоге процедура CaldSu затребовала ~500Mw. Как уменьшить требования не известно (нигде не видел решения этой проблемы, кроме перехода к более мощным компьютерам) .
Вообще, расчёты 3D затратны очень затратны на gau$$ian. Может 2D можно осилить?
Внимательнее с Default.Rou - там 2 проц., в инпут файле - только 1.

[marusa66]

В итоге процедура CaldSu затребовала ~500Mw. Как уменьшить требования не известно (нигде не видел решения этой проблемы, кроме перехода к более мощным компьютерам) .
Вообще, расчёты 3D затратны очень затратны на gau$$ian. Может 2D можно осилить?
Внимательнее с Default.Rou - там 2 проц., в инпут файле - только 1.

В чем выражается мощность компьютера в данном случае? В частоте процессора , кол-ве оперативной памяти или в чем -то еще?

Почему при выделении 236 MW сразу выскакивала ошибка и как продвинуться дальше до тех же 500? Хочется понять суть проблемы!

Заранее спасибо!)))

[o-oxhem]

В чем выражается мощность компьютера в данном случае? В частоте процессора , кол-ве оперативной памяти или в чем -то еще?

Оперативной памяти - 500Mw ~ 4 Гб RAM , те. Вам требуется Linux (x86-64), Gau$$ian (em64t).

marusa66 писал(а):
Почему при выделении 236 MW сразу выскакивала ошибка и как продвинуться дальше до тех же 500? Хочется понять суть проблемы!

Заранее спасибо!)))


236 MW ~ 1886 Мб , но на Win32 Вы можете выделить на задачу только 1800Мб.

Я задал %mem=2250Mb - Linux (x86-64), Gau$$ian (em64t).

Т.е. Вам или очень сильно обновить вычислительную среду, или сменить программу для расчёта

Подумав ещё, можно "слегка" изменить Ваш инпут-файл. См. вложение

От гибридных функционалов и метода hf целесобразно отказаться - будет слишком долго и на ВАшем комьютере не удастся.

[Rastamax]

Так как рассчитываем вместе с автором темы выложу рассчтеты с вашим исправленным инпут файлом:

Программа не завершила рассчет и причина вроде бы как не в кол-ве выделяемой памяти.

Помогите пожалуйста , если возможно, понять причину ошибки. И возможно ли ее устранить и завершить рассчеты?

[o-oxhem]

Так как рассчитываем вместе с автором темы выложу рассчтеты с вашим исправленным инпут файлом:

Программа не завершила рассчет и причина вроде бы как не в кол-ве выделяемой памяти.

Помогите пожалуйста , если возможно, понять причину ошибки. И возможно ли ее устранить и завершить рассчеты?

Почему у Вас ?
%nprocshared=2
%mem=230MW
%nprocsh=1

ДОлжно быть
%nprocshared=2
%mem=1700Mb
Теперь как? У Вас проблемы с заданием числа процессоров?

Кстати, частоты (причем freq(NoRaman)) лучше считать

--Link1--
%nprocshared=2
%mem=1700Mb
# tra-ta-ta freq(NoRaman) guess=read tra-ta-ta

[amge]

А в гауссиане не реализован расчет в чистом DFT? Это гораздо менее ресурсоемкий расчет по сравнению с HF. Если есть такое, то, может, в DFT и считать?
И еще, насколько я знаю, для расчета периодических систем размер "ячейки" должен быть достаточно большим, чтобы один ее край совершенно не влиял на другой. Даже для полуэмпирики этот размер д.б. более 8 ангстрем. Поэтому вполне допускаю, что гауссиан сам достраивает ячейку, к которой затем применяет граничные условия. Если так, то размер этой достроенной ячейки наверняка можно регулировать (попробовать сделать меньше).

[Rastamax]

o-oxhem, В том том варианте что я выложил постом выше рассчеты длились в районе 12 часов, в текущем ошибка через 2 минуты.

Может в чем то опять допущена ошибка ?

[o-oxhem]

o-oxhem, В том том варианте что я выложил постом выше рассчеты длились в районе 12 часов, в текущем ошибка через 2 минуты.

Может в чем то опять допущена ошибка ?

Вы сделали ошибку. Я написал о том, что сначала оптимизизуете. Затем частоты для оптимизированной геометрии.

[o-oxhem]

А в гауссиане не реализован расчет в чистом DFT? Это гораздо менее ресурсоемкий расчет по сравнению с HF. Если есть такое, то, может, в DFT и считать?
И еще, насколько я знаю, для расчета периодических систем размер "ячейки" должен быть достаточно большим, чтобы один ее край совершенно не влиял на другой. Даже для полуэмпирики этот размер д.б. более 8 ангстрем. Поэтому вполне допускаю, что гауссиан сам достраивает ячейку, к которой затем применяет граничные условия. Если так, то размер этой достроенной ячейки наверняка можно регулировать (попробовать сделать меньше).

Я в своём посте отправил расчёт для pbepbe.

[amge]

Я в своём посте отправил расчёт для pbepbe.

Да, действительно, выше Вы об этом писали. А я и не заметил. Прошу прощения.

[o-oxhem]

]Да, действительно, выше Вы об этом писали. А я и не заметил. Прошу прощения.

Желание помочь человеку в преодолении барьеров на пути к знаниям не требует извинений. Я только уточнил, тк все детали (инпут файл) вложены, а не напечатаны в посте.

[Rastamax]

Рассчеты по оптимизации были завершены! Но *chk файл гауссианом не открывается -это нормально? его размер 670 Mb.

При дальнейшем рассчете частот надо ли задавать новый файл *chk или использовать полученный, или это не важно?

При дальнейшем рассчетах частот с указанными Вами параметрами, происходит след. ошибка(прикладываю файлы):

Можно ли исправить? Заранее спасибо!)

[o-oxhem]

Рассчеты по оптимизации были завершены! Но *chk файл гауссианом не открывается -это нормально? его размер 670 Mb.

При дальнейшем рассчете частот надо ли задавать новый файл *chk или использовать полученный, или это не важно?

При дальнейшем рассчетах частот с указанными Вами параметрами, происходит след. ошибка(прикладываю файлы):

Можно ли исправить? Заранее спасибо!)

Ошибка происходит при неуказанных Вами параметрах. Вы не указали баз. набор.Старый chk используем тоько для экономии времени. В расчёте частот указана оптимизированная геометрия?

[marusa66]

Мы загружаем оутпут файл, полученный в результате расчета оптимизации, выбираем тип рассчетов freq и добавляем строчку которую Вы указали: freq(NoRaman) guess=read и запускаем! Больше ничего не менялось.

[o-oxhem]

Мы загружаем оутпут файл, полученный в результате расчета оптимизации, выбираем тип рассчетов freq и добавляем строчку которую Вы указали: freq(NoRaman) guess=read и запускаем! Больше ничего не менялось.

Интересно как и куда Вы загружаете оутпут файл? Gaussian данные считывает из inp файла и из chk (для guess=read). Или вообще уберите guess=read, если Вас это вводит в замешательство (30 мин погоду не сделают). Главное, баз. наб. и оптимизир. геометрию не забудьте.

Частоты Вы считаете для оптимизированной геометрии? Кстати, расчёт частот требует больше памяти, чем оптмизация.